MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhodopseudomonas palustris HaA2 chromosome

Total Repeats: 243

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007778	GCCACC	2	12	25831	25842	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_007778	TTGATC	2	12	39341	39352	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_007778	CACCCT	2	12	42432	42443	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_007778	GGAGGG	2	12	42484	42495	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007778	ACCCAG	2	12	65980	65991	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
6	NC_007778	TTCCGG	2	12	67568	67579	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_007778	AGAATC	2	12	94682	94693	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_007778	CAGGCA	2	12	112914	112925	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_007778	ATCGCC	2	12	116275	116286	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
10	NC_007778	ACCGCA	2	12	160473	160484	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
11	NC_007778	TCCCTG	2	12	203598	203609	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
12	NC_007778	ACATCC	2	12	203892	203903	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_007778	TCCGTC	2	12	207951	207962	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
14	NC_007778	CTAATT	2	12	216974	216985	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_007778	CGTCGA	2	12	236201	236212	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_007778	TGAGAA	2	12	276604	276615	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007778	TTTTCG	2	12	331433	331444	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_007778	ACCCCC	2	12	332303	332314	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
19	NC_007778	GGAGGG	2	12	332410	332421	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007778	CCCTCC	2	12	332524	332535	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
21	NC_007778	CACCGC	2	12	333412	333423	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_007778	ACCCCC	2	12	351153	351164	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
23	NC_007778	GCTCGC	2	12	365400	365411	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
24	NC_007778	GGATTG	2	12	368013	368024	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007778	ATGGCG	2	12	368687	368698	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_007778	ACCCCC	2	12	373772	373783	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
27	NC_007778	TTTCCG	2	12	380391	380402	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_007778	CACGTC	2	12	385317	385328	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
29	NC_007778	ACGGGG	2	12	388780	388791	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_007778	TTATAT	2	12	436850	436861	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007778	GCTTTC	2	12	451872	451883	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_007778	CGGCGA	2	12	484552	484563	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_007778	CCTTTC	2	12	526471	526482	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_007778	CAGCCT	5	30	552555	552584	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
35	NC_007778	ATCGAC	2	12	558189	558200	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_007778	ACCGCG	2	12	561937	561948	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
37	NC_007778	ACGGCC	2	12	593161	593172	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
38	NC_007778	CCCGCA	2	12	598133	598144	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_007778	CCGGCT	2	12	599297	599308	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
40	NC_007778	CCGATC	2	12	605672	605683	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
41	NC_007778	GCCGTC	2	12	613731	613742	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
42	NC_007778	GGAGGG	2	12	669734	669745	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007778	CCCTCC	2	12	669849	669860	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
44	NC_007778	GGGTGA	2	12	689225	689236	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007778	CGGCGC	2	12	698130	698141	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
46	NC_007778	AGAACG	2	12	726383	726394	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_007778	CGCTCC	2	12	759506	759517	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_007778	TCACGC	2	12	803296	803307	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
49	NC_007778	GGGGTG	2	12	827217	827228	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007778	GCACCG	2	12	852639	852650	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
51	NC_007778	GACCGC	2	12	876498	876509	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
52	NC_007778	GCCAAT	2	12	893653	893664	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_007778	CAACGA	2	12	909813	909824	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_007778	CGTCGC	2	12	923525	923536	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
55	NC_007778	CGGCCC	2	12	925139	925150	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_007778	CAAAGG	2	12	940994	941005	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_007778	CGATCG	2	12	948984	948995	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_007778	GGGGGT	2	12	1002199	1002210	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007778	AGCCGG	2	12	1033930	1033941	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_007778	GCGTTT	2	12	1046270	1046281	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_007778	GGAGGG	2	12	1049340	1049351	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007778	CCCTCC	2	12	1049457	1049468	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
63	NC_007778	GCGACT	2	12	1101975	1101986	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_007778	GGAGGG	2	12	1114587	1114598	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007778	ACGGCG	2	12	1132793	1132804	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_007778	TGCCGA	2	12	1189635	1189646	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_007778	CCCGCC	2	12	1214998	1215009	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
68	NC_007778	GGAGGG	2	12	1221465	1221476	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007778	CCCTCC	2	12	1221579	1221590	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
70	NC_007778	CGCCGG	2	12	1284360	1284371	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
71	NC_007778	CTGGTG	2	12	1285144	1285155	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_007778	TCGACA	2	12	1364377	1364388	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_007778	GCCGCT	2	12	1377773	1377784	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
74	NC_007778	TCCCGC	2	12	1404980	1404991	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_007778	GATCGT	2	12	1409773	1409784	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_007778	CAGCGC	2	12	1477685	1477696	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
77	NC_007778	CGCAGA	2	12	1484042	1484053	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_007778	CCTCCG	2	12	1521282	1521293	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_007778	TTGCGC	2	12	1522893	1522904	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_007778	CGCGGC	2	12	1525458	1525469	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
81	NC_007778	GCAAGG	2	12	1609872	1609883	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_007778	GCGATG	2	12	1628920	1628931	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_007778	CGCCGG	2	12	1713164	1713175	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
84	NC_007778	CGGACG	2	12	1730161	1730172	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_007778	GTGGCG	2	12	1797175	1797186	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_007778	GAGCCG	2	12	1800642	1800653	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_007778	ACCTTC	2	12	1844276	1844287	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_007778	ATTTCA	2	12	1844724	1844735	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_007778	TGAGAT	2	12	1874285	1874296	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007778	TCGCTC	2	12	1943299	1943310	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
91	NC_007778	AAACCG	2	12	1944214	1944225	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_007778	GGCCGC	2	12	1944929	1944940	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
93	NC_007778	ATGTCC	2	12	1964524	1964535	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_007778	GGAGGG	2	12	2014771	2014782	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007778	CCCTCC	2	12	2014885	2014896	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
96	NC_007778	GCGCCA	2	12	2028256	2028267	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
97	NC_007778	GCGACC	2	12	2048712	2048723	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
98	NC_007778	CGAGCG	2	12	2048829	2048840	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_007778	ACCCCC	2	12	2057628	2057639	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
100	NC_007778	CGCCGG	2	12	2065918	2065929	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
101	NC_007778	CCATCG	2	12	2067326	2067337	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
102	NC_007778	CTGAAG	2	12	2070390	2070401	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_007778	TTTGAT	2	12	2116231	2116242	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_007778	CCGCGA	2	12	2142401	2142412	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
105	NC_007778	CCGGCG	2	12	2184605	2184616	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
106	NC_007778	TACAAC	2	12	2220215	2220226	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_007778	GGCCCG	2	12	2232666	2232677	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
108	NC_007778	CGGCGC	2	12	2244890	2244901	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
109	NC_007778	GGAGGG	2	12	2283175	2283186	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_007778	CAGAGT	2	12	2372397	2372408	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_007778	TCGCGT	2	12	2434283	2434294	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_007778	CGGGCG	2	12	2434371	2434382	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_007778	CTGATG	2	12	2449666	2449677	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_007778	AATTGC	2	12	2450622	2450633	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_007778	ATAGGA	2	12	2455614	2455625	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_007778	GGCGCT	2	12	2485379	2485390	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_007778	GGAGGG	2	12	2485436	2485447	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_007778	CCCTCC	2	12	2485550	2485561	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
119	NC_007778	CGAGGC	2	12	2485632	2485643	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_007778	GCATTT	2	12	2489450	2489461	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_007778	CCCGAT	2	12	2489552	2489563	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
122	NC_007778	TCCGGT	2	12	2496031	2496042	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_007778	GGCGCC	2	12	2594726	2594737	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
124	NC_007778	GCGTTC	2	12	2603869	2603880	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_007778	ATTGAA	2	12	2604316	2604327	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_007778	GCGGAG	2	12	2607897	2607908	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_007778	AACAAG	2	12	2609334	2609345	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.