MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 plasmid pR132501

Total Repeats: 84

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012848	GCCGC	2	10	12420	12429	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
2	NC_012848	CAGCC	2	10	14151	14160	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
3	NC_012848	GCGAC	2	10	36003	36012	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_012848	CACCT	2	10	41545	41554	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
5	NC_012848	CCCGG	2	10	64384	64393	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
6	NC_012848	TCCCC	2	10	65021	65030	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
7	NC_012848	CGAAC	2	10	65886	65895	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_012848	ATCAA	2	10	85727	85736	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_012848	CCCCT	2	10	92241	92250	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
10	NC_012848	TCTAG	2	10	100389	100398	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_012848	TCGCT	2	10	105823	105832	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_012848	GACCG	2	10	110060	110069	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_012848	ACGGA	2	10	110614	110623	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_012848	GAGGG	2	10	129988	129997	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012848	TGACC	2	10	134997	135006	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_012848	CGGAT	2	10	135154	135163	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_012848	CGCGG	2	10	140261	140270	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
18	NC_012848	GATTC	2	10	143548	143557	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_012848	GAAGA	2	10	177981	177990	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012848	GGCTT	2	10	191993	192002	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_012848	GCGGT	2	10	217760	217769	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
22	NC_012848	GGGCA	2	10	245512	245521	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
23	NC_012848	CGAGC	2	10	264209	264218	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
24	NC_012848	TTGCA	2	10	265835	265844	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_012848	TGCCT	2	10	266626	266635	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_012848	GGCGT	2	10	277248	277257	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
27	NC_012848	AGGGA	2	10	277549	277558	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012848	CGATC	2	10	278952	278961	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_012848	CAGTG	2	10	279256	279265	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_012848	TGGAA	2	10	281061	281070	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012848	GATGC	2	10	291207	291216	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_012848	GTCTG	2	10	294133	294142	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_012848	ACATG	2	10	308224	308233	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_012848	AGCGG	2	10	327683	327692	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
35	NC_012848	TGCGT	2	10	346823	346832	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_012848	AGCGA	2	10	356334	356343	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_012848	ACATG	2	10	360109	360118	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_012848	CGAGG	2	10	360137	360146	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
39	NC_012848	TGGGG	2	10	360176	360185	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012848	TGCCG	2	10	367943	367952	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
41	NC_012848	TCCTC	2	10	372235	372244	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
42	NC_012848	GCGCC	2	10	372304	372313	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
43	NC_012848	TGCCT	2	10	379945	379954	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_012848	GCACC	2	10	393226	393235	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
45	NC_012848	CGATA	2	10	400709	400718	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_012848	GGGAA	2	10	410804	410813	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012848	CTATG	2	10	410836	410845	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_012848	TTTCT	2	10	419881	419890	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_012848	TTAGA	2	10	425896	425905	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012848	GCGAC	2	10	445927	445936	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_012848	GCTAA	2	10	460262	460271	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_012848	GCGGG	2	10	471701	471710	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
53	NC_012848	TCCGA	2	10	486961	486970	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_012848	ATCCC	2	10	512417	512426	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
55	NC_012848	ACCAA	2	10	519412	519421	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_012848	CGGAG	2	10	525605	525614	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
57	NC_012848	CGAAG	2	10	551504	551513	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_012848	CATGG	2	10	556396	556405	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_012848	CGCGC	2	10	568358	568367	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
60	NC_012848	CCTGA	2	10	573993	574002	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_012848	GTCGG	2	10	584159	584168	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
62	NC_012848	TGGTT	2	10	603668	603677	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012848	CCCAG	2	10	619499	619508	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
64	NC_012848	CGGCG	2	10	653130	653139	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
65	NC_012848	GGCAG	2	10	668888	668897	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
66	NC_012848	GAAAA	2	10	668947	668956	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012848	GCTTT	2	10	676667	676676	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_012848	GACCG	2	10	688030	688039	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_012848	AAGGG	2	10	688055	688064	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012848	AAGGG	2	10	689417	689426	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
71	NC_012848	ATTTG	2	10	696152	696161	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012848	CTATT	2	10	697657	697666	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_012848	GGCCA	2	10	698995	699004	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
74	NC_012848	CGGAC	2	10	707058	707067	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_012848	GGCTG	2	10	708404	708413	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
76	NC_012848	CCTTT	2	10	713987	713996	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_012848	CCGGC	2	10	715250	715259	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
78	NC_012848	GCAGC	2	10	730193	730202	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_012848	CGAAG	2	10	738020	738029	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_012848	TAAAT	2	10	756940	756949	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012848	GCCGC	2	10	761536	761545	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
82	NC_012848	ACCAA	2	10	767022	767031	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
83	NC_012848	ATGCC	2	10	768513	768522	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
84	NC_012848	TTTCA	2	10	777612	777621	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.