MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhodococcus jostii RHA1 chromosome

Total Repeats: 228

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008268	CGATGC	2	12	9216	9227	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_008268	AGAGGT	2	12	9376	9387	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008268	CACCGC	7	42	9934	9975	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_008268	GGTGCG	2	12	12963	12974	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_008268	GCTCAC	2	12	14510	14521	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
6	NC_008268	GCCCCG	2	12	14643	14654	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_008268	TCACGG	2	12	17136	17147	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008268	ACGCCG	2	12	17904	17915	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
9	NC_008268	CCTCAC	2	12	21060	21071	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_008268	ACGACA	2	12	21557	21568	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_008268	GGCCGA	2	12	97270	97281	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_008268	GTCCCG	2	12	108406	108417	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
13	NC_008268	GCCGGC	2	12	113500	113511	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
14	NC_008268	AGTCGC	2	12	127771	127782	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_008268	CCGACG	2	12	128012	128023	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
16	NC_008268	GGGACC	2	12	212120	212131	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_008268	ACGGTG	2	12	215375	215386	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_008268	ACACCG	2	12	239363	239374	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
19	NC_008268	GTGAGT	2	12	335209	335220	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008268	GCATCG	2	12	340257	340268	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_008268	TCGGCA	2	12	340272	340283	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_008268	CTTTCC	2	12	391329	391340	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_008268	GAGATC	2	12	411128	411139	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_008268	CCGACC	2	12	540570	540581	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_008268	ACCGTG	2	12	579478	579489	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_008268	AACGGG	2	12	584852	584863	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_008268	CTGTTC	2	12	608615	608626	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_008268	CGACGG	2	12	626319	626330	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_008268	CGCACA	2	12	629064	629075	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
30	NC_008268	TAGACA	2	12	633224	633235	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_008268	CAGCCG	2	12	655732	655743	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
32	NC_008268	CCGGAA	2	12	660805	660816	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_008268	GGGCGT	2	12	676284	676295	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_008268	GCCGCG	2	12	678647	678658	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
35	NC_008268	ACCGTG	2	12	680071	680082	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_008268	GACGGG	2	12	687470	687481	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_008268	AGGGCC	2	12	688820	688831	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_008268	CGCATC	2	12	699587	699598	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
39	NC_008268	ACCTCG	2	12	705342	705353	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
40	NC_008268	TCTCAT	2	12	727088	727099	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_008268	ATCAGT	2	12	741091	741102	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_008268	GCGCCC	2	12	759245	759256	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
43	NC_008268	TCCGGT	2	12	759438	759449	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_008268	CGATCT	2	12	766876	766887	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_008268	ACGGCC	2	12	834430	834441	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
46	NC_008268	CCCGAG	2	12	838299	838310	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
47	NC_008268	CGACGG	2	12	852880	852891	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_008268	ACGGCG	3	18	868737	868754	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_008268	CGGGTG	2	12	933668	933679	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_008268	CACAGC	2	12	964406	964417	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
51	NC_008268	TGCCGG	2	12	998507	998518	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_008268	TGCACT	2	12	998579	998590	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_008268	CATCCA	2	12	999524	999535	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_008268	TCGTCC	2	12	1055540	1055551	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
55	NC_008268	CTCAAC	2	12	1153847	1153858	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_008268	GGACGA	2	12	1311244	1311255	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_008268	GACGAG	2	12	1343270	1343281	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_008268	TCGCGG	2	12	1349892	1349903	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_008268	GTGCAG	2	12	1414076	1414087	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_008268	GATGGT	2	12	1419337	1419348	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008268	CGTCGC	2	12	1422760	1422771	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
62	NC_008268	CGCGGG	2	12	1472357	1472368	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_008268	GCCGTC	2	12	1481815	1481826	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
64	NC_008268	TGCCGG	2	12	1545233	1545244	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_008268	TGCACT	2	12	1545305	1545316	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_008268	CATCCA	2	12	1546250	1546261	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_008268	GAACCG	2	12	1564910	1564921	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_008268	CTTCGC	2	12	1609298	1609309	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
69	NC_008268	TCGCGC	2	12	1651387	1651398	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
70	NC_008268	CGCGCT	2	12	1889742	1889753	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
71	NC_008268	CACCCG	2	12	1891688	1891699	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_008268	TGAGGA	2	12	1911818	1911829	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008268	CACGAA	2	12	1911843	1911854	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_008268	ATGTTG	2	12	1911880	1911891	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008268	GCGAAG	2	12	1934913	1934924	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_008268	CGGCGA	2	12	2073338	2073349	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_008268	CGAAAC	2	12	2134343	2134354	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_008268	GTGCGC	2	12	2139296	2139307	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_008268	GACCGC	2	12	2145501	2145512	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
80	NC_008268	ACCGCG	2	12	2190298	2190309	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
81	NC_008268	GCACCC	2	12	2358835	2358846	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_008268	GCACCC	2	12	2366049	2366060	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_008268	TTCGGC	2	12	2381517	2381528	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_008268	CAGCGA	2	12	2400276	2400287	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_008268	AGCCCG	2	12	2444233	2444244	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
86	NC_008268	GCCGAG	2	12	2476541	2476552	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_008268	AAGTCG	2	12	2490363	2490374	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_008268	GATCTG	2	12	2523563	2523574	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_008268	CGAGGA	2	12	2576132	2576143	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_008268	GCGGGT	2	12	2704860	2704871	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_008268	CTTTCG	2	12	2731419	2731430	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_008268	CCGCTG	2	12	2803116	2803127	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
93	NC_008268	TCCGGC	2	12	2819462	2819473	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
94	NC_008268	ACCGAT	2	12	2832880	2832891	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_008268	GAAGGC	2	12	2847352	2847363	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_008268	TCAAGT	2	12	2852876	2852887	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_008268	ATCACC	2	12	2907031	2907042	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_008268	CTCCGC	2	12	2911980	2911991	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_008268	CCATCA	2	12	2916845	2916856	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_008268	CGATCG	2	12	2917032	2917043	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_008268	CTCGCA	2	12	3030263	3030274	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
102	NC_008268	AGATCG	2	12	3056300	3056311	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_008268	CGAACC	2	12	3057215	3057226	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
104	NC_008268	CCGGTG	2	12	3148367	3148378	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_008268	ACCGAT	3	18	3161560	3161577	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_008268	AGCCCG	2	12	3192726	3192737	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
107	NC_008268	TAGCTA	2	12	3253352	3253363	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_008268	GGCGCG	2	12	3315253	3315264	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_008268	TTCCAT	2	12	3346591	3346602	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_008268	TCGATG	2	12	3396847	3396858	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_008268	CGGTGA	2	12	3444708	3444719	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_008268	CGGATG	2	12	3453860	3453871	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_008268	CTCGAG	2	12	3455725	3455736	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_008268	ACCTCC	2	12	3471005	3471016	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_008268	CTCGAG	2	12	3474634	3474645	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_008268	ACGTCG	2	12	3479103	3479114	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_008268	CGACAA	2	12	3518180	3518191	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_008268	GTCGAT	2	12	3535297	3535308	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_008268	GTCCAC	2	12	3535319	3535330	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
120	NC_008268	ATCGGC	2	12	3547655	3547666	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_008268	TCCACG	2	12	3557739	3557750	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
122	NC_008268	TCGGCG	2	12	3557799	3557810	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_008268	GCCGAA	2	12	3568958	3568969	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_008268	CCCGCG	2	12	3600986	3600997	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
125	NC_008268	GTGTAG	2	12	3614630	3614641	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008268	TCGAGG	2	12	3651245	3651256	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_008268	GACGGC	2	12	3698998	3699009	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_008268	CGGGTG	2	12	3735764	3735775	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_008268	CCGATC	5	30	3768099	3768128	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
130	NC_008268	GATCGG	2	12	3775611	3775622	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_008268	CGGCGC	2	12	3794466	3794477	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
132	NC_008268	ACCCGG	2	12	3847407	3847418	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
133	NC_008268	ACGCCG	2	12	3874230	3874241	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
134	NC_008268	CGACGC	2	12	3929911	3929922	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
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136	NC_008268	CTCCAC	2	12	4113650	4113661	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
137	NC_008268	CGCCGA	2	12	4136969	4136980	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
138	NC_008268	CGACGC	2	12	4137375	4137386	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
139	NC_008268	TGGATG	2	12	4141919	4141930	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008268	AGTGCA	2	12	4142864	4142875	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_008268	CCGGCA	2	12	4142936	4142947	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
142	NC_008268	CACCCG	2	12	4196190	4196201	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
143	NC_008268	GCCGCG	2	12	4262008	4262019	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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150	NC_008268	ACGGTC	2	12	4420518	4420529	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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153	NC_008268	TCGCCG	2	12	4511038	4511049	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
154	NC_008268	TGGATG	2	12	4593759	4593770	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
155	NC_008268	AGTGCA	2	12	4594704	4594715	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
156	NC_008268	CCGGCA	2	12	4594776	4594787	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
157	NC_008268	GTGCCT	2	12	4626465	4626476	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_008268	GCATCG	2	12	4661052	4661063	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_008268	GTCGGA	2	12	4673740	4673751	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
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165	NC_008268	TCCCTG	2	12	5147811	5147822	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.