MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. Madrid E chromosome

Total Repeats: 136

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000963	ATCTAA	2	12	19395	19406	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_000963	TACTAG	2	12	29570	29581	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_000963	CTACGT	2	12	29759	29770	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_000963	AGAAAC	2	12	29811	29822	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_000963	AATAAG	2	12	32577	32588	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_000963	TTTAAT	2	12	37511	37522	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_000963	CTTTGT	2	12	44585	44596	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_000963	ATAAAA	2	12	52899	52910	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_000963	AATATT	2	12	142638	142649	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_000963	ATAATT	2	12	153035	153046	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_000963	TAGAGA	2	12	153573	153584	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_000963	TATGTA	2	12	172996	173007	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_000963	TAAAAT	2	12	184464	184475	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_000963	TTTAAT	2	12	191792	191803	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_000963	TTAATA	2	12	196754	196765	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_000963	TCTTAA	2	12	203550	203561	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_000963	AATTCA	2	12	209654	209665	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_000963	ACTATA	2	12	209836	209847	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_000963	TAATTG	2	12	224722	224733	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_000963	AATCTT	2	12	226459	226470	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_000963	TTTCTT	2	12	233328	233339	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_000963	GCAATT	2	12	234662	234673	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_000963	TAAAAA	2	12	237608	237619	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_000963	GTAAAG	2	12	238807	238818	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_000963	AAATAA	2	12	247651	247662	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_000963	CAATTA	2	12	249986	249997	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_000963	AGTAAA	2	12	254451	254462	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_000963	TAAAAT	2	12	257634	257645	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_000963	CAACTG	2	12	262465	262476	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_000963	GATTTT	2	12	264422	264433	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_000963	TCAGGA	2	12	267740	267751	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_000963	TTGCAA	2	12	270477	270488	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_000963	AAAATA	2	12	271500	271511	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_000963	TTACTA	2	12	277756	277767	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_000963	TTATAA	2	12	303445	303456	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_000963	AAGGAT	2	12	311028	311039	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_000963	ATAATT	2	12	313560	313571	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_000963	TAAAAT	2	12	323457	323468	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_000963	TTTATT	2	12	330371	330382	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_000963	ATTTTT	2	12	334262	334273	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_000963	GCATTA	2	12	336105	336116	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_000963	GTAAAA	2	12	339131	339142	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_000963	ATATTT	2	12	341432	341443	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_000963	CACTTT	2	12	342711	342722	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_000963	TCAATA	2	12	351308	351319	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_000963	TAAAAT	2	12	353382	353393	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_000963	TCAGTA	2	12	361820	361831	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_000963	TTAACT	2	12	362361	362372	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_000963	TATCTA	2	12	368157	368168	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_000963	TATTAG	2	12	370018	370029	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_000963	AATTTT	2	12	375433	375444	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_000963	CATTAT	2	12	422824	422835	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_000963	AGAAAA	2	12	425063	425074	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_000963	ATATCT	2	12	437276	437287	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_000963	TTAATT	2	12	445896	445907	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_000963	ATTTTA	2	12	446504	446515	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_000963	TTAGTA	3	18	450063	450080	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_000963	TTTTTA	2	12	451421	451432	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_000963	TCTATT	2	12	482502	482513	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_000963	ATTTAG	2	12	483789	483800	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_000963	TAAATA	2	12	484581	484592	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_000963	TATTTT	2	12	504397	504408	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_000963	ATTTTT	2	12	507845	507856	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_000963	AAATTT	2	12	532449	532460	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_000963	TTTATA	2	12	544556	544567	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_000963	GCAAAA	2	12	554497	554508	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_000963	CATTAA	2	12	554936	554947	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_000963	AATAAA	2	12	569864	569875	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_000963	AAAGCA	2	12	580220	580231	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_000963	TCTATT	2	12	604179	604190	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_000963	ATTTTG	2	12	609102	609113	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_000963	CATAAT	2	12	613962	613973	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_000963	ATTAAA	2	12	620442	620453	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_000963	TTTAAA	2	12	629586	629597	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_000963	GAAATA	2	12	642108	642119	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_000963	AAAATA	2	12	668562	668573	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_000963	TGGTAT	2	12	668954	668965	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_000963	TCAATT	2	12	680580	680591	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_000963	TTTTAA	2	12	688967	688978	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_000963	TCAGAT	2	12	691143	691154	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_000963	TAAAAC	2	12	691553	691564	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_000963	GGAGTA	2	12	701891	701902	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_000963	ACATCA	2	12	708492	708503	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_000963	ATTACA	2	12	715244	715255	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_000963	ATTAAT	2	12	715773	715784	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_000963	TGATTT	2	12	721772	721783	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_000963	TAATAT	2	12	721907	721918	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_000963	GCTTTA	2	12	722435	722446	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_000963	TAATTT	2	12	726140	726151	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_000963	TATTTT	2	12	737211	737222	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_000963	TATTAA	2	12	741305	741316	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_000963	TTAATA	2	12	743609	743620	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_000963	TGATAT	2	12	743631	743642	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_000963	CAAAAA	2	12	744286	744297	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_000963	GATATT	2	12	746735	746746	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_000963	GTAATT	2	12	747807	747818	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_000963	TTATTT	2	12	763502	763513	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_000963	AATAAG	2	12	772677	772688	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_000963	GAAAAA	2	12	778573	778584	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_000963	TTCAAT	2	12	794051	794062	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_000963	TTTTAA	2	12	795716	795727	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_000963	AAAATA	2	12	797520	797531	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_000963	AAAAAT	2	12	800114	800125	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_000963	GTTTAT	2	12	800786	800797	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_000963	TAATCT	2	12	823092	823103	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_000963	GTACTT	2	12	831679	831690	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_000963	GTGTAT	2	12	831704	831715	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_000963	ATATTT	2	12	832829	832840	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_000963	TTTTTA	2	12	839661	839672	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_000963	TACAAG	2	12	843311	843322	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_000963	ACTGAC	2	12	864603	864614	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_000963	CACAAA	2	12	869949	869960	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_000963	ATTTTG	2	12	886584	886595	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_000963	TAATGA	2	12	896165	896176	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_000963	TCTTTT	2	12	921176	921187	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_000963	AATAGC	2	12	933433	933444	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_000963	TATGTT	2	12	934796	934807	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_000963	TTTAGT	2	12	970210	970221	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_000963	AAGCTG	2	12	976677	976688	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_000963	TAAATA	2	12	982776	982787	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_000963	ATCTGT	2	12	999350	999361	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_000963	ATTATC	2	12	1015140	1015151	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_000963	TTACTG	2	12	1034758	1034769	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_000963	AAATTT	2	12	1035047	1035058	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_000963	TATTGT	2	12	1035239	1035250	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_000963	TTCACT	2	12	1048658	1048669	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_000963	AAAAAT	2	12	1062396	1062407	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_000963	TAACAA	2	12	1064063	1064074	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_000963	TTAAAG	2	12	1081963	1081974	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_000963	AAGTAA	2	12	1093592	1093603	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_000963	ATATTA	2	12	1094422	1094433	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_000963	ATATAA	2	12	1099836	1099847	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_000963	TTATTT	2	12	1100201	1100212	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_000963	AACGTT	2	12	1105547	1105558	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_000963	TTCTTA	2	12	1105845	1105856	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_000963	TATAAA	2	12	1108474	1108485	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.