MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 plasmid pR132501

Total Repeats: 266

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012848	TGAA	2	8	6968	6975	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012848	TGCG	2	8	7190	7197	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
3	NC_012848	AACT	2	8	7209	7216	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_012848	TCGG	2	8	13137	13144	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
5	NC_012848	GGGA	2	8	14374	14381	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012848	ATGG	2	8	14448	14455	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012848	GATC	2	8	14504	14511	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_012848	GCGA	2	8	14589	14596	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
9	NC_012848	CCCG	2	8	15727	15734	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
10	NC_012848	ATTA	2	8	35609	35616	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012848	GCGA	2	8	35667	35674	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
12	NC_012848	GAAT	2	8	35706	35713	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012848	CGAT	2	8	35834	35841	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_012848	CCAT	2	8	36215	36222	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_012848	CGCT	2	8	36241	36248	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
16	NC_012848	AGGT	2	8	36256	36263	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012848	GCGG	2	8	39361	39368	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
18	NC_012848	GATA	2	8	41154	41161	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012848	ATCT	2	8	41204	41211	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_012848	CGTT	2	8	41333	41340	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_012848	TATT	2	8	41962	41969	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012848	TGAG	2	8	43713	43720	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012848	CAAG	2	8	54428	54435	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_012848	GCCG	2	8	64447	64454	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
25	NC_012848	CTGC	2	8	65684	65691	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NC_012848	CGTC	2	8	66440	66447	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
27	NC_012848	TGGC	2	8	68277	68284	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
28	NC_012848	CGAC	2	8	73936	73943	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
29	NC_012848	GCTT	2	8	74080	74087	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_012848	GTCG	2	8	81033	81040	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
31	NC_012848	TGAA	2	8	82801	82808	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012848	TAAT	2	8	85749	85756	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012848	AAGG	2	8	88987	88994	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012848	CGGC	2	8	90245	90252	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
35	NC_012848	CGGC	2	8	92252	92259	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
36	NC_012848	CGAC	2	8	92842	92849	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
37	NC_012848	TTCA	2	8	98339	98346	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_012848	GACG	2	8	110703	110710	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_012848	CGCT	2	8	111213	111220	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
40	NC_012848	CTTC	2	8	111541	111548	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_012848	GACA	2	8	112741	112748	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_012848	CGGC	2	8	113121	113128	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
43	NC_012848	GCGG	2	8	113409	113416	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
44	NC_012848	TCGA	2	8	119705	119712	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_012848	TCGA	2	8	119720	119727	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_012848	ACGG	2	8	133594	133601	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_012848	CGTC	2	8	135064	135071	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
48	NC_012848	GGGA	2	8	136388	136395	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012848	CTTT	2	8	138200	138207	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_012848	TCGT	2	8	138294	138301	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_012848	GTTG	2	8	140320	140327	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012848	TGAT	2	8	147194	147201	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012848	GGGT	2	8	163336	163343	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012848	GTCG	2	8	163384	163391	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_012848	CGAC	2	8	177894	177901	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
56	NC_012848	TGCC	2	8	180177	180184	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
57	NC_012848	CCGG	2	8	185606	185613	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
58	NC_012848	ATGG	2	8	191425	191432	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012848	GGCA	2	8	191905	191912	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
60	NC_012848	GATG	2	8	191985	191992	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012848	ATGA	2	8	205248	205255	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012848	AGGA	2	8	205356	205363	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012848	GCCG	2	8	230782	230789	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
64	NC_012848	AGAT	2	8	233351	233358	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012848	CAAT	2	8	243777	243784	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_012848	GGCG	2	8	250462	250469	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
67	NC_012848	TGGC	2	8	250509	250516	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_012848	GCCA	2	8	250647	250654	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
69	NC_012848	GGCG	2	8	264191	264198	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
70	NC_012848	ACGG	2	8	266196	266203	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_012848	TGGC	2	8	266474	266481	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
72	NC_012848	GGAT	2	8	266987	266994	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012848	CCGT	2	8	267006	267013	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
74	NC_012848	CCGG	2	8	267310	267317	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
75	NC_012848	AGAT	2	8	267521	267528	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012848	CCGT	2	8	268154	268161	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
77	NC_012848	CAGC	2	8	269149	269156	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_012848	GTTC	2	8	269234	269241	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_012848	GGCG	2	8	269250	269257	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
80	NC_012848	CGAC	2	8	271447	271454	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
81	NC_012848	TTGC	2	8	272472	272479	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_012848	CCCT	2	8	272686	272693	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
83	NC_012848	ACAA	2	8	273035	273042	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_012848	CGCT	2	8	273220	273227	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
85	NC_012848	CGTC	2	8	275049	275056	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
86	NC_012848	ATAG	2	8	275228	275235	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012848	AAAG	2	8	275336	275343	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012848	CAGC	2	8	276671	276678	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_012848	AACG	2	8	276860	276867	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_012848	GCAA	2	8	277338	277345	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_012848	GTTT	2	8	277691	277698	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012848	ATAG	2	8	278535	278542	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_012848	GAAA	2	8	278846	278853	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012848	GTTC	2	8	280202	280209	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_012848	TCGC	2	8	280223	280230	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
96	NC_012848	CAGC	2	8	283638	283645	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
97	NC_012848	TGCC	2	8	286491	286498	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
98	NC_012848	GGCA	2	8	286709	286716	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
99	NC_012848	ATGG	2	8	286789	286796	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_012848	AGGC	2	8	286887	286894	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
101	NC_012848	GACC	2	8	286945	286952	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
102	NC_012848	CTCA	2	8	287028	287035	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_012848	ACGA	2	8	287207	287214	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_012848	ATTG	3	12	294173	294184	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_012848	CAAT	2	8	295485	295492	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_012848	AGCG	2	8	295556	295563	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
107	NC_012848	AGGC	2	8	300543	300550	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_012848	CCGG	2	8	300602	300609	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
109	NC_012848	AGTC	2	8	300651	300658	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_012848	TCGG	2	8	307948	307955	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
111	NC_012848	TCGG	2	8	308430	308437	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
112	NC_012848	CGGC	2	8	312579	312586	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
113	NC_012848	CGTT	2	8	316258	316265	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_012848	CTTC	2	8	316470	316477	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_012848	CAGG	2	8	316509	316516	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_012848	CTTC	2	8	316620	316627	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_012848	CCTT	2	8	316855	316862	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_012848	TAAA	2	8	322840	322847	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_012848	ATAC	2	8	326129	326136	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_012848	GTGC	2	8	330040	330047	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
121	NC_012848	ACAA	2	8	333308	333315	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_012848	GATC	2	8	333486	333493	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
123	NC_012848	GTTA	2	8	335268	335275	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_012848	CCGG	2	8	344292	344299	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
125	NC_012848	CGGC	2	8	347315	347322	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
126	NC_012848	GACC	2	8	349301	349308	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
127	NC_012848	CCGT	2	8	351052	351059	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NC_012848	GCCG	2	8	351195	351202	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
129	NC_012848	ACGA	2	8	351598	351605	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_012848	GCAG	2	8	352740	352747	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
131	NC_012848	CTTC	2	8	353766	353773	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_012848	CGAT	2	8	354109	354116	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_012848	GATG	2	8	356228	356235	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_012848	CTTG	2	8	359882	359889	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NC_012848	GCAG	2	8	362805	362812	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
136	NC_012848	CGCT	2	8	367930	367937	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
137	NC_012848	ACCG	2	8	395651	395658	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
138	NC_012848	GCCG	2	8	400658	400665	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
139	NC_012848	GCAA	2	8	410794	410801	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_012848	AGGG	2	8	419993	420000	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
141	NC_012848	CTCA	2	8	420061	420068	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_012848	CGAT	2	8	420708	420715	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
143	NC_012848	ATGC	2	8	420730	420737	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
144	NC_012848	GCCC	2	8	423672	423679	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
145	NC_012848	CGGG	2	8	425974	425981	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
146	NC_012848	GAGT	2	8	426250	426257	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
147	NC_012848	ATCA	2	8	426590	426597	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_012848	CTGC	2	8	426618	426625	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
149	NC_012848	GGGA	2	8	437499	437506	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
150	NC_012848	CGTC	2	8	440227	440234	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
151	NC_012848	GATC	2	8	445890	445897	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
152	NC_012848	TGGC	2	8	446973	446980	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
153	NC_012848	GCAG	2	8	447073	447080	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
154	NC_012848	CGGC	2	8	452741	452748	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
155	NC_012848	CATG	2	8	457849	457856	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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158	NC_012848	TGCG	2	8	474624	474631	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
159	NC_012848	GTCA	2	8	474669	474676	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
160	NC_012848	GGAC	2	8	484902	484909	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
161	NC_012848	GCTG	2	8	485172	485179	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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163	NC_012848	CGTG	2	8	512377	512384	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
164	NC_012848	ATCG	2	8	516171	516178	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
165	NC_012848	GTCC	2	8	517073	517080	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
166	NC_012848	TGTC	2	8	517256	517263	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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169	NC_012848	GGCT	2	8	519347	519354	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
170	NC_012848	GCGG	2	8	519361	519368	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
171	NC_012848	CAGT	2	8	519560	519567	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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175	NC_012848	TGGT	2	8	529556	529563	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
176	NC_012848	TCAG	2	8	544676	544683	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
177	NC_012848	GATC	2	8	545983	545990	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
178	NC_012848	GAAG	2	8	549073	549080	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
179	NC_012848	TCAG	2	8	549199	549206	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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181	NC_012848	CCGG	2	8	549437	549444	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
182	NC_012848	GGCG	2	8	549814	549821	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
183	NC_012848	ATCT	2	8	550368	550375	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
184	NC_012848	GAGG	2	8	550434	550441	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
185	NC_012848	GCCA	2	8	550632	550639	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
186	NC_012848	CCGA	2	8	551403	551410	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
187	NC_012848	AAGG	2	8	553063	553070	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
188	NC_012848	GAAT	2	8	555090	555097	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
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191	NC_012848	TCCG	2	8	573261	573268	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
192	NC_012848	GATC	2	8	573793	573800	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
193	NC_012848	CCAT	2	8	573861	573868	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
194	NC_012848	CAGG	2	8	575061	575068	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
195	NC_012848	TCCG	2	8	580377	580384	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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198	NC_012848	CCGG	2	8	601471	601478	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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201	NC_012848	CGTC	2	8	602015	602022	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
202	NC_012848	GATC	2	8	602201	602208	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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221	NC_012848	ACGA	2	8	676990	676997	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
222	NC_012848	GGCA	2	8	682575	682582	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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225	NC_012848	GGAA	2	8	696752	696759	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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242	NC_012848	GGCA	2	8	740257	740264	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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250	NC_012848	CCTC	2	8	777578	777585	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
251	NC_012848	TCAA	2	8	777633	777640	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
252	NC_012848	TGGC	2	8	777738	777745	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
253	NC_012848	TTCC	2	8	782267	782274	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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255	NC_012848	TCGG	2	8	787724	787731	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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260	NC_012848	GCTT	2	8	795728	795735	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
261	NC_012848	CAAA	2	8	797257	797264	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
262	NC_012848	GCGA	2	8	803133	803140	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
263	NC_012848	AGCA	2	8	807094	807101	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
264	NC_012848	TCAA	2	8	811390	811397	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
265	NC_012848	GTCG	2	8	811425	811432	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
266	NC_012848	CGAG	2	8	813333	813340	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.