MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. GvV257 chromosome

Total Repeats: 406

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017048	TATCAT	2	12	6934	6945	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383486605
2	NC_017048	AAGTAT	2	12	17794	17805	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383486612
3	NC_017048	TGGTTT	2	12	17861	17872	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383486612
4	NC_017048	AATTAA	2	12	21695	21706	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383486613
5	NC_017048	GATATT	2	12	26179	26190	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383486616
6	NC_017048	GCATTG	2	12	28273	28284	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383486618
7	NC_017048	AATCTA	2	12	32167	32178	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383486620
8	NC_017048	TCTTTT	2	12	38736	38747	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383486627
9	NC_017048	GGTATA	2	12	41083	41094	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383486630
10	NC_017048	TTAAAT	2	12	43009	43020	50 %	50 %	0 %	0 %	383486635
11	NC_017048	TGTTTT	2	12	45390	45401	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	383486641
12	NC_017048	TACCTT	2	12	45955	45966	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383486643
13	NC_017048	TGCTTT	2	12	46151	46162	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383486643
14	NC_017048	ATTAAT	2	12	46675	46686	50 %	50 %	0 %	0 %	383486644
15	NC_017048	ATTTTT	2	12	47228	47239	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383486645
16	NC_017048	CCATGA	2	12	47286	47297	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383486646
17	NC_017048	GTTTTA	2	12	49142	49153	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383486649
18	NC_017048	TTAGCA	2	12	49974	49985	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383486650
19	NC_017048	TTTTGC	2	12	51773	51784	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383486652
20	NC_017048	CTCAAA	2	12	53469	53480	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383486654
21	NC_017048	TGTGAC	2	12	54430	54441	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383486654
22	NC_017048	GGTGCA	2	12	55362	55373	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383486655
23	NC_017048	CCAGAA	2	12	58359	58370	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	383486657
24	NC_017048	ATTAAT	2	12	63736	63747	50 %	50 %	0 %	0 %	383486659
25	NC_017048	CTGTAC	2	12	69180	69191	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383486663
26	NC_017048	TTTTGA	2	12	72392	72403	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383486666
27	NC_017048	TAGGAG	2	12	78416	78427	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	383486670
28	NC_017048	ATACAG	2	12	83872	83883	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383486674
29	NC_017048	AGCAGA	2	12	85313	85324	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383486675
30	NC_017048	AATTCT	2	12	91958	91969	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383486679
31	NC_017048	ACCGCT	2	12	95968	95979	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	383486680
32	NC_017048	TAACAA	2	12	101777	101788	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383486685
33	NC_017048	TTTAAG	2	12	102550	102561	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383486686
34	NC_017048	AGGGTT	2	12	107993	108004	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383486689
35	NC_017048	ACTTTT	2	12	111946	111957	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383486690
36	NC_017048	GCATTA	2	12	112754	112765	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383486690
37	NC_017048	CTAAAC	2	12	113394	113405	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383486690
38	NC_017048	ACTAAT	2	12	115502	115513	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383486690
39	NC_017048	GAACCA	2	12	133278	133289	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	383486703
40	NC_017048	ATTTTT	2	12	134392	134403	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383486704
41	NC_017048	TAGGTT	2	12	144186	144197	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	383486711
42	NC_017048	ATTTTG	2	12	146605	146616	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383486713
43	NC_017048	CATTTT	2	12	146939	146950	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383486714
44	NC_017048	ATACCA	2	12	154589	154600	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383486718
45	NC_017048	ATTGCT	2	12	154706	154717	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383486718
46	NC_017048	TTCAAT	2	12	159430	159441	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383486721
47	NC_017048	GTTTTG	2	12	160142	160153	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383486721
48	NC_017048	ATTTTT	2	12	164167	164178	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383486726
49	NC_017048	TTGTAC	2	12	165778	165789	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383486728
50	NC_017048	AAAAGC	2	12	166841	166852	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383486729
51	NC_017048	TATTTG	2	12	166909	166920	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383486729
52	NC_017048	CATCTA	2	12	171672	171683	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383486735
53	NC_017048	AGGATT	2	12	177039	177050	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383486740
54	NC_017048	TCAAAA	2	12	179317	179328	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383486740
55	NC_017048	CGTCAT	2	12	181263	181274	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383486741
56	NC_017048	TAAAGA	2	12	185145	185156	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383486743
57	NC_017048	AAAGTA	2	12	185179	185190	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383486743
58	NC_017048	AATATA	2	12	188722	188733	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383486747
59	NC_017048	AGTATT	2	12	188742	188753	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383486747
60	NC_017048	TAACTT	2	12	194023	194034	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383486752
61	NC_017048	TTTTGA	2	12	195717	195728	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383486754
62	NC_017048	TAATAG	2	12	196150	196161	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383486755
63	NC_017048	ACGGAT	2	12	197595	197606	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	383486757
64	NC_017048	TTTAGT	2	12	200591	200602	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383486758
65	NC_017048	ATTTAT	2	12	208731	208742	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383486760
66	NC_017048	TTACAG	2	12	209562	209573	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383486760
67	NC_017048	TTTAAT	2	12	220222	220233	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383486766
68	NC_017048	GGTACG	2	12	221292	221303	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383486768
69	NC_017048	GTTTAT	2	12	225113	225124	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383486771
70	NC_017048	ATTTAT	2	12	226535	226546	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383486772
71	NC_017048	CAATTA	2	12	227833	227844	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383486773
72	NC_017048	AAAGTC	2	12	230217	230228	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383486774
73	NC_017048	CTTTGT	2	12	233695	233706	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383486777
74	NC_017048	AGTTTA	2	12	235503	235514	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383486778
75	NC_017048	TCTAAC	2	12	242713	242724	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383486784
76	NC_017048	CATTTA	2	12	243086	243097	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383486784
77	NC_017048	AAACTA	2	12	259286	259297	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383486798
78	NC_017048	CAAAAG	2	12	263606	263617	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383486800
79	NC_017048	ATTAAT	2	12	267963	267974	50 %	50 %	0 %	0 %	383486801
80	NC_017048	ACCAGC	2	12	272808	272819	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	383486805
81	NC_017048	AATGAA	2	12	291095	291106	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383486819
82	NC_017048	CTTTAG	2	12	293374	293385	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383486821
83	NC_017048	TCTGAT	2	12	295789	295800	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383486823
84	NC_017048	TAAATC	2	12	302214	302225	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383486827
85	NC_017048	CATTAT	2	12	305016	305027	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383486830
86	NC_017048	ATATTT	2	12	307001	307012	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383486832
87	NC_017048	TATTGC	2	12	315592	315603	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383486835
88	NC_017048	ATTTAA	2	12	315995	316006	50 %	50 %	0 %	0 %	383486836
89	NC_017048	AATTAA	2	12	317694	317705	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383486837
90	NC_017048	TATGAT	2	12	320710	320721	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383486841
91	NC_017048	ATTTAA	2	12	321000	321011	50 %	50 %	0 %	0 %	383486841
92	NC_017048	AATTGA	2	12	321641	321652	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383486842
93	NC_017048	TCAATA	2	12	323309	323320	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383486844
94	NC_017048	TTGCTA	2	12	325212	325223	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383486845
95	NC_017048	TCTATA	2	12	327378	327389	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383486848
96	NC_017048	TAAATA	2	12	331385	331396	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383486851
97	NC_017048	ATTTTT	2	12	333275	333286	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383486854
98	NC_017048	GTATTA	2	12	339596	339607	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383486860
99	NC_017048	AATATC	2	12	340096	340107	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383486860
100	NC_017048	TTTTCC	2	12	341096	341107	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383486861
101	NC_017048	ATTATA	2	12	342262	342273	50 %	50 %	0 %	0 %	383486862
102	NC_017048	AAAGTA	2	12	343064	343075	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383486863
103	NC_017048	TTTCTC	2	12	343357	343368	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383486864
104	NC_017048	ATGCTA	2	12	343590	343601	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383486864
105	NC_017048	CTAATA	2	12	346379	346390	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383486866
106	NC_017048	CGATAT	2	12	347274	347285	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383486866
107	NC_017048	AAAATA	2	12	347477	347488	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383486866
108	NC_017048	ATATCT	2	12	350527	350538	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383486869
109	NC_017048	AGAAAA	2	12	352868	352879	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383486871
110	NC_017048	ATTAAA	2	12	353885	353896	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383486872
111	NC_017048	CTAATT	2	12	355477	355488	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383486874
112	NC_017048	CTATAT	2	12	356092	356103	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383486874
113	NC_017048	TTTTGA	2	12	363285	363296	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383486876
114	NC_017048	TTTGTA	2	12	363424	363435	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383486876
115	NC_017048	TATCAA	2	12	364077	364088	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383486877
116	NC_017048	TTAGAA	2	12	365277	365288	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383486880
117	NC_017048	AAAAAT	2	12	366183	366194	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383486881
118	NC_017048	CATATA	2	12	367679	367690	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383486883
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234	NC_017048	TGTACT	2	12	694789	694800	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383487126
235	NC_017048	TTAGTA	2	12	695159	695170	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383487126
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.