MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 chromosome

Total Repeats: 138

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011369	CGGCAT	2	12	45904	45915	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_011369	CAAAAA	2	12	76000	76011	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_011369	ATTGCT	2	12	212391	212402	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_011369	GCTACC	2	12	241785	241796	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
5	NC_011369	CGCTTT	2	12	285761	285772	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_011369	AACGGC	2	12	479632	479643	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_011369	GCGGGG	2	12	491427	491438	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_011369	GCCTGT	2	12	495204	495215	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_011369	TTCGTC	2	12	495572	495583	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_011369	TCCGCT	2	12	521960	521971	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
11	NC_011369	AACGAC	2	12	529107	529118	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_011369	TTTGCA	2	12	529446	529457	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_011369	CCCTGC	2	12	551491	551502	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_011369	GACCGG	2	12	570951	570962	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_011369	GAAGGA	2	12	571061	571072	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011369	GCCAAG	2	12	666864	666875	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_011369	GCAACG	2	12	694056	694067	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_011369	GACGCC	2	12	744607	744618	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
19	NC_011369	TGGCGC	2	12	770157	770168	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_011369	TTGGAA	2	12	798996	799007	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011369	ATCCGC	2	12	809722	809733	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
22	NC_011369	AAGGAG	2	12	831856	831867	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_011369	GCAACG	2	12	838104	838115	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_011369	GCGGAT	2	12	845460	845471	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_011369	CCAGCG	2	12	872120	872131	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
26	NC_011369	CGGTTC	2	12	885026	885037	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_011369	TTGACG	2	12	964488	964499	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_011369	AAGGCA	2	12	973326	973337	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_011369	GTCATG	2	12	1018691	1018702	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_011369	CCGCCA	2	12	1042956	1042967	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_011369	TCAAAT	2	12	1152303	1152314	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_011369	CTCCGA	2	12	1167225	1167236	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
33	NC_011369	GTAGCA	2	12	1173337	1173348	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_011369	TCGACT	2	12	1276151	1276162	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_011369	CCGTAT	2	12	1352553	1352564	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_011369	GTTTTT	2	12	1356965	1356976	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011369	GCCGTC	2	12	1385839	1385850	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
38	NC_011369	GGCCTC	2	12	1491771	1491782	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
39	NC_011369	CGGTAC	2	12	1557309	1557320	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_011369	CAGAAT	2	12	1557393	1557404	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_011369	TCGGAA	2	12	1573970	1573981	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_011369	GCTGGA	2	12	1578499	1578510	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_011369	GGCGGA	2	12	1633926	1633937	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_011369	AGCGGG	2	12	1657659	1657670	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_011369	GGAGAG	2	12	1675899	1675910	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011369	CCGGAT	2	12	1676385	1676396	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_011369	CGCCAG	2	12	1832844	1832855	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
48	NC_011369	ACTGGC	2	12	1836006	1836017	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_011369	GCACGA	2	12	1844491	1844502	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_011369	CCGCTT	2	12	1865109	1865120	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
51	NC_011369	TGTTAT	2	12	1897667	1897678	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011369	CTTAAC	2	12	1901705	1901716	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_011369	AAAAAC	2	12	1908997	1909008	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_011369	TAAATC	2	12	2004029	2004040	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_011369	CACGAA	2	12	2010340	2010351	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_011369	TCATAG	2	12	2030103	2030114	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_011369	CGAAGA	2	12	2042148	2042159	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_011369	GATGGC	2	12	2044335	2044346	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_011369	TTTCAA	2	12	2076577	2076588	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_011369	TTCGGG	2	12	2107143	2107154	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_011369	TGTTCC	2	12	2114802	2114813	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_011369	CGCAAA	2	12	2160919	2160930	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_011369	CCTCGG	2	12	2196364	2196375	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
64	NC_011369	CGGCAA	2	12	2232815	2232826	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_011369	AATTGA	2	12	2237368	2237379	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011369	ATTCGC	2	12	2243845	2243856	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_011369	ATTTTA	2	12	2287591	2287602	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011369	CGTCGC	2	12	2305408	2305419	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
69	NC_011369	GCGAAA	2	12	2328460	2328471	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_011369	GCTTCC	2	12	2365715	2365726	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
71	NC_011369	GCAACG	2	12	2374468	2374479	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_011369	CGCGGG	2	12	2378207	2378218	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_011369	CGATTC	2	12	2393186	2393197	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_011369	GCCGAT	2	12	2393848	2393859	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_011369	GACAGT	2	12	2395277	2395288	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_011369	GCAACG	2	12	2401197	2401208	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_011369	CGCAAG	2	12	2427064	2427075	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_011369	TTGGCG	2	12	2437553	2437564	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_011369	CCTTGC	2	12	2461625	2461636	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
80	NC_011369	GCCATT	2	12	2517248	2517259	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_011369	CGCGGT	2	12	2528142	2528153	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_011369	AGCGTG	2	12	2536613	2536624	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_011369	GGCGTG	2	12	2536625	2536636	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_011369	CAAAAG	2	12	2735441	2735452	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_011369	AACTTG	2	12	2780704	2780715	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_011369	GGGATT	2	12	2791591	2791602	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011369	ACCTCA	2	12	2852544	2852555	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_011369	CCACAT	2	12	2869499	2869510	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_011369	CCGCGC	2	12	2922621	2922632	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_011369	CGGATG	2	12	2983987	2983998	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_011369	GATTCC	2	12	2986542	2986553	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_011369	CATCGG	2	12	2987797	2987808	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_011369	TGAAGA	2	12	3140982	3140993	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011369	ATTAAT	2	12	3213725	3213736	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011369	GTTGGA	2	12	3216572	3216583	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011369	CCCGGA	2	12	3223375	3223386	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
97	NC_011369	TCGCTT	2	12	3224836	3224847	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_011369	CAAATG	2	12	3226286	3226297	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_011369	TGGAGA	2	12	3260218	3260229	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_011369	TTCACG	2	12	3274216	3274227	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_011369	CGCACC	2	12	3303536	3303547	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_011369	TGTTTT	2	12	3306121	3306132	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011369	AATTCC	2	12	3336139	3336150	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_011369	CTGATG	2	12	3340894	3340905	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_011369	TTTTTC	2	12	3341233	3341244	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_011369	TCCTTC	2	12	3466516	3466527	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_011369	GCGCCG	2	12	3495485	3495496	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
108	NC_011369	ACTCTC	2	12	3626988	3626999	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_011369	CCCGGA	2	12	3640589	3640600	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
110	NC_011369	TCGCTT	2	12	3642050	3642061	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_011369	CAAATG	2	12	3643587	3643598	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_011369	CAATAA	2	12	3652139	3652150	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_011369	ATTGCG	2	12	3681049	3681060	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_011369	ACGGAC	2	12	3687040	3687051	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_011369	GGAGAC	2	12	3691964	3691975	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_011369	CTCGCC	2	12	3695850	3695861	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
117	NC_011369	GTCCTC	2	12	3730284	3730295	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
118	NC_011369	CGGCCG	2	12	3743758	3743769	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
119	NC_011369	ACGTAA	2	12	3816684	3816695	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_011369	TGAATG	2	12	3850715	3850726	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_011369	GCCGCG	2	12	3949774	3949785	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
122	NC_011369	GCCAAA	2	12	3954796	3954807	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_011369	CGGTCA	2	12	3957202	3957213	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_011369	ATCTCC	2	12	4067246	4067257	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_011369	CGGCAC	2	12	4067285	4067296	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
126	NC_011369	TTAAAT	2	12	4124767	4124778	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011369	CATTTG	2	12	4148603	4148614	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_011369	TCCGGG	2	12	4151448	4151459	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_011369	GCTCGC	2	12	4166008	4166019	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
130	NC_011369	GATTGT	2	12	4221149	4221160	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_011369	CGTTCC	2	12	4243987	4243998	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
132	NC_011369	CGATCA	2	12	4321283	4321294	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_011369	GTTGCA	2	12	4324822	4324833	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_011369	AGTGAG	2	12	4408262	4408273	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_011369	TTTAGA	2	12	4435693	4435704	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
136	NC_011369	ACATCT	2	12	4436969	4436980	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_011369	TAAGCG	2	12	4437235	4437246	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_011369	TCAGCT	2	12	4484387	4484398	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.