MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhodothermus marinus DSM 4252 plasmid pRMAR01

Total Repeats: 83

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013502	TGCG	2	8	6083	6090	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_013502	ATGA	2	8	8628	8635	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013502	GCAG	2	8	21294	21301	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
4	NC_013502	GTCC	2	8	21425	21432	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
5	NC_013502	ATGA	2	8	21853	21860	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013502	CCCT	2	8	22098	22105	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
7	NC_013502	TGCG	2	8	23667	23674	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
8	NC_013502	CCTT	2	8	23852	23859	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_013502	CCGC	2	8	24077	24084	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
10	NC_013502	CCGA	2	8	24223	24230	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_013502	CTGT	2	8	26602	26609	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_013502	CGCC	2	8	31104	31111	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
13	NC_013502	TGGT	2	8	32484	32491	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013502	ATCA	2	8	32796	32803	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_013502	GGCT	2	8	32804	32811	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_013502	TGCG	2	8	33174	33181	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_013502	CGGT	2	8	33349	33356	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
18	NC_013502	CATG	2	8	46365	46372	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_013502	GGTT	2	8	49144	49151	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013502	TTCG	2	8	49599	49606	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_013502	AAAG	2	8	49739	49746	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013502	CAGA	2	8	50599	50606	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_013502	CGGA	2	8	55430	55437	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
24	NC_013502	AGGT	2	8	55561	55568	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013502	CCGG	2	8	66808	66815	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
26	NC_013502	ATCG	2	8	71864	71871	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_013502	AGGC	2	8	72608	72615	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
28	NC_013502	TCCA	2	8	72921	72928	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_013502	TGGG	2	8	72994	73001	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013502	GCTC	2	8	73242	73249	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
31	NC_013502	GTTC	2	8	73255	73262	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_013502	CGCC	2	8	73493	73500	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
33	NC_013502	ACGC	2	8	73616	73623	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
34	NC_013502	GGCG	2	8	73669	73676	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
35	NC_013502	ATGG	2	8	73876	73883	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013502	AGTA	2	8	73902	73909	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013502	CTTG	2	8	74339	74346	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_013502	TCGG	2	8	75199	75206	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_013502	TCCA	2	8	75894	75901	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_013502	TGGG	2	8	75967	75974	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013502	TTTC	2	8	78774	78781	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_013502	CCAA	2	8	78793	78800	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_013502	GAAG	2	8	78820	78827	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013502	CATC	2	8	79155	79162	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
45	NC_013502	CGCA	2	8	81372	81379	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
46	NC_013502	GGCG	2	8	82057	82064	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
47	NC_013502	TACC	2	8	82192	82199	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_013502	TCCC	2	8	82408	82415	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
49	NC_013502	CGGT	2	8	82452	82459	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
50	NC_013502	GGTC	2	8	82498	82505	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
51	NC_013502	GCTC	2	8	84352	84359	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
52	NC_013502	CAGG	2	8	84410	84417	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
53	NC_013502	GGCG	2	8	84866	84873	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
54	NC_013502	GCTG	2	8	86215	86222	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_013502	TAAT	2	8	88292	88299	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013502	ATGC	2	8	92373	92380	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_013502	TAAT	2	8	93807	93814	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013502	TTTC	2	8	99931	99938	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_013502	CTGC	2	8	100144	100151	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
60	NC_013502	GCCA	2	8	100624	100631	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
61	NC_013502	CTTT	2	8	101451	101458	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_013502	CTGG	2	8	101531	101538	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_013502	GCTC	2	8	101560	101567	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_013502	AGGT	2	8	101664	101671	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013502	CCAG	2	8	101919	101926	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
66	NC_013502	CGGA	2	8	102241	102248	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
67	NC_013502	GTCG	2	8	102750	102757	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_013502	GCAA	2	8	105101	105108	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_013502	CTGC	2	8	105354	105361	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
70	NC_013502	TGCC	2	8	105695	105702	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
71	NC_013502	CTTC	2	8	106049	106056	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_013502	ACTG	2	8	107793	107800	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_013502	GGGT	2	8	113609	113616	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013502	AAGA	2	8	113819	113826	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013502	AGCG	2	8	116873	116880	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_013502	ATCT	2	8	117194	117201	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_013502	TGCC	2	8	117458	117465	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_013502	CTTC	2	8	117519	117526	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_013502	GGAG	2	8	117714	117721	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013502	GTTC	2	8	119775	119782	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_013502	ATCG	2	8	120202	120209	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_013502	GGTC	2	8	121210	121217	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_013502	TCCA	2	8	122113	122120	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.