MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium etli CIAT 652 plasmid pA

Total Repeats: 115

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010998	GGCA	2	8	18855	18862	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_010998	GGTC	2	8	20289	20296	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
3	NC_010998	TTCG	2	8	20351	20358	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_010998	GTTC	2	8	25863	25870	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_010998	GGCC	2	8	27850	27857	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
6	NC_010998	GGGT	2	8	30104	30111	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010998	TCGA	2	8	31018	31025	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_010998	TAAT	2	8	43394	43401	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010998	GAAC	2	8	48592	48599	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_010998	GGCC	2	8	59926	59933	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11	NC_010998	GGCC	2	8	72436	72443	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
12	NC_010998	TGGT	2	8	73922	73929	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010998	GGCG	2	8	73952	73959	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
14	NC_010998	TGCT	2	8	79135	79142	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_010998	CCTG	2	8	81343	81350	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
16	NC_010998	GAAA	2	8	83600	83607	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010998	TCCC	2	8	90038	90045	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
18	NC_010998	TCGA	2	8	97027	97034	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_010998	ACGG	2	8	97047	97054	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NC_010998	GGGA	2	8	108698	108705	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010998	TCCC	2	8	110939	110946	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
22	NC_010998	GCCG	2	8	111000	111007	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
23	NC_010998	TGAT	2	8	113197	113204	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010998	TCGA	2	8	118042	118049	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_010998	CGTT	3	12	118244	118255	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_010998	GTAC	2	8	118304	118311	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_010998	GATC	2	8	121947	121954	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_010998	GCCA	2	8	122002	122009	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
29	NC_010998	CTAT	2	8	124640	124647	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_010998	CATC	2	8	125149	125156	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_010998	CGCC	2	8	127349	127356	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
32	NC_010998	TTTC	2	8	127897	127904	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_010998	TTGC	2	8	131358	131365	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_010998	TGCA	2	8	139574	139581	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_010998	ATTT	2	8	148997	149004	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010998	AACG	2	8	154457	154464	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_010998	TTCC	2	8	155167	155174	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_010998	AGAA	2	8	162622	162629	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010998	ATTG	2	8	162728	162735	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010998	ACGC	2	8	164042	164049	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
41	NC_010998	CGGC	2	8	168444	168451	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
42	NC_010998	GCCT	2	8	168604	168611	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_010998	CGGC	2	8	168993	169000	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
44	NC_010998	CGAG	2	8	169285	169292	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_010998	CGGC	2	8	177094	177101	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
46	NC_010998	CCTG	2	8	179804	179811	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
47	NC_010998	TGCC	2	8	180682	180689	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
48	NC_010998	AAAG	2	8	190117	190124	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010998	GGCA	2	8	191357	191364	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
50	NC_010998	CGCC	2	8	194323	194330	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
51	NC_010998	CCGA	2	8	195363	195370	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
52	NC_010998	CGAC	2	8	199842	199849	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
53	NC_010998	CGCC	2	8	200982	200989	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
54	NC_010998	CCGG	2	8	201068	201075	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
55	NC_010998	GATC	2	8	208792	208799	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_010998	CGCA	2	8	216148	216155	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
57	NC_010998	ACAA	2	8	218448	218455	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_010998	AGTC	2	8	222435	222442	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_010998	GCCG	2	8	222694	222701	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
60	NC_010998	GGAA	2	8	233750	233757	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010998	CGAT	2	8	238787	238794	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_010998	TTTA	2	8	240177	240184	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010998	GGCC	2	8	240227	240234	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
64	NC_010998	GCGG	2	8	245550	245557	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
65	NC_010998	CCCT	2	8	248957	248964	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
66	NC_010998	GGCG	2	8	249022	249029	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
67	NC_010998	ATTT	2	8	257084	257091	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010998	CCGG	2	8	261436	261443	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
69	NC_010998	ACCG	2	8	263815	263822	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
70	NC_010998	GATC	2	8	265859	265866	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_010998	GTAA	2	8	266653	266660	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010998	AATG	2	8	268551	268558	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010998	ACCT	2	8	272567	272574	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_010998	GAAA	2	8	274395	274402	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010998	TGAT	2	8	274671	274678	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010998	TCAT	2	8	274697	274704	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_010998	CAGG	2	8	276882	276889	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
78	NC_010998	GCTG	2	8	283910	283917	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_010998	CGCT	2	8	283918	283925	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
80	NC_010998	CGGC	2	8	283934	283941	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
81	NC_010998	CCTG	2	8	294653	294660	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
82	NC_010998	ACTA	2	8	303277	303284	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_010998	TCCG	2	8	305971	305978	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
84	NC_010998	CGCC	2	8	309600	309607	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
85	NC_010998	AATT	2	8	312488	312495	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010998	AAAT	2	8	312560	312567	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010998	GCGG	2	8	318043	318050	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
88	NC_010998	TCAT	2	8	318177	318184	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_010998	AGCA	2	8	318189	318196	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_010998	ACAG	2	8	330033	330040	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_010998	AGAA	2	8	333836	333843	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010998	TCGA	2	8	333913	333920	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
93	NC_010998	CTTC	2	8	336749	336756	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_010998	TCAA	2	8	336817	336824	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_010998	TAAT	2	8	336957	336964	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010998	CCTG	2	8	343933	343940	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
97	NC_010998	GCCG	2	8	343982	343989	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
98	NC_010998	TTCG	2	8	346418	346425	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_010998	TAAT	2	8	352288	352295	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010998	CCGC	2	8	358149	358156	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
101	NC_010998	TCGC	2	8	358202	358209	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
102	NC_010998	GGCA	2	8	358936	358943	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
103	NC_010998	TCGA	2	8	359171	359178	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_010998	TGCC	2	8	360125	360132	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
105	NC_010998	TCTT	2	8	361025	361032	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_010998	GTCG	2	8	361106	361113	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
107	NC_010998	TGAT	2	8	372477	372484	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010998	CATC	2	8	372586	372593	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_010998	TGCG	2	8	378168	378175	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
110	NC_010998	AACG	2	8	381367	381374	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_010998	GCGG	2	8	384646	384653	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
112	NC_010998	AGCC	2	8	385757	385764	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
113	NC_010998	CGCC	2	8	387448	387455	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
114	NC_010998	TAAT	2	8	387505	387512	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010998	GGCG	2	8	393020	393027	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.