MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 chromosome

Total Repeats: 168

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007643	CGCCCC	2	12	6879	6890	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
2	NC_007643	GAAACG	2	12	19559	19570	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_007643	GAAACG	2	12	61137	61148	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_007643	GCCCGC	2	12	117501	117512	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_007643	AATTTA	2	12	139921	139932	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007643	AGGGCG	2	12	151119	151130	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_007643	CGCGGG	2	12	179497	179508	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_007643	TATAAG	2	12	192434	192445	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007643	TCCGGG	2	12	196843	196854	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_007643	CGGCCT	2	12	199264	199275	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
11	NC_007643	CCAGGA	2	12	226772	226783	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_007643	GCCGGC	2	12	230616	230627	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
13	NC_007643	CGCCCG	2	12	282543	282554	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_007643	GCCATC	2	12	307150	307161	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
15	NC_007643	ATTTAG	2	12	316994	317005	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007643	ACGGGG	2	12	327198	327209	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_007643	GAAAAA	2	12	354538	354549	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007643	AAGCCC	2	12	355997	356008	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
19	NC_007643	GTTGCG	2	12	411134	411145	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_007643	GGCGGG	3	18	473676	473693	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_007643	CCTTTC	2	12	595131	595142	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_007643	CATGGG	2	12	709518	709529	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_007643	CTTTCG	2	12	711951	711962	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_007643	AGGCGG	2	12	728114	728125	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_007643	GCGCTT	2	12	743885	743896	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_007643	GGCCCC	2	12	771948	771959	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_007643	ACCCGG	2	12	786708	786719	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
28	NC_007643	CCCAAA	2	12	850730	850741	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_007643	AGGGAA	2	12	891552	891563	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007643	GAGGGG	2	12	904165	904176	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007643	CCCGGC	2	12	904194	904205	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_007643	TATAAG	2	12	911304	911315	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_007643	TCCGGG	2	12	915710	915721	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_007643	AATAAA	2	12	926347	926358	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007643	AAAAGG	2	12	945063	945074	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007643	GAAGGC	2	12	945206	945217	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_007643	GCTGGC	2	12	967766	967777	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_007643	ATTTCA	2	12	1013599	1013610	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_007643	GTCAGG	2	12	1022020	1022031	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_007643	GATGTC	2	12	1047903	1047914	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_007643	AAGCCC	2	12	1060759	1060770	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
42	NC_007643	CCCGAT	2	12	1104484	1104495	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
43	NC_007643	AGGCGA	2	12	1118628	1118639	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_007643	GGCCGG	2	12	1124233	1124244	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_007643	AAAGAA	2	12	1161621	1161632	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007643	CGGGGG	2	12	1180569	1180580	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_007643	GCGGGG	2	12	1191873	1191884	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_007643	TAATCG	2	12	1214569	1214580	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_007643	CGCCCG	2	12	1251094	1251105	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_007643	ACCCAC	2	12	1266019	1266030	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_007643	CTGTCC	2	12	1274696	1274707	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
52	NC_007643	CCGTTT	2	12	1297797	1297808	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_007643	GATCAT	2	12	1316413	1316424	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_007643	GCCGGG	2	12	1324519	1324530	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_007643	CTCCGC	2	12	1366169	1366180	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_007643	GTGGGG	2	12	1366844	1366855	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007643	AGGGGG	2	12	1378421	1378432	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_007643	CGGGGG	2	12	1391620	1391631	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_007643	GTGGCG	2	12	1470606	1470617	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_007643	GACGCC	2	12	1473755	1473766	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
61	NC_007643	GGGCCC	2	12	1577457	1577468	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
62	NC_007643	GATTTC	2	12	1581107	1581118	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_007643	CGGGGG	2	12	1581240	1581251	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_007643	ATCTAA	2	12	1587474	1587485	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_007643	CGGCGC	2	12	1607459	1607470	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
66	NC_007643	GGGCCG	2	12	1609328	1609339	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_007643	TGTATT	2	12	1639225	1639236	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007643	TGGGGG	2	12	1649846	1649857	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007643	GTGGGG	2	12	1696004	1696015	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007643	AGCCAA	2	12	1811413	1811424	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_007643	AAGGGG	2	12	1828313	1828324	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007643	GCCTTT	2	12	1833411	1833422	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_007643	TGAACA	2	12	1855911	1855922	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_007643	ATTTAG	2	12	1884515	1884526	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007643	GGCAAG	2	12	1890894	1890905	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_007643	CCGGCC	2	12	1922604	1922615	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_007643	AAGGGA	2	12	2022604	2022615	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007643	CCCCTT	2	12	2022720	2022731	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_007643	CCCGCG	2	12	2029916	2029927	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
80	NC_007643	GCCAGC	2	12	2037264	2037275	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
81	NC_007643	CCGGTC	2	12	2044035	2044046	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
82	NC_007643	AGGGAT	2	12	2051653	2051664	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007643	CGTCGC	2	12	2054027	2054038	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
84	NC_007643	CCCGCG	2	12	2058475	2058486	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_007643	CTGCGG	2	12	2073650	2073661	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_007643	TCCGGC	2	12	2094330	2094341	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
87	NC_007643	GACCTC	2	12	2128986	2128997	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
88	NC_007643	GATAAT	2	12	2157404	2157415	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007643	AAGACG	2	12	2188199	2188210	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_007643	GGGGGC	2	12	2189091	2189102	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_007643	CCCGGC	2	12	2196827	2196838	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_007643	GGCCGG	2	12	2197124	2197135	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_007643	CCCTCC	2	12	2209689	2209700	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
94	NC_007643	GCCCCC	2	12	2272850	2272861	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
95	NC_007643	AGCGCG	2	12	2291612	2291623	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_007643	GCCCGG	2	12	2291637	2291648	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
97	NC_007643	GGCCCC	2	12	2294744	2294755	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_007643	AAGAGA	2	12	2309724	2309735	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007643	AGGGGA	2	12	2329938	2329949	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007643	TTCCCC	2	12	2403703	2403714	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
101	NC_007643	CGACCA	2	12	2448839	2448850	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
102	NC_007643	TTTCTT	2	12	2484055	2484066	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_007643	GGCTTG	2	12	2551095	2551106	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_007643	TCCCCC	2	12	2551335	2551346	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
105	NC_007643	GGGCCC	2	12	2577663	2577674	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
106	NC_007643	CTAGGG	2	12	2578201	2578212	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_007643	CCGAGT	2	12	2592282	2592293	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_007643	GCCTTC	2	12	2596631	2596642	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
109	NC_007643	CTTGCG	2	12	2596712	2596723	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_007643	AATGTC	2	12	2637260	2637271	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_007643	GCATCG	2	12	2689288	2689299	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_007643	GCCTCA	2	12	2716282	2716293	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
113	NC_007643	GGCCGG	2	12	2717651	2717662	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_007643	CCCGGA	2	12	2732800	2732811	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
115	NC_007643	CTTATA	2	12	2737209	2737220	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_007643	CCCCGC	2	12	2764380	2764391	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
117	NC_007643	GCGAGG	2	12	2766141	2766152	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_007643	ATCTAA	2	12	2770798	2770809	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_007643	GGACGG	2	12	2788946	2788957	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_007643	TGACGA	2	12	2812845	2812856	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_007643	ATCTAA	2	12	2932204	2932215	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_007643	CCATCG	2	12	2984419	2984430	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
123	NC_007643	GCCATC	2	12	2985325	2985336	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
124	NC_007643	ACGGGC	2	12	2986116	2986127	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_007643	GATGGC	2	12	2986224	2986235	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_007643	CGGGAA	2	12	3018537	3018548	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_007643	GCCCCC	2	12	3024210	3024221	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
128	NC_007643	CGATGC	2	12	3042328	3042339	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_007643	CGGCAT	2	12	3043725	3043736	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_007643	CTGGGG	2	12	3043860	3043871	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
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133	NC_007643	GAAAAA	2	12	3137608	3137619	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.