MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rahnella aquatilis HX2 plasmid PRA1

Total Repeats: 191

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017060	TCCTGA	2	12	3019	3030	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384527589
2	NC_017060	CGCCAG	2	12	3678	3689	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384527589
3	NC_017060	CTGCTT	2	12	6307	6318	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	384527592
4	NC_017060	CTGATG	2	12	14120	14131	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384527599
5	NC_017060	TGCCGT	2	12	15261	15272	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384527600
6	NC_017060	CCAGCG	2	12	15360	15371	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384527600
7	NC_017060	CATCGA	2	12	15468	15479	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384527600
8	NC_017060	CAGCAC	2	12	17124	17135	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	384527602
9	NC_017060	GTTTTC	2	12	19939	19950	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384527603
10	NC_017060	CATTAA	2	12	20523	20534	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384527603
11	NC_017060	ATAACG	2	12	21837	21848	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384527605
12	NC_017060	CAGCGC	2	12	24808	24819	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384527607
13	NC_017060	TACCGA	2	12	25068	25079	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384527607
14	NC_017060	TTTTTA	2	12	29734	29745	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384527612
15	NC_017060	TGCTGG	2	12	36548	36559	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384527617
16	NC_017060	CAGGGT	2	12	39950	39961	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384527620
17	NC_017060	TGCCGT	2	12	40480	40491	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384527621
18	NC_017060	AACTGC	2	12	41038	41049	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384527621
19	NC_017060	GTGCCG	2	12	41721	41732	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	384527621
20	NC_017060	CCTGCG	2	12	43103	43114	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	384527621
21	NC_017060	AGCCGG	2	12	43728	43739	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	384527622
22	NC_017060	TGGTAT	2	12	44908	44919	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384527622
23	NC_017060	CCTGAT	2	12	46785	46796	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384527623
24	NC_017060	CGCTTC	2	12	53199	53210	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	384527629
25	NC_017060	AAATAA	2	12	59667	59678	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384527636
26	NC_017060	TCGATG	2	12	60363	60374	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384527636
27	NC_017060	AGATGA	2	12	61649	61660	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384527637
28	NC_017060	CGTCTG	2	12	63837	63848	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384527637
29	NC_017060	TATATC	2	12	70256	70267	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384527645
30	NC_017060	CTAAAT	2	12	73379	73390	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384527648
31	NC_017060	CAGCAA	2	12	77462	77473	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384527649
32	NC_017060	GCTTCC	2	12	80278	80289	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	384527653
33	NC_017060	AAAACT	2	12	81625	81636	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384527654
34	NC_017060	GATGTC	2	12	82822	82833	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384527657
35	NC_017060	ACGCCG	2	12	85719	85730	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384527661
36	NC_017060	CTGAGT	2	12	86144	86155	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384527661
37	NC_017060	ATAAAT	2	12	86720	86731	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384527661
38	NC_017060	AACATC	2	12	92863	92874	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384527666
39	NC_017060	TCTCCT	2	12	97466	97477	0 %	50 %	0 %	50 %	384527673
40	NC_017060	ATTCGT	2	12	97525	97536	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384527673
41	NC_017060	GCCAGC	2	12	98081	98092	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384527674
42	NC_017060	TGATGG	2	12	103109	103120	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384527682
43	NC_017060	GCCAGA	2	12	114023	114034	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384527693
44	NC_017060	AGCCGA	2	12	118320	118331	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384527695
45	NC_017060	TTCAGG	2	12	118817	118828	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384527695
46	NC_017060	AACAAG	2	12	120487	120498	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384527696
47	NC_017060	GAATTT	2	12	122974	122985	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384527698
48	NC_017060	GAACTG	2	12	123214	123225	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384527698
49	NC_017060	AAAGCG	2	12	123427	123438	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384527698
50	NC_017060	CCGTGG	2	12	126239	126250	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	384527701
51	NC_017060	GCGCTG	2	12	130431	130442	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	384527703
52	NC_017060	AGTATC	2	12	136571	136582	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384527706
53	NC_017060	GCGCCA	2	12	140713	140724	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384527712
54	NC_017060	TGCCCA	2	12	143686	143697	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	384527713
55	NC_017060	GATACC	2	12	144488	144499	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384527713
56	NC_017060	CGCTGG	2	12	162136	162147	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	384527725
57	NC_017060	CCACGC	2	12	164062	164073	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	384527728
58	NC_017060	CACGTT	2	12	164476	164487	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384527728
59	NC_017060	CTTCCA	2	12	167588	167599	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	384527730
60	NC_017060	ATCTGC	2	12	168035	168046	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384527731
61	NC_017060	CCATCG	2	12	168986	168997	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	384527732
62	NC_017060	TCAGCA	2	12	169361	169372	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384527732
63	NC_017060	CAGCGC	2	12	169823	169834	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384527733
64	NC_017060	TGCCGG	2	12	177388	177399	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	384527739
65	NC_017060	AAAGGT	2	12	180231	180242	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384527743
66	NC_017060	CGCTGG	2	12	180639	180650	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	384527744
67	NC_017060	GACACT	2	12	180707	180718	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384527744
68	NC_017060	ATCTGC	2	12	182760	182771	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384527746
69	NC_017060	GTCTGT	2	12	184263	184274	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384527748
70	NC_017060	CGATGA	2	12	189782	189793	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384527754
71	NC_017060	CAATAT	2	12	190622	190633	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384527755
72	NC_017060	AAAGAT	2	12	191107	191118	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384527755
73	NC_017060	CATGAT	2	12	193413	193424	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384527757
74	NC_017060	TAAAAG	2	12	194565	194576	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384527759
75	NC_017060	TGCCGG	2	12	195346	195357	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	384527760
76	NC_017060	CTGATC	2	12	205692	205703	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384527772
77	NC_017060	ACACTG	2	12	210421	210432	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384527776
78	NC_017060	ACTGGC	2	12	211121	211132	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	384527777
79	NC_017060	GGCAAA	2	12	218825	218836	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384527785
80	NC_017060	ATCTGG	2	12	220725	220736	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384527786
81	NC_017060	CGTTCA	2	12	229439	229450	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384527797
82	NC_017060	TTTATC	2	12	231288	231299	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384527802
83	NC_017060	CCAGCG	2	12	234119	234130	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384527807
84	NC_017060	GCCAGC	2	12	234262	234273	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384527807
85	NC_017060	CGCCAG	2	12	234630	234641	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384527807
86	NC_017060	GATTTT	2	12	237104	237115	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384527810
87	NC_017060	TCTGGC	2	12	239574	239585	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384527812
88	NC_017060	ACGCAT	2	12	243917	243928	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384527816
89	NC_017060	CAGGCG	2	12	245103	245114	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	384527818
90	NC_017060	CCCGGC	2	12	245331	245342	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384527818
91	NC_017060	TGGCGG	2	12	256088	256099	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	384527829
92	NC_017060	GGTTTA	2	12	256770	256781	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384527830
93	NC_017060	AGCATC	2	12	258101	258112	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384527831
94	NC_017060	CCAGCA	2	12	259458	259469	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	384527831
95	NC_017060	GCTGGC	2	12	263043	263054	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	384527834
96	NC_017060	AATACC	2	12	264534	264545	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384527836
97	NC_017060	ATCCCC	2	12	266653	266664	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	384527839
98	NC_017060	GCGTTT	2	12	267284	267295	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384527839
99	NC_017060	GCTGGC	2	12	268237	268248	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	384527840
100	NC_017060	CCAGCG	2	12	269397	269408	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384527840
101	NC_017060	CAGCGC	2	12	271963	271974	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384527843
102	NC_017060	GCCAGC	2	12	272300	272311	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384527843
103	NC_017060	TGCCGT	2	12	276497	276508	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384527847
104	NC_017060	GTCTGG	2	12	279221	279232	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384527848
105	NC_017060	CCGCCC	2	12	280257	280268	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	384527849
106	NC_017060	TAATGA	2	12	280987	280998	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384527849
107	NC_017060	CTGATC	2	12	282965	282976	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384527852
108	NC_017060	GTGCTG	2	12	291425	291436	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384527860
109	NC_017060	TTTCAT	2	12	295701	295712	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384527862
110	NC_017060	AATTTC	2	12	295742	295753	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384527863
111	NC_017060	CCGGAA	2	12	298685	298696	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384527864
112	NC_017060	CACCGG	2	12	299876	299887	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384527865
113	NC_017060	TCAGGC	2	12	302359	302370	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	384527867
114	NC_017060	GTTTGC	2	12	305399	305410	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384527869
115	NC_017060	GCGACG	2	12	307215	307226	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	384527871
116	NC_017060	TTTATC	2	12	310022	310033	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384527873
117	NC_017060	TTCCAG	2	12	310718	310729	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384527874
118	NC_017060	TTCCGG	2	12	326484	326495	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384527889
119	NC_017060	CGATTT	2	12	326838	326849	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384527890
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121	NC_017060	TCAGTA	2	12	335528	335539	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384527898
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130	NC_017060	TACCGG	2	12	361002	361013	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	384527923
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135	NC_017060	TCCGGT	2	12	364386	364397	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384527927
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142	NC_017060	CGCCAG	2	12	387331	387342	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384527943
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.