MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium etli CFN 42 plasmid p42a

Total Repeats: 118

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007762	GGAA	2	8	2875	2882	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007762	CTTT	2	8	2893	2900	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_007762	AGGG	2	8	6468	6475	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007762	CGAT	2	8	9649	9656	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_007762	TTCC	2	8	12345	12352	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_007762	GCAT	2	8	14107	14114	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_007762	TTTC	2	8	14192	14199	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_007762	TGCC	2	8	21668	21675	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_007762	CGCC	2	8	21772	21779	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
10	NC_007762	GGCC	2	8	21814	21821	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11	NC_007762	TGAT	2	8	29267	29274	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007762	AGCA	2	8	33468	33475	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
13	NC_007762	GCTT	2	8	34887	34894	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_007762	CCGG	2	8	39735	39742	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
15	NC_007762	GATC	3	12	39890	39901	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_007762	TGGC	2	8	40678	40685	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_007762	GAAA	2	8	43886	43893	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007762	CGTC	2	8	44683	44690	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
19	NC_007762	TGGC	2	8	44805	44812	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NC_007762	GGGC	2	8	47720	47727	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
21	NC_007762	GCCG	2	8	47746	47753	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
22	NC_007762	CGGC	2	8	48756	48763	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
23	NC_007762	CCTG	2	8	59319	59326	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
24	NC_007762	CATC	2	8	59687	59694	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_007762	GATC	2	8	59708	59715	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_007762	GAAC	2	8	59869	59876	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_007762	TGTT	2	8	60172	60179	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007762	GGAA	2	8	61095	61102	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_007762	TGGC	2	8	61256	61263	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
30	NC_007762	GCGT	2	8	62196	62203	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
31	NC_007762	GCAG	2	8	62461	62468	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
32	NC_007762	TCGT	2	8	63139	63146	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_007762	AGCG	2	8	68624	68631	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
34	NC_007762	TGAA	2	8	69009	69016	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007762	GCTC	2	8	69043	69050	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_007762	ATCG	2	8	69760	69767	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_007762	CGGA	2	8	71620	71627	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
38	NC_007762	CCCG	2	8	72113	72120	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
39	NC_007762	GGGA	2	8	74025	74032	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007762	TGGC	2	8	74533	74540	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_007762	GCAC	2	8	75022	75029	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
42	NC_007762	TCGA	2	8	77336	77343	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_007762	ATCG	2	8	79077	79084	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_007762	TGTT	2	8	83528	83535	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007762	ACGG	2	8	83668	83675	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_007762	AAGT	2	8	83798	83805	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007762	GTCG	2	8	83911	83918	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
48	NC_007762	CATT	2	8	83988	83995	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_007762	TAAA	2	8	84071	84078	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007762	CGGC	2	8	84218	84225	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
51	NC_007762	CTGA	2	8	84634	84641	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_007762	AAAC	2	8	84646	84653	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_007762	CTGG	2	8	85659	85666	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_007762	GGAA	2	8	85938	85945	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007762	GAAG	2	8	86031	86038	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007762	CGAT	2	8	88913	88920	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_007762	TCGA	2	8	89366	89373	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_007762	CAAT	2	8	89975	89982	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_007762	ACTG	2	8	94361	94368	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_007762	AAAG	2	8	94713	94720	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007762	ACTG	2	8	95194	95201	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_007762	TCGA	2	8	95291	95298	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_007762	CTTT	2	8	96148	96155	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_007762	TGTA	2	8	96159	96166	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007762	AATA	2	8	96223	96230	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007762	TGAT	2	8	98080	98087	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007762	GCTC	2	8	99459	99466	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
68	NC_007762	TAAA	2	8	99474	99481	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007762	AATT	2	8	100841	100848	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007762	CGGT	2	8	107004	107011	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_007762	AGAC	2	8	112459	112466	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_007762	GGAT	2	8	112477	112484	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007762	CATC	2	8	112499	112506	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_007762	GGCT	2	8	112912	112919	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
75	NC_007762	ACAA	2	8	114887	114894	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_007762	ATCC	2	8	114963	114970	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_007762	GTTT	2	8	115916	115923	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007762	ATCA	2	8	117586	117593	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_007762	GCCG	2	8	118867	118874	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
80	NC_007762	AATC	2	8	121532	121539	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_007762	GCCT	2	8	122061	122068	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
82	NC_007762	GTTT	2	8	122534	122541	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007762	AATC	2	8	126176	126183	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_007762	CCGA	2	8	126409	126416	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
85	NC_007762	CTTC	2	8	126513	126520	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_007762	CAAA	2	8	126640	126647	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_007762	GTGC	2	8	127884	127891	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
88	NC_007762	TCAA	2	8	127970	127977	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_007762	CGAG	2	8	128285	128292	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_007762	TCCG	2	8	130343	130350	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
91	NC_007762	CAAG	2	8	134282	134289	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_007762	TGTT	2	8	135831	135838	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_007762	CGTT	2	8	135850	135857	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_007762	CGTC	2	8	136765	136772	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
95	NC_007762	CCGC	2	8	137523	137530	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
96	NC_007762	CGCT	2	8	137540	137547	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
97	NC_007762	CCGA	2	8	137839	137846	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
98	NC_007762	CACG	2	8	138032	138039	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
99	NC_007762	ATCC	2	8	138194	138201	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_007762	CGGG	2	8	139344	139351	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
101	NC_007762	GAAG	2	8	142642	142649	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_007762	ATCA	2	8	147641	147648	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_007762	AAGC	2	8	149667	149674	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_007762	TCCT	2	8	149957	149964	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_007762	GGAA	2	8	150220	150227	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_007762	CGCT	2	8	152055	152062	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
107	NC_007762	TCCG	2	8	157199	157206	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
108	NC_007762	TTCG	2	8	161757	161764	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_007762	CAGG	2	8	161953	161960	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
110	NC_007762	GTCG	2	8	163886	163893	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
111	NC_007762	CGGC	2	8	163907	163914	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
112	NC_007762	GATT	2	8	167020	167027	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_007762	CGAC	2	8	167793	167800	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
114	NC_007762	GCAC	2	8	170529	170536	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
115	NC_007762	TTCG	2	8	170692	170699	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_007762	AGTT	2	8	177826	177833	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_007762	CTCC	2	8	177866	177873	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
118	NC_007762	TGCT	2	8	190336	190343	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.