MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia slovaca 13-B chromosome

Total Repeats: 162

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016639	CAAATA	2	12	27368	27379	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_016639	TAAAGT	2	12	27531	27542	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016639	TTTAGG	2	12	28924	28935	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016639	AATACA	2	12	37754	37765	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_016639	TTTTTG	2	12	38327	38338	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016639	AAGAAA	2	12	39265	39276	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016639	ATCTTT	2	12	41684	41695	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_016639	ATATTA	2	12	45792	45803	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016639	AAAGCT	2	12	45976	45987	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_016639	ATTAAT	2	12	46538	46549	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016639	AGTATT	2	12	51895	51906	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016639	GCGGGA	2	12	55732	55743	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_016639	TATAGT	2	12	75756	75767	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016639	AAGGAC	2	12	89182	89193	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_016639	TTTTAA	2	12	94017	94028	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016639	TAAAAA	2	12	96727	96738	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016639	TATTTT	2	12	131021	131032	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016639	CAATAT	2	12	164414	164425	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_016639	TTTTAA	2	12	171053	171064	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016639	TATTTA	2	12	211534	211545	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016639	AAATGA	2	12	212850	212861	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016639	GTTTCA	2	12	219000	219011	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_016639	TCTGTC	2	12	234305	234316	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_016639	ATAAAT	2	12	252557	252568	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016639	TATTTT	2	12	256752	256763	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016639	TAATTA	2	12	257677	257688	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016639	GCACCG	2	12	264840	264851	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
28	NC_016639	CTTTAA	2	12	265167	265178	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_016639	AAATAA	2	12	265313	265324	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016639	AAAATG	2	12	265379	265390	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016639	GCACCG	2	12	266635	266646	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
32	NC_016639	ATGACG	2	12	274120	274131	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_016639	ATTGCA	2	12	278168	278179	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_016639	TAAAAT	2	12	286724	286735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016639	CCTGAA	2	12	288351	288362	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_016639	CAAATA	2	12	293888	293899	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_016639	TATTGT	2	12	297288	297299	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016639	ATCTTT	2	12	310117	310128	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_016639	AATATT	2	12	346109	346120	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016639	GCTATA	2	12	369634	369645	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_016639	ATTTAT	2	12	374251	374262	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016639	AAGATA	2	12	375377	375388	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016639	ATAAAA	2	12	375791	375802	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016639	CAGTTT	2	12	376874	376885	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_016639	TTTTAC	2	12	377940	377951	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_016639	ATATAA	2	12	380708	380719	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016639	TATTGT	2	12	390249	390260	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016639	TAAAAT	2	12	391917	391928	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016639	AAATTA	2	12	391940	391951	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016639	GATTCA	2	12	423080	423091	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_016639	TTCTAA	2	12	450468	450479	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_016639	TTATAT	2	12	453746	453757	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016639	AATATC	2	12	489065	489076	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_016639	TTGGCG	2	12	498043	498054	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_016639	AAATTT	2	12	498091	498102	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016639	AGGAAG	2	12	509093	509104	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016639	ATCAGT	2	12	512866	512877	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_016639	ATTTGA	2	12	513142	513153	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016639	TTGTTA	2	12	513553	513564	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016639	ATACCG	3	18	522474	522491	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_016639	TTAATT	2	12	528390	528401	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016639	TCATTG	2	12	533597	533608	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_016639	TAGTTT	2	12	553019	553030	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016639	TATTAA	2	12	556466	556477	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016639	ATATTA	2	12	565757	565768	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016639	CTATAT	2	12	566963	566974	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_016639	CATATT	2	12	567495	567506	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_016639	TGCTTG	2	12	567621	567632	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_016639	TATCAA	2	12	567950	567961	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_016639	CAAAAA	2	12	573170	573181	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_016639	TCCTAT	2	12	580089	580100	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_016639	AATATA	2	12	587277	587288	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016639	ACTATA	2	12	594260	594271	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_016639	GCTTGT	2	12	601307	601318	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_016639	ACAAAA	2	12	609904	609915	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_016639	TGCAAA	2	12	612253	612264	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_016639	TATTAA	2	12	622448	622459	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016639	TGCTAA	2	12	624431	624442	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_016639	TACAAT	2	12	629878	629889	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_016639	TATAGT	2	12	630986	630997	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016639	AAAGCT	2	12	632155	632166	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_016639	CCGCTA	2	12	633733	633744	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
83	NC_016639	ATTTAA	2	12	663075	663086	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016639	TGCTTC	2	12	675592	675603	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_016639	TAAAAC	2	12	676518	676529	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_016639	TAAACC	2	12	689416	689427	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_016639	CTTCAA	2	12	691113	691124	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_016639	ATTTAA	2	12	691219	691230	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016639	CGGTAT	2	12	703194	703205	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_016639	CTAGAG	2	12	703439	703450	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_016639	ATCCAA	2	12	703559	703570	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_016639	AGAAAA	2	12	717741	717752	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016639	ATAGAA	2	12	718183	718194	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016639	AAGATA	2	12	732664	732675	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016639	TATAAT	2	12	735456	735467	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_016639	CCATCA	2	12	742405	742416	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_016639	TTAGGC	2	12	742726	742737	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_016639	TATATT	2	12	750055	750066	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016639	TAATGT	2	12	750236	750247	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016639	CTTCAG	2	12	754853	754864	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_016639	ATATTT	2	12	756508	756519	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016639	CTACTC	2	12	766910	766921	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_016639	TATTTT	2	12	772418	772429	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016639	ATTTTT	2	12	791893	791904	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016639	TAAATC	2	12	801287	801298	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_016639	AGGTGG	2	12	801350	801361	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016639	TATTTT	2	12	813937	813948	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016639	TATTTT	2	12	847390	847401	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016639	TTAATA	2	12	854303	854314	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016639	CTAAAC	2	12	857737	857748	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_016639	ATTTAA	2	12	863548	863559	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016639	TATTAA	2	12	865213	865224	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016639	GATATA	2	12	872662	872673	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016639	AGTTTA	2	12	874894	874905	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016639	TCTGAC	2	12	882893	882904	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_016639	TACCTG	2	12	887107	887118	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_016639	AATATT	2	12	897157	897168	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016639	TTCAAA	2	12	920546	920557	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_016639	TAGCAC	2	12	927815	927826	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_016639	TTTATC	2	12	951208	951219	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_016639	CCGATA	2	12	951929	951940	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_016639	ACAAAA	2	12	956464	956475	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_016639	TAATTT	2	12	968917	968928	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016639	TGCTCT	2	12	970323	970334	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_016639	GCCATG	2	12	977524	977535	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_016639	TATTAA	2	12	978050	978061	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016639	TTTAAA	2	12	984818	984829	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016639	ATTAGG	2	12	990876	990887	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016639	AATTAT	2	12	993723	993734	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016639	ATCAAT	2	12	994566	994577	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_016639	GTTAAT	2	12	996802	996813	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016639	TAATGA	2	12	1000429	1000440	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_016639	TAAATT	2	12	1010970	1010981	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016639	AATATG	2	12	1025386	1025397	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
135	NC_016639	TTAATA	2	12	1034117	1034128	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_016639	CAAGAA	2	12	1034219	1034230	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_016639	CTTTAT	2	12	1038026	1038037	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_016639	TTAAAT	2	12	1046636	1046647	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016639	TTATAT	2	12	1046844	1046855	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_016639	TTAGTT	2	12	1048511	1048522	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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142	NC_016639	TTTTTG	2	12	1061112	1061123	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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144	NC_016639	CTTTTA	2	12	1077033	1077044	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.