MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rothia dentocariosa ATCC 17931 chromosome

Total Repeats: 265

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014643	GTGGG	2	10	42153	42162	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014643	GCCAC	2	10	55338	55347	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
3	NC_014643	AAGTT	2	10	60028	60037	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014643	ACATA	2	10	65731	65740	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_014643	TAAAG	2	10	91863	91872	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014643	GTTCT	2	10	94196	94205	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_014643	GCACA	2	10	95546	95555	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_014643	GTGCA	2	10	115234	115243	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_014643	ACAAT	2	10	125236	125245	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_014643	CACAG	2	10	139991	140000	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_014643	GCGGT	2	10	152216	152225	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_014643	GGTTC	2	10	154630	154639	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_014643	ACACA	2	10	157262	157271	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
14	NC_014643	AGGCT	2	10	163977	163986	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_014643	ACGCG	2	10	167605	167614	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
16	NC_014643	GGATA	2	10	184252	184261	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014643	TCCCC	2	10	197238	197247	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
18	NC_014643	TGTAC	2	10	200984	200993	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_014643	CTAAA	2	10	204772	204781	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_014643	TACTT	2	10	207791	207800	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_014643	CCTTC	2	10	247284	247293	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
22	NC_014643	GGCGG	2	10	259560	259569	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
23	NC_014643	TCTAC	2	10	263187	263196	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_014643	CAGGT	2	10	266751	266760	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_014643	GTTTT	2	10	281220	281229	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_014643	ACAGC	2	10	281257	281266	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_014643	AAAGT	2	10	306904	306913	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014643	AGAGA	2	10	318133	318142	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014643	GGGCG	2	10	325678	325687	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
30	NC_014643	ACGGC	2	10	338414	338423	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_014643	TGTGT	2	10	340005	340014	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014643	GCACA	2	10	364521	364530	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_014643	CACCC	2	10	376357	376366	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
34	NC_014643	CGGCG	2	10	377444	377453	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
35	NC_014643	CTTTT	2	10	377459	377468	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_014643	ATCGT	2	10	392857	392866	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_014643	GGAAA	2	10	392940	392949	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_014643	GTGCT	2	10	403102	403111	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_014643	CTACC	2	10	416849	416858	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
40	NC_014643	GGCGG	2	10	419920	419929	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
41	NC_014643	CCGCC	2	10	419946	419955	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
42	NC_014643	AGAGT	2	10	429082	429091	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014643	CATCT	2	10	429105	429114	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_014643	CCAAA	2	10	464280	464289	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_014643	TTTAC	2	10	475136	475145	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_014643	GGGCT	2	10	483372	483381	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
47	NC_014643	GGGCT	2	10	483405	483414	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
48	NC_014643	GGGCT	2	10	483438	483447	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
49	NC_014643	GGGCT	2	10	483471	483480	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
50	NC_014643	GGGCT	2	10	483504	483513	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
51	NC_014643	CGGTT	2	10	499376	499385	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_014643	GTTCT	2	10	511497	511506	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_014643	GAAGC	2	10	515095	515104	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_014643	TCCCA	2	10	534891	534900	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
55	NC_014643	ATGCA	2	10	537491	537500	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_014643	CACAT	2	10	552731	552740	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_014643	GAACC	2	10	552742	552751	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_014643	CCCAC	2	10	554544	554553	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
59	NC_014643	TTATT	2	10	554584	554593	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014643	TTACC	2	10	556525	556534	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
61	NC_014643	TCTGC	2	10	567387	567396	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_014643	TCCGT	2	10	578358	578367	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_014643	TAGCC	2	10	607624	607633	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_014643	GCACG	2	10	611225	611234	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NC_014643	CATCC	2	10	619217	619226	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
66	NC_014643	GGGTT	2	10	624171	624180	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
67	NC_014643	ACCCC	2	10	625990	625999	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
68	NC_014643	TGTTT	2	10	637979	637988	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014643	TTTTC	2	10	644569	644578	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_014643	AGCGC	2	10	666218	666227	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
71	NC_014643	ATTTA	2	10	669032	669041	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014643	TGTGG	2	10	669474	669483	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014643	CCCCG	2	10	680907	680916	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
74	NC_014643	CCTGG	2	10	688929	688938	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_014643	CGGTA	2	10	689020	689029	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_014643	ACACA	2	10	689176	689185	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_014643	TCATG	2	10	696557	696566	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_014643	TGAAC	2	10	730312	730321	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_014643	CCCCG	2	10	733937	733946	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
80	NC_014643	CTGAA	2	10	742398	742407	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_014643	TGCCC	2	10	744820	744829	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
82	NC_014643	TAGAC	2	10	750274	750283	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_014643	CGGGG	2	10	755433	755442	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
84	NC_014643	TTCCC	2	10	789839	789848	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
85	NC_014643	TCACA	2	10	796664	796673	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_014643	GACAA	2	10	813836	813845	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_014643	ACAGC	2	10	817926	817935	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_014643	AAAGG	2	10	821284	821293	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014643	CAGAA	2	10	826341	826350	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_014643	TGTTT	2	10	834645	834654	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_014643	ACTCT	2	10	834668	834677	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
92	NC_014643	GCGCC	2	10	856439	856448	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
93	NC_014643	TTGTA	2	10	872318	872327	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_014643	TTTCG	2	10	880241	880250	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_014643	ATGTC	2	10	901766	901775	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_014643	AACTA	2	10	901932	901941	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_014643	TCATG	2	10	937427	937436	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_014643	TGAGG	2	10	940970	940979	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
99	NC_014643	TCACA	2	10	943700	943709	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_014643	CGAAA	2	10	945960	945969	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_014643	ACCGT	2	10	952492	952501	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_014643	GAGGG	2	10	972636	972645	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014643	CAAAC	2	10	974405	974414	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_014643	AGGGG	2	10	975291	975300	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014643	TGGTG	2	10	984723	984732	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
106	NC_014643	TTGTG	2	10	984791	984800	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
107	NC_014643	TCGTG	2	10	986154	986163	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_014643	TGTTT	2	10	986729	986738	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_014643	GGGAG	2	10	987542	987551	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
110	NC_014643	AGCCA	2	10	988606	988615	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
111	NC_014643	ACAGT	2	10	991571	991580	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_014643	GTTGG	2	10	1013294	1013303	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014643	TGCGG	2	10	1016868	1016877	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
114	NC_014643	CGTAT	2	10	1018689	1018698	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_014643	GCAGC	2	10	1029993	1030002	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
116	NC_014643	GTGGG	2	10	1030068	1030077	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
117	NC_014643	GAGAC	2	10	1046465	1046474	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_014643	GTGTG	2	10	1060059	1060068	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
119	NC_014643	CTTAT	2	10	1075152	1075161	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_014643	AGAAA	2	10	1082808	1082817	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_014643	TACAC	2	10	1084469	1084478	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_014643	AAACG	2	10	1085770	1085779	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_014643	TAGAG	2	10	1103067	1103076	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014643	CTACT	2	10	1130085	1130094	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_014643	CTTTT	2	10	1133139	1133148	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_014643	AGGTT	2	10	1134141	1134150	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
127	NC_014643	ATAAA	2	10	1136935	1136944	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_014643	TTCCT	2	10	1143926	1143935	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_014643	CTAGC	2	10	1153282	1153291	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
130	NC_014643	AGGGT	2	10	1214094	1214103	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
131	NC_014643	ACCCT	2	10	1226488	1226497	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
132	NC_014643	ATGTC	2	10	1231933	1231942	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_014643	TGACA	2	10	1234608	1234617	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_014643	CCCAG	2	10	1250914	1250923	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
135	NC_014643	GTGAG	2	10	1267821	1267830	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
136	NC_014643	CAACT	2	10	1310775	1310784	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_014643	GTATA	2	10	1316251	1316260	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_014643	AAAAC	2	10	1316439	1316448	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_014643	GGTTT	2	10	1323358	1323367	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
140	NC_014643	CGAAA	2	10	1332190	1332199	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_014643	GACGG	2	10	1338725	1338734	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
142	NC_014643	GGATC	2	10	1356199	1356208	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
143	NC_014643	GGTGG	2	10	1358803	1358812	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
144	NC_014643	CCCAC	2	10	1358833	1358842	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
145	NC_014643	GGAAT	2	10	1365490	1365499	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
146	NC_014643	GGGAC	2	10	1369919	1369928	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
147	NC_014643	GGTGT	2	10	1373641	1373650	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
148	NC_014643	TGGTG	2	10	1381758	1381767	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
149	NC_014643	TTGTG	2	10	1381826	1381835	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
150	NC_014643	TCGTG	2	10	1383190	1383199	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
151	NC_014643	TGTTT	2	10	1383767	1383776	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
152	NC_014643	GGGAG	2	10	1384580	1384589	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
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154	NC_014643	ACCCC	2	10	1399400	1399409	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
155	NC_014643	GCCTT	2	10	1410157	1410166	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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158	NC_014643	AAAAT	2	10	1421510	1421519	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_014643	GGCGC	2	10	1435276	1435285	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
160	NC_014643	TCTAG	2	10	1438164	1438173	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
161	NC_014643	GTCAT	2	10	1456150	1456159	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
162	NC_014643	GATGT	2	10	1456216	1456225	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
163	NC_014643	GCACA	2	10	1456316	1456325	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
164	NC_014643	CCAGC	2	10	1459966	1459975	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
165	NC_014643	GGTGC	2	10	1469270	1469279	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
166	NC_014643	GGGTT	2	10	1471723	1471732	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
167	NC_014643	ACTGT	2	10	1494715	1494724	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
168	NC_014643	TCTGT	2	10	1508953	1508962	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
169	NC_014643	AATTA	2	10	1515507	1515516	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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171	NC_014643	GCATT	2	10	1548425	1548434	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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174	NC_014643	GGAAA	2	10	1596758	1596767	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
175	NC_014643	AGCTG	2	10	1617993	1618002	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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188	NC_014643	TCTAA	2	10	1759367	1759376	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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192	NC_014643	TCGTG	2	10	1778471	1778480	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
193	NC_014643	TGTTT	2	10	1779046	1779055	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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199	NC_014643	TAAAA	2	10	1808331	1808340	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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234	NC_014643	TCTAC	2	10	2218554	2218563	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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249	NC_014643	CCTAA	2	10	2368171	2368180	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
250	NC_014643	TTCTA	2	10	2371581	2371590	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
251	NC_014643	TATTT	2	10	2384246	2384255	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
252	NC_014643	GCTAG	2	10	2405323	2405332	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
253	NC_014643	TTCAC	2	10	2406262	2406271	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
254	NC_014643	ATAGA	2	10	2414478	2414487	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
255	NC_014643	GTTTT	2	10	2422126	2422135	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
256	NC_014643	GCCGT	2	10	2424035	2424044	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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260	NC_014643	CTGCG	2	10	2487203	2487212	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
261	NC_014643	GCTTA	2	10	2493439	2493448	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
262	NC_014643	ATTAT	2	10	2495444	2495453	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
263	NC_014643	GTTGG	2	10	2504498	2504507	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
264	NC_014643	CGTGT	2	10	2505659	2505668	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
265	NC_014643	TCTAG	2	10	2505927	2505936	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.