MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhodothermus marinus SG0.5JP17-172 plasmid pRHOM17201

Total Repeats: 398

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015970	GTG	2	6	83	88	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015970	TCA	2	6	100	105	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_015970	AGA	2	6	194	199	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015970	ACA	2	6	397	402	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_015970	AGG	2	6	440	445	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015970	TCG	2	6	470	475	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_015970	CTG	2	6	611	616	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_015970	GGA	2	6	802	807	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015970	CCG	2	6	815	820	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_015970	CGC	4	12	2277	2288	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_015970	TCT	2	6	2291	2296	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_015970	GGT	2	6	2607	2612	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015970	CCG	2	6	2629	2634	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_015970	TGA	2	6	2639	2644	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015970	CCA	2	6	2657	2662	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_015970	GCT	2	6	2708	2713	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_015970	TTG	2	6	2722	2727	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015970	GCC	2	6	2841	2846	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_015970	CTG	2	6	2847	2852	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_015970	CTG	2	6	2880	2885	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_015970	GCA	2	6	2975	2980	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_015970	CCG	2	6	3083	3088	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_015970	TGA	2	6	3119	3124	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015970	CCT	2	6	3161	3166	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_015970	TCC	2	6	3193	3198	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_015970	GCT	2	6	3257	3262	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_015970	AGA	2	6	3564	3569	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015970	CCG	2	6	3633	3638	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
29	NC_015970	CCA	2	6	3700	3705	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_015970	GCG	2	6	3735	3740	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_015970	GTC	2	6	3770	3775	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_015970	AAG	2	6	3818	3823	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015970	GCC	2	6	3849	3854	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_015970	TCC	2	6	3858	3863	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_015970	ACA	2	6	5035	5040	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_015970	CTT	2	6	5101	5106	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_015970	CAG	2	6	5125	5130	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_015970	CGA	2	6	5175	5180	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_015970	AGC	2	6	5277	5282	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_015970	TTG	2	6	5313	5318	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015970	TGC	2	6	5345	5350	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_015970	TGG	2	6	5404	5409	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015970	CTT	2	6	5475	5480	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_015970	CTA	2	6	5493	5498	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_015970	CCG	2	6	5532	5537	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_015970	CTT	2	6	5550	5555	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_015970	CCT	2	6	5567	5572	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_015970	GTG	2	6	5985	5990	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015970	CTA	3	9	6025	6033	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_015970	GAA	2	6	6156	6161	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015970	TTG	2	6	6186	6191	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015970	GGC	2	6	7317	7322	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_015970	ATG	2	6	7328	7333	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015970	GCC	2	6	7390	7395	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_015970	CCA	2	6	7427	7432	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_015970	ACA	2	6	7452	7457	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_015970	AAC	2	6	7538	7543	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_015970	GCT	2	6	7554	7559	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_015970	ATC	2	6	7565	7570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_015970	GTC	2	6	7597	7602	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_015970	GGC	2	6	7658	7663	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_015970	CAC	2	6	7772	7777	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_015970	AGG	2	6	7813	7818	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015970	CCG	2	6	7858	7863	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_015970	CGT	2	6	7892	7897	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_015970	TGC	2	6	7990	7995	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_015970	TCA	2	6	8006	8011	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_015970	GAA	2	6	8043	8048	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015970	TTA	2	6	8258	8263	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015970	GAG	2	6	8280	8285	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015970	GCT	2	6	8315	8320	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_015970	TGG	2	6	8641	8646	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015970	AAT	2	6	8719	8724	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015970	TGG	2	6	8817	8822	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015970	CTG	2	6	8864	8869	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_015970	ATC	2	6	8885	8890	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_015970	CAC	2	6	8915	8920	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_015970	GAG	2	6	8993	8998	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015970	TCG	2	6	9103	9108	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_015970	GCT	2	6	9118	9123	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_015970	GAA	2	6	9215	9220	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015970	GTG	2	6	9245	9250	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015970	GCT	2	6	9475	9480	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_015970	AGC	2	6	9522	9527	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_015970	CGG	2	6	9595	9600	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_015970	ATG	2	6	9714	9719	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015970	AGT	2	6	10483	10488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015970	CGA	2	6	12574	12579	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_015970	GCC	2	6	12585	12590	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_015970	CGG	3	9	13659	13667	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_015970	CGG	2	6	13694	13699	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_015970	AGG	2	6	14779	14784	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015970	ACT	2	6	15051	15056	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_015970	GAA	2	6	15087	15092	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015970	CTG	2	6	15147	15152	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_015970	AGA	2	6	15176	15181	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015970	ATT	2	6	15222	15227	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015970	ACA	2	6	15234	15239	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_015970	ATT	2	6	15297	15302	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015970	TGC	2	6	15311	15316	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_015970	AGC	2	6	15320	15325	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_015970	GGT	2	6	15470	15475	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015970	GCT	2	6	15550	15555	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_015970	AGG	2	6	18388	18393	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015970	CTG	2	6	23673	23678	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_015970	GTC	2	6	23723	23728	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_015970	TGC	2	6	23731	23736	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_015970	ATC	2	6	23768	23773	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_015970	CCG	2	6	23784	23789	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_015970	ACA	2	6	26049	26054	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_015970	GCG	2	6	28286	28291	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_015970	GGC	2	6	28329	28334	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_015970	CGG	2	6	28367	28372	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_015970	GGC	2	6	28395	28400	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_015970	GAC	2	6	28477	28482	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_015970	TTG	2	6	29056	29061	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015970	TGT	2	6	29093	29098	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015970	AAG	2	6	29311	29316	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015970	GCC	2	6	29354	29359	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_015970	CAC	2	6	29407	29412	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_015970	CTG	2	6	29455	29460	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_015970	TAT	2	6	29533	29538	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015970	TGG	2	6	29755	29760	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015970	GGT	2	6	29784	29789	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015970	TCG	2	6	29795	29800	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_015970	GGC	2	6	29833	29838	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_015970	CCT	2	6	29844	29849	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_015970	CTG	2	6	29859	29864	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_015970	GGT	2	6	30701	30706	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015970	ACA	2	6	30741	30746	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_015970	TGC	2	6	30796	30801	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_015970	GTG	2	6	30828	30833	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015970	ACA	2	6	30996	31001	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_015970	TGC	2	6	31051	31056	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_015970	ACA	2	6	31122	31127	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_015970	TGC	2	6	31177	31182	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_015970	ACA	2	6	31245	31250	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_015970	TGC	2	6	31300	31305	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_015970	GGT	3	9	31331	31339	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
140	NC_015970	ACA	2	6	31374	31379	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_015970	TGC	2	6	31429	31434	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_015970	GTG	2	6	31461	31466	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.