MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 plasmid pRLG201

Total Repeats: 159

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011368	GCTGT	2	10	9681	9690	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_011368	TCGCC	2	10	22022	22031	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
3	NC_011368	CTTCG	2	10	93029	93038	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_011368	TGCAC	2	10	103237	103246	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_011368	TGCAT	2	10	107644	107653	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_011368	TCACG	2	10	115870	115879	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_011368	ATCGC	2	10	115897	115906	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_011368	GCCGA	2	10	141722	141731	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_011368	AAGAT	2	10	156401	156410	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011368	CATTC	2	10	157672	157681	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_011368	GTCCA	2	10	170635	170644	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_011368	GCGTC	2	10	187529	187538	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_011368	CGCGT	2	10	187543	187552	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
14	NC_011368	GGCGA	2	10	195980	195989	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_011368	CAGGA	2	10	208063	208072	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_011368	CGGCG	2	10	208122	208131	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
17	NC_011368	GGCCG	2	10	208875	208884	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
18	NC_011368	GCCGA	2	10	222269	222278	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_011368	CACAT	2	10	231461	231470	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
20	NC_011368	GCCGT	2	10	236955	236964	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_011368	CTGAT	2	10	240906	240915	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_011368	GGACC	2	10	248626	248635	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
23	NC_011368	TCCCC	2	10	250978	250987	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
24	NC_011368	ACGGA	2	10	305349	305358	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_011368	GGGCG	2	10	308966	308975	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
26	NC_011368	CCTCC	2	10	309645	309654	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
27	NC_011368	GGCGG	2	10	313728	313737	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
28	NC_011368	AAAAG	2	10	318349	318358	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_011368	GTATT	2	10	324274	324283	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011368	TGCCC	2	10	327382	327391	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
31	NC_011368	AGGGG	2	10	331117	331126	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011368	TTTGA	2	10	337811	337820	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011368	GTTCA	2	10	340501	340510	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_011368	CGGCG	2	10	344363	344372	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
35	NC_011368	TCATA	2	10	344381	344390	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_011368	CGCAT	2	10	354271	354280	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_011368	AGAGC	2	10	355874	355883	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_011368	ATACC	2	10	357849	357858	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_011368	GGCGA	2	10	366834	366843	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
40	NC_011368	GCCAA	2	10	372054	372063	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_011368	GAACC	2	10	372116	372125	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_011368	GCTTG	2	10	374631	374640	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_011368	CCGCT	2	10	377293	377302	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
44	NC_011368	ACGAA	2	10	383200	383209	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_011368	CACCG	2	10	396725	396734	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
46	NC_011368	ACGTC	2	10	396831	396840	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_011368	CGGCT	2	10	399893	399902	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_011368	AAACC	2	10	406740	406749	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_011368	GTCCA	2	10	406896	406905	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_011368	GGGGC	2	10	418917	418926	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
51	NC_011368	AGCGC	2	10	438873	438882	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
52	NC_011368	GCCGG	2	10	481378	481387	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
53	NC_011368	CAGGA	2	10	483583	483592	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_011368	TGGGG	2	10	492344	492353	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011368	GGCGC	2	10	492403	492412	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
56	NC_011368	TTTCG	2	10	500785	500794	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_011368	CGGGA	2	10	532462	532471	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
58	NC_011368	TTCAC	2	10	535544	535553	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_011368	GGCTT	2	10	549429	549438	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_011368	GCCCG	2	10	549802	549811	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
61	NC_011368	TGTCG	2	10	553021	553030	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_011368	GCGCC	2	10	562495	562504	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
63	NC_011368	CTCGG	2	10	564172	564181	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
64	NC_011368	GGGAA	2	10	564273	564282	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011368	TTGCG	2	10	575906	575915	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_011368	CAGCG	2	10	588672	588681	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
67	NC_011368	CAGTT	2	10	598492	598501	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_011368	ATTGC	2	10	607527	607536	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_011368	TTGAG	2	10	607773	607782	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011368	ATCCA	2	10	611246	611255	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_011368	TTTCC	2	10	611444	611453	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_011368	TTCGA	2	10	614318	614327	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_011368	CCCGA	2	10	614444	614453	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
74	NC_011368	GTTTG	2	10	634495	634504	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_011368	ATCTC	2	10	660902	660911	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_011368	ATCAG	2	10	661483	661492	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_011368	GCCGC	2	10	671266	671275	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
78	NC_011368	TCTCT	2	10	680957	680966	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
79	NC_011368	TGACG	2	10	706298	706307	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_011368	CCGCT	2	10	706912	706921	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
81	NC_011368	TTTTC	2	10	712729	712738	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_011368	CTTGA	2	10	721827	721836	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_011368	TTGAC	2	10	727125	727134	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_011368	TTTGG	2	10	728123	728132	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011368	AAGGG	2	10	728565	728574	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011368	CGGAC	2	10	728865	728874	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
87	NC_011368	CCCCG	2	10	732693	732702	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
88	NC_011368	AGGAG	2	10	737650	737659	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011368	TCTCG	2	10	738965	738974	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_011368	AGGAT	2	10	739543	739552	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011368	AATGA	2	10	754828	754837	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011368	CGCTG	2	10	756810	756819	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
93	NC_011368	AGGTG	2	10	759912	759921	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011368	CCGCG	2	10	761728	761737	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
95	NC_011368	GTTCG	2	10	774476	774485	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_011368	AGGGC	2	10	774541	774550	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
97	NC_011368	AACGC	2	10	788837	788846	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_011368	ACGTA	2	10	804016	804025	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_011368	AGGTC	2	10	804155	804164	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_011368	ATTTA	2	10	806120	806129	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011368	GATGG	2	10	811870	811879	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011368	TATTG	2	10	812547	812556	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011368	GGAGC	2	10	822807	822816	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
104	NC_011368	GCAGT	2	10	828926	828935	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_011368	TTTCC	2	10	828957	828966	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
106	NC_011368	CGAAA	2	10	833236	833245	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_011368	GGATA	2	10	833659	833668	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011368	AGTCG	2	10	834083	834092	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
109	NC_011368	AGCCG	2	10	834200	834209	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
110	NC_011368	CTTGT	2	10	842821	842830	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_011368	GAAGA	2	10	847515	847524	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_011368	AAGCA	2	10	851709	851718	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_011368	CGCGT	2	10	859355	859364	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
114	NC_011368	CATGC	2	10	859952	859961	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
115	NC_011368	GCTGC	2	10	860305	860314	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
116	NC_011368	ATTCC	2	10	861475	861484	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
117	NC_011368	ATCGT	2	10	861586	861595	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_011368	TTTCC	2	10	861635	861644	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
119	NC_011368	GTCGC	2	10	866067	866076	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
120	NC_011368	AGGGG	2	10	880863	880872	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
121	NC_011368	TCAAA	2	10	884377	884386	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_011368	TTCGT	2	10	887213	887222	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_011368	CGCAG	2	10	887739	887748	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
124	NC_011368	GTCTG	2	10	887770	887779	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_011368	GATCC	2	10	889812	889821	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_011368	CGAAG	2	10	897922	897931	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_011368	ACGAG	2	10	921721	921730	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
128	NC_011368	TGGGG	2	10	921918	921927	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
129	NC_011368	GCCGA	2	10	928357	928366	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
130	NC_011368	GAGTT	2	10	933311	933320	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
131	NC_011368	CTTTT	2	10	934997	935006	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_011368	CGGAG	2	10	936047	936056	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
133	NC_011368	ATTGT	2	10	942460	942469	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011368	CGCGT	2	10	942872	942881	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
135	NC_011368	AGATC	2	10	950190	950199	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_011368	GCACC	2	10	992379	992388	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
137	NC_011368	CGACG	2	10	1008823	1008832	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
138	NC_011368	TCTCC	2	10	1012400	1012409	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
139	NC_011368	CATGA	2	10	1057222	1057231	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_011368	AGCGC	2	10	1073018	1073027	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
141	NC_011368	ATGCG	2	10	1077080	1077089	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_011368	ATGCG	2	10	1124765	1124774	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
143	NC_011368	CGGTC	2	10	1140714	1140723	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
144	NC_011368	CGGAT	2	10	1174382	1174391	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
145	NC_011368	CTGGT	2	10	1181617	1181626	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_011368	CGTTG	2	10	1181718	1181727	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
147	NC_011368	GCGAC	2	10	1181745	1181754	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
148	NC_011368	GCGCC	2	10	1187801	1187810	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
149	NC_011368	CCGCT	2	10	1189093	1189102	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
150	NC_011368	GCTTT	2	10	1191544	1191553	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
151	NC_011368	TCCCG	2	10	1201714	1201723	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
152	NC_011368	AGGCC	2	10	1202169	1202178	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
153	NC_011368	GATCG	2	10	1207938	1207947	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
154	NC_011368	TCATA	2	10	1227694	1227703	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
155	NC_011368	GCCAA	2	10	1228257	1228266	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
156	NC_011368	TTGCC	2	10	1259437	1259446	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
157	NC_011368	GACCT	2	10	1260875	1260884	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
158	NC_011368	TCTGC	2	10	1261551	1261560	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
159	NC_011368	GGGGA	2	10	1261688	1261697	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.