MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium etli CFN 42 plasmid p42e

Total Repeats: 168

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007765	CTTC	2	8	72	79	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_007765	GGAA	2	8	124	131	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007765	GGTT	2	8	17306	17313	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007765	GGCA	2	8	18889	18896	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
5	NC_007765	AATT	2	8	20161	20168	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007765	GGTA	2	8	24073	24080	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007765	CGGT	2	8	24163	24170	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
8	NC_007765	GTTC	2	8	24663	24670	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_007765	GGGT	2	8	28841	28848	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007765	TTTG	2	8	30033	30040	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007765	TCGA	2	8	30267	30274	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_007765	GCCC	2	8	41791	41798	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
13	NC_007765	GGCG	2	8	49908	49915	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
14	NC_007765	CTTC	2	8	61801	61808	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_007765	GGTT	2	8	61896	61903	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007765	AGCG	2	8	64949	64956	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_007765	GTCT	2	8	64971	64978	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_007765	TGGT	2	8	69184	69191	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007765	CGGG	2	8	69211	69218	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
20	NC_007765	AGCG	2	8	76456	76463	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
21	NC_007765	GCCT	2	8	76566	76573	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
22	NC_007765	GCGG	2	8	76842	76849	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
23	NC_007765	GAAA	2	8	78830	78837	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007765	GAGC	2	8	84255	84262	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
25	NC_007765	ACGG	2	8	91294	91301	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
26	NC_007765	CAGG	2	8	101380	101387	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
27	NC_007765	GGGA	2	8	102980	102987	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007765	TCCC	2	8	105223	105230	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
29	NC_007765	GCCG	2	8	105286	105293	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
30	NC_007765	TGAT	2	8	107486	107493	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007765	GCAT	2	8	112645	112652	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_007765	TCAA	2	8	117195	117202	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_007765	TGTC	2	8	117283	117290	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_007765	GCGG	2	8	119319	119326	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
35	NC_007765	TCCA	2	8	121944	121951	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_007765	GTGG	2	8	121996	122003	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007765	AGCG	2	8	123874	123881	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
38	NC_007765	CGGG	2	8	126604	126611	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
39	NC_007765	GGCG	2	8	127248	127255	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
40	NC_007765	CGAT	2	8	127448	127455	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_007765	TGCA	2	8	135217	135224	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_007765	GGGC	2	8	135381	135388	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
43	NC_007765	AGGG	2	8	144861	144868	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007765	TTGC	2	8	146358	146365	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_007765	GTTT	2	8	149871	149878	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007765	CCCT	2	8	153075	153082	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
47	NC_007765	CAAG	2	8	153083	153090	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_007765	CGGT	2	8	153116	153123	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_007765	ATAA	2	8	164861	164868	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007765	TCGA	2	8	165795	165802	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_007765	CTGC	2	8	168846	168853	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
52	NC_007765	ATGA	2	8	169932	169939	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007765	GCTG	2	8	171922	171929	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_007765	CGGG	2	8	173061	173068	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
55	NC_007765	CCGG	2	8	174867	174874	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
56	NC_007765	GCCG	2	8	179235	179242	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
57	NC_007765	GTTT	2	8	185264	185271	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_007765	GGCG	3	12	185652	185663	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
59	NC_007765	TTGC	2	8	185681	185688	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_007765	GGGC	2	8	187998	188005	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
61	NC_007765	CTGG	2	8	192413	192420	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_007765	AGCC	2	8	192524	192531	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_007765	GAAA	2	8	193166	193173	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_007765	GATC	2	8	194832	194839	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_007765	GAGG	2	8	194966	194973	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007765	CATG	2	8	201014	201021	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_007765	CATC	2	8	205005	205012	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_007765	CGAC	2	8	209607	209614	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
69	NC_007765	GCCA	2	8	210995	211002	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
70	NC_007765	AGAA	2	8	214363	214370	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007765	ATTG	2	8	214469	214476	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007765	CAGC	2	8	215688	215695	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
73	NC_007765	GCGG	2	8	215939	215946	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
74	NC_007765	TTGC	2	8	216563	216570	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_007765	GCTC	2	8	217590	217597	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
76	NC_007765	CCTC	2	8	217885	217892	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
77	NC_007765	GCTC	2	8	217903	217910	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_007765	TTCG	2	8	218024	218031	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_007765	TCTT	2	8	218215	218222	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_007765	ATGC	2	8	218349	218356	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_007765	CCTC	2	8	218515	218522	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
82	NC_007765	CCGA	2	8	222011	222018	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
83	NC_007765	CACC	2	8	222091	222098	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
84	NC_007765	GATC	2	8	225652	225659	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_007765	GGTG	2	8	225667	225674	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007765	CTGC	2	8	227901	227908	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
87	NC_007765	TGAA	2	8	229608	229615	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_007765	AAAT	2	8	229637	229644	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007765	AGCT	2	8	234775	234782	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_007765	GGCC	2	8	240439	240446	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
91	NC_007765	GCCT	2	8	247879	247886	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
92	NC_007765	CCCG	2	8	247943	247950	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
93	NC_007765	TCAG	2	8	252515	252522	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_007765	CTGC	2	8	255687	255694	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
95	NC_007765	CAAT	2	8	256835	256842	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_007765	ATGG	2	8	256898	256905	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007765	ACTG	2	8	260994	261001	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_007765	AAGG	2	8	261732	261739	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007765	GAAG	3	12	263930	263941	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007765	CGTT	2	8	264122	264129	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_007765	ATGG	2	8	264556	264563	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_007765	GCCT	3	12	267083	267094	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
103	NC_007765	GGTC	2	8	271443	271450	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
104	NC_007765	GTTC	2	8	279082	279089	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_007765	ATCA	2	8	279120	279127	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_007765	ACAA	2	8	287705	287712	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_007765	AGTC	2	8	291713	291720	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_007765	GGGA	2	8	293603	293610	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007765	CGAA	2	8	299902	299909	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_007765	TCGT	2	8	301896	301903	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_007765	GGAA	2	8	302893	302900	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_007765	CGAT	2	8	308027	308034	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_007765	CAGG	2	8	308052	308059	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_007765	CCCT	2	8	317828	317835	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
115	NC_007765	ATTT	2	8	325927	325934	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_007765	GCAT	2	8	335266	335273	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_007765	CTGA	2	8	341722	341729	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_007765	AATG	2	8	341946	341953	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007765	TGCA	2	8	356917	356924	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_007765	ATGC	2	8	361981	361988	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_007765	ACTG	2	8	383745	383752	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_007765	CGAA	2	8	383774	383781	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
123	NC_007765	CCAT	2	8	389103	389110	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_007765	CATG	2	8	389303	389310	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_007765	TCCC	2	8	397263	397270	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
126	NC_007765	CTGC	2	8	398472	398479	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
127	NC_007765	CGCT	2	8	398542	398549	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NC_007765	GGAC	2	8	399958	399965	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
129	NC_007765	GCAT	2	8	400700	400707	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_007765	GTCG	2	8	400846	400853	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
131	NC_007765	CTTT	2	8	402339	402346	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_007765	GCAT	2	8	404321	404328	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_007765	CGCC	2	8	404412	404419	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
134	NC_007765	GAAC	2	8	405062	405069	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NC_007765	AATT	2	8	407298	407305	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_007765	AAAT	2	8	407370	407377	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_007765	AGGC	2	8	416895	416902	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
138	NC_007765	ACAG	2	8	424629	424636	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_007765	TCGA	2	8	428844	428851	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_007765	CCGT	2	8	431365	431372	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
141	NC_007765	CCGG	2	8	431443	431450	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
142	NC_007765	CCGG	2	8	431509	431516	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
143	NC_007765	CTTC	2	8	431681	431688	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_007765	TCAA	2	8	431729	431736	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_007765	TAAT	2	8	431869	431876	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_007765	CCGG	2	8	441928	441935	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
147	NC_007765	GGCA	2	8	443253	443260	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
148	NC_007765	GTCT	2	8	443323	443330	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_007765	ACGG	2	8	446062	446069	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
150	NC_007765	ATTG	2	8	446162	446169	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_007765	CGGA	2	8	447316	447323	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
152	NC_007765	TCCG	2	8	451837	451844	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
153	NC_007765	CTCG	2	8	454514	454521	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
154	NC_007765	CTTC	2	8	461798	461805	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
155	NC_007765	CCGG	2	8	463253	463260	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
156	NC_007765	GGCC	2	8	474270	474277	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
157	NC_007765	GTGC	2	8	474665	474672	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
158	NC_007765	CGGC	2	8	476053	476060	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
159	NC_007765	GCCG	2	8	476066	476073	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
160	NC_007765	ATGC	2	8	476859	476866	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
161	NC_007765	ACGG	2	8	479521	479528	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
162	NC_007765	TCCC	2	8	484007	484014	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
163	NC_007765	GCAG	2	8	484041	484048	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
164	NC_007765	CAAC	2	8	484293	484300	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
165	NC_007765	GATC	2	8	484314	484321	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
166	NC_007765	GAAT	2	8	488718	488725	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
167	NC_007765	GGAT	2	8	493547	493554	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
168	NC_007765	TCGC	2	8	493579	493586	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.