MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Roseburia hominis A2-183 chromosome

Total Repeats: 428

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015977	AAATG	2	10	14835	14844	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015977	GATTG	2	10	22547	22556	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015977	GTTCG	2	10	24608	24617	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_015977	AAAAT	2	10	24887	24896	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015977	ATGTA	2	10	26461	26470	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015977	TCGTG	2	10	26519	26528	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_015977	AGCGG	2	10	27134	27143	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_015977	ACCAA	2	10	27570	27579	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_015977	GAAAG	2	10	28042	28051	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015977	GGGAG	2	10	28187	28196	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015977	CCGTA	2	10	29286	29295	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_015977	AGAGG	2	10	29512	29521	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015977	TGATG	2	10	34821	34830	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015977	GGGGA	2	10	35175	35184	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015977	AATCA	2	10	37332	37341	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_015977	GGAAA	2	10	37450	37459	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015977	ATGGT	2	10	68269	68278	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015977	AGGAA	2	10	74945	74954	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015977	TTTCA	2	10	76105	76114	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_015977	GTAAA	2	10	88222	88231	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015977	ATAGC	2	10	89287	89296	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_015977	CAAAG	2	10	97368	97377	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_015977	AAAAG	2	10	100180	100189	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015977	AAGTA	2	10	131608	131617	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015977	GAAAA	2	10	179942	179951	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015977	ATATA	2	10	192611	192620	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015977	TTCAT	2	10	248728	248737	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_015977	TGTTA	2	10	250370	250379	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015977	GAATA	2	10	250449	250458	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015977	TTTTA	2	10	255015	255024	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015977	TTTGA	2	10	257426	257435	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015977	GTGTT	2	10	265817	265826	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015977	GATAT	2	10	265828	265837	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015977	CACGA	2	10	271991	272000	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_015977	GTTTT	2	10	277305	277314	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015977	GAAAA	2	10	284850	284859	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015977	TAAAA	2	10	288970	288979	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015977	ATAAA	3	15	288980	288994	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015977	GATAT	2	10	292942	292951	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015977	CGAAG	2	10	293907	293916	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_015977	CCTTT	2	10	304766	304775	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_015977	TCACT	2	10	332569	332578	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_015977	GAAAG	2	10	334655	334664	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015977	CACTA	2	10	369644	369653	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_015977	GCTCC	2	10	373865	373874	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
46	NC_015977	ACGCT	2	10	384358	384367	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_015977	TTTTG	2	10	384833	384842	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015977	ACCGA	2	10	384940	384949	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_015977	ATCCA	2	10	392002	392011	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_015977	GTATT	2	10	393658	393667	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015977	AAAAG	2	10	405198	405207	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015977	AAATC	2	10	422351	422360	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_015977	CTTTT	2	10	422529	422538	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_015977	ATCCA	2	10	423730	423739	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_015977	ACTGC	2	10	452147	452156	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_015977	GGAGC	2	10	453596	453605	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
57	NC_015977	AAAAT	2	10	453806	453815	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015977	AAGAA	2	10	463353	463362	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015977	TTTAT	2	10	463961	463970	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015977	AAGAC	2	10	475412	475421	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_015977	GTGCT	2	10	475464	475473	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_015977	TATAA	2	10	481146	481155	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015977	CGCAG	2	10	482302	482311	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
64	NC_015977	ATAAA	2	10	493964	493973	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015977	CTGCG	2	10	496311	496320	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
66	NC_015977	CTGCG	2	10	496438	496447	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
67	NC_015977	CTGCG	2	10	496565	496574	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_015977	AGATA	2	10	503726	503735	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015977	GTTCG	2	10	514962	514971	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_015977	AGGAG	2	10	520947	520956	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015977	AAGGG	2	10	529608	529617	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015977	AATAT	2	10	531470	531479	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015977	ATAAG	2	10	540986	540995	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015977	GGATT	2	10	543204	543213	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015977	CTAAT	2	10	547370	547379	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_015977	TCTTT	2	10	552207	552216	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_015977	TCTTT	2	10	554418	554427	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_015977	GGAGC	2	10	557667	557676	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
79	NC_015977	ATGGG	2	10	558822	558831	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015977	AAGTG	2	10	570859	570868	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015977	GGTAT	2	10	577008	577017	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015977	TGCGC	2	10	577162	577171	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
83	NC_015977	GAAAC	2	10	578809	578818	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_015977	TTATT	2	10	583784	583793	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015977	ACCTT	2	10	586141	586150	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_015977	TGATA	2	10	591093	591102	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015977	AGATA	2	10	596001	596010	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015977	TGATA	2	10	598832	598841	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015977	GCTTT	2	10	600122	600131	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_015977	AAAAT	2	10	600139	600148	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015977	CTTTT	2	10	619328	619337	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_015977	GAAAC	2	10	625538	625547	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_015977	ATGTA	2	10	626890	626899	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015977	TCGTG	2	10	626948	626957	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_015977	AGCGG	2	10	627563	627572	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
96	NC_015977	GAAAG	2	10	628471	628480	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015977	GGGAG	2	10	628616	628625	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015977	CCGTA	2	10	629715	629724	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
99	NC_015977	AGAGG	2	10	629941	629950	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015977	CAGTG	2	10	645368	645377	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_015977	AGGAA	2	10	655534	655543	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015977	ATAAA	2	10	661892	661901	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015977	GCTTT	2	10	674490	674499	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_015977	AAAGA	2	10	683216	683225	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015977	AAAGC	2	10	687862	687871	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_015977	AACAA	2	10	690809	690818	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_015977	ATAAA	2	10	690913	690922	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015977	TTATT	2	10	691056	691065	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015977	ATAAA	2	10	714725	714734	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015977	GTTCG	2	10	717935	717944	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_015977	AAAGA	2	10	739348	739357	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015977	AGAAA	2	10	740901	740910	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015977	ATAAA	2	10	744892	744901	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015977	TATAA	2	10	747009	747018	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015977	TTCCT	2	10	747040	747049	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
116	NC_015977	TAGTA	2	10	760399	760408	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015977	TAGAA	2	10	768676	768685	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015977	TAAAA	2	10	783106	783115	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015977	TATAT	2	10	789585	789594	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015977	AAAAG	2	10	801806	801815	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015977	TAAGA	2	10	801912	801921	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015977	AGCAG	2	10	837735	837744	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_015977	ATAGT	2	10	848594	848603	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015977	ATCTG	2	10	848660	848669	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_015977	CAGAG	2	10	856356	856365	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
126	NC_015977	TATAT	2	10	861368	861377	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015977	AATAT	2	10	886531	886540	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015977	TTATA	2	10	897327	897336	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015977	AACAT	2	10	901099	901108	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_015977	GTAGA	2	10	907439	907448	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015977	TGGAG	2	10	916741	916750	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015977	CGGAG	2	10	942199	942208	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
133	NC_015977	CGGAG	2	10	942301	942310	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
134	NC_015977	GACCG	2	10	942348	942357	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
135	NC_015977	ATAAA	2	10	942661	942670	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015977	TATGC	2	10	943305	943314	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_015977	CGGAG	2	10	959039	959048	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
138	NC_015977	AGAAT	2	10	960315	960324	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015977	ATCAT	2	10	991875	991884	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_015977	TATGA	2	10	991890	991899	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015977	ATATC	2	10	995181	995190	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_015977	AGTGA	2	10	998620	998629	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015977	TGATC	2	10	1000839	1000848	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_015977	GTTAT	2	10	1017983	1017992	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015977	ATGTA	2	10	1036380	1036389	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015977	TCGTG	2	10	1036438	1036447	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
147	NC_015977	AGCGG	2	10	1037053	1037062	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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270	NC_015977	TCTGC	2	10	2235695	2235704	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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280	NC_015977	CGACA	2	10	2304041	2304050	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
281	NC_015977	CATCA	2	10	2304443	2304452	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
282	NC_015977	TTTGA	2	10	2319138	2319147	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
283	NC_015977	ATTAT	2	10	2321914	2321923	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
284	NC_015977	GTCGC	2	10	2323076	2323085	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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426	NC_015977	CTAAT	2	10	3576118	3576127	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
427	NC_015977	CATTT	2	10	3581230	3581239	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
428	NC_015977	TATAA	2	10	3583185	3583194	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.