MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia canadensis str. McKiel

Total Repeats: 343

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009879	AGATA	2	10	10371	10380	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009879	AATAT	2	10	29803	29812	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009879	TAATT	2	10	30062	30071	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009879	ATTTA	2	10	31130	31139	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009879	TAAGT	2	10	32865	32874	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009879	TTTAA	2	10	36619	36628	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009879	ACTTA	2	10	44779	44788	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_009879	TTTGT	2	10	49522	49531	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009879	CTATA	2	10	51977	51986	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_009879	GATAA	2	10	52076	52085	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009879	CCATA	2	10	56489	56498	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_009879	GGTAA	2	10	57574	57583	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009879	TTTCT	2	10	57694	57703	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_009879	AATAC	2	10	63320	63329	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_009879	ATTTT	2	10	65459	65468	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009879	CAAAT	2	10	65480	65489	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_009879	TATTT	2	10	68753	68762	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009879	ACAAT	2	10	68846	68855	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_009879	TATTT	2	10	73462	73471	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009879	TTGTA	2	10	78453	78462	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009879	AGATA	2	10	79696	79705	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009879	AATTA	2	10	79815	79824	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009879	ATAAA	2	10	83872	83881	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009879	TTTAT	2	10	87244	87253	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009879	ATAAA	2	10	95924	95933	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009879	ATGTT	2	10	107017	107026	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009879	TATAA	2	10	111541	111550	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009879	AATTT	2	10	129943	129952	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009879	TATAA	2	10	130013	130022	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009879	AAAGA	2	10	130508	130517	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009879	TACTT	2	10	131842	131851	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_009879	AAATA	2	10	132225	132234	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009879	CAATA	2	10	134656	134665	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_009879	TATTT	2	10	158116	158125	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009879	AAAAT	2	10	169804	169813	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009879	TAAAT	2	10	184555	184564	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009879	TAAAA	2	10	184666	184675	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009879	AACTA	2	10	184701	184710	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_009879	ATTTA	2	10	188295	188304	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009879	ATTTT	2	10	193943	193952	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009879	AATAA	2	10	196315	196324	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009879	TTTTA	2	10	197306	197315	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009879	ATTTC	2	10	201049	201058	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_009879	TTGAA	2	10	201607	201616	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009879	TAAAT	2	10	205188	205197	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009879	CAAGG	2	10	207539	207548	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_009879	ATATT	2	10	209525	209534	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009879	TTTAA	2	10	217828	217837	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009879	ATTTT	2	10	218271	218280	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009879	TTATT	2	10	219117	219126	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009879	AAAAT	2	10	221853	221862	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009879	TAAAT	2	10	223484	223493	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009879	TAAAA	2	10	224660	224669	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009879	TTTTA	2	10	231251	231260	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009879	AATGA	2	10	231354	231363	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009879	AAAAT	2	10	241900	241909	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009879	AAAAT	2	10	242889	242898	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009879	GCTTG	2	10	244602	244611	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_009879	TAATA	2	10	245672	245681	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009879	ATTTT	2	10	254281	254290	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009879	CTTTA	2	10	256043	256052	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_009879	TTATT	2	10	257041	257050	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009879	TATAA	2	10	258411	258420	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009879	TTTAA	2	10	258512	258521	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009879	AAAAT	2	10	258628	258637	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009879	TTATA	2	10	259587	259596	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009879	TTAAT	2	10	261617	261626	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009879	TAGAA	2	10	261682	261691	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009879	TAGCA	2	10	270154	270163	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_009879	CGAAG	2	10	271232	271241	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_009879	ATCCC	2	10	272282	272291	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
72	NC_009879	TGCAA	2	10	272367	272376	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_009879	ATGAT	2	10	276025	276034	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009879	TTTAT	2	10	276440	276449	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009879	ATTTA	2	10	278355	278364	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009879	AAAAT	2	10	280485	280494	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009879	CAAAG	2	10	291472	291481	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_009879	TAAAA	2	10	293754	293763	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009879	AGCAA	2	10	307977	307986	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_009879	ACATT	2	10	307988	307997	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_009879	AGGTG	2	10	315981	315990	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009879	AAGAT	2	10	323568	323577	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009879	TTAGC	2	10	326449	326458	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_009879	AAAAT	2	10	327017	327026	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009879	TAAAA	2	10	327154	327163	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009879	AGAAA	2	10	327195	327204	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009879	AATTA	2	10	329675	329684	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009879	ATAAA	2	10	338526	338535	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009879	AAATA	2	10	343758	343767	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009879	TGTCA	2	10	355374	355383	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_009879	AGTAT	2	10	356162	356171	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009879	AAAAG	2	10	356175	356184	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009879	AATAT	2	10	358903	358912	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009879	TAAGC	2	10	360352	360361	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_009879	AAAAT	2	10	360938	360947	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009879	AGTCA	2	10	366735	366744	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_009879	TATAT	2	10	367476	367485	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009879	TTACT	2	10	368669	368678	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_009879	TTATC	2	10	368848	368857	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_009879	ATTTA	2	10	376896	376905	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009879	TAGAA	2	10	383623	383632	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009879	TCGTG	2	10	386977	386986	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_009879	TATTT	2	10	387775	387784	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009879	TTTAC	2	10	388012	388021	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_009879	TCACG	2	10	394277	394286	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_009879	ATGAA	2	10	395190	395199	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009879	TAAAT	2	10	395512	395521	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009879	GCACT	2	10	397327	397336	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
109	NC_009879	ACATA	2	10	399077	399086	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_009879	TTATT	2	10	405461	405470	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009879	TTTAT	2	10	416184	416193	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009879	AATAA	2	10	428089	428098	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_009879	TGTAT	2	10	429609	429618	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009879	ATTAT	2	10	430146	430155	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009879	CTAAC	2	10	430399	430408	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
116	NC_009879	ATAAA	2	10	443560	443569	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009879	AAATA	2	10	444147	444156	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_009879	GATCA	2	10	444491	444500	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_009879	GAAGA	2	10	445547	445556	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009879	TCAAA	2	10	446903	446912	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_009879	ACATT	2	10	451311	451320	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_009879	TAAAA	2	10	451906	451915	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009879	ATTAT	2	10	452252	452261	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_009879	ATCAT	2	10	452418	452427	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_009879	AAAAT	2	10	454007	454016	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009879	ATTAT	2	10	456107	456116	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009879	AGTTA	2	10	456279	456288	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009879	ATAGG	2	10	460311	460320	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009879	AATTT	2	10	463367	463376	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_009879	TGCTC	2	10	464842	464851	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
131	NC_009879	TCATT	2	10	471375	471384	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_009879	AATTT	2	10	472464	472473	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_009879	AGCAT	2	10	475268	475277	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_009879	ATATA	2	10	475356	475365	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_009879	GTAAT	2	10	475502	475511	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_009879	TAACT	2	10	477006	477015	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_009879	TTCTT	2	10	479899	479908	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_009879	ATAAA	2	10	481203	481212	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_009879	TAATT	2	10	481823	481832	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_009879	CGCTC	2	10	491473	491482	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
141	NC_009879	ATAAA	2	10	503100	503109	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_009879	ATTTT	2	10	506403	506412	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_009879	AAATT	2	10	512200	512209	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_009879	TCAAT	2	10	516554	516563	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_009879	ATTAA	2	10	523393	523402	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_009879	TAAAA	2	10	529437	529446	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_009879	ACCGT	2	10	530562	530571	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
148	NC_009879	CTAAA	2	10	531181	531190	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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337	NC_009879	TAATA	2	10	1137282	1137291	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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339	NC_009879	TAAAT	2	10	1141624	1141633	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
340	NC_009879	TTTAT	2	10	1143930	1143939	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.