MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia rhipicephali str. 3-7-female6-CWPP plasmid pMCC_1

Total Repeats: 145

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017055	ATC	2	6	2460	2465	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
2	NC_017055	TTC	2	6	2508	2513	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356296
3	NC_017055	TAT	2	6	2525	2530	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
4	NC_017055	CAT	2	6	2612	2617	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
5	NC_017055	AAT	2	6	2618	2623	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
6	NC_017055	ATT	2	6	2754	2759	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
7	NC_017055	TCA	2	6	2849	2854	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
8	NC_017055	TTC	2	6	2856	2861	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356296
9	NC_017055	TCA	2	6	2881	2886	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
10	NC_017055	TAA	2	6	2906	2911	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
11	NC_017055	TCT	2	6	2937	2942	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356296
12	NC_017055	ACT	2	6	2964	2969	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
13	NC_017055	TGT	2	6	2978	2983	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
14	NC_017055	TAT	2	6	2987	2992	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
15	NC_017055	AAT	2	6	3022	3027	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
16	NC_017055	TAC	2	6	3035	3040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
17	NC_017055	TGT	2	6	3047	3052	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
18	NC_017055	TAT	2	6	3056	3061	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
19	NC_017055	AAT	2	6	3091	3096	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
20	NC_017055	TAC	2	6	3104	3109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
21	NC_017055	TGT	2	6	3116	3121	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
22	NC_017055	TAT	2	6	3125	3130	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
23	NC_017055	AAT	2	6	3160	3165	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
24	NC_017055	TAC	2	6	3173	3178	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
25	NC_017055	TGT	2	6	3185	3190	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
26	NC_017055	TAT	2	6	3194	3199	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
27	NC_017055	AAT	2	6	3229	3234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
28	NC_017055	TAC	2	6	3242	3247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
29	NC_017055	TGT	2	6	3254	3259	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
30	NC_017055	TAT	2	6	3263	3268	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
31	NC_017055	AAT	2	6	3298	3303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
32	NC_017055	TAC	2	6	3311	3316	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
33	NC_017055	TGT	2	6	3323	3328	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
34	NC_017055	TAT	2	6	3332	3337	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
35	NC_017055	AAT	2	6	3367	3372	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
36	NC_017055	TAC	2	6	3380	3385	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
37	NC_017055	TGT	2	6	3392	3397	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
38	NC_017055	TAT	2	6	3401	3406	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
39	NC_017055	AAT	2	6	3436	3441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
40	NC_017055	CTA	2	6	3499	3504	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
41	NC_017055	GGA	2	6	3505	3510	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	381356296
42	NC_017055	ATT	2	6	3525	3530	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
43	NC_017055	GTA	2	6	3607	3612	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381356296
44	NC_017055	ATG	2	6	3651	3656	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381356296
45	NC_017055	TTA	2	6	3676	3681	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
46	NC_017055	GAT	2	6	3736	3741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381356296
47	NC_017055	TAT	2	6	3794	3799	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
48	NC_017055	CTT	2	6	3810	3815	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356296
49	NC_017055	ATA	2	6	3984	3989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
50	NC_017055	TAT	2	6	4056	4061	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
51	NC_017055	TAG	2	6	4112	4117	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381356296
52	NC_017055	TAC	2	6	4121	4126	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
53	NC_017055	ATT	2	6	4185	4190	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
54	NC_017055	TAT	2	6	4302	4307	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
55	NC_017055	ATT	2	6	4329	4334	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
56	NC_017055	TAA	2	6	4349	4354	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
57	NC_017055	ATA	2	6	4383	4388	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
58	NC_017055	ATA	2	6	4453	4458	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
59	NC_017055	TAA	2	6	4592	4597	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
60	NC_017055	ATT	2	6	4801	4806	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
61	NC_017055	TAA	2	6	4812	4817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
62	NC_017055	TTA	2	6	4829	4834	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
63	NC_017055	TTC	2	6	4959	4964	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356296
64	NC_017055	TAA	2	6	5033	5038	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
65	NC_017055	TTA	2	6	5095	5100	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
66	NC_017055	ATG	2	6	5157	5162	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381356296
67	NC_017055	ATG	2	6	5203	5208	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381356296
68	NC_017055	CTT	2	6	5678	5683	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356297
69	NC_017055	TGC	2	6	5706	5711	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381356297
70	NC_017055	CAC	2	6	5757	5762	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	381356297
71	NC_017055	TCT	2	6	5801	5806	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356297
72	NC_017055	GGC	2	6	6619	6624	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	381356298
73	NC_017055	AAG	2	6	6627	6632	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381356298
74	NC_017055	AAG	2	6	6919	6924	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381356298
75	NC_017055	ATT	2	6	7331	7336	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356299
76	NC_017055	TCA	2	6	7419	7424	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356299
77	NC_017055	TAC	2	6	7591	7596	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356299
78	NC_017055	CAT	2	6	7670	7675	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356299
79	NC_017055	TCA	3	9	7701	7709	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356299
80	NC_017055	CAA	2	6	7726	7731	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381356299
81	NC_017055	AAT	2	6	7779	7784	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356299
82	NC_017055	TAC	2	6	7829	7834	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356299
83	NC_017055	TGT	2	6	7873	7878	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356299
84	NC_017055	ATA	2	6	7909	7914	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356299
85	NC_017055	GCA	2	6	7915	7920	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381356299
86	NC_017055	ACT	2	6	7955	7960	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356299
87	NC_017055	ACA	2	6	8061	8066	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381356299
88	NC_017055	AAT	2	6	8161	8166	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356299
89	NC_017055	AGC	2	6	8183	8188	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381356299
90	NC_017055	TCA	2	6	8220	8225	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356299
91	NC_017055	TGT	2	6	8271	8276	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356299
92	NC_017055	TAT	2	6	8431	8436	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356300
93	NC_017055	TCA	2	6	8502	8507	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356300
94	NC_017055	GCT	2	6	8515	8520	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381356300
95	NC_017055	CAC	2	6	8530	8535	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	381356300
96	NC_017055	TGT	2	6	8561	8566	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356300
97	NC_017055	AGA	2	6	8597	8602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381356300
98	NC_017055	GAT	2	6	9266	9271	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381356301
99	NC_017055	AGC	2	6	9305	9310	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381356301
100	NC_017055	TTG	2	6	9663	9668	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356302
101	NC_017055	ATC	2	6	10085	10090	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356303
102	NC_017055	ATG	2	6	10091	10096	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381356303
103	NC_017055	TGG	2	6	10130	10135	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381356303
104	NC_017055	GAA	2	6	10512	10517	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381356303
105	NC_017055	CTA	2	6	10545	10550	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356303
106	NC_017055	CAG	2	6	10588	10593	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381356303
107	NC_017055	TAT	2	6	10702	10707	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356303
108	NC_017055	TAT	2	6	10753	10758	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356303
109	NC_017055	AGA	2	6	10813	10818	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381356303
110	NC_017055	GTG	2	6	10836	10841	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381356303
111	NC_017055	TTA	2	6	10842	10847	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356303
112	NC_017055	CTT	2	6	10864	10869	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356303
113	NC_017055	GCA	2	6	10870	10875	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381356303
114	NC_017055	TGT	2	6	10934	10939	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356303
115	NC_017055	CAT	2	6	10951	10956	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356303
116	NC_017055	AAT	2	6	11028	11033	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356303
117	NC_017055	TAT	2	6	11083	11088	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356303
118	NC_017055	ATA	2	6	11264	11269	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356303
119	NC_017055	ACA	2	6	11301	11306	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381356303
120	NC_017055	TAC	2	6	11320	11325	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356303
121	NC_017055	TGG	2	6	11682	11687	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381356304
122	NC_017055	CTT	3	9	11690	11698	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356304
123	NC_017055	ACA	2	6	12432	12437	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381356305
124	NC_017055	CTA	2	6	12473	12478	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356305
125	NC_017055	ATC	2	6	12517	12522	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356305
126	NC_017055	TAA	2	6	12642	12647	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356305
127	NC_017055	TTA	2	6	12749	12754	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356305
128	NC_017055	ATA	2	6	12767	12772	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356305
129	NC_017055	ATT	2	6	12809	12814	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356305
130	NC_017055	ATT	2	6	13059	13064	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356306
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.