MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium etli CIAT 652 plasmid pC

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010997	AGTTT	2	10	24749	24758	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010997	GACTT	2	10	24980	24989	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_010997	GCAGC	2	10	26208	26217	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_010997	GTCCT	2	10	36071	36080	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_010997	GGCTT	2	10	44006	44015	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_010997	GCGCC	2	10	53516	53525	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
7	NC_010997	GCCGC	2	10	56835	56844	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
8	NC_010997	CCGCG	2	10	56889	56898	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
9	NC_010997	CAACC	2	10	71205	71214	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
10	NC_010997	GTTGC	2	10	95560	95569	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_010997	TGGCA	2	10	109923	109932	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_010997	GCGGG	2	10	162289	162298	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
13	NC_010997	TTTCA	2	10	180459	180468	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_010997	AAGTC	2	10	221496	221505	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_010997	TAGGG	2	10	237296	237305	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010997	CTTGC	2	10	240142	240151	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_010997	CTATA	2	10	240159	240168	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_010997	CGGCG	2	10	253681	253690	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
19	NC_010997	CGTCG	2	10	274472	274481	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_010997	GCAAA	2	10	274549	274558	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_010997	ATTTC	2	10	283262	283271	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_010997	GCCGG	2	10	323493	323502	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
23	NC_010997	CTGTT	2	10	332382	332391	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_010997	GATCT	2	10	335473	335482	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_010997	ATTGC	2	10	349901	349910	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_010997	ACGAG	2	10	349975	349984	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_010997	TCGCA	2	10	359264	359273	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_010997	CGCAA	2	10	362877	362886	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_010997	AAGAA	2	10	363086	363095	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010997	GACCG	2	10	364082	364091	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_010997	GTTTT	2	10	383757	383766	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010997	AAAGC	2	10	388079	388088	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_010997	GGCCC	2	10	393409	393418	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
34	NC_010997	GCGCC	2	10	399076	399085	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
35	NC_010997	CATGG	2	10	403236	403245	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_010997	CATGC	2	10	416911	416920	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_010997	GCCGC	2	10	422905	422914	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
38	NC_010997	CATCT	2	10	424090	424099	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_010997	CCCCT	2	10	435743	435752	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
40	NC_010997	AACGG	2	10	443204	443213	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_010997	CCTGC	2	10	453157	453166	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
42	NC_010997	ATATG	2	10	469170	469179	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010997	ATCCT	2	10	493439	493448	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_010997	TTTTG	2	10	509974	509983	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010997	GATTT	2	10	526919	526928	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010997	CGAAG	2	10	554393	554402	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_010997	GACCT	2	10	572854	572863	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_010997	TCCGG	2	10	574294	574303	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
49	NC_010997	AGCCG	2	10	579866	579875	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_010997	GAAAG	2	10	586578	586587	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010997	TATCG	2	10	593326	593335	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_010997	CGGGT	2	10	608356	608365	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
53	NC_010997	GCCGC	2	10	656392	656401	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
54	NC_010997	AGCCG	2	10	664125	664134	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
55	NC_010997	ATCGT	2	10	681784	681793	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_010997	GCACA	2	10	682236	682245	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_010997	TGCAT	2	10	690302	690311	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_010997	GCAAC	2	10	690338	690347	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_010997	TCCTG	2	10	702455	702464	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_010997	TCCGC	2	10	707303	707312	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
61	NC_010997	GAAAA	2	10	709488	709497	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010997	TGCAC	2	10	731725	731734	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_010997	CCCCT	2	10	764500	764509	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
64	NC_010997	TCCAT	2	10	765616	765625	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_010997	ACCCC	2	10	788025	788034	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
66	NC_010997	ATGGC	2	10	790692	790701	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_010997	CGCGG	2	10	792355	792364	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
68	NC_010997	CGCGC	2	10	792624	792633	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
69	NC_010997	TTCGG	2	10	793254	793263	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_010997	TGGAC	2	10	793270	793279	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_010997	AGAGG	2	10	795148	795157	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010997	ACCGC	2	10	797213	797222	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
73	NC_010997	AACCG	2	10	797463	797472	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_010997	GACGC	2	10	797594	797603	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_010997	GACAG	2	10	798111	798120	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_010997	CTTCA	2	10	801326	801335	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_010997	CCAAT	2	10	805212	805221	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_010997	TCCCC	2	10	807472	807481	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
79	NC_010997	CGATG	2	10	810929	810938	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_010997	GGCGA	2	10	813692	813701	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
81	NC_010997	CCCAG	2	10	821273	821282	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
82	NC_010997	ATCGG	2	10	822246	822255	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_010997	AAACC	2	10	829625	829634	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
84	NC_010997	GGAAA	2	10	829941	829950	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010997	GCAGC	2	10	830529	830538	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_010997	CGACA	2	10	838669	838678	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_010997	GAACG	2	10	841335	841344	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_010997	ATCGG	2	10	842591	842600	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_010997	CGCTG	2	10	843821	843830	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
90	NC_010997	TGAGG	2	10	866070	866079	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010997	GACGT	2	10	867222	867231	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_010997	CACTC	2	10	888185	888194	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
93	NC_010997	GATCA	2	10	889541	889550	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_010997	CCGAA	2	10	889762	889771	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_010997	AGAGA	2	10	891511	891520	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010997	GCCGC	2	10	895422	895431	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
97	NC_010997	ATCAC	2	10	897927	897936	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_010997	CCCGC	2	10	898780	898789	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
99	NC_010997	CGTCA	2	10	907471	907480	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
100	NC_010997	TTTCA	2	10	909001	909010	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_010997	CGAAG	2	10	917558	917567	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_010997	CCATC	2	10	917703	917712	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
103	NC_010997	GCCCC	2	10	940867	940876	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
104	NC_010997	GTCAA	2	10	963897	963906	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_010997	GATAG	2	10	981939	981948	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010997	ACAGA	2	10	989389	989398	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_010997	CGGCC	2	10	1009357	1009366	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
108	NC_010997	CGTAT	2	10	1022363	1022372	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_010997	CCGGC	2	10	1039226	1039235	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
110	NC_010997	AAAGA	2	10	1077212	1077221	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010997	ATCAA	2	10	1080875	1080884	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_010997	CCCCT	2	10	1087534	1087543	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.