MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 chromosome

Total Repeats: 186

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008380	AACCGA	2	12	352	363	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_008380	TCCGGG	2	12	68518	68529	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_008380	CGTTCC	2	12	156119	156130	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
4	NC_008380	GCGCCG	2	12	254847	254858	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5	NC_008380	TGCATG	2	12	258273	258284	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_008380	TTTAGA	2	12	298854	298865	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008380	GCAACG	2	12	317487	317498	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008380	GCAAGC	2	12	325987	325998	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_008380	CGTCAG	2	12	333808	333819	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_008380	GTCTTG	2	12	337739	337750	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_008380	ACCGCG	2	12	345163	345174	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
12	NC_008380	CCATAA	2	12	376038	376049	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_008380	CGATCG	2	12	391777	391788	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_008380	GAATTC	2	12	393591	393602	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_008380	CCGAGC	2	12	454456	454467	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
16	NC_008380	CCGGAT	2	12	458620	458631	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_008380	AGGCCG	2	12	512500	512511	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_008380	GAGGCG	2	12	535670	535681	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_008380	CTGAAG	2	12	579836	579847	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_008380	GGAGAA	2	12	644947	644958	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008380	ACCTTG	2	12	676526	676537	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_008380	GAAATG	2	12	716566	716577	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008380	AAATCG	2	12	719618	719629	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_008380	CCGATT	2	12	729606	729617	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_008380	GCAGCC	2	12	814426	814437	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
26	NC_008380	GCCCGG	2	12	839352	839363	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
27	NC_008380	GGAGCC	2	12	839388	839399	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_008380	GTTTTT	2	12	843235	843246	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008380	TGCCAA	2	12	900868	900879	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_008380	TTCGTC	2	12	902517	902528	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_008380	GGTTTT	2	12	902531	902542	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008380	AGCGGA	2	12	917430	917441	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_008380	AATGAA	2	12	930429	930440	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008380	AACGGC	2	12	950481	950492	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_008380	TTCCTG	2	12	950815	950826	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_008380	AACGAC	2	12	998381	998392	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_008380	TTTGCA	2	12	998719	998730	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_008380	TTTGCC	2	12	1013821	1013832	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_008380	CCCTGC	2	12	1019118	1019129	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_008380	GAAGGA	2	12	1038747	1038758	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008380	CGATCC	2	12	1053990	1054001	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
42	NC_008380	TGCGAT	2	12	1074041	1074052	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_008380	TGGAGG	2	12	1080947	1080958	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008380	TGGCGG	2	12	1080992	1081003	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_008380	TAGGGT	2	12	1144449	1144460	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008380	CGAGAT	2	12	1157441	1157452	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_008380	ATCGCC	2	12	1161758	1161769	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
48	NC_008380	GAAATC	2	12	1198717	1198728	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_008380	GCCGAA	2	12	1212400	1212411	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_008380	CTGCAA	2	12	1218732	1218743	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_008380	CGCCTC	2	12	1254131	1254142	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_008380	TGATGC	2	12	1267918	1267929	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_008380	TCGGCT	2	12	1275795	1275806	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_008380	GAACAG	2	12	1295438	1295449	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_008380	GTTTTT	2	12	1318627	1318638	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008380	GGCGAA	2	12	1353372	1353383	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_008380	GGCCGA	2	12	1353399	1353410	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_008380	CCGATT	2	12	1365272	1365283	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_008380	AAGGAG	2	12	1367491	1367502	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008380	AAGCGC	2	12	1390907	1390918	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_008380	GGTTCC	2	12	1430067	1430078	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_008380	ACCCTG	2	12	1450205	1450216	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
63	NC_008380	TTGACG	2	12	1522749	1522760	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_008380	GAAATC	2	12	1553030	1553041	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_008380	TCGCAG	2	12	1555953	1555964	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_008380	TTTTAT	2	12	1575063	1575074	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008380	TAACTT	2	12	1649378	1649389	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_008380	GCGGCC	2	12	1653906	1653917	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
69	NC_008380	GTTGCG	2	12	1657907	1657918	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_008380	AGCTTT	2	12	1734787	1734798	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_008380	CAGGCG	2	12	1813988	1813999	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_008380	CGATAT	2	12	1832000	1832011	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_008380	CGCGGC	2	12	1837089	1837100	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
74	NC_008380	CGCGAC	2	12	1853523	1853534	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
75	NC_008380	ATCGCG	2	12	1853680	1853691	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_008380	TGTCCG	2	12	1854358	1854369	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_008380	TTTTCA	2	12	1857377	1857388	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_008380	GTTACA	2	12	2024091	2024102	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_008380	TGTCCC	2	12	2041937	2041948	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
80	NC_008380	AAGAGA	2	12	2045232	2045243	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008380	CCGCGG	2	12	2072273	2072284	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
82	NC_008380	AACCGG	2	12	2113516	2113527	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_008380	GCTTCG	2	12	2128773	2128784	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_008380	GCCCGC	2	12	2138810	2138821	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_008380	AATCGG	2	12	2161527	2161538	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_008380	AGGCAT	2	12	2177218	2177229	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_008380	CGGCGA	2	12	2229538	2229549	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_008380	GCCGGG	2	12	2229626	2229637	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_008380	GGCTCC	2	12	2258306	2258317	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
90	NC_008380	CAAGAC	2	12	2258588	2258599	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_008380	AATACG	2	12	2299402	2299413	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_008380	TCAAGG	2	12	2309904	2309915	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_008380	CATTTT	2	12	2317949	2317960	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_008380	TGGCGG	2	12	2385705	2385716	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_008380	CGCTGC	2	12	2386053	2386064	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
96	NC_008380	GGAACG	2	12	2386696	2386707	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_008380	GGAGAG	2	12	2428525	2428536	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008380	TTGATT	2	12	2443413	2443424	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008380	CCGCAC	2	12	2471228	2471239	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_008380	CTCTGC	2	12	2471747	2471758	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
101	NC_008380	CCATGC	2	12	2472067	2472078	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
102	NC_008380	GGCGAG	2	12	2489190	2489201	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_008380	CTTCGC	2	12	2532552	2532563	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
104	NC_008380	TCAGTC	2	12	2563002	2563013	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_008380	GCCAAC	2	12	2595139	2595150	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
106	NC_008380	ATCCGC	2	12	2599889	2599900	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
107	NC_008380	ACAGTG	2	12	2601805	2601816	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_008380	GACAGC	2	12	2602357	2602368	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_008380	CGATGT	2	12	2619375	2619386	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_008380	GGCGAT	2	12	2624933	2624944	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_008380	CGTCGC	2	12	2633876	2633887	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
112	NC_008380	CTTAAC	2	12	2673673	2673684	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_008380	GTTCAG	2	12	2684542	2684553	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_008380	CACGAA	2	12	2784452	2784463	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_008380	CAAAAA	2	12	2856569	2856580	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_008380	GCTCAA	2	12	2858589	2858600	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_008380	CCGCTC	2	12	2863515	2863526	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_008380	AATTTG	2	12	2957868	2957879	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008380	TCGCAA	2	12	2957925	2957936	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_008380	CATGGA	2	12	3042041	3042052	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_008380	CGACCC	2	12	3046449	3046460	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
122	NC_008380	AAATCG	2	12	3139616	3139627	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_008380	CCATCG	2	12	3152190	3152201	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
124	NC_008380	GAGATG	2	12	3152906	3152917	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008380	ATTTTA	2	12	3154384	3154395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008380	TGCATT	2	12	3155139	3155150	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_008380	TGAGTG	2	12	3157231	3157242	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008380	AACCCC	2	12	3167006	3167017	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_008380	GTCGCG	2	12	3239265	3239276	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_008380	TTCTCG	2	12	3258632	3258643	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_008380	TCCATC	2	12	3307149	3307160	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_008380	AACTGA	2	12	3334783	3334794	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_008380	TCTCCC	2	12	3526100	3526111	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
134	NC_008380	TGATGG	2	12	3540823	3540834	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
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136	NC_008380	GATTGC	2	12	3638420	3638431	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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138	NC_008380	ATGCAG	2	12	3781711	3781722	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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140	NC_008380	GATTCC	2	12	3817148	3817159	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.