MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium tropici CIAT 899 plasmid pRtrCIAT899a

Total Repeats: 129

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020060	CCGAC	2	10	3988	3997	20 %	0 %	20 %	60 %	440228571
2	NC_020060	GGTCT	2	10	4199	4208	0 %	40 %	40 %	20 %	440228571
3	NC_020060	AGGGG	2	10	4733	4742	20 %	0 %	80 %	0 %	440228571
4	NC_020060	CGGCG	2	10	5094	5103	0 %	0 %	60 %	40 %	440228572
5	NC_020060	AGGGC	2	10	5612	5621	20 %	0 %	60 %	20 %	440228572
6	NC_020060	TCCGG	2	10	7230	7239	0 %	20 %	40 %	40 %	440228574
7	NC_020060	CATCG	2	10	7246	7255	20 %	20 %	20 %	40 %	440228574
8	NC_020060	GCGCG	2	10	9299	9308	0 %	0 %	60 %	40 %	440228576
9	NC_020060	CCGAT	2	10	11703	11712	20 %	20 %	20 %	40 %	440228578
10	NC_020060	GTTCC	2	10	15192	15201	0 %	40 %	20 %	40 %	440228581
11	NC_020060	CAAGG	2	10	18946	18955	40 %	0 %	40 %	20 %	440228585
12	NC_020060	CGACG	2	10	19756	19765	20 %	0 %	40 %	40 %	440228586
13	NC_020060	GTGGC	2	10	24601	24610	0 %	20 %	60 %	20 %	440228592
14	NC_020060	CAGGC	2	10	24981	24990	20 %	0 %	40 %	40 %	440228593
15	NC_020060	CAAAG	2	10	25342	25351	60 %	0 %	20 %	20 %	440228593
16	NC_020060	TCCCG	2	10	26152	26161	0 %	20 %	20 %	60 %	440228593
17	NC_020060	AGCGA	2	10	26237	26246	40 %	0 %	40 %	20 %	440228593
18	NC_020060	TCCGA	2	10	26504	26513	20 %	20 %	20 %	40 %	440228593
19	NC_020060	CGAAA	2	10	27337	27346	60 %	0 %	20 %	20 %	440228594
20	NC_020060	TGCGC	2	10	27661	27670	0 %	20 %	40 %	40 %	440228594
21	NC_020060	AAACC	2	10	27761	27770	60 %	0 %	0 %	40 %	440228594
22	NC_020060	GAATT	2	10	27795	27804	40 %	40 %	20 %	0 %	440228594
23	NC_020060	AAGCC	2	10	35001	35010	40 %	0 %	20 %	40 %	440228601
24	NC_020060	TGCTT	2	10	35278	35287	0 %	60 %	20 %	20 %	440228601
25	NC_020060	ATCGT	2	10	41121	41130	20 %	40 %	20 %	20 %	440228607
26	NC_020060	CAAGG	2	10	42156	42165	40 %	0 %	40 %	20 %	440228608
27	NC_020060	TCCTC	2	10	44023	44032	0 %	40 %	0 %	60 %	440228609
28	NC_020060	GGCGC	2	10	46629	46638	0 %	0 %	60 %	40 %	440228611
29	NC_020060	TGCTT	2	10	47207	47216	0 %	60 %	20 %	20 %	440228611
30	NC_020060	AGCCC	2	10	50338	50347	20 %	0 %	20 %	60 %	440228613
31	NC_020060	GCGAT	2	10	51473	51482	20 %	20 %	40 %	20 %	440228615
32	NC_020060	GCTTT	2	10	51926	51935	0 %	60 %	20 %	20 %	440228615
33	NC_020060	GCAGG	2	10	57269	57278	20 %	0 %	60 %	20 %	440228620
34	NC_020060	TCAAT	2	10	57357	57366	40 %	40 %	0 %	20 %	440228620
35	NC_020060	TTCAT	2	10	59913	59922	20 %	60 %	0 %	20 %	440228624
36	NC_020060	GATCG	2	10	60465	60474	20 %	20 %	40 %	20 %	440228625
37	NC_020060	ATTTT	2	10	61091	61100	20 %	80 %	0 %	0 %	440228626
38	NC_020060	TCCAT	2	10	62497	62506	20 %	40 %	0 %	40 %	440228628
39	NC_020060	CCGCG	2	10	64880	64889	0 %	0 %	40 %	60 %	440228631
40	NC_020060	GCAAA	2	10	68389	68398	60 %	0 %	20 %	20 %	440228634
41	NC_020060	CAATC	2	10	69073	69082	40 %	20 %	0 %	40 %	440228635
42	NC_020060	TCGGC	2	10	70894	70903	0 %	20 %	40 %	40 %	440228637
43	NC_020060	ACGGA	2	10	76112	76121	40 %	0 %	40 %	20 %	440228643
44	NC_020060	GCAAG	2	10	77395	77404	40 %	0 %	40 %	20 %	440228645
45	NC_020060	CTTCG	2	10	77763	77772	0 %	40 %	20 %	40 %	440228645
46	NC_020060	GATGA	2	10	78346	78355	40 %	20 %	40 %	0 %	440228645
47	NC_020060	CGCGA	2	10	81672	81681	20 %	0 %	40 %	40 %	440228647
48	NC_020060	CTCGC	2	10	81889	81898	0 %	20 %	20 %	60 %	440228647
49	NC_020060	CGGCG	2	10	86280	86289	0 %	0 %	60 %	40 %	440228651
50	NC_020060	GGCGA	2	10	94378	94387	20 %	0 %	60 %	20 %	440228658
51	NC_020060	TGGCC	2	10	96719	96728	0 %	20 %	40 %	40 %	440228661
52	NC_020060	GAGTG	2	10	97124	97133	20 %	20 %	60 %	0 %	440228662
53	NC_020060	AGCGG	2	10	101656	101665	20 %	0 %	60 %	20 %	440228665
54	NC_020060	CGATC	2	10	101860	101869	20 %	20 %	20 %	40 %	440228665
55	NC_020060	AACCC	2	10	102546	102555	40 %	0 %	0 %	60 %	440228666
56	NC_020060	GGGCT	2	10	103044	103053	0 %	20 %	60 %	20 %	440228666
57	NC_020060	CGAGA	2	10	103471	103480	40 %	0 %	40 %	20 %	440228667
58	NC_020060	GGCGA	2	10	104098	104107	20 %	0 %	60 %	20 %	440228667
59	NC_020060	GCTGT	2	10	107044	107053	0 %	40 %	40 %	20 %	440228670
60	NC_020060	CAATC	2	10	107213	107222	40 %	20 %	0 %	40 %	440228670
61	NC_020060	CGTAT	2	10	107708	107717	20 %	40 %	20 %	20 %	440228670
62	NC_020060	CGACA	2	10	110300	110309	40 %	0 %	20 %	40 %	440228673
63	NC_020060	CGGCG	2	10	111211	111220	0 %	0 %	60 %	40 %	440228674
64	NC_020060	GATGG	2	10	111766	111775	20 %	20 %	60 %	0 %	440228674
65	NC_020060	CTTGC	2	10	111955	111964	0 %	40 %	20 %	40 %	440228675
66	NC_020060	CAACG	2	10	117532	117541	40 %	0 %	20 %	40 %	440228680
67	NC_020060	TCGGG	2	10	118218	118227	0 %	20 %	60 %	20 %	440228680
68	NC_020060	GCGCG	2	10	118787	118796	0 %	0 %	60 %	40 %	440228681
69	NC_020060	CCTGT	2	10	123619	123628	0 %	40 %	20 %	40 %	440228686
70	NC_020060	CGACC	2	10	123831	123840	20 %	0 %	20 %	60 %	440228686
71	NC_020060	GCTCG	2	10	123921	123930	0 %	20 %	40 %	40 %	440228686
72	NC_020060	TTCCG	2	10	127627	127636	0 %	40 %	20 %	40 %	440228691
73	NC_020060	TGGCC	2	10	129368	129377	0 %	20 %	40 %	40 %	440228692
74	NC_020060	TCGTC	2	10	131672	131681	0 %	40 %	20 %	40 %	440228693
75	NC_020060	GCCAT	2	10	135636	135645	20 %	20 %	20 %	40 %	440228698
76	NC_020060	GCCCA	2	10	139645	139654	20 %	0 %	20 %	60 %	440228703
77	NC_020060	AACCG	2	10	141337	141346	40 %	0 %	20 %	40 %	440228704
78	NC_020060	CCTCC	2	10	142160	142169	0 %	20 %	0 %	80 %	440228705
79	NC_020060	GAACC	2	10	143691	143700	40 %	0 %	20 %	40 %	440228706
80	NC_020060	CGCGA	2	10	144678	144687	20 %	0 %	40 %	40 %	440228707
81	NC_020060	GCGTC	2	10	146136	146145	0 %	20 %	40 %	40 %	440228708
82	NC_020060	CCTCT	2	10	148491	148500	0 %	40 %	0 %	60 %	440228711
83	NC_020060	GGTCA	2	10	149117	149126	20 %	20 %	40 %	20 %	440228712
84	NC_020060	CCAGC	2	10	156051	156060	20 %	0 %	20 %	60 %	440228718
85	NC_020060	CGGGG	2	10	158272	158281	0 %	0 %	80 %	20 %	440228719
86	NC_020060	CAGCG	2	10	158438	158447	20 %	0 %	40 %	40 %	440228719
87	NC_020060	GCTGG	2	10	158834	158843	0 %	20 %	60 %	20 %	440228719
88	NC_020060	ATCCC	2	10	162246	162255	20 %	20 %	0 %	60 %	440228721
89	NC_020060	CCGAT	2	10	164003	164012	20 %	20 %	20 %	40 %	440228723
90	NC_020060	TCAAT	2	10	164993	165002	40 %	40 %	0 %	20 %	440228723
91	NC_020060	CGGCG	2	10	165528	165537	0 %	0 %	60 %	40 %	440228724
92	NC_020060	ATGAG	2	10	167009	167018	40 %	20 %	40 %	0 %	440228725
93	NC_020060	GCGAG	2	10	168978	168987	20 %	0 %	60 %	20 %	440228727
94	NC_020060	GAAGA	2	10	173102	173111	60 %	0 %	40 %	0 %	440228733
95	NC_020060	AGGGC	2	10	175119	175128	20 %	0 %	60 %	20 %	440228735
96	NC_020060	ACCAC	2	10	176579	176588	40 %	0 %	0 %	60 %	440228735
97	NC_020060	ACGCC	2	10	177252	177261	20 %	0 %	20 %	60 %	440228735
98	NC_020060	GCCGT	2	10	177874	177883	0 %	20 %	40 %	40 %	440228735
99	NC_020060	CGGCC	2	10	181266	181275	0 %	0 %	40 %	60 %	440228737
100	NC_020060	GGCGA	2	10	181930	181939	20 %	0 %	60 %	20 %	440228737
101	NC_020060	GAGGC	2	10	183758	183767	20 %	0 %	60 %	20 %	440228739
102	NC_020060	GTTTC	2	10	184627	184636	0 %	60 %	20 %	20 %	440228741
103	NC_020060	TCCTC	2	10	184955	184964	0 %	40 %	0 %	60 %	440228741
104	NC_020060	CCCCG	2	10	187608	187617	0 %	0 %	20 %	80 %	440228745
105	NC_020060	GCCCC	2	10	192032	192041	0 %	0 %	20 %	80 %	440228751
106	NC_020060	ATCCG	2	10	194050	194059	20 %	20 %	20 %	40 %	440228754
107	NC_020060	CCCAA	2	10	196028	196037	40 %	0 %	0 %	60 %	440228754
108	NC_020060	CGGAA	2	10	196420	196429	40 %	0 %	40 %	20 %	440228754
109	NC_020060	TCCGG	2	10	197112	197121	0 %	20 %	40 %	40 %	440228755
110	NC_020060	TGATT	2	10	198029	198038	20 %	60 %	20 %	0 %	440228756
111	NC_020060	GCCAA	2	10	198537	198546	40 %	0 %	20 %	40 %	440228756
112	NC_020060	CAGCG	2	10	199568	199577	20 %	0 %	40 %	40 %	440228758
113	NC_020060	GCGCC	2	10	200298	200307	0 %	0 %	40 %	60 %	440228759
114	NC_020060	GACTT	2	10	200582	200591	20 %	40 %	20 %	20 %	440228759
115	NC_020060	ATGCT	2	10	203764	203773	20 %	40 %	20 %	20 %	440228763
116	NC_020060	TGACG	2	10	204665	204674	20 %	20 %	40 %	20 %	440228765
117	NC_020060	GCTGT	2	10	205062	205071	0 %	40 %	40 %	20 %	440228766
118	NC_020060	TGCGG	2	10	205130	205139	0 %	20 %	60 %	20 %	440228766
119	NC_020060	TCCGA	2	10	206219	206228	20 %	20 %	20 %	40 %	440228767
120	NC_020060	CCCTC	2	10	208768	208777	0 %	20 %	0 %	80 %	440228770
121	NC_020060	CTGCG	2	10	208892	208901	0 %	20 %	40 %	40 %	440228770
122	NC_020060	CGGAT	2	10	209682	209691	20 %	20 %	40 %	20 %	440228770
123	NC_020060	CTCCC	2	10	209753	209762	0 %	20 %	0 %	80 %	440228770
124	NC_020060	GTTGC	2	10	210605	210614	0 %	40 %	40 %	20 %	440228771
125	NC_020060	CCGCT	2	10	210650	210659	0 %	20 %	20 %	60 %	440228772
126	NC_020060	CCCAG	2	10	212512	212521	20 %	0 %	20 %	60 %	440228774
127	NC_020060	TCTTA	2	10	213192	213201	20 %	60 %	0 %	20 %	440228775
128	NC_020060	AGTCA	2	10	213723	213732	40 %	20 %	20 %	20 %	440228775
129	NC_020060	CCCTC	2	10	214851	214860	0 %	20 %	0 %	80 %	440228776

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.