MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. Chernikova chromosome

Total Repeats: 422

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017049	ATTATA	2	12	326	337	50 %	50 %	0 %	0 %	383487433
2	NC_017049	AAAGTA	2	12	1128	1139	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383487434
3	NC_017049	TTTCTC	2	12	1421	1432	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383487435
4	NC_017049	ATGCTA	2	12	1654	1665	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383487435
5	NC_017049	CTAATA	2	12	4443	4454	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383487437
6	NC_017049	CGATAT	2	12	5338	5349	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383487437
7	NC_017049	AAAATA	2	12	5541	5552	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383487437
8	NC_017049	ATATCT	2	12	8590	8601	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383487440
9	NC_017049	TTTTAT	2	12	10700	10711	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383487442
10	NC_017049	AGAAAA	2	12	10931	10942	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383487442
11	NC_017049	ATTAAA	2	12	11962	11973	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383487443
12	NC_017049	CTAATT	2	12	13554	13565	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383487445
13	NC_017049	CTATAT	2	12	14169	14180	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383487445
14	NC_017049	GAAGAT	2	12	16361	16372	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383487447
15	NC_017049	AATATA	2	12	17084	17095	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383487447
16	NC_017049	ATTTAA	2	12	18327	18338	50 %	50 %	0 %	0 %	383487448
17	NC_017049	AATTAT	2	12	18550	18561	50 %	50 %	0 %	0 %	383487448
18	NC_017049	TTTTGA	2	12	21362	21373	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383487450
19	NC_017049	TTTGTA	2	12	21501	21512	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383487450
20	NC_017049	TATCAA	2	12	22154	22165	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383487451
21	NC_017049	TTAGAA	2	12	23354	23365	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383487454
22	NC_017049	AAAAAT	2	12	24260	24271	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383487455
23	NC_017049	CATATA	2	12	25756	25767	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383487457
24	NC_017049	ATTTTT	2	12	35041	35052	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383487463
25	NC_017049	GTGAGC	2	12	40044	40055	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383487465
26	NC_017049	ATTCTT	2	12	40183	40194	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383487465
27	NC_017049	ATTTAT	2	12	42121	42132	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383487466
28	NC_017049	TGCAGC	2	12	53493	53504	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	383487476
29	NC_017049	ATAGTG	2	12	54726	54737	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383487477
30	NC_017049	AAAAAG	2	12	55554	55565	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383487477
31	NC_017049	CACTTG	2	12	56804	56815	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383487479
32	NC_017049	GAAAAA	2	12	56968	56979	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383487479
33	NC_017049	TAAAAT	2	12	60895	60906	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383487483
34	NC_017049	GAGTAG	2	12	62043	62054	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	383487483
35	NC_017049	ACTACA	2	12	65222	65233	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383487487
36	NC_017049	AGTAAA	2	12	69377	69388	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383487491
37	NC_017049	AATATT	2	12	73439	73450	50 %	50 %	0 %	0 %	383487494
38	NC_017049	TTGATT	2	12	74367	74378	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383487494
39	NC_017049	TCTTGC	2	12	74737	74748	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	383487494
40	NC_017049	GAAGCA	2	12	75343	75354	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383487495
41	NC_017049	TCAAGC	2	12	75489	75500	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383487495
42	NC_017049	CTATTA	2	12	77194	77205	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383487496
43	NC_017049	TAAAGG	2	12	77381	77392	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383487496
44	NC_017049	TTTTTA	2	12	80287	80298	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383487498
45	NC_017049	ACCTAT	2	12	85162	85173	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383487504
46	NC_017049	TATTTA	2	12	88165	88176	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383487507
47	NC_017049	AAATTA	2	12	96623	96634	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383487510
48	NC_017049	TAGCGG	2	12	98317	98328	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383487512
49	NC_017049	TCTTTT	2	12	98675	98686	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383487512
50	NC_017049	GGTATT	2	12	99416	99427	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	383487513
51	NC_017049	TTTAGT	2	12	100262	100273	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383487514
52	NC_017049	TGATTT	2	12	103070	103081	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383487516
53	NC_017049	TAAAAT	2	12	106826	106837	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383487520
54	NC_017049	AACTCT	2	12	107632	107643	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383487521
55	NC_017049	GGTGTT	2	12	109524	109535	0 %	50 %	50 %	0 %	383487522
56	NC_017049	TTGCTA	2	12	115187	115198	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383487527
57	NC_017049	AGATAG	2	12	115353	115364	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383487527
58	NC_017049	CATCTA	2	12	118311	118322	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383487528
59	NC_017049	TAATGC	2	12	120319	120330	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383487529
60	NC_017049	GTATCT	2	12	120680	120691	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383487529
61	NC_017049	TAAAAG	2	12	128255	128266	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383487531
62	NC_017049	GTATAG	2	12	128576	128587	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383487531
63	NC_017049	GATTTT	2	12	134210	134221	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383487537
64	NC_017049	GCTATG	2	12	134600	134611	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383487537
65	NC_017049	TTATAT	2	12	135629	135640	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383487538
66	NC_017049	CTTTTG	2	12	136757	136768	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383487539
67	NC_017049	AAAGAA	2	12	143750	143761	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383487545
68	NC_017049	GGTGAT	2	12	144865	144876	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383487546
69	NC_017049	TTAGAG	2	12	148943	148954	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383487551
70	NC_017049	AACTAC	2	12	152356	152367	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383487555
71	NC_017049	ATAAAA	2	12	153864	153875	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383487555
72	NC_017049	TTTTTA	2	12	154868	154879	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383487556
73	NC_017049	AGTTTC	2	12	155472	155483	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383487557
74	NC_017049	GCAGAA	2	12	157934	157945	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383487561
75	NC_017049	TTAAAA	2	12	159886	159897	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383487562
76	NC_017049	CTATTG	2	12	161734	161745	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383487562
77	NC_017049	AGTTTA	2	12	164887	164898	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383487563
78	NC_017049	ATCTTG	2	12	184382	184393	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383487577
79	NC_017049	AACATT	2	12	184484	184495	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383487577
80	NC_017049	TGATGG	2	12	188336	188347	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383487580
81	NC_017049	TATATT	2	12	189125	189136	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383487580
82	NC_017049	ATATTT	2	12	189735	189746	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383487580
83	NC_017049	TCCTTT	2	12	193648	193659	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383487584
84	NC_017049	TTTCTT	2	12	195504	195515	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383487587
85	NC_017049	AAATTA	2	12	196644	196655	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383487589
86	NC_017049	CACTAC	2	12	203831	203842	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	383487594
87	NC_017049	AAATTC	2	12	207017	207028	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383487595
88	NC_017049	AAAGCA	2	12	209308	209319	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383487596
89	NC_017049	ATTATA	2	12	210031	210042	50 %	50 %	0 %	0 %	383487597
90	NC_017049	GTATCT	2	12	211924	211935	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383487599
91	NC_017049	TTCTAC	2	12	214401	214412	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383487600
92	NC_017049	TTCTTT	2	12	218616	218627	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383487602
93	NC_017049	CTTCTC	2	12	220048	220059	0 %	50 %	0 %	50 %	383487603
94	NC_017049	TAATTG	2	12	222922	222933	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383487605
95	NC_017049	AAAGCA	2	12	225627	225638	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383487608
96	NC_017049	TTATTT	2	12	228939	228950	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383487611
97	NC_017049	TTAAAT	2	12	234667	234678	50 %	50 %	0 %	0 %	383487615
98	NC_017049	ATTGCA	2	12	247402	247413	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383487626
99	NC_017049	TTAAAG	2	12	250374	250385	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383487627
100	NC_017049	CGTAAC	2	12	250474	250485	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383487627
101	NC_017049	TGTATC	2	12	259593	259604	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383487631
102	NC_017049	TTTATT	2	12	259824	259835	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383487631
103	NC_017049	TAAAAA	2	12	260021	260032	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383487631
104	NC_017049	GAAAAT	2	12	261176	261187	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383487632
105	NC_017049	ATCATT	2	12	261585	261596	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383487632
106	NC_017049	CCTGAA	2	12	264199	264210	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383487633
107	NC_017049	TTTTGC	2	12	269434	269445	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383487637
108	NC_017049	GGGATA	2	12	273830	273841	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	383487640
109	NC_017049	GGCAAT	2	12	274838	274849	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	383487640
110	NC_017049	TTGTTC	2	12	277172	277183	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383487641
111	NC_017049	ACATTA	2	12	277489	277500	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383487641
112	NC_017049	TTGTAA	2	12	277661	277672	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383487642
113	NC_017049	TCACTA	2	12	278962	278973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383487643
114	NC_017049	AATGAA	2	12	281106	281117	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383487645
115	NC_017049	CTTTAG	2	12	281923	281934	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383487645
116	NC_017049	AATAAA	2	12	282258	282269	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383487645
117	NC_017049	GAAGTA	2	12	283448	283459	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383487646
118	NC_017049	ATTGCT	2	12	283970	283981	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383487646
119	NC_017049	TTTTAC	2	12	285121	285132	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383487647
120	NC_017049	CAAGAT	2	12	286629	286640	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383487648
121	NC_017049	TTAATA	2	12	286684	286695	50 %	50 %	0 %	0 %	383487648
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.