MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Ruegeria sp. TM1040 mega plasmid

Total Repeats: 1978

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_008043	TTCC	2	8	430499	430506	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1002	NC_008043	ACA	2	6	430580	430585	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1003	NC_008043	AAC	2	6	430635	430640	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1004	NC_008043	GTT	2	6	430652	430657	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1005	NC_008043	CTCG	2	8	430763	430770	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
1006	NC_008043	TTGCT	2	10	431851	431860	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
1007	NC_008043	CAG	2	6	433249	433254	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1008	NC_008043	T	7	7	433264	433270	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1009	NC_008043	G	8	8	433271	433278	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1010	NC_008043	ATGAA	2	10	433311	433320	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
1011	NC_008043	ACGCA	2	10	433344	433353	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
1012	NC_008043	TTG	2	6	433383	433388	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1013	NC_008043	CAA	2	6	433414	433419	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1014	NC_008043	TC	3	6	433443	433448	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1015	NC_008043	AAG	2	6	433484	433489	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1016	NC_008043	CTTT	2	8	433527	433534	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
1017	NC_008043	TGTCC	2	10	439399	439408	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
1018	NC_008043	GCG	2	6	439435	439440	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1019	NC_008043	GCC	2	6	440597	440602	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1020	NC_008043	TGTT	2	8	440934	440941	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
1021	NC_008043	AGC	2	6	440952	440957	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1022	NC_008043	CGG	2	6	440963	440968	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1023	NC_008043	CCT	2	6	445277	445282	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1024	NC_008043	A	6	6	445298	445303	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1025	NC_008043	GTTA	2	8	445324	445331	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
1026	NC_008043	CTTGG	2	10	445401	445410	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
1027	NC_008043	GGC	2	6	445430	445435	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1028	NC_008043	CCT	2	6	445466	445471	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1029	NC_008043	TTCT	2	8	447993	448000	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
1030	NC_008043	ATC	2	6	450580	450585	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1031	NC_008043	TGAA	2	8	450632	450639	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
1032	NC_008043	TCG	2	6	450730	450735	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1033	NC_008043	ATAAA	2	10	453464	453473	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
1034	NC_008043	ACA	2	6	453586	453591	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1035	NC_008043	AAC	2	6	454238	454243	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1036	NC_008043	G	6	6	456568	456573	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1037	NC_008043	AAC	2	6	456596	456601	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1038	NC_008043	GC	3	6	461770	461775	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1039	NC_008043	TCC	2	6	463366	463371	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1040	NC_008043	GGT	2	6	463378	463383	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1041	NC_008043	ACC	2	6	463386	463391	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1042	NC_008043	ATTC	2	8	463395	463402	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
1043	NC_008043	GCA	2	6	463426	463431	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1044	NC_008043	TGC	2	6	463461	463466	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1045	NC_008043	TAG	2	6	465320	465325	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1046	NC_008043	GCA	2	6	465362	465367	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1047	NC_008043	GC	3	6	465384	465389	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1048	NC_008043	TCT	2	6	466905	466910	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1049	NC_008043	A	6	6	466914	466919	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1050	NC_008043	TCC	2	6	468232	468237	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1051	NC_008043	CG	3	6	468238	468243	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1052	NC_008043	GC	3	6	468927	468932	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1053	NC_008043	CACGC	2	10	468945	468954	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
1054	NC_008043	GAA	2	6	469484	469489	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1055	NC_008043	AGAA	2	8	469625	469632	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
1056	NC_008043	TCT	3	9	469644	469652	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1057	NC_008043	GC	4	8	469708	469715	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1058	NC_008043	CTC	2	6	473318	473323	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1059	NC_008043	GCG	2	6	473355	473360	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1060	NC_008043	CGC	2	6	473380	473385	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1061	NC_008043	GATT	2	8	473415	473422	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
1062	NC_008043	CT	3	6	473447	473452	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1063	NC_008043	CCG	2	6	473456	473461	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1064	NC_008043	GC	4	8	473474	473481	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1065	NC_008043	CGCA	2	8	473499	473506	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
1066	NC_008043	AGA	2	6	474836	474841	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1067	NC_008043	GCCCC	2	10	474857	474866	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
1068	NC_008043	CTG	2	6	474893	474898	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1069	NC_008043	GAA	2	6	474919	474924	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1070	NC_008043	GCC	2	6	474931	474936	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1071	NC_008043	CGCGG	2	10	475007	475016	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
1072	NC_008043	AGA	2	6	475025	475030	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1073	NC_008043	CAC	2	6	475050	475055	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1074	NC_008043	TGCG	2	8	475077	475084	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
1075	NC_008043	AGG	2	6	475085	475090	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1076	NC_008043	GCG	2	6	475820	475825	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1077	NC_008043	GCG	2	6	476622	476627	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1078	NC_008043	GTGGCC	2	12	477022	477033	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
1079	NC_008043	CG	3	6	477052	477057	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1080	NC_008043	CGGAT	2	10	477067	477076	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
1081	NC_008043	CGATC	2	10	477084	477093	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
1082	NC_008043	CCA	2	6	479335	479340	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1083	NC_008043	GCC	3	9	479355	479363	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1084	NC_008043	GGC	2	6	479412	479417	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1085	NC_008043	TC	3	6	479896	479901	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1086	NC_008043	CG	3	6	480624	480629	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1087	NC_008043	G	8	8	480653	480660	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1088	NC_008043	CTT	2	6	481832	481837	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1089	NC_008043	AAT	2	6	481857	481862	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1090	NC_008043	GC	3	6	481876	481881	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1091	NC_008043	ACCGC	2	10	481928	481937	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
1092	NC_008043	CCG	2	6	481982	481987	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1093	NC_008043	AG	3	6	483121	483126	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1094	NC_008043	TCGG	2	8	483145	483152	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
1095	NC_008043	GTGA	2	8	483156	483163	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
1096	NC_008043	TCC	2	6	483224	483229	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1097	NC_008043	AGA	2	6	483235	483240	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1098	NC_008043	CG	4	8	484925	484932	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1099	NC_008043	CCGC	2	8	484963	484970	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
1100	NC_008043	GC	3	6	484969	484974	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1101	NC_008043	CCG	2	6	485414	485419	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1102	NC_008043	ATC	2	6	485533	485538	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1103	NC_008043	TGG	2	6	487532	487537	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1104	NC_008043	TCC	2	6	492462	492467	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1105	NC_008043	TCC	3	9	494461	494469	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1106	NC_008043	ATGTT	2	10	494483	494492	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
1107	NC_008043	GGC	2	6	494565	494570	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1108	NC_008043	CGG	2	6	496331	496336	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1109	NC_008043	GTTG	2	8	498831	498838	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1110	NC_008043	G	6	6	498838	498843	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1111	NC_008043	GAT	2	6	498871	498876	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1112	NC_008043	GT	3	6	498882	498887	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1113	NC_008043	CGTG	2	8	500908	500915	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
1114	NC_008043	GGGC	2	8	500927	500934	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
1115	NC_008043	GGGC	2	8	501398	501405	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
1116	NC_008043	G	7	7	501435	501441	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1117	NC_008043	AGC	2	6	502389	502394	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1118	NC_008043	T	6	6	502401	502406	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1119	NC_008043	CG	4	8	502425	502432	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1120	NC_008043	TCC	2	6	503733	503738	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1121	NC_008043	GTTT	2	8	505237	505244	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
1122	NC_008043	TTC	2	6	505269	505274	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1123	NC_008043	TGG	2	6	505357	505362	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1124	NC_008043	GGGTG	2	10	505395	505404	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
1125	NC_008043	TGGTGT	2	12	505466	505477	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1126	NC_008043	T	7	7	505477	505483	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1127	NC_008043	CGG	2	6	505526	505531	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1128	NC_008043	GCG	2	6	505551	505556	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1129	NC_008043	GCT	2	6	505562	505567	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1130	NC_008043	GA	3	6	505599	505604	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1131	NC_008043	TTG	2	6	505693	505698	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1132	NC_008043	GAT	2	6	505781	505786	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1133	NC_008043	ACAG	2	8	505842	505849	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
1134	NC_008043	AAT	2	6	505852	505857	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1135	NC_008043	GGATT	2	10	505913	505922	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
1136	NC_008043	AGC	2	6	505968	505973	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1137	NC_008043	GCT	2	6	505978	505983	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1138	NC_008043	GAAC	2	8	506012	506019	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
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1249	NC_008043	ACA	2	6	511689	511694	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1250	NC_008043	AAC	2	6	511742	511747	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1251	NC_008043	GAA	2	6	512155	512160	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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1253	NC_008043	GCGCG	2	10	512339	512348	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
1254	NC_008043	GCG	2	6	512357	512362	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1255	NC_008043	AGC	2	6	512367	512372	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1259	NC_008043	CCCG	2	8	515701	515708	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
1260	NC_008043	AT	3	6	515742	515747	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1261	NC_008043	CGG	2	6	515775	515780	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1262	NC_008043	GA	3	6	515801	515806	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1263	NC_008043	C	6	6	515828	515833	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
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1265	NC_008043	TTG	2	6	515896	515901	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1266	NC_008043	GTC	2	6	526421	526426	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1267	NC_008043	G	10	10	526466	526475	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1268	NC_008043	CG	3	6	526479	526484	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1269	NC_008043	CTGA	2	8	526498	526505	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
1270	NC_008043	CG	3	6	526522	526527	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1271	NC_008043	CG	3	6	526545	526550	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1272	NC_008043	GC	3	6	531243	531248	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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1404	NC_008043	CCAG	2	8	584359	584366	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
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1410	NC_008043	GAT	2	6	584562	584567	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1411	NC_008043	TCC	2	6	584585	584590	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1412	NC_008043	CAC	2	6	584781	584786	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1413	NC_008043	TC	3	6	584849	584854	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1414	NC_008043	GTC	2	6	584951	584956	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1416	NC_008043	ATCT	2	8	585169	585176	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
1417	NC_008043	CG	3	6	585277	585282	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1418	NC_008043	GCCC	2	8	585288	585295	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
1419	NC_008043	TGA	2	6	585309	585314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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1421	NC_008043	CAG	2	6	585610	585615	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1423	NC_008043	GC	3	6	585718	585723	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1424	NC_008043	TGCT	2	8	585742	585749	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
1425	NC_008043	TCCA	2	8	585797	585804	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
1426	NC_008043	GCC	2	6	585832	585837	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1427	NC_008043	TTTC	2	8	585888	585895	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
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1429	NC_008043	AGA	2	6	586067	586072	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1430	NC_008043	CTT	2	6	586150	586155	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1431	NC_008043	TGCAGG	2	12	586194	586205	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
1432	NC_008043	GCG	2	6	586215	586220	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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1434	NC_008043	GTGA	2	8	586265	586272	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
1435	NC_008043	TGG	2	6	587033	587038	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1436	NC_008043	TGG	2	6	587101	587106	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1437	NC_008043	CAC	2	6	587129	587134	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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1439	NC_008043	CTG	2	6	589193	589198	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1441	NC_008043	TGG	2	6	589234	589239	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1442	NC_008043	GCA	2	6	589255	589260	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1443	NC_008043	ATC	2	6	593359	593364	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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1446	NC_008043	GTG	2	6	596511	596516	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1447	NC_008043	CCA	2	6	596539	596544	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1448	NC_008043	ACC	2	6	596606	596611	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1449	NC_008043	TCAC	2	8	597373	597380	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
1450	NC_008043	GTGTA	2	10	597391	597400	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
1451	NC_008043	CGC	2	6	597425	597430	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1452	NC_008043	ACCTGC	2	12	597439	597450	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
1453	NC_008043	GAA	2	6	597489	597494	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1454	NC_008043	ACC	2	6	598876	598881	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1455	NC_008043	CTG	2	6	600799	600804	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1466	NC_008043	CTGA	2	8	605730	605737	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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1472	NC_008043	CAG	2	6	607993	607998	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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