MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhodothermus marinus DSM 4252 chromosome

Total Repeats: 75

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013501	TCGGCC	2	12	60844	60855	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
2	NC_013501	GAAAAT	2	12	183383	183394	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013501	CCAGGC	2	12	191023	191034	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
4	NC_013501	AGCGAA	2	12	333938	333949	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_013501	AACGGA	2	12	424642	424653	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_013501	AGCCGT	2	12	450293	450304	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_013501	GATCTT	2	12	467996	468007	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_013501	GGCGGT	2	12	512895	512906	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_013501	TATTTT	2	12	527854	527865	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013501	AGCCGC	2	12	613115	613126	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
11	NC_013501	TGCGCG	2	12	765048	765059	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_013501	GCCGAA	2	12	871939	871950	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_013501	CGCGCT	2	12	999387	999398	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
14	NC_013501	CGCGCT	2	12	1000968	1000979	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
15	NC_013501	AAAGAA	2	12	1142029	1142040	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013501	GCGAGA	2	12	1151712	1151723	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_013501	GATCGA	2	12	1169089	1169100	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_013501	GCGCGT	2	12	1175539	1175550	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_013501	TTCGCT	2	12	1196897	1196908	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_013501	TCAAAA	2	12	1230130	1230141	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_013501	CTGAAC	2	12	1239296	1239307	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_013501	ATTTGG	2	12	1257791	1257802	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013501	CCGAAC	2	12	1258116	1258127	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
24	NC_013501	ATCGTA	2	12	1311464	1311475	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_013501	TTTGAT	2	12	1365786	1365797	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013501	CATGGG	2	12	1392185	1392196	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_013501	GCCTAT	2	12	1449887	1449898	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_013501	TTATTC	2	12	1505728	1505739	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_013501	TTTTTG	2	12	1505760	1505771	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013501	CCTGTT	2	12	1640084	1640095	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_013501	GGGCGC	2	12	1640150	1640161	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_013501	AGAGCC	2	12	1650323	1650334	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_013501	ATGGTG	2	12	1735007	1735018	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013501	CGGTGC	2	12	1842085	1842096	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_013501	TTTCGG	2	12	1978796	1978807	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_013501	TTCCGT	2	12	1991867	1991878	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_013501	CAGCCC	2	12	1995571	1995582	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_013501	AAATAA	2	12	2079626	2079637	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013501	AGCCCA	2	12	2192987	2192998	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
40	NC_013501	GGAGGG	2	12	2271497	2271508	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013501	GTCCAG	2	12	2336257	2336268	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_013501	CTTTTT	2	12	2408395	2408406	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_013501	GCCGAA	2	12	2434020	2434031	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_013501	CTCGCG	2	12	2434159	2434170	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
45	NC_013501	TTGCCT	2	12	2455652	2455663	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_013501	AGCCCA	2	12	2503174	2503185	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
47	NC_013501	ACAATC	2	12	2532298	2532309	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_013501	GCAAAT	2	12	2551840	2551851	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_013501	CGGGCC	2	12	2556443	2556454	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
50	NC_013501	AACCGA	2	12	2632238	2632249	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_013501	CCGCAC	2	12	2633585	2633596	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_013501	GCGCCC	2	12	2640892	2640903	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_013501	GCCCGC	2	12	2652751	2652762	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
54	NC_013501	TGGCCG	2	12	2721243	2721254	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_013501	CCTGTA	2	12	2726714	2726725	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_013501	GGCTTC	2	12	2749994	2750005	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_013501	CTGAAA	2	12	2829040	2829051	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_013501	ACCAGC	2	12	2851118	2851129	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
59	NC_013501	GAAGCC	2	12	2893721	2893732	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_013501	CGGATT	2	12	2905232	2905243	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_013501	CGATCA	2	12	2918173	2918184	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_013501	GATGCA	2	12	2926659	2926670	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_013501	GCTCGT	2	12	2931184	2931195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_013501	GAAGAC	2	12	2991566	2991577	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_013501	CACAAA	2	12	3030583	3030594	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_013501	CGACGC	2	12	3044571	3044582	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
67	NC_013501	AGCAGG	2	12	3105928	3105939	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_013501	CTTAAC	2	12	3121249	3121260	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_013501	CCAGGG	2	12	3122947	3122958	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_013501	GTCCGG	2	12	3124741	3124752	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_013501	ACGGCG	2	12	3219158	3219169	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_013501	CCGGCA	2	12	3220342	3220353	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
73	NC_013501	TGGGTT	2	12	3231106	3231117	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013501	GCTACC	2	12	3248118	3248129	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
75	NC_013501	GCCTAC	2	12	3248321	3248332	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.