MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia massiliae MTU5 chromosome

Total Repeats: 458

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009900	AATTA	2	10	9343	9352	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009900	GGCTC	2	10	12721	12730	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
3	NC_009900	AGCAG	2	10	13141	13150	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_009900	TTAAT	2	10	13297	13306	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009900	TAATA	2	10	14087	14096	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009900	TTTAA	2	10	18541	18550	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009900	TATAA	2	10	24117	24126	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009900	AGTTC	2	10	24214	24223	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_009900	ATATT	2	10	26442	26451	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009900	ATATT	2	10	26477	26486	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009900	ATGTT	2	10	27643	27652	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009900	CTATA	2	10	31177	31186	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_009900	AAGTG	2	10	33734	33743	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009900	TGAGT	2	10	35423	35432	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009900	TTAGT	2	10	37951	37960	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009900	CTTTT	2	10	40047	40056	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_009900	TTATT	2	10	40477	40486	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009900	TTTTA	2	10	40582	40591	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009900	TAAGT	2	10	43723	43732	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009900	GAGAG	2	10	44499	44508	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009900	CAAAC	2	10	44551	44560	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
22	NC_009900	ACGTA	2	10	44721	44730	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_009900	AAAAC	2	10	45881	45890	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_009900	TAACT	2	10	46605	46614	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_009900	AAGAG	2	10	49465	49474	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009900	AGTAC	2	10	49919	49928	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_009900	TTTCT	2	10	51217	51226	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_009900	CATTA	2	10	52281	52290	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_009900	GCAAT	2	10	55755	55764	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_009900	GATAA	2	10	65510	65519	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009900	ATACA	2	10	84576	84585	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_009900	TTGTA	2	10	99148	99157	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009900	AATTA	2	10	100456	100465	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009900	TTTAT	2	10	108283	108292	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009900	TAATA	2	10	109198	109207	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009900	TATTT	2	10	131637	131646	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009900	ATGGT	2	10	150665	150674	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009900	TATTT	2	10	151599	151608	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009900	AAATA	2	10	156650	156659	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009900	AAAGA	2	10	157016	157025	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009900	AATTA	2	10	157055	157064	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009900	AAATC	2	10	183315	183324	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_009900	TTTAA	2	10	183381	183390	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009900	ATTTT	2	10	183420	183429	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009900	GAGAG	2	10	183597	183606	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009900	CGCTC	2	10	192309	192318	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
47	NC_009900	TGGCA	2	10	192413	192422	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_009900	TTTAT	2	10	208267	208276	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009900	TCGCT	2	10	208666	208675	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_009900	TAAAT	2	10	212382	212391	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009900	TAAAA	2	10	212417	212426	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009900	AGACA	2	10	212479	212488	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_009900	GTTTT	2	10	212961	212970	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009900	ATTAT	2	10	214586	214595	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009900	ATTTA	2	10	217070	217079	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009900	AAATT	2	10	218623	218632	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009900	TTTCT	2	10	218638	218647	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_009900	GTCAA	2	10	221120	221129	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_009900	TAATA	2	10	227643	227652	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009900	TATAT	2	10	230659	230668	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009900	ATTAA	2	10	233165	233174	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009900	ATACT	2	10	235274	235283	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_009900	AAACT	2	10	235306	235315	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_009900	AAAGA	2	10	235356	235365	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009900	TCCCA	2	10	235935	235944	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
66	NC_009900	ATTAT	2	10	236591	236600	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009900	TGGAG	2	10	247505	247514	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009900	CAGTT	2	10	252567	252576	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_009900	ATCTT	2	10	252885	252894	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_009900	TAGCT	2	10	253229	253238	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_009900	TCCTA	2	10	253789	253798	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_009900	TATTT	2	10	259600	259609	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009900	GACAA	2	10	259748	259757	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_009900	CTACA	2	10	261599	261608	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_009900	TAAGT	2	10	262078	262087	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009900	TAATA	2	10	268910	268919	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009900	AAGGA	2	10	269257	269266	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009900	TATAA	2	10	269896	269905	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009900	ATTGG	2	10	285571	285580	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009900	TTGTT	2	10	285960	285969	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009900	TATAC	2	10	285985	285994	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_009900	AAAAT	2	10	286353	286362	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009900	TAAAA	2	10	287248	287257	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009900	CGAAG	2	10	291554	291563	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_009900	ATCCC	2	10	292616	292625	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
86	NC_009900	TGCAA	2	10	292701	292710	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_009900	GCTTT	2	10	295430	295439	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_009900	AAAAT	2	10	295924	295933	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009900	TAGTG	2	10	296241	296250	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009900	TAATA	2	10	296287	296296	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009900	AGATA	2	10	297403	297412	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009900	TAATT	2	10	299404	299413	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009900	GATAT	2	10	309954	309963	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009900	ATAAG	2	10	311110	311119	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_009900	AAAGA	2	10	314375	314384	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009900	ATAAA	2	10	315844	315853	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009900	TAAAA	2	10	316038	316047	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009900	TTAAT	2	10	331651	331660	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009900	TTATT	2	10	331678	331687	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009900	TTAAA	2	10	335274	335283	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009900	TTTAT	2	10	344579	344588	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009900	TTTAA	2	10	360706	360715	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009900	ATATT	2	10	364085	364094	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009900	AGGAA	2	10	364170	364179	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009900	TTTAG	2	10	372825	372834	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009900	ATTAA	2	10	375146	375155	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009900	TGATA	2	10	375724	375733	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009900	TTTCA	2	10	375738	375747	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_009900	TTAAT	2	10	379292	379301	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009900	ACAAA	2	10	379349	379358	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_009900	ACTAT	2	10	382085	382094	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_009900	AATTT	2	10	382402	382411	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_009900	ATATA	2	10	382975	382984	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009900	CGTAA	2	10	383094	383103	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_009900	GAAAA	2	10	384111	384120	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009900	GTTTG	2	10	384624	384633	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009900	GCTAA	2	10	385338	385347	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_009900	TGGAA	2	10	386924	386933	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009900	TATTT	2	10	387151	387160	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009900	TATAT	2	10	388631	388640	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009900	TTAAT	2	10	399995	400004	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009900	TTAAT	2	10	410009	410018	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009900	AAGAT	2	10	417628	417637	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_009900	AATCC	2	10	418180	418189	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_009900	TAATT	2	10	423606	423615	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009900	TTATG	2	10	427780	427789	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009900	ATATA	2	10	429073	429082	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009900	ACTTT	2	10	429209	429218	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_009900	CAGTT	2	10	429832	429841	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_009900	ATCTT	2	10	430150	430159	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_009900	TAGCT	2	10	430494	430503	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_009900	TAAAT	2	10	433617	433626	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_009900	ATTAA	2	10	433672	433681	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_009900	AATAA	2	10	437012	437021	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_009900	CGCTC	2	10	444705	444714	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
136	NC_009900	TAATT	2	10	447399	447408	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_009900	AAGCT	2	10	447455	447464	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_009900	GATTT	2	10	448073	448082	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_009900	TAAAA	2	10	448611	448620	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_009900	CGCTC	2	10	453567	453576	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
141	NC_009900	TGATA	2	10	463326	463335	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_009900	AAATT	2	10	472564	472573	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_009900	GAATA	2	10	478471	478480	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_009900	ATATA	2	10	479634	479643	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_009900	TGCAA	2	10	479716	479725	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_009900	TTTAT	2	10	483023	483032	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_009900	CATAA	2	10	483528	483537	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_009900	TTAAT	2	10	492500	492509	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_009900	ATAAA	2	10	493375	493384	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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151	NC_009900	TTTTA	2	10	494586	494595	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_009900	TTAAT	2	10	503299	503308	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_009900	CTTTT	2	10	509238	509247	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
154	NC_009900	TCTTT	2	10	512038	512047	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
155	NC_009900	TCGCT	2	10	513312	513321	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
156	NC_009900	TCGCT	2	10	515066	515075	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
157	NC_009900	TAAAA	2	10	515090	515099	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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165	NC_009900	ATTTT	2	10	550037	550046	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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173	NC_009900	TCTGC	2	10	580121	580130	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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183	NC_009900	TATAT	2	10	632252	632261	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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186	NC_009900	AGACA	2	10	634999	635008	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
187	NC_009900	AAAAT	2	10	636519	636528	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_009900	ATTAA	2	10	636853	636862	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_009900	TATAA	2	10	652207	652216	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_009900	TAATT	2	10	653000	653009	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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196	NC_009900	TTTAA	2	10	665604	665613	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
197	NC_009900	ATATT	2	10	669417	669426	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.