MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhodopseudomonas palustris HaA2 chromosome

Total Repeats: 913

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007778	ACGGC	2	10	307	316	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
2	NC_007778	CGCGG	2	10	605	614	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
3	NC_007778	CGAAG	2	10	3616	3625	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_007778	CCGGG	2	10	21398	21407	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
5	NC_007778	GCGCC	2	10	25894	25903	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
6	NC_007778	CGCGG	2	10	29231	29240	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
7	NC_007778	CGTTG	2	10	37387	37396	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_007778	CAGCG	2	10	37881	37890	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_007778	CGCGG	2	10	57150	57159	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
10	NC_007778	TGCCC	2	10	57193	57202	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
11	NC_007778	CGGCG	2	10	59401	59410	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
12	NC_007778	CACCC	2	10	59457	59466	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
13	NC_007778	CGAGC	2	10	62019	62028	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
14	NC_007778	GCCGA	2	10	67445	67454	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
15	NC_007778	CCCCA	2	10	68503	68512	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
16	NC_007778	GCGCC	2	10	79967	79976	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
17	NC_007778	CGGCG	2	10	86726	86735	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
18	NC_007778	CGAGA	2	10	112591	112600	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_007778	CAAAA	2	10	120147	120156	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_007778	CGCGA	2	10	121230	121239	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_007778	GCCGG	2	10	131479	131488	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
22	NC_007778	TATCG	2	10	131868	131877	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_007778	AGCCA	2	10	150842	150851	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_007778	CCGAC	2	10	181544	181553	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
25	NC_007778	CGACT	2	10	186578	186587	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_007778	AGCGG	2	10	188582	188591	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
27	NC_007778	TCCGT	2	10	223485	223494	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_007778	CTCGG	2	10	236148	236157	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_007778	GATCG	2	10	237158	237167	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_007778	GGTTG	2	10	240631	240640	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007778	GCCCC	2	10	242087	242096	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
32	NC_007778	TGCGG	2	10	276681	276690	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
33	NC_007778	TTTTG	2	10	278148	278157	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007778	GCGGA	2	10	279007	279016	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
35	NC_007778	GAAGC	2	10	279143	279152	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_007778	CTTGA	2	10	280451	280460	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_007778	CGTCC	2	10	285084	285093	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
38	NC_007778	ACCCG	2	10	287694	287703	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
39	NC_007778	GAAAG	2	10	288443	288452	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007778	TCGCT	2	10	293774	293783	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_007778	CGATC	2	10	300327	300336	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_007778	GCGCC	2	10	302830	302839	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
43	NC_007778	ACGGG	2	10	303113	303122	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
44	NC_007778	GGAAA	2	10	306046	306055	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007778	CTGAT	2	10	307248	307257	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_007778	TGGCG	2	10	325047	325056	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
47	NC_007778	AGGGC	2	10	332351	332360	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
48	NC_007778	GGGGT	2	10	332455	332464	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007778	CCACC	2	10	332495	332504	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
50	NC_007778	GCGCA	2	10	332587	332596	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_007778	CGTTT	2	10	335765	335774	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_007778	TCGTG	2	10	338981	338990	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_007778	CCGGC	2	10	357569	357578	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
54	NC_007778	CACCC	2	10	359747	359756	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
55	NC_007778	CCCTG	2	10	361390	361399	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
56	NC_007778	GGGGC	2	10	364558	364567	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
57	NC_007778	GATCG	2	10	376215	376224	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_007778	GCTCG	2	10	376275	376284	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
59	NC_007778	CGCAA	2	10	376431	376440	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_007778	TGGGG	2	10	376476	376485	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007778	GGAAG	2	10	377461	377470	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007778	TCGCT	2	10	384562	384571	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_007778	ACGGC	2	10	387270	387279	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
64	NC_007778	TGGGG	2	10	387331	387340	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007778	CCGGC	2	10	388084	388093	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
66	NC_007778	CACGC	2	10	389292	389301	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
67	NC_007778	CGGCA	2	10	392790	392799	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_007778	GAAAA	2	10	397423	397432	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007778	GACGC	2	10	397458	397467	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_007778	GACGA	2	10	407555	407564	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_007778	GGCGC	2	10	412604	412613	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
72	NC_007778	CCCAT	2	10	426405	426414	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
73	NC_007778	CCAAC	2	10	431027	431036	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
74	NC_007778	TCGCT	2	10	449270	449279	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_007778	GCGCG	2	10	451982	451991	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
76	NC_007778	TTTTG	2	10	464762	464771	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_007778	GCCGT	2	10	471853	471862	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
78	NC_007778	CCGCG	2	10	478773	478782	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
79	NC_007778	TCGGC	2	10	480493	480502	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_007778	GCTTC	2	10	492681	492690	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_007778	CGGCT	2	10	500145	500154	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
82	NC_007778	AGCCG	2	10	503606	503615	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
83	NC_007778	GATCA	2	10	527385	527394	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_007778	CGCTC	2	10	527409	527418	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
85	NC_007778	GCCGC	2	10	553225	553234	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
86	NC_007778	GGCCG	2	10	555294	555303	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
87	NC_007778	GATCG	2	10	558139	558148	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_007778	ATCAA	2	10	560139	560148	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_007778	GCGCC	2	10	560225	560234	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
90	NC_007778	CGCAG	2	10	562240	562249	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_007778	ATTGC	2	10	571846	571855	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_007778	TTCCT	2	10	571884	571893	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_007778	CGGGA	2	10	574277	574286	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
94	NC_007778	GCCAC	2	10	577749	577758	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
95	NC_007778	CGCGG	2	10	577766	577775	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
96	NC_007778	GCGCC	2	10	586005	586014	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
97	NC_007778	TCAAG	2	10	599327	599336	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_007778	ACCGG	2	10	613745	613754	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
99	NC_007778	CTTTT	2	10	621469	621478	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_007778	GCGCG	2	10	621674	621683	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
101	NC_007778	GCTTC	2	10	625665	625674	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_007778	GCGCC	2	10	636945	636954	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
103	NC_007778	GGGGT	2	10	654028	654037	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
104	NC_007778	GCGAC	2	10	659540	659549	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
105	NC_007778	CGGGG	2	10	662226	662235	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
106	NC_007778	GGCAG	2	10	662270	662279	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
107	NC_007778	GGGGT	2	10	669779	669788	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
108	NC_007778	CCACC	2	10	669819	669828	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
109	NC_007778	CGCGG	2	10	669906	669915	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
110	NC_007778	GTATT	2	10	683588	683597	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_007778	TGAGT	2	10	683665	683674	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_007778	CGGGC	2	10	686615	686624	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
113	NC_007778	CAACA	2	10	686653	686662	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_007778	CCCCA	2	10	693223	693232	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
115	NC_007778	GGGGT	2	10	693391	693400	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
116	NC_007778	CACCC	2	10	697962	697971	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
117	NC_007778	CGAGC	2	10	698119	698128	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
118	NC_007778	CCCCG	2	10	715770	715779	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
119	NC_007778	GCGAC	2	10	724307	724316	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
120	NC_007778	GATCG	2	10	726342	726351	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_007778	GCGCG	2	10	727154	727163	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
122	NC_007778	GCATG	2	10	729970	729979	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_007778	CCCCA	2	10	730250	730259	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
124	NC_007778	TCCCC	2	10	733273	733282	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
125	NC_007778	GATGT	2	10	738107	738116	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_007778	GCACC	2	10	741830	741839	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
127	NC_007778	GCCGC	2	10	753934	753943	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
128	NC_007778	GCGCC	2	10	764549	764558	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
129	NC_007778	TCGGC	2	10	775189	775198	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
130	NC_007778	CGCTC	2	10	790065	790074	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
131	NC_007778	GTTCC	2	10	794934	794943	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
132	NC_007778	TCCGG	2	10	795953	795962	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
133	NC_007778	CCGCG	2	10	801075	801084	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
134	NC_007778	GTGCG	2	10	820908	820917	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
135	NC_007778	GTCCC	2	10	852291	852300	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
136	NC_007778	GCCGA	2	10	852437	852446	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
137	NC_007778	CCGTT	2	10	853519	853528	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_007778	TGGGG	2	10	857104	857113	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
139	NC_007778	GCCGA	2	10	863136	863145	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
140	NC_007778	TGCGG	2	10	863999	864008	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
141	NC_007778	TCGGC	2	10	867081	867090	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
142	NC_007778	CGGAC	2	10	870803	870812	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
143	NC_007778	GCCGC	2	10	870898	870907	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
144	NC_007778	CGTTT	2	10	876458	876467	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_007778	GGCCG	2	10	876518	876527	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
146	NC_007778	GATCG	2	10	876543	876552	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
147	NC_007778	GCGCG	2	10	880194	880203	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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454	NC_007778	CTTGA	2	10	2649241	2649250	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
455	NC_007778	AGGGC	2	10	2663106	2663115	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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459	NC_007778	CGCAG	2	10	2677352	2677361	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
460	NC_007778	CCGCG	2	10	2683568	2683577	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
461	NC_007778	CCGGC	2	10	2685090	2685099	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
462	NC_007778	GCCGC	2	10	2689952	2689961	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
463	NC_007778	AGGGA	2	10	2691947	2691956	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
464	NC_007778	GAGGC	2	10	2692120	2692129	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
465	NC_007778	CGGCG	2	10	2696163	2696172	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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487	NC_007778	GGACC	2	10	2872259	2872268	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
488	NC_007778	CGCGG	2	10	2877124	2877133	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
489	NC_007778	GCCCG	2	10	2881639	2881648	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
490	NC_007778	AGGCG	2	10	2884884	2884893	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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500	NC_007778	CTTGA	2	10	2953504	2953513	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding

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