MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Rahnella aquatilis HX2 plasmid PRA2

Total Repeats: 167

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017773	ATAC	2	8	296	303	50 %	25 %	0 %	25 %	386844998
2	NC_017773	GTTG	2	8	1115	1122	0 %	50 %	50 %	0 %	386844999
3	NC_017773	GTGA	2	8	1437	1444	25 %	25 %	50 %	0 %	386844999
4	NC_017773	ACGA	2	8	1462	1469	50 %	0 %	25 %	25 %	386844999
5	NC_017773	TGCT	2	8	1552	1559	0 %	50 %	25 %	25 %	386844999
6	NC_017773	CAGA	2	8	2283	2290	50 %	0 %	25 %	25 %	386845000
7	NC_017773	CCGT	2	8	2692	2699	0 %	25 %	25 %	50 %	386845000
8	NC_017773	GAAT	2	8	2965	2972	50 %	25 %	25 %	0 %	386845001
9	NC_017773	AATG	2	8	3326	3333	50 %	25 %	25 %	0 %	386845001
10	NC_017773	AGCC	2	8	3386	3393	25 %	0 %	25 %	50 %	386845001
11	NC_017773	GCGT	2	8	3913	3920	0 %	25 %	50 %	25 %	386845001
12	NC_017773	CTGT	2	8	3954	3961	0 %	50 %	25 %	25 %	386845001
13	NC_017773	GTCA	2	8	3999	4006	25 %	25 %	25 %	25 %	386845001
14	NC_017773	CTGC	2	8	5242	5249	0 %	25 %	25 %	50 %	386845002
15	NC_017773	ATTT	2	8	5565	5572	25 %	75 %	0 %	0 %	386845002
16	NC_017773	GCTG	2	8	6756	6763	0 %	25 %	50 %	25 %	386845005
17	NC_017773	GCGA	2	8	8293	8300	25 %	0 %	50 %	25 %	386845006
18	NC_017773	TGCA	2	8	8549	8556	25 %	25 %	25 %	25 %	386845007
19	NC_017773	AATG	2	8	8751	8758	50 %	25 %	25 %	0 %	386845007
20	NC_017773	CTTT	2	8	10806	10813	0 %	75 %	0 %	25 %	386845010
21	NC_017773	ATTT	2	8	10848	10855	25 %	75 %	0 %	0 %	386845010
22	NC_017773	CCTT	2	8	11694	11701	0 %	50 %	0 %	50 %	386845011
23	NC_017773	ATTT	2	8	11813	11820	25 %	75 %	0 %	0 %	386845011
24	NC_017773	CTGG	2	8	13053	13060	0 %	25 %	50 %	25 %	386845012
25	NC_017773	AATC	2	8	13231	13238	50 %	25 %	0 %	25 %	386845012
26	NC_017773	GCAG	2	8	13315	13322	25 %	0 %	50 %	25 %	386845012
27	NC_017773	TTCA	2	8	13733	13740	25 %	50 %	0 %	25 %	386845012
28	NC_017773	TCGA	2	8	14096	14103	25 %	25 %	25 %	25 %	386845012
29	NC_017773	AATG	2	8	14749	14756	50 %	25 %	25 %	0 %	386845013
30	NC_017773	AGTA	2	8	14864	14871	50 %	25 %	25 %	0 %	386845013
31	NC_017773	TATT	2	8	15613	15620	25 %	75 %	0 %	0 %	386845014
32	NC_017773	TTCT	2	8	15678	15685	0 %	75 %	0 %	25 %	386845014
33	NC_017773	ATTT	2	8	16710	16717	25 %	75 %	0 %	0 %	386845015
34	NC_017773	CAGG	2	8	18355	18362	25 %	0 %	50 %	25 %	386845015
35	NC_017773	CCGA	2	8	18379	18386	25 %	0 %	25 %	50 %	386845015
36	NC_017773	CTAT	2	8	18965	18972	25 %	50 %	0 %	25 %	386845015
37	NC_017773	CGTT	2	8	19820	19827	0 %	50 %	25 %	25 %	386845016
38	NC_017773	ATGC	2	8	19993	20000	25 %	25 %	25 %	25 %	386845016
39	NC_017773	TCAG	2	8	20096	20103	25 %	25 %	25 %	25 %	386845016
40	NC_017773	CTGT	2	8	21291	21298	0 %	50 %	25 %	25 %	386845017
41	NC_017773	GAAC	2	8	21423	21430	50 %	0 %	25 %	25 %	386845017
42	NC_017773	TCAG	2	8	22274	22281	25 %	25 %	25 %	25 %	386845018
43	NC_017773	GCAA	2	8	22377	22384	50 %	0 %	25 %	25 %	386845018
44	NC_017773	CGAA	2	8	23021	23028	50 %	0 %	25 %	25 %	386845019
45	NC_017773	AAAG	2	8	23183	23190	75 %	0 %	25 %	0 %	386845019
46	NC_017773	TATT	2	8	24291	24298	25 %	75 %	0 %	0 %	386845020
47	NC_017773	GAAG	2	8	24408	24415	50 %	0 %	50 %	0 %	386845020
48	NC_017773	CAGA	2	8	24811	24818	50 %	0 %	25 %	25 %	386845020
49	NC_017773	ATCA	2	8	24856	24863	50 %	25 %	0 %	25 %	386845020
50	NC_017773	TACT	2	8	25926	25933	25 %	50 %	0 %	25 %	386845022
51	NC_017773	ATCA	2	8	26103	26110	50 %	25 %	0 %	25 %	386845022
52	NC_017773	TGAA	2	8	27150	27157	50 %	25 %	25 %	0 %	386845024
53	NC_017773	GTCA	2	8	27173	27180	25 %	25 %	25 %	25 %	386845024
54	NC_017773	CCGC	2	8	27226	27233	0 %	0 %	25 %	75 %	386845024
55	NC_017773	TATG	2	8	28034	28041	25 %	50 %	25 %	0 %	386845025
56	NC_017773	GCTG	2	8	28157	28164	0 %	25 %	50 %	25 %	386845025
57	NC_017773	GCAG	2	8	28268	28275	25 %	0 %	50 %	25 %	386845025
58	NC_017773	GGTT	2	8	28764	28771	0 %	50 %	50 %	0 %	386845026
59	NC_017773	ATTG	2	8	28908	28915	25 %	50 %	25 %	0 %	386845026
60	NC_017773	CGGT	2	8	28973	28980	0 %	25 %	50 %	25 %	386845026
61	NC_017773	CGTT	2	8	29738	29745	0 %	50 %	25 %	25 %	386845026
62	NC_017773	GCCA	2	8	30220	30227	25 %	0 %	25 %	50 %	386845027
63	NC_017773	GCTG	2	8	31238	31245	0 %	25 %	50 %	25 %	386845027
64	NC_017773	CGCT	2	8	31302	31309	0 %	25 %	25 %	50 %	386845027
65	NC_017773	ATTC	2	8	31358	31365	25 %	50 %	0 %	25 %	386845027
66	NC_017773	CTGC	2	8	32113	32120	0 %	25 %	25 %	50 %	386845029
67	NC_017773	TGGC	2	8	32507	32514	0 %	25 %	50 %	25 %	386845029
68	NC_017773	TGAT	2	8	32760	32767	25 %	50 %	25 %	0 %	386845030
69	NC_017773	AGCC	2	8	32769	32776	25 %	0 %	25 %	50 %	386845030
70	NC_017773	GAGC	2	8	32998	33005	25 %	0 %	50 %	25 %	386845030
71	NC_017773	TTTA	2	8	33089	33096	25 %	75 %	0 %	0 %	386845030
72	NC_017773	ATCA	2	8	33983	33990	50 %	25 %	0 %	25 %	386845030
73	NC_017773	GGAC	2	8	34781	34788	25 %	0 %	50 %	25 %	386845031
74	NC_017773	GTGC	2	8	35343	35350	0 %	25 %	50 %	25 %	386845031
75	NC_017773	TCAC	2	8	35477	35484	25 %	25 %	0 %	50 %	386845031
76	NC_017773	GCCA	2	8	35523	35530	25 %	0 %	25 %	50 %	386845031
77	NC_017773	CTGG	2	8	37116	37123	0 %	25 %	50 %	25 %	386845034
78	NC_017773	CCGC	2	8	38038	38045	0 %	0 %	25 %	75 %	386845035
79	NC_017773	GTGC	2	8	38800	38807	0 %	25 %	50 %	25 %	386845036
80	NC_017773	GTAT	2	8	39032	39039	25 %	50 %	25 %	0 %	386845036
81	NC_017773	CGGG	2	8	39317	39324	0 %	0 %	75 %	25 %	386845036
82	NC_017773	GGCA	2	8	39599	39606	25 %	0 %	50 %	25 %	386845036
83	NC_017773	CGTG	2	8	40258	40265	0 %	25 %	50 %	25 %	386845038
84	NC_017773	CTGG	2	8	40372	40379	0 %	25 %	50 %	25 %	386845038
85	NC_017773	TTTG	2	8	40516	40523	0 %	75 %	25 %	0 %	386845038
86	NC_017773	GCCA	2	8	41897	41904	25 %	0 %	25 %	50 %	386845040
87	NC_017773	TTTC	2	8	42342	42349	0 %	75 %	0 %	25 %	386845040
88	NC_017773	CAAT	2	8	42567	42574	50 %	25 %	0 %	25 %	386845040
89	NC_017773	CCGT	2	8	42679	42686	0 %	25 %	25 %	50 %	386845040
90	NC_017773	GCAG	2	8	42703	42710	25 %	0 %	50 %	25 %	386845040
91	NC_017773	GGTC	2	8	42714	42721	0 %	25 %	50 %	25 %	386845040
92	NC_017773	AACG	2	8	42825	42832	50 %	0 %	25 %	25 %	386845040
93	NC_017773	GCCC	2	8	42992	42999	0 %	0 %	25 %	75 %	386845040
94	NC_017773	TACC	2	8	43172	43179	25 %	25 %	0 %	50 %	386845041
95	NC_017773	CAGC	2	8	43677	43684	25 %	0 %	25 %	50 %	386845041
96	NC_017773	CATT	2	8	43893	43900	25 %	50 %	0 %	25 %	386845041
97	NC_017773	GTGC	2	8	44215	44222	0 %	25 %	50 %	25 %	386845041
98	NC_017773	CTGC	2	8	44275	44282	0 %	25 %	25 %	50 %	386845041
99	NC_017773	CGTG	2	8	44418	44425	0 %	25 %	50 %	25 %	386845041
100	NC_017773	GCTG	2	8	44561	44568	0 %	25 %	50 %	25 %	386845041
101	NC_017773	TCCT	2	8	44922	44929	0 %	50 %	0 %	50 %	386845042
102	NC_017773	CCTG	2	8	45055	45062	0 %	25 %	25 %	50 %	386845042
103	NC_017773	CAGC	2	8	45585	45592	25 %	0 %	25 %	50 %	386845042
104	NC_017773	GGCG	2	8	45594	45601	0 %	0 %	75 %	25 %	386845042
105	NC_017773	CTTA	2	8	45845	45852	25 %	50 %	0 %	25 %	386845042
106	NC_017773	GCAC	2	8	46494	46501	25 %	0 %	25 %	50 %	386845043
107	NC_017773	AATG	2	8	46776	46783	50 %	25 %	25 %	0 %	386845043
108	NC_017773	CTGG	2	8	47159	47166	0 %	25 %	50 %	25 %	386845044
109	NC_017773	CAGC	2	8	47584	47591	25 %	0 %	25 %	50 %	386845044
110	NC_017773	ACTG	2	8	48705	48712	25 %	25 %	25 %	25 %	386845045
111	NC_017773	TTGT	2	8	48870	48877	0 %	75 %	25 %	0 %	386845045
112	NC_017773	TCTT	2	8	49420	49427	0 %	75 %	0 %	25 %	386845046
113	NC_017773	GCCA	2	8	49756	49763	25 %	0 %	25 %	50 %	386845046
114	NC_017773	ATTT	2	8	50132	50139	25 %	75 %	0 %	0 %	386845046
115	NC_017773	GCAG	2	8	50599	50606	25 %	0 %	50 %	25 %	386845046
116	NC_017773	GCCC	2	8	50837	50844	0 %	0 %	25 %	75 %	386845046
117	NC_017773	CATA	2	8	51161	51168	50 %	25 %	0 %	25 %	386845046
118	NC_017773	GCTG	2	8	51261	51268	0 %	25 %	50 %	25 %	386845046
119	NC_017773	AAAT	2	8	51829	51836	75 %	25 %	0 %	0 %	386845046
120	NC_017773	GTTG	2	8	52149	52156	0 %	50 %	50 %	0 %	386845046
121	NC_017773	GGCA	2	8	52185	52192	25 %	0 %	50 %	25 %	386845046
122	NC_017773	GGAC	2	8	54486	54493	25 %	0 %	50 %	25 %	386845048
123	NC_017773	TAAA	2	8	54907	54914	75 %	25 %	0 %	0 %	386845048
124	NC_017773	TTCA	2	8	54951	54958	25 %	50 %	0 %	25 %	386845048
125	NC_017773	TTTG	2	8	56845	56852	0 %	75 %	25 %	0 %	386845052
126	NC_017773	ATTT	2	8	57328	57335	25 %	75 %	0 %	0 %	386845052
127	NC_017773	TGGT	3	12	57656	57667	0 %	50 %	50 %	0 %	386845052
128	NC_017773	CATT	2	8	57996	58003	25 %	50 %	0 %	25 %	386845053
129	NC_017773	TATT	2	8	58149	58156	25 %	75 %	0 %	0 %	386845053
130	NC_017773	GCTG	2	8	58193	58200	0 %	25 %	50 %	25 %	386845053
131	NC_017773	TGCC	2	8	58471	58478	0 %	25 %	25 %	50 %	386845054
132	NC_017773	GGTA	2	8	59791	59798	25 %	25 %	50 %	0 %	386845056
133	NC_017773	CATC	2	8	59803	59810	25 %	25 %	0 %	50 %	386845056
134	NC_017773	AAGC	2	8	60509	60516	50 %	0 %	25 %	25 %	386845057
135	NC_017773	GCAG	2	8	60649	60656	25 %	0 %	50 %	25 %	386845057
136	NC_017773	CACC	2	8	61124	61131	25 %	0 %	0 %	75 %	386845057
137	NC_017773	TGCC	2	8	61916	61923	0 %	25 %	25 %	50 %	386845058
138	NC_017773	ACCA	2	8	62095	62102	50 %	0 %	0 %	50 %	386845058
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.