MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rahnella aquatilis CIP 78.65 = ATCC 33071 chromosome

Total Repeats: 162

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016818	ATTGCC	2	12	31189	31200	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_016818	TGCAAA	2	12	45832	45843	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_016818	TTTATT	2	12	73815	73826	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016818	TGAAGT	2	12	74081	74092	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016818	TGCATT	2	12	109907	109918	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_016818	AATGCA	2	12	109922	109933	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_016818	AAATAA	2	12	120859	120870	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016818	CACATC	2	12	120900	120911	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_016818	AACGTT	2	12	172469	172480	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_016818	ATATCA	2	12	174063	174074	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_016818	TTTCCG	2	12	208624	208635	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_016818	AATGAT	2	12	218318	218329	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016818	CAAAAG	2	12	224717	224728	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_016818	GCGGTC	2	12	233724	233735	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_016818	AAATAA	2	12	296397	296408	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016818	CTTTTT	2	12	345034	345045	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_016818	TAAGAC	2	12	416510	416521	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_016818	CCCGGA	2	12	432535	432546	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
19	NC_016818	CTTTTT	2	12	449714	449725	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_016818	AGGTTT	2	12	456762	456773	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016818	ATTTTT	2	12	456905	456916	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016818	TTATGC	2	12	465232	465243	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_016818	AACAGA	2	12	483147	483158	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_016818	TTTCTG	2	12	483179	483190	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_016818	GGCAGT	2	12	501921	501932	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_016818	GAAATA	2	12	541669	541680	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016818	GCAGGC	2	12	580670	580681	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_016818	TTTTGA	2	12	631463	631474	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016818	AACTAT	2	12	660758	660769	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_016818	GCATTA	2	12	667817	667828	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_016818	GTTTTT	2	12	702913	702924	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016818	TAAGAC	2	12	813821	813832	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_016818	CGCAGG	2	12	847376	847387	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_016818	AATACA	2	12	848281	848292	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_016818	ATAGAA	2	12	882839	882850	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016818	TTTCAG	2	12	892172	892183	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_016818	TGTTTT	2	12	946652	946663	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016818	ATCGAA	2	12	948428	948439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_016818	TAAGAC	2	12	1007453	1007464	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_016818	TTTTTA	2	12	1023812	1023823	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016818	AAATTC	3	18	1035833	1035850	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_016818	CAAAAA	2	12	1063276	1063287	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_016818	ACAAAG	2	12	1071141	1071152	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_016818	CCTGTG	2	12	1104210	1104221	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_016818	AATCCA	2	12	1114649	1114660	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_016818	GCTTTT	2	12	1144034	1144045	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_016818	GGCATT	2	12	1184720	1184731	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_016818	AAGCGT	2	12	1238795	1238806	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_016818	CCCCGA	2	12	1243297	1243308	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_016818	TTCAGA	2	12	1257949	1257960	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_016818	ATGCAT	2	12	1302870	1302881	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_016818	TTTTCT	2	12	1345790	1345801	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_016818	CTTCAA	2	12	1443375	1443386	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_016818	CTTTTT	2	12	1499252	1499263	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_016818	CGAAAA	2	12	1516437	1516448	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_016818	CTTCAA	5	30	1530795	1530824	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_016818	TGGCTG	2	12	1621572	1621583	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_016818	TTATTT	2	12	1644479	1644490	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016818	GTTTTT	2	12	1713488	1713499	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016818	ATGCGC	2	12	1737792	1737803	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_016818	GGACAG	2	12	1778594	1778605	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_016818	TAACTG	2	12	1807959	1807970	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_016818	TGTTAG	2	12	1808123	1808134	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016818	TGCAGT	2	12	1810304	1810315	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_016818	TAACGC	2	12	1820692	1820703	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_016818	CATAAA	2	12	1836403	1836414	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_016818	CCAGCA	2	12	1856390	1856401	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
68	NC_016818	GTGATG	2	12	1947322	1947333	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016818	AGCAAA	2	12	2006833	2006844	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_016818	TCTATT	2	12	2022235	2022246	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_016818	TTTTAT	2	12	2056770	2056781	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016818	AATGAT	2	12	2060629	2060640	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016818	TTTATT	2	12	2075129	2075140	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016818	TGAGCA	2	12	2094742	2094753	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_016818	AGCAAA	2	12	2121528	2121539	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_016818	TGGCTC	2	12	2125889	2125900	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_016818	AAAGGG	2	12	2152731	2152742	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016818	AGGTAA	2	12	2175030	2175041	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016818	GAAATA	2	12	2196178	2196189	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016818	ATCATT	2	12	2250716	2250727	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_016818	TTAGGT	2	12	2252609	2252620	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016818	ATAAAC	2	12	2263856	2263867	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_016818	CAGAGG	2	12	2270806	2270817	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_016818	CCGTGT	2	12	2301326	2301337	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_016818	AATTAA	2	12	2335182	2335193	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016818	CATTTC	2	12	2345739	2345750	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_016818	ATTCAG	2	12	2389249	2389260	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_016818	CTGGGG	2	12	2398019	2398030	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_016818	ATATGT	2	12	2407291	2407302	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016818	GAACTT	2	12	2502239	2502250	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_016818	GCCTGC	2	12	2508812	2508823	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
92	NC_016818	AAAGTG	2	12	2599750	2599761	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016818	AAGGTC	2	12	2622883	2622894	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_016818	TGAACT	2	12	2623408	2623419	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_016818	GGGGCC	2	12	2635954	2635965	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_016818	CTCTTC	2	12	2646378	2646389	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_016818	TTGAAT	3	18	2656984	2657001	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016818	TTCTAT	2	12	2665762	2665773	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_016818	TCAACT	2	12	2666633	2666644	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_016818	GGGAGG	2	12	2666930	2666941	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016818	CACACC	2	12	2668808	2668819	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_016818	AAAAGT	2	12	2682559	2682570	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016818	TGACGT	2	12	2683587	2683598	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_016818	TGATTT	2	12	2704082	2704093	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016818	AGCCTC	2	12	2775272	2775283	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
106	NC_016818	ATCCTT	2	12	2883137	2883148	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_016818	CCTAAG	2	12	2890441	2890452	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_016818	ACACGC	2	12	2921812	2921823	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
109	NC_016818	TTGTTT	2	12	2967933	2967944	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016818	GGCGCA	2	12	2977489	2977500	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_016818	GCAACG	2	12	3017637	3017648	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_016818	GTGAAA	2	12	3019457	3019468	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016818	CACAAT	2	12	3028586	3028597	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_016818	CTTTTT	2	12	3092739	3092750	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_016818	TCATTT	2	12	3117525	3117536	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_016818	AACAAA	2	12	3222696	3222707	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_016818	AACAGA	2	12	3334555	3334566	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_016818	ATTACG	2	12	3374903	3374914	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_016818	TCAGAA	2	12	3375919	3375930	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_016818	TCCTTT	2	12	3376704	3376715	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_016818	ACGTTA	2	12	3481720	3481731	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_016818	TTTGCA	2	12	3484678	3484689	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_016818	GCTTTT	2	12	3515426	3515437	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_016818	AAGCAA	2	12	3620452	3620463	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_016818	CAAAAA	2	12	3642537	3642548	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_016818	CAGGCG	2	12	3755947	3755958	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_016818	AGTTTC	2	12	3817130	3817141	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_016818	ATAATT	2	12	3820950	3820961	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016818	AAAATG	2	12	3830721	3830732	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.