MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Hlp#2 chromosome

Total Repeats: 839

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016915	TTTTA	2	10	2536	2545	20 %	80 %	0 %	0 %	379018507
2	NC_016915	ATTTA	2	10	2889	2898	40 %	60 %	0 %	0 %	379018507
3	NC_016915	GGTCA	2	10	4136	4145	20 %	20 %	40 %	20 %	379018508
4	NC_016915	TAAAT	2	10	4845	4854	60 %	40 %	0 %	0 %	379018508
5	NC_016915	GTAGT	2	10	5171	5180	20 %	40 %	40 %	0 %	379018508
6	NC_016915	TAATA	2	10	6031	6040	60 %	40 %	0 %	0 %	379018508
7	NC_016915	ACTTT	2	10	6610	6619	20 %	60 %	0 %	20 %	379018510
8	NC_016915	AATAC	2	10	7151	7160	60 %	20 %	0 %	20 %	379018510
9	NC_016915	ATCCA	2	10	7647	7656	40 %	20 %	0 %	40 %	379018511
10	NC_016915	TAACG	2	10	12534	12543	40 %	20 %	20 %	20 %	379018517
11	NC_016915	CGCTC	2	10	12713	12722	0 %	20 %	20 %	60 %	379018517
12	NC_016915	GGCTC	2	10	13250	13259	0 %	20 %	40 %	40 %	379018518
13	NC_016915	AGCAG	2	10	13675	13684	40 %	0 %	40 %	20 %	379018518
14	NC_016915	TTAAT	2	10	13818	13827	40 %	60 %	0 %	0 %	379018518
15	NC_016915	TAACT	2	10	15101	15110	40 %	40 %	0 %	20 %	379018521
16	NC_016915	ATTTA	2	10	16755	16764	40 %	60 %	0 %	0 %	379018523
17	NC_016915	TTTTA	2	10	17523	17532	20 %	80 %	0 %	0 %	379018523
18	NC_016915	TCAAG	2	10	21302	21311	40 %	20 %	20 %	20 %	379018527
19	NC_016915	ATAAA	2	10	21356	21365	80 %	20 %	0 %	0 %	379018527
20	NC_016915	AGAAA	2	10	21618	21627	80 %	0 %	20 %	0 %	379018527
21	NC_016915	AAAGC	2	10	21874	21883	60 %	0 %	20 %	20 %	379018527
22	NC_016915	GAATA	2	10	22080	22089	60 %	20 %	20 %	0 %	379018527
23	NC_016915	TAATA	2	10	22821	22830	60 %	40 %	0 %	0 %	379018527
24	NC_016915	CAAAG	2	10	22913	22922	60 %	0 %	20 %	20 %	379018527
25	NC_016915	TTAGT	2	10	23096	23105	20 %	60 %	20 %	0 %	379018527
26	NC_016915	AGCAG	2	10	23239	23248	40 %	0 %	40 %	20 %	379018527
27	NC_016915	TACCT	2	10	24552	24561	20 %	40 %	0 %	40 %	379018527
28	NC_016915	ATATT	2	10	27582	27591	40 %	60 %	0 %	0 %	379018530
29	NC_016915	ATATT	2	10	27620	27629	40 %	60 %	0 %	0 %	379018530
30	NC_016915	AAATA	2	10	28068	28077	80 %	20 %	0 %	0 %	379018531
31	NC_016915	TTTGT	2	10	29491	29500	0 %	80 %	20 %	0 %	379018534
32	NC_016915	TCATT	2	10	31268	31277	20 %	60 %	0 %	20 %	379018538
33	NC_016915	TAGTA	2	10	32070	32079	40 %	40 %	20 %	0 %	379018538
34	NC_016915	TTAAT	2	10	36449	36458	40 %	60 %	0 %	0 %	379018543
35	NC_016915	TGAGT	2	10	36476	36485	20 %	40 %	40 %	0 %	379018544
36	NC_016915	GAGAG	2	10	45534	45543	40 %	0 %	60 %	0 %	379018551
37	NC_016915	CAAAC	2	10	45586	45595	60 %	0 %	0 %	40 %	379018551
38	NC_016915	ACGTA	2	10	45756	45765	40 %	20 %	20 %	20 %	379018551
39	NC_016915	TAACT	2	10	46028	46037	40 %	40 %	0 %	20 %	379018552
40	NC_016915	AGAAA	2	10	46640	46649	80 %	0 %	20 %	0 %	379018553
41	NC_016915	GTTTC	2	10	47080	47089	0 %	60 %	20 %	20 %	379018553
42	NC_016915	ATTTT	2	10	47629	47638	20 %	80 %	0 %	0 %	379018553
43	NC_016915	AGTAC	2	10	49517	49526	40 %	20 %	20 %	20 %	379018556
44	NC_016915	TTGAT	2	10	53779	53788	20 %	60 %	20 %	0 %	379018559
45	NC_016915	TAAAG	2	10	54806	54815	60 %	20 %	20 %	0 %	379018559
46	NC_016915	ATTAT	2	10	54879	54888	40 %	60 %	0 %	0 %	379018559
47	NC_016915	TTTGC	2	10	57370	57379	0 %	60 %	20 %	20 %	379018562
48	NC_016915	TCGGT	2	10	60352	60361	0 %	40 %	40 %	20 %	379018567
49	NC_016915	GCTTT	2	10	61778	61787	0 %	60 %	20 %	20 %	379018568
50	NC_016915	TAAAA	2	10	65909	65918	80 %	20 %	0 %	0 %	379018572
51	NC_016915	ACTTT	2	10	68941	68950	20 %	60 %	0 %	20 %	379018577
52	NC_016915	GCTTA	2	10	69130	69139	20 %	40 %	20 %	20 %	379018577
53	NC_016915	CATTT	2	10	69833	69842	20 %	60 %	0 %	20 %	379018577
54	NC_016915	TTAAA	2	10	69858	69867	60 %	40 %	0 %	0 %	379018577
55	NC_016915	TTTCT	2	10	75458	75467	0 %	80 %	0 %	20 %	379018584
56	NC_016915	ATTTA	2	10	75872	75881	40 %	60 %	0 %	0 %	379018585
57	NC_016915	AAAAG	2	10	76648	76657	80 %	0 %	20 %	0 %	379018585
58	NC_016915	GGGTT	2	10	76858	76867	0 %	40 %	60 %	0 %	379018585
59	NC_016915	TTTAT	2	10	77234	77243	20 %	80 %	0 %	0 %	379018585
60	NC_016915	GCTTA	2	10	78564	78573	20 %	40 %	20 %	20 %	379018586
61	NC_016915	ACAAT	2	10	78928	78937	60 %	20 %	0 %	20 %	379018587
62	NC_016915	GTTAT	2	10	79553	79562	20 %	60 %	20 %	0 %	379018588
63	NC_016915	GTAGA	2	10	79859	79868	40 %	20 %	40 %	0 %	379018588
64	NC_016915	CAATG	2	10	82211	82220	40 %	20 %	20 %	20 %	379018590
65	NC_016915	ATAAA	2	10	82674	82683	80 %	20 %	0 %	0 %	379018591
66	NC_016915	ATTAT	2	10	83109	83118	40 %	60 %	0 %	0 %	379018591
67	NC_016915	ATTAA	2	10	83380	83389	60 %	40 %	0 %	0 %	379018591
68	NC_016915	GAAAA	2	10	83915	83924	80 %	0 %	20 %	0 %	379018592
69	NC_016915	AATTA	2	10	84357	84366	60 %	40 %	0 %	0 %	379018592
70	NC_016915	CGCAT	3	15	91465	91479	20 %	20 %	20 %	40 %	379018599
71	NC_016915	TGAAA	2	10	94685	94694	60 %	20 %	20 %	0 %	379018601
72	NC_016915	TTGAT	2	10	96364	96373	20 %	60 %	20 %	0 %	379018603
73	NC_016915	ATTTA	2	10	98078	98087	40 %	60 %	0 %	0 %	379018605
74	NC_016915	TCAAA	2	10	99732	99741	60 %	20 %	0 %	20 %	379018607
75	NC_016915	TTAAT	2	10	100515	100524	40 %	60 %	0 %	0 %	379018608
76	NC_016915	AAACT	2	10	103087	103096	60 %	20 %	0 %	20 %	379018610
77	NC_016915	TTAGT	2	10	103426	103435	20 %	60 %	20 %	0 %	379018611
78	NC_016915	CCAAA	2	10	105865	105874	60 %	0 %	0 %	40 %	379018614
79	NC_016915	CGGAT	2	10	106412	106421	20 %	20 %	40 %	20 %	379018615
80	NC_016915	TTGAT	2	10	107866	107875	20 %	60 %	20 %	0 %	379018616
81	NC_016915	ATTAT	2	10	108047	108056	40 %	60 %	0 %	0 %	379018616
82	NC_016915	TTTGA	2	10	111888	111897	20 %	60 %	20 %	0 %	379018616
83	NC_016915	TGCTT	2	10	111983	111992	0 %	60 %	20 %	20 %	379018616
84	NC_016915	GCAAA	2	10	113862	113871	60 %	0 %	20 %	20 %	379018617
85	NC_016915	TTAGT	2	10	118541	118550	20 %	60 %	20 %	0 %	379018622
86	NC_016915	ATAAA	2	10	119758	119767	80 %	20 %	0 %	0 %	379018622
87	NC_016915	AAGTA	2	10	120364	120373	60 %	20 %	20 %	0 %	379018623
88	NC_016915	AGATT	2	10	122162	122171	40 %	40 %	20 %	0 %	379018626
89	NC_016915	TAAAA	2	10	122479	122488	80 %	20 %	0 %	0 %	379018627
90	NC_016915	AAAAC	2	10	123175	123184	80 %	0 %	0 %	20 %	379018627
91	NC_016915	TTTAA	2	10	123251	123260	40 %	60 %	0 %	0 %	379018627
92	NC_016915	GTTAC	2	10	124340	124349	20 %	40 %	20 %	20 %	379018629
93	NC_016915	TGAAA	2	10	124701	124710	60 %	20 %	20 %	0 %	379018629
94	NC_016915	GCAAG	2	10	125359	125368	40 %	0 %	40 %	20 %	379018630
95	NC_016915	CTTGT	2	10	127792	127801	0 %	60 %	20 %	20 %	379018634
96	NC_016915	AGTAT	2	10	128099	128108	40 %	40 %	20 %	0 %	379018634
97	NC_016915	ATGAT	2	10	128855	128864	40 %	40 %	20 %	0 %	379018635
98	NC_016915	CTTGT	2	10	129193	129202	0 %	60 %	20 %	20 %	379018636
99	NC_016915	TCTTT	2	10	130755	130764	0 %	80 %	0 %	20 %	379018639
100	NC_016915	TTGCT	2	10	130995	131004	0 %	60 %	20 %	20 %	379018640
101	NC_016915	AACCT	2	10	131788	131797	40 %	20 %	0 %	40 %	379018642
102	NC_016915	AAATC	2	10	132672	132681	60 %	20 %	0 %	20 %	379018644
103	NC_016915	TTAAC	2	10	133809	133818	40 %	40 %	0 %	20 %	379018645
104	NC_016915	TATAA	2	10	133901	133910	60 %	40 %	0 %	0 %	379018645
105	NC_016915	TTATA	2	10	134275	134284	40 %	60 %	0 %	0 %	379018646
106	NC_016915	TTTTA	2	10	135928	135937	20 %	80 %	0 %	0 %	379018647
107	NC_016915	GCTTT	2	10	137504	137513	0 %	60 %	20 %	20 %	379018648
108	NC_016915	TATGT	2	10	138154	138163	20 %	60 %	20 %	0 %	379018648
109	NC_016915	GTTTT	2	10	140440	140449	0 %	80 %	20 %	0 %	379018649
110	NC_016915	CTTGG	2	10	141257	141266	0 %	40 %	40 %	20 %	379018649
111	NC_016915	ACAAG	2	10	144971	144980	60 %	0 %	20 %	20 %	379018650
112	NC_016915	AGTTT	2	10	145299	145308	20 %	60 %	20 %	0 %	379018651
113	NC_016915	TTAGT	2	10	145822	145831	20 %	60 %	20 %	0 %	379018651
114	NC_016915	ATATA	2	10	146728	146737	60 %	40 %	0 %	0 %	379018651
115	NC_016915	TGCAG	2	10	146816	146825	20 %	20 %	40 %	20 %	379018651
116	NC_016915	GTTAT	2	10	147232	147241	20 %	60 %	20 %	0 %	379018651
117	NC_016915	ATGGT	2	10	148396	148405	20 %	40 %	40 %	0 %	379018652
118	NC_016915	AGGAG	2	10	148651	148660	40 %	0 %	60 %	0 %	379018652
119	NC_016915	TATTT	2	10	149327	149336	20 %	80 %	0 %	0 %	379018652
120	NC_016915	AATTT	2	10	156671	156680	40 %	60 %	0 %	0 %	379018657
121	NC_016915	AGGTG	2	10	156777	156786	20 %	20 %	60 %	0 %	379018657
122	NC_016915	GAAGT	2	10	160676	160685	40 %	20 %	40 %	0 %	379018661
123	NC_016915	ATGCA	2	10	161808	161817	40 %	20 %	20 %	20 %	379018662
124	NC_016915	AAATT	2	10	163931	163940	60 %	40 %	0 %	0 %	379018665
125	NC_016915	TATCA	2	10	164308	164317	40 %	40 %	0 %	20 %	379018665
126	NC_016915	TAGCT	2	10	164395	164404	20 %	40 %	20 %	20 %	379018665
127	NC_016915	TATAT	2	10	164622	164631	40 %	60 %	0 %	0 %	379018666
128	NC_016915	TTATT	2	10	165257	165266	20 %	80 %	0 %	0 %	379018666
129	NC_016915	AATTT	2	10	165680	165689	40 %	60 %	0 %	0 %	379018667
130	NC_016915	ATTTT	2	10	166067	166076	20 %	80 %	0 %	0 %	379018667
131	NC_016915	AGCCG	2	10	166272	166281	20 %	0 %	40 %	40 %	379018667
132	NC_016915	TGGTG	2	10	170345	170354	0 %	40 %	60 %	0 %	379018671
133	NC_016915	TTAAT	2	10	171228	171237	40 %	60 %	0 %	0 %	379018673
134	NC_016915	AAGAA	2	10	172840	172849	80 %	0 %	20 %	0 %	379018673
135	NC_016915	CAGGG	2	10	173496	173505	20 %	0 %	60 %	20 %	379018674
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