MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Arizona chromosome

Total Repeats: 327

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016909	AATTA	2	10	9220	9229	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016909	AGAAT	2	10	10837	10846	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016909	GAATT	2	10	11193	11202	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016909	TAACG	2	10	12437	12446	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_016909	GCTCT	2	10	12615	12624	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_016909	TTTAA	2	10	20164	20173	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016909	TATAA	2	10	25987	25996	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016909	AAGTG	2	10	34685	34694	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016909	ATTTT	2	10	34697	34706	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016909	TGAGT	2	10	36427	36436	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016909	TTAGT	2	10	38960	38969	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016909	TTATT	2	10	41426	41435	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016909	TTTTA	2	10	41530	41539	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016909	AGTTG	2	10	42278	42287	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016909	TAAGT	2	10	44812	44821	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016909	ATGTG	2	10	48525	48534	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016909	AAGAG	2	10	49023	49032	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016909	TTTAA	2	10	49698	49707	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016909	TTTCT	2	10	50779	50788	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_016909	CATTA	2	10	51829	51838	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_016909	TTTAT	2	10	52158	52167	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016909	ATTAT	2	10	58453	58462	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016909	TAAAT	2	10	69884	69893	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016909	ACATA	2	10	72612	72621	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_016909	ATACA	2	10	83507	83516	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_016909	TTAAA	2	10	87122	87131	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016909	TAATA	2	10	96918	96927	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016909	TTGTA	2	10	97056	97065	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016909	CATTT	2	10	98211	98220	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_016909	AATTA	2	10	98361	98370	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016909	TTTAT	2	10	106183	106192	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016909	TAATA	2	10	107097	107106	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016909	TGGAT	2	10	115777	115786	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016909	ATTCG	2	10	122131	122140	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_016909	AGCTA	2	10	125113	125122	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_016909	TTAAA	2	10	127288	127297	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016909	TATTT	2	10	129597	129606	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016909	CGCTC	2	10	131566	131575	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
39	NC_016909	GCAGA	2	10	151605	151614	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_016909	AAAGA	2	10	154629	154638	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016909	AAATC	2	10	181141	181150	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_016909	TTTAA	2	10	181209	181218	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016909	TATTT	2	10	181247	181256	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016909	AAGAG	2	10	194403	194412	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016909	TTTAT	2	10	206150	206159	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016909	AATTA	2	10	210257	210266	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016909	TAAAT	2	10	210274	210283	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016909	TAAAA	2	10	210309	210318	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016909	GTTTT	2	10	210853	210862	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016909	ATTAT	2	10	212432	212441	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016909	ATTTA	2	10	214919	214928	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016909	AAATT	2	10	216374	216383	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016909	TTTCT	2	10	216389	216398	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_016909	GTCAA	2	10	218854	218863	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_016909	AATTA	2	10	218944	218953	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016909	TAATA	2	10	225342	225351	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016909	ATTTA	2	10	226928	226937	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016909	TAAAT	2	10	226997	227006	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016909	ATTAA	2	10	230865	230874	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016909	ATTGT	2	10	233803	233812	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016909	TTTGA	2	10	248294	248303	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016909	TTTAT	2	10	249985	249994	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016909	GACAA	2	10	255649	255658	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_016909	CTACA	2	10	257501	257510	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_016909	CCCAA	2	10	260182	260191	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
66	NC_016909	ATTAG	2	10	263809	263818	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016909	AAGGA	2	10	264999	265008	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016909	TATAA	2	10	265646	265655	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016909	AAAAC	2	10	275519	275528	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_016909	CGAAG	2	10	288024	288033	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_016909	ATCCC	2	10	289086	289095	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
72	NC_016909	TGCAA	2	10	289171	289180	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_016909	TAATA	2	10	292717	292726	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016909	ATTTA	2	10	295779	295788	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016909	GATAT	2	10	306314	306323	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016909	CCTAA	2	10	307651	307660	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_016909	AAAGA	2	10	308612	308621	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016909	ATTTT	2	10	310217	310226	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016909	TAAAA	2	10	310265	310274	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016909	GTTAA	2	10	323745	323754	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016909	AAAAT	2	10	323997	324006	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016909	TTTAA	2	10	327863	327872	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016909	TTAAA	2	10	328665	328674	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016909	TTTAT	2	10	330672	330681	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016909	TTTAT	2	10	338150	338159	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016909	TAAAA	2	10	348862	348871	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016909	AAATG	2	10	351173	351182	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016909	AATGA	2	10	357742	357751	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016909	ATAAA	2	10	358805	358814	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016909	CAACA	2	10	365226	365235	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_016909	TTACT	2	10	366355	366364	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_016909	GAAAA	2	10	373818	373827	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016909	GTTTG	2	10	374273	374282	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016909	GGATA	2	10	374827	374836	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016909	TGAGT	2	10	376499	376508	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_016909	ATAAA	2	10	376716	376725	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016909	TGGAA	2	10	377292	377301	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016909	TATTT	2	10	377524	377533	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016909	AATTT	2	10	399059	399068	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016909	TAATT	2	10	413640	413649	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016909	TTATG	2	10	417821	417830	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016909	TGTGG	2	10	417844	417853	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016909	ATATA	2	10	419173	419182	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016909	TGTAT	2	10	420225	420234	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016909	ATTAA	2	10	422340	422349	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016909	AATAA	2	10	425587	425596	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016909	AAGCT	2	10	435908	435917	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_016909	CGCTC	2	10	440869	440878	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
109	NC_016909	CGCTC	2	10	441315	441324	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
110	NC_016909	TGATA	2	10	450165	450174	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016909	GAATA	2	10	465369	465378	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016909	ATATA	2	10	466516	466525	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016909	TGCAA	2	10	466598	466607	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_016909	TATTT	2	10	469575	469584	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016909	TATAT	2	10	471343	471352	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016909	TTAAT	2	10	478895	478904	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016909	ATATT	2	10	480833	480842	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016909	TTTTA	2	10	480977	480986	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016909	TTAAT	2	10	489685	489694	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016909	TAATT	2	10	495455	495464	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016909	CTTTA	2	10	495552	495561	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_016909	TCGCT	2	10	502360	502369	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_016909	TAAAA	2	10	502384	502393	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016909	ATTAA	2	10	507675	507684	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016909	AATTA	2	10	510737	510746	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_016909	TTTCA	2	10	511484	511493	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_016909	ATGTT	2	10	516446	516455	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016909	ATTTA	2	10	534789	534798	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016909	ATTTT	2	10	536224	536233	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016909	ATTAA	2	10	538999	539008	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_016909	ATGTC	2	10	543636	543645	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_016909	TTTAG	2	10	552373	552382	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_016909	GTAAT	2	10	552555	552564	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016909	CGTAG	2	10	555123	555132	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_016909	CGCTC	2	10	555554	555563	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
136	NC_016909	TGATA	2	10	560654	560663	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016909	TCTGC	2	10	566044	566053	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_016909	ATTTA	2	10	566324	566333	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016909	GCTCC	2	10	579669	579678	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
140	NC_016909	TAATT	2	10	580529	580538	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_016909	TTTAA	2	10	585353	585362	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_016909	TTTTA	2	10	590010	590019	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_016909	ATGTT	2	10	591647	591656	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_016909	GACAT	2	10	594849	594858	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_016909	TTATT	2	10	599677	599686	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_016909	AATAA	2	10	601839	601848	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_016909	CAAGC	2	10	603748	603757	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
148	NC_016909	TTGTA	2	10	606886	606895	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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254	NC_016909	TTTTC	2	10	927170	927179	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
255	NC_016909	AAATA	2	10	937408	937417	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
256	NC_016909	ATTTT	2	10	947920	947929	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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283	NC_016909	CATAA	2	10	1030482	1030491	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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286	NC_016909	ATACT	2	10	1034550	1034559	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
287	NC_016909	AAAAT	2	10	1035002	1035011	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
288	NC_016909	AAAAT	2	10	1035593	1035602	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
289	NC_016909	TAAAG	2	10	1047540	1047549	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
290	NC_016909	AAAAT	2	10	1062742	1062751	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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292	NC_016909	TAATA	2	10	1067367	1067376	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
293	NC_016909	ATTTA	2	10	1069528	1069537	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_016909	TAATT	2	10	1084874	1084883	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
295	NC_016909	ACTAA	2	10	1098862	1098871	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
296	NC_016909	AAAAT	2	10	1102273	1102282	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_016909	AAATT	2	10	1134428	1134437	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
298	NC_016909	AATAT	2	10	1150461	1150470	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
299	NC_016909	GAATT	2	10	1150581	1150590	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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301	NC_016909	CTTTA	2	10	1161191	1161200	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
302	NC_016909	CCGAA	2	10	1162989	1162998	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
303	NC_016909	ACTAC	2	10	1163367	1163376	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
304	NC_016909	TTTTG	2	10	1164279	1164288	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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310	NC_016909	ATAAA	2	10	1190836	1190845	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
311	NC_016909	ATTTA	2	10	1196759	1196768	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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321	NC_016909	TTATT	2	10	1224007	1224016	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
322	NC_016909	GTTTA	2	10	1241336	1241345	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
323	NC_016909	GGAGC	2	10	1244018	1244027	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
324	NC_016909	GTAAT	2	10	1251772	1251781	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
325	NC_016909	AGTAA	2	10	1253548	1253557	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
326	NC_016909	AGAGA	2	10	1255769	1255778	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
327	NC_016909	ATTTA	2	10	1259507	1259516	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.