MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia typhi str. Wilmington

Total Repeats: 165

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006142	CTTTAA	2	12	8785	8796	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_006142	AAACTA	2	12	27034	27045	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_006142	TTAAAA	2	12	49747	49758	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_006142	TTTTAG	2	12	54367	54378	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_006142	ATCAAC	2	12	64303	64314	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_006142	TCAAAA	2	12	66105	66116	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_006142	TAAAAT	2	12	81390	81401	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_006142	TTACTA	2	12	91466	91477	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_006142	TATCAT	2	12	91640	91651	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_006142	TACAAG	2	12	103601	103612	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_006142	ACAAGT	2	12	105535	105546	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_006142	TAAAAG	2	12	117716	117727	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_006142	ATTATA	2	12	117833	117844	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_006142	TTTTCG	2	12	118367	118378	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_006142	CCTAAA	2	12	126347	126358	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_006142	TTATAT	2	12	129981	129992	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_006142	TGAGTA	2	12	132993	133004	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_006142	ACAAAA	2	12	133142	133153	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_006142	TGAATT	2	12	134028	134039	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_006142	ATAATT	2	12	153594	153605	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_006142	TAGAGA	2	12	154130	154141	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_006142	ATTGTC	2	12	169853	169864	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_006142	TATGTA	2	12	173779	173790	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_006142	TAATTT	2	12	184985	184996	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_006142	TATTTA	2	12	188737	188748	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_006142	TTTAAT	2	12	192419	192430	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_006142	ATATTT	2	12	202588	202599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_006142	ATTTTA	2	12	204481	204492	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_006142	TAACTA	2	12	210185	210196	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_006142	AATCTT	2	12	226480	226491	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_006142	TTATTT	2	12	230702	230713	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_006142	TTTTAA	2	12	233492	233503	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_006142	TCAATT	2	12	249355	249366	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_006142	TGAAAT	2	12	253107	253118	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_006142	GCTAAA	2	12	255504	255515	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_006142	ATAAAA	2	12	256002	256013	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_006142	ACAGTA	2	12	259416	259427	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_006142	ATTTTC	2	12	261085	261096	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_006142	TCAGGA	2	12	265180	265191	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_006142	TTGCAA	2	12	267936	267947	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_006142	AAAATA	2	12	268960	268971	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_006142	ATTTTC	2	12	272061	272072	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_006142	AATATT	2	12	272287	272298	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_006142	AACAAA	2	12	292490	292501	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_006142	TATATT	2	12	294792	294803	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_006142	AAGGAT	2	12	309373	309384	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_006142	CTGGTT	2	12	315011	315022	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_006142	TAATTT	2	12	321478	321489	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_006142	TTTATT	2	12	328697	328708	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_006142	TAAAAG	2	12	337489	337500	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_006142	TAAAAA	2	12	342110	342121	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_006142	CACTTT	2	12	342418	342429	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_006142	ATCTTG	2	12	347701	347712	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_006142	TAAAAT	2	12	353133	353144	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_006142	TTAACT	2	12	362108	362119	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_006142	TTATAA	2	12	368558	368569	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_006142	TGCAAA	2	12	369793	369804	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_006142	TATTGG	2	12	379595	379606	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_006142	TTTGTG	2	12	383102	383113	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_006142	TTTTAA	2	12	403371	403382	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_006142	CTTATA	2	12	403800	403811	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_006142	AATAAA	2	12	409239	409250	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_006142	CTTTAA	2	12	409325	409336	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_006142	CTTTAT	2	12	424373	424384	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_006142	AAGACA	2	12	426237	426248	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_006142	TATATC	2	12	438791	438802	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_006142	CATTAA	2	12	447408	447419	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_006142	TTAGTA	2	12	451592	451603	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_006142	GTATTA	2	12	452147	452158	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_006142	TGTGTT	2	12	452244	452255	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_006142	TTTTTA	2	12	452995	453006	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_006142	CATTGA	2	12	473857	473868	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_006142	AAAGAA	2	12	479055	479066	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_006142	TAAATA	2	12	486024	486035	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_006142	TAAAAA	2	12	513063	513074	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_006142	AAGAAC	2	12	517875	517886	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_006142	ATTTTT	2	12	521162	521173	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_006142	AATATA	2	12	525992	526003	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_006142	TTAATT	2	12	545432	545443	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_006142	GCAAAA	2	12	555653	555664	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_006142	AATATA	2	12	556178	556189	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_006142	TTAAAG	2	12	565216	565227	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_006142	GGTATT	2	12	566626	566637	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_006142	GAAATG	2	12	571249	571260	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_006142	TGTCAT	2	12	584043	584054	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_006142	AGCCTC	2	12	592925	592936	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
87	NC_006142	TTTTTA	2	12	593088	593099	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_006142	ATAGAA	2	12	599374	599385	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_006142	CTAATA	2	12	626896	626907	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_006142	AATATT	2	12	631662	631673	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_006142	TAGTAT	2	12	636472	636483	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_006142	ATCAAA	2	12	646756	646767	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_006142	ATTAAA	2	12	649668	649679	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_006142	TTAATA	2	12	653945	653956	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_006142	TGTATT	2	12	654175	654186	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_006142	TTTATT	2	12	657367	657378	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_006142	TAATAT	2	12	658614	658625	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_006142	ATCTAA	2	12	661369	661380	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_006142	GATTTT	2	12	667660	667671	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_006142	AAAATA	2	12	674075	674086	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_006142	ATTTAA	2	12	680959	680970	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_006142	GTTCTA	2	12	696978	696989	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_006142	ACAATA	2	12	699057	699068	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_006142	TTTAAA	2	12	699372	699383	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_006142	ATGAAA	2	12	705805	705816	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_006142	TTATAA	2	12	708275	708286	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_006142	TATCCA	2	12	711078	711089	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_006142	TATCAT	2	12	729417	729428	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_006142	TATTTT	2	12	743572	743583	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_006142	ATGATA	2	12	745805	745816	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_006142	AATGAA	2	12	745842	745853	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_006142	TTAATA	2	12	749961	749972	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_006142	TGATAT	2	12	749982	749993	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_006142	ATGATT	2	12	764322	764333	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_006142	TTTTTC	2	12	769156	769167	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_006142	ATTTTT	2	12	774666	774677	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_006142	AATAAG	2	12	780084	780095	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_006142	ACTATC	2	12	781233	781244	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_006142	AATACC	2	12	792792	792803	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_006142	TATTTT	2	12	802717	802728	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_006142	TAAACC	2	12	802883	802894	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_006142	GATTGA	2	12	809021	809032	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_006142	GTTTAT	2	12	809093	809104	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_006142	AATCTA	2	12	810043	810054	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_006142	AATAAA	2	12	810676	810687	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_006142	TCTTTT	2	12	813343	813354	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_006142	ATCTAT	2	12	813554	813565	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_006142	CTCAAT	2	12	827416	827427	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_006142	TAATCT	2	12	831385	831396	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_006142	TATTAA	2	12	832968	832979	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_006142	ATATTT	2	12	841299	841310	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_006142	TACGAG	2	12	848772	848783	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_006142	TACAAG	2	12	852466	852477	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_006142	ATTATA	2	12	852740	852751	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_006142	ATAGAT	2	12	855443	855454	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
136	NC_006142	AGAATA	2	12	863507	863518	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_006142	TAAACT	2	12	872349	872360	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_006142	TAAATA	2	12	872483	872494	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_006142	AAATTT	2	12	872547	872558	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_006142	GAAAAA	2	12	872753	872764	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
141	NC_006142	CACAAA	2	12	878699	878710	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_006142	AGATGA	2	12	879441	879452	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_006142	TTTTAC	2	12	897347	897358	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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159	NC_006142	TAAAAA	2	12	1038532	1038543	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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165	NC_006142	ATATTT	2	12	1111137	1111148	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.