MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Rhodopseudomonas palustris DX-1 chromosome

Total Repeats: 16441

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
16001	NC_014834	CACCG	2	10	5271685	5271694	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
16002	NC_014834	GCG	2	6	5271706	5271711	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16003	NC_014834	GCA	2	6	5271725	5271730	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16004	NC_014834	AG	3	6	5271744	5271749	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16005	NC_014834	CGC	2	6	5272330	5272335	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16006	NC_014834	CCATC	2	10	5272353	5272362	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
16007	NC_014834	GGT	2	6	5272395	5272400	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
16008	NC_014834	GCG	2	6	5272450	5272455	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16009	NC_014834	CT	3	6	5273224	5273229	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16010	NC_014834	CCG	2	6	5273237	5273242	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16011	NC_014834	GC	3	6	5273269	5273274	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16012	NC_014834	TCGC	2	8	5273375	5273382	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
16013	NC_014834	CG	3	6	5273416	5273421	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16014	NC_014834	GA	3	6	5273425	5273430	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16015	NC_014834	GAC	2	6	5273435	5273440	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16016	NC_014834	GAG	2	6	5273441	5273446	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
16017	NC_014834	GC	3	6	5273927	5273932	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16018	NC_014834	CGG	2	6	5274039	5274044	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16019	NC_014834	CGC	2	6	5274065	5274070	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16020	NC_014834	GGCA	2	8	5274077	5274084	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
16021	NC_014834	CG	3	6	5274093	5274098	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16022	NC_014834	CGC	2	6	5274123	5274128	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16023	NC_014834	TTGT	2	8	5274165	5274172	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
16024	NC_014834	GCG	2	6	5276737	5276742	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16025	NC_014834	CTC	2	6	5276745	5276750	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16026	NC_014834	AGCG	2	8	5276781	5276788	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
16027	NC_014834	CGC	2	6	5276847	5276852	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16028	NC_014834	GCG	2	6	5276856	5276861	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16029	NC_014834	CG	3	6	5276887	5276892	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16030	NC_014834	CCG	2	6	5276893	5276898	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16031	NC_014834	GCCCT	2	10	5276901	5276910	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
16032	NC_014834	ATG	2	6	5276917	5276922	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16033	NC_014834	CAA	2	6	5276970	5276975	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16034	NC_014834	CAA	2	6	5276979	5276984	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16035	NC_014834	CG	4	8	5277856	5277863	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16036	NC_014834	GC	3	6	5279023	5279028	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16037	NC_014834	CGC	2	6	5279089	5279094	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16038	NC_014834	AAGC	2	8	5280769	5280776	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
16039	NC_014834	GCT	2	6	5280792	5280797	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16040	NC_014834	CGA	2	6	5280798	5280803	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16041	NC_014834	AAT	2	6	5280814	5280819	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16042	NC_014834	G	6	6	5282102	5282107	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
16043	NC_014834	CG	3	6	5282168	5282173	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16044	NC_014834	CCG	2	6	5284427	5284432	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16045	NC_014834	GCG	3	9	5284439	5284447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16046	NC_014834	CCG	2	6	5284491	5284496	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16047	NC_014834	CACGC	2	10	5286225	5286234	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
16048	NC_014834	GCC	2	6	5286246	5286251	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16049	NC_014834	GGC	2	6	5286259	5286264	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16050	NC_014834	ACGG	3	12	5286284	5286295	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
16051	NC_014834	ATG	2	6	5287226	5287231	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16052	NC_014834	CGA	2	6	5287263	5287268	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16053	NC_014834	GC	3	6	5287704	5287709	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16054	NC_014834	CTC	2	6	5287767	5287772	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16055	NC_014834	CGC	2	6	5287794	5287799	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16056	NC_014834	CG	3	6	5287804	5287809	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16057	NC_014834	TC	3	6	5290413	5290418	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16058	NC_014834	TGC	2	6	5290424	5290429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16059	NC_014834	CAG	2	6	5290433	5290438	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16060	NC_014834	GCG	2	6	5290448	5290453	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16061	NC_014834	TGGCG	2	10	5290471	5290480	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
16062	NC_014834	GC	3	6	5290483	5290488	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16063	NC_014834	CAG	2	6	5290553	5290558	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16064	NC_014834	CGGCG	2	10	5290974	5290983	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
16065	NC_014834	GGTTA	2	10	5291011	5291020	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
16066	NC_014834	A	6	6	5291020	5291025	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16067	NC_014834	CG	4	8	5291071	5291078	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16068	NC_014834	TCGG	2	8	5291079	5291086	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
16069	NC_014834	CCG	2	6	5291103	5291108	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16070	NC_014834	CGC	2	6	5291150	5291155	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16071	NC_014834	CT	3	6	5291173	5291178	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16072	NC_014834	CCG	2	6	5292787	5292792	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16073	NC_014834	GAC	2	6	5292793	5292798	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16074	NC_014834	GCC	2	6	5292801	5292806	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16075	NC_014834	CGC	2	6	5294209	5294214	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16076	NC_014834	TCA	2	6	5294245	5294250	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16077	NC_014834	CCGC	2	8	5294258	5294265	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
16078	NC_014834	GC	3	6	5295003	5295008	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16079	NC_014834	TCC	2	6	5295023	5295028	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16080	NC_014834	ATG	2	6	5295039	5295044	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16081	NC_014834	GCCG	2	8	5295046	5295053	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16082	NC_014834	GAC	2	6	5295066	5295071	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16083	NC_014834	CGC	2	6	5295640	5295645	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16084	NC_014834	GCA	2	6	5295652	5295657	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16085	NC_014834	ATCG	2	8	5295705	5295712	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
16086	NC_014834	CGC	2	6	5295716	5295721	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16087	NC_014834	GCC	2	6	5295730	5295735	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16088	NC_014834	CGG	2	6	5295747	5295752	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16089	NC_014834	TCT	2	6	5296584	5296589	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16090	NC_014834	ATT	2	6	5296605	5296610	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16091	NC_014834	CG	3	6	5298494	5298499	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16092	NC_014834	CGC	2	6	5298525	5298530	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16093	NC_014834	TGTCCG	2	12	5298531	5298542	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16094	NC_014834	CCGC	2	8	5298612	5298619	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
16095	NC_014834	GGC	2	6	5300362	5300367	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16096	NC_014834	CCT	2	6	5300381	5300386	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16097	NC_014834	GATCA	2	10	5300447	5300456	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
16098	NC_014834	TGTT	2	8	5300473	5300480	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
16099	NC_014834	CG	3	6	5301104	5301109	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16100	NC_014834	GCG	2	6	5301118	5301123	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16101	NC_014834	GCT	2	6	5301368	5301373	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16102	NC_014834	GGC	2	6	5301393	5301398	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16103	NC_014834	TAG	2	6	5301430	5301435	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16104	NC_014834	GCA	2	6	5301464	5301469	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16105	NC_014834	AGC	2	6	5303620	5303625	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16106	NC_014834	GA	3	6	5304557	5304562	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16107	NC_014834	CT	3	6	5304563	5304568	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16108	NC_014834	TCA	2	6	5305926	5305931	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16109	NC_014834	GCAC	2	8	5308242	5308249	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
16110	NC_014834	GTCGC	2	10	5308308	5308317	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
16111	NC_014834	ACC	2	6	5308327	5308332	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16112	NC_014834	CG	3	6	5308386	5308391	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16113	NC_014834	CCG	2	6	5308402	5308407	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16114	NC_014834	CG	3	6	5308409	5308414	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16115	NC_014834	CTG	2	6	5308469	5308474	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16116	NC_014834	CAT	2	6	5308479	5308484	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16117	NC_014834	ACG	2	6	5308487	5308492	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16118	NC_014834	ATG	2	6	5308514	5308519	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16119	NC_014834	TCAG	2	8	5308521	5308528	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
16120	NC_014834	CCT	2	6	5308587	5308592	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16121	NC_014834	GTT	2	6	5308596	5308601	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16122	NC_014834	AG	3	6	5308610	5308615	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16123	NC_014834	CGCTC	2	10	5308680	5308689	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
16124	NC_014834	CGCCC	2	10	5309086	5309095	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
16125	NC_014834	CG	3	6	5310826	5310831	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16126	NC_014834	GCG	2	6	5310882	5310887	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16127	NC_014834	CG	3	6	5310897	5310902	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16128	NC_014834	CGAC	2	8	5310931	5310938	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
16129	NC_014834	GCCG	2	8	5310981	5310988	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16130	NC_014834	ATT	2	6	5311019	5311024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16131	NC_014834	CTG	2	6	5311044	5311049	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16132	NC_014834	GCC	2	6	5311059	5311064	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16133	NC_014834	TGG	2	6	5311072	5311077	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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16135	NC_014834	TTG	2	6	5311139	5311144	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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16142	NC_014834	AAC	2	6	5314107	5314112	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16143	NC_014834	GGC	2	6	5314369	5314374	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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16152	NC_014834	CT	3	6	5317939	5317944	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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16248	NC_014834	TCA	2	6	5358434	5358439	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16249	NC_014834	CGA	2	6	5358481	5358486	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16250	NC_014834	GTT	2	6	5358506	5358511	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16251	NC_014834	TCG	2	6	5358522	5358527	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16252	NC_014834	C	6	6	5358584	5358589	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
16253	NC_014834	ATCG	2	8	5358717	5358724	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
16254	NC_014834	CCG	2	6	5358761	5358766	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16255	NC_014834	CAT	2	6	5358776	5358781	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16256	NC_014834	GCG	2	6	5358788	5358793	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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16258	NC_014834	CAT	2	6	5358819	5358824	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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16260	NC_014834	CTG	2	6	5361325	5361330	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16261	NC_014834	TGGC	2	8	5361346	5361353	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
16262	NC_014834	GCT	3	9	5361381	5361389	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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16264	NC_014834	CTCGT	2	10	5363137	5363146	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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16267	NC_014834	GCAC	2	8	5363381	5363388	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
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16364	NC_014834	CG	3	6	5388004	5388009	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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16367	NC_014834	CGAA	2	8	5389235	5389242	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
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16386	NC_014834	GCG	2	6	5393259	5393264	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16387	NC_014834	CTC	2	6	5393270	5393275	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16388	NC_014834	GAA	2	6	5393280	5393285	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16389	NC_014834	CGC	2	6	5393286	5393291	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16390	NC_014834	CCA	2	6	5393294	5393299	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16391	NC_014834	CGC	2	6	5393409	5393414	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16392	NC_014834	GCG	2	6	5393418	5393423	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16393	NC_014834	CGCAT	2	10	5393473	5393482	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
16394	NC_014834	CCCG	2	8	5393494	5393501	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
16395	NC_014834	CAG	2	6	5395422	5395427	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16396	NC_014834	GCG	2	6	5396047	5396052	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16397	NC_014834	C	6	6	5396094	5396099	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
16398	NC_014834	CGG	2	6	5396117	5396122	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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16401	NC_014834	CCG	2	6	5396159	5396164	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16402	NC_014834	GCC	2	6	5396174	5396179	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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16404	NC_014834	GCA	2	6	5396210	5396215	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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16413	NC_014834	CGGCG	2	10	5401990	5401999	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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16415	NC_014834	CGC	2	6	5402067	5402072	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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16417	NC_014834	ACC	2	6	5402402	5402407	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16418	NC_014834	CGGGC	2	10	5402430	5402439	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
16419	NC_014834	GGGCA	2	10	5402445	5402454	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
16420	NC_014834	CGG	2	6	5402527	5402532	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16421	NC_014834	GCC	2	6	5402599	5402604	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16422	NC_014834	GCG	2	6	5402617	5402622	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16423	NC_014834	AC	3	6	5402674	5402679	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
16424	NC_014834	GA	3	6	5402748	5402753	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16425	NC_014834	CAT	2	6	5403030	5403035	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16426	NC_014834	GCC	3	9	5403111	5403119	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16427	NC_014834	ACGC	2	8	5403149	5403156	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
16428	NC_014834	CG	3	6	5403179	5403184	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16429	NC_014834	AAC	2	6	5403212	5403217	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16430	NC_014834	CAG	2	6	5403272	5403277	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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16432	NC_014834	GC	3	6	5403483	5403488	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16433	NC_014834	GCA	2	6	5403507	5403512	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16434	NC_014834	GC	3	6	5403567	5403572	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16435	NC_014834	CCCTC	2	10	5403601	5403610	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
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16441	NC_014834	GCTGA	2	10	5404105	5404114	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.