MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhodothermus marinus DSM 4252 chromosome

Total Repeats: 252

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013501	AACCC	2	10	8543	8552	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
2	NC_013501	GCCGG	2	10	19896	19905	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
3	NC_013501	ACCGG	2	10	28834	28843	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_013501	GTCGG	2	10	40495	40504	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_013501	CCGCA	2	10	60591	60600	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
6	NC_013501	GCACC	2	10	60782	60791	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
7	NC_013501	GAACG	2	10	66587	66596	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_013501	TGGTC	2	10	111250	111259	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_013501	AGCAA	2	10	189152	189161	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_013501	GAAAA	2	10	190511	190520	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013501	GCGAG	2	10	190902	190911	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_013501	GAGCC	2	10	192124	192133	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_013501	TTTTA	2	10	192441	192450	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013501	CCTCG	2	10	221481	221490	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
15	NC_013501	ACGGC	2	10	235113	235122	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
16	NC_013501	CGAAG	2	10	244653	244662	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_013501	TTTGG	2	10	279835	279844	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013501	CCCCG	2	10	280719	280728	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
19	NC_013501	GCGGG	2	10	280734	280743	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
20	NC_013501	GATTG	2	10	286895	286904	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013501	TGCGC	2	10	289102	289111	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_013501	TCTGG	2	10	294802	294811	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_013501	TTTTG	2	10	328940	328949	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013501	GGCGA	2	10	335968	335977	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
25	NC_013501	CGCTT	2	10	342117	342126	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_013501	GGGTT	2	10	353024	353033	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013501	GGACT	2	10	357615	357624	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_013501	CGGGG	2	10	361216	361225	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
29	NC_013501	CATAA	2	10	366053	366062	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_013501	GGCGG	2	10	386410	386419	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
31	NC_013501	TGGCA	2	10	386556	386565	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_013501	ACCAC	2	10	406712	406721	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
33	NC_013501	CTTCG	2	10	420533	420542	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_013501	AGCAT	2	10	424586	424595	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_013501	CCGGT	2	10	449471	449480	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_013501	GCCGG	2	10	456927	456936	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
37	NC_013501	TGTTT	2	10	471858	471867	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013501	GCTTT	2	10	476400	476409	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_013501	AGAAA	2	10	493945	493954	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013501	GAAAA	2	10	509265	509274	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013501	TCGCT	2	10	513049	513058	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_013501	CGATT	2	10	521789	521798	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_013501	AAACC	2	10	535487	535496	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_013501	TGGTG	2	10	542465	542474	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013501	GCCGC	2	10	543083	543092	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
46	NC_013501	CGCAT	2	10	544725	544734	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_013501	GACTT	2	10	545502	545511	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_013501	GAAAA	2	10	553612	553621	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013501	TAACG	2	10	586937	586946	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_013501	ACGGC	2	10	587120	587129	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_013501	GGTGC	2	10	595277	595286	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
52	NC_013501	AAGGC	2	10	600292	600301	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_013501	GAAGT	2	10	600342	600351	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013501	TGGAC	2	10	607076	607085	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_013501	ATCGT	2	10	607307	607316	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_013501	CGCTC	2	10	621528	621537	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
57	NC_013501	GTTGT	2	10	629096	629105	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013501	AACCA	2	10	629483	629492	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_013501	CCGGT	2	10	677349	677358	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_013501	GCCGG	2	10	677379	677388	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
61	NC_013501	ACGAA	2	10	687067	687076	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_013501	TGGTT	2	10	702563	702572	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013501	TTCGT	2	10	726703	726712	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_013501	TGTTT	2	10	731562	731571	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013501	AGCGC	2	10	745110	745119	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
66	NC_013501	AAGCA	2	10	749123	749132	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_013501	ATCTG	2	10	749212	749221	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_013501	GAAGC	2	10	765681	765690	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_013501	AACCG	2	10	823374	823383	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_013501	TCTGG	2	10	834836	834845	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_013501	GGTTT	2	10	903769	903778	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013501	ACCGG	2	10	915354	915363	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
73	NC_013501	GGGGA	2	10	922634	922643	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013501	TCGCG	2	10	924104	924113	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_013501	GAGAC	2	10	966650	966659	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_013501	AAGCG	2	10	969381	969390	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_013501	GCCCA	2	10	974879	974888	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
78	NC_013501	TTTTG	2	10	983160	983169	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013501	TGAGC	2	10	1006380	1006389	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_013501	CATGA	2	10	1010620	1010629	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_013501	ACGGC	2	10	1018077	1018086	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
82	NC_013501	AAAAG	2	10	1032506	1032515	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013501	AAAAC	2	10	1060242	1060251	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_013501	CCGTT	2	10	1064205	1064214	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_013501	ACCTG	2	10	1066708	1066717	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
86	NC_013501	CAGGA	2	10	1080301	1080310	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_013501	CGTGC	2	10	1090690	1090699	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
88	NC_013501	GCTTT	2	10	1119138	1119147	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_013501	CGGTC	2	10	1121958	1121967	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
90	NC_013501	GCCAT	2	10	1124826	1124835	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
91	NC_013501	GCCGC	2	10	1132083	1132092	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
92	NC_013501	GTGCC	2	10	1137104	1137113	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
93	NC_013501	GACTT	2	10	1139811	1139820	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_013501	CAGAA	2	10	1164851	1164860	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_013501	GTTTC	2	10	1169235	1169244	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_013501	GAATG	2	10	1169402	1169411	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_013501	CGGCG	2	10	1171279	1171288	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
98	NC_013501	TATCA	2	10	1172487	1172496	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_013501	GCATG	2	10	1175602	1175611	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_013501	CACGG	2	10	1191792	1191801	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
101	NC_013501	GCCCG	2	10	1196787	1196796	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
102	NC_013501	GCGCC	2	10	1199873	1199882	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
103	NC_013501	CATAT	2	10	1203060	1203069	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_013501	GAAAT	2	10	1221494	1221503	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013501	GAAAT	2	10	1235858	1235867	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013501	CGGAA	2	10	1254304	1254313	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_013501	CTTAA	2	10	1258072	1258081	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_013501	GTGGG	2	10	1272474	1272483	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
109	NC_013501	TGGGT	2	10	1291535	1291544	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013501	GGAGA	2	10	1325063	1325072	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013501	TTCGT	2	10	1343825	1343834	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_013501	TTCGG	2	10	1389449	1389458	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_013501	ACCCG	2	10	1389475	1389484	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
114	NC_013501	CGATT	2	10	1422367	1422376	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_013501	TGCGG	2	10	1475255	1475264	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
116	NC_013501	CGCAG	2	10	1512514	1512523	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
117	NC_013501	GCAGG	2	10	1521585	1521594	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
118	NC_013501	ACGGA	2	10	1533284	1533293	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_013501	GATCT	2	10	1555939	1555948	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_013501	TTCAA	2	10	1557100	1557109	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_013501	CAAAA	2	10	1559085	1559094	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_013501	CATTT	2	10	1559181	1559190	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_013501	GGCGC	2	10	1559900	1559909	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
124	NC_013501	GCATT	2	10	1560279	1560288	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_013501	AATGA	2	10	1592842	1592851	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013501	CGTTT	2	10	1625880	1625889	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_013501	TTGAT	2	10	1630731	1630740	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013501	GGCGG	2	10	1636736	1636745	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
129	NC_013501	AGCGA	2	10	1637305	1637314	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_013501	GAAGC	2	10	1637393	1637402	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_013501	GTGGC	2	10	1650665	1650674	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
132	NC_013501	CGTAG	2	10	1650952	1650961	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
133	NC_013501	CTTTG	2	10	1669456	1669465	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_013501	AAACC	2	10	1683001	1683010	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
135	NC_013501	CCCCT	2	10	1688778	1688787	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
136	NC_013501	ACGCC	2	10	1706269	1706278	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
137	NC_013501	AAGAA	2	10	1717843	1717852	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_013501	GCCCG	2	10	1744074	1744083	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
139	NC_013501	TGGTT	2	10	1750353	1750362	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
140	NC_013501	TCCGC	2	10	1752561	1752570	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
141	NC_013501	AGCTA	2	10	1783451	1783460	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_013501	CGCTT	2	10	1790094	1790103	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
143	NC_013501	CGGTT	2	10	1801159	1801168	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
144	NC_013501	CAAAA	2	10	1823518	1823527	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_013501	GTAGC	2	10	1828493	1828502	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_013501	TGCAC	2	10	1828523	1828532	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
147	NC_013501	TCGTT	2	10	1839194	1839203	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
148	NC_013501	CCAAA	2	10	1868485	1868494	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
149	NC_013501	CGGCG	2	10	1869195	1869204	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
150	NC_013501	AGCGA	2	10	1879276	1879285	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
151	NC_013501	TCAGT	2	10	1881533	1881542	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
152	NC_013501	ACGAA	2	10	1883730	1883739	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
153	NC_013501	AAAGC	2	10	1887112	1887121	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
154	NC_013501	AAACC	2	10	1887638	1887647	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
155	NC_013501	CTCTC	2	10	1908462	1908471	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
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158	NC_013501	TCCGG	2	10	1936043	1936052	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
159	NC_013501	CCAAC	2	10	1952598	1952607	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
160	NC_013501	AACGC	2	10	1972181	1972190	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
161	NC_013501	CGGGC	2	10	1974937	1974946	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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163	NC_013501	CCCTG	2	10	1998239	1998248	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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166	NC_013501	GGCCA	2	10	2049533	2049542	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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168	NC_013501	CTTCG	2	10	2069210	2069219	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
169	NC_013501	TTTTG	2	10	2079034	2079043	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
170	NC_013501	CGCAG	2	10	2125348	2125357	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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172	NC_013501	AAAAG	2	10	2140645	2140654	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
173	NC_013501	ATTTC	2	10	2164815	2164824	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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180	NC_013501	TCGCT	2	10	2254361	2254370	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
181	NC_013501	GCCGG	2	10	2255428	2255437	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
182	NC_013501	CGGCG	2	10	2271336	2271345	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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185	NC_013501	CCCCG	2	10	2328669	2328678	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
186	NC_013501	TCGAT	2	10	2330067	2330076	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
187	NC_013501	GAATC	2	10	2348253	2348262	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
188	NC_013501	CATTG	2	10	2408254	2408263	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
189	NC_013501	GAAAA	2	10	2408358	2408367	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
190	NC_013501	CAACC	2	10	2441116	2441125	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
191	NC_013501	CAAAC	2	10	2452289	2452298	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
192	NC_013501	CCGTG	2	10	2465739	2465748	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
193	NC_013501	GGCAT	2	10	2501657	2501666	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
194	NC_013501	CACCT	2	10	2503587	2503596	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
195	NC_013501	ATCTT	2	10	2503612	2503621	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
196	NC_013501	CCGTT	2	10	2507197	2507206	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
197	NC_013501	CGGCA	2	10	2538667	2538676	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
198	NC_013501	ACAGA	2	10	2557887	2557896	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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202	NC_013501	ACGGG	2	10	2619437	2619446	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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233	NC_013501	CTCCA	2	10	3058145	3058154	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
234	NC_013501	CGCCC	2	10	3062076	3062085	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
235	NC_013501	AAGTC	2	10	3066124	3066133	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
236	NC_013501	CGCCT	2	10	3096015	3096024	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
237	NC_013501	AAGGC	2	10	3096105	3096114	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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239	NC_013501	GGCGA	2	10	3124826	3124835	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
240	NC_013501	TTTTC	2	10	3153655	3153664	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
241	NC_013501	ACGCA	2	10	3163277	3163286	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
242	NC_013501	GCAAA	2	10	3167718	3167727	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
243	NC_013501	TCGGA	2	10	3188741	3188750	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
244	NC_013501	CGCTT	2	10	3213818	3213827	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
245	NC_013501	CCGGC	2	10	3219109	3219118	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
246	NC_013501	TTCAG	2	10	3219239	3219248	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
247	NC_013501	CAACC	2	10	3219431	3219440	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
248	NC_013501	GGCCA	2	10	3219579	3219588	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
249	NC_013501	GGCCA	2	10	3219618	3219627	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
250	NC_013501	GGCCC	2	10	3247205	3247214	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
251	NC_013501	CAGAT	2	10	3253896	3253905	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
252	NC_013501	ACGAG	2	10	3261054	3261063	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.