MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 plasmid pR132502

Total Repeats: 79

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012858	CTCTT	2	10	11697	11706	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
2	NC_012858	GCGCC	2	10	13258	13267	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
3	NC_012858	AAAGT	2	10	18248	18257	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012858	CTGGG	2	10	21538	21547	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_012858	GCTTT	2	10	28487	28496	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_012858	GCCAG	2	10	35020	35029	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
7	NC_012858	GCATC	2	10	35960	35969	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_012858	GAAAA	2	10	46345	46354	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012858	AACGG	2	10	101911	101920	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_012858	CGGCC	2	10	113251	113260	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
11	NC_012858	AGTTT	2	10	149879	149888	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012858	GACGC	2	10	177280	177289	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_012858	TGTCT	2	10	181341	181350	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_012858	AATGG	2	10	191673	191682	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012858	ATCCA	2	10	197928	197937	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_012858	CCTTG	2	10	230447	230456	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_012858	TCGCA	2	10	242134	242143	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_012858	GCAAC	2	10	269553	269562	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_012858	CTTTC	2	10	272167	272176	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
20	NC_012858	CCACG	2	10	272203	272212	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
21	NC_012858	GCTCA	2	10	305485	305494	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_012858	GCGAT	2	10	312620	312629	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_012858	AACCA	2	10	315499	315508	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_012858	TGTCG	2	10	315559	315568	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_012858	ACGCG	2	10	322502	322511	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_012858	CTTGC	2	10	339885	339894	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_012858	TCCGA	2	10	349562	349571	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_012858	GTTCA	2	10	363904	363913	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_012858	CCTCT	2	10	374135	374144	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
30	NC_012858	TGCCG	2	10	374145	374154	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_012858	GGCAT	2	10	382940	382949	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_012858	TGAGA	2	10	383257	383266	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012858	GTTGG	2	10	384973	384982	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012858	TCATT	2	10	391271	391280	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_012858	TGAAA	2	10	392998	393007	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012858	GGCTT	2	10	394727	394736	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_012858	TTTCA	2	10	400041	400050	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_012858	TCGCC	2	10	400755	400764	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
39	NC_012858	AGGAA	2	10	401086	401095	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012858	CCCAC	2	10	408836	408845	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
41	NC_012858	GGTTC	2	10	413370	413379	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_012858	CCGCG	2	10	415627	415636	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
43	NC_012858	GTGGC	2	10	417922	417931	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
44	NC_012858	TCCAT	2	10	430809	430818	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_012858	CAAGT	2	10	430895	430904	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_012858	CGGCC	2	10	432835	432844	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
47	NC_012858	TCTTT	2	10	436949	436958	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_012858	TGCGG	2	10	443898	443907	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
49	NC_012858	TCGTT	2	10	444959	444968	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_012858	GTCCG	2	10	449007	449016	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_012858	TCAGA	2	10	450303	450312	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_012858	GGCCT	2	10	453717	453726	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
53	NC_012858	AGAGC	2	10	454497	454506	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_012858	CGCCT	2	10	454882	454891	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
55	NC_012858	CTGTC	2	10	457755	457764	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_012858	TCAGC	2	10	458164	458173	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_012858	TCGGC	2	10	459701	459710	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
58	NC_012858	GTTTT	2	10	462115	462124	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012858	GATCA	2	10	462236	462245	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_012858	GTCCG	2	10	463294	463303	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
61	NC_012858	ATCTG	2	10	463304	463313	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_012858	GTTTT	2	10	467903	467912	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012858	TTGGA	2	10	467983	467992	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012858	CTCAT	2	10	470712	470721	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_012858	CGGTG	2	10	480918	480927	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
66	NC_012858	GATGG	2	10	486767	486776	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012858	ACCCT	2	10	493494	493503	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
68	NC_012858	GCCTT	2	10	495153	495162	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_012858	CTTTT	2	10	503855	503864	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_012858	CCGAA	2	10	509157	509166	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_012858	GCCGG	2	10	510248	510257	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
72	NC_012858	GCGGG	2	10	518279	518288	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
73	NC_012858	CGGAA	2	10	529948	529957	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_012858	CACCG	2	10	539712	539721	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
75	NC_012858	TTGAT	2	10	563497	563506	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012858	CAGGA	2	10	589703	589712	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_012858	CATAT	2	10	590129	590138	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_012858	GGCCG	2	10	613865	613874	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
79	NC_012858	AAACG	2	10	653180	653189	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.