MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Hino chromosome

Total Repeats: 24304

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_016914	TTGAT	2	10	53823	53832	20 %	60 %	20 %	0 %	379017229
1002	NC_016914	TGA	2	6	53833	53838	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017229
1003	NC_016914	AGA	2	6	53878	53883	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017229
1004	NC_016914	TGA	2	6	53887	53892	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017229
1005	NC_016914	CGT	2	6	53900	53905	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379017229
1006	NC_016914	ATT	2	6	53906	53911	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017229
1007	NC_016914	GCA	2	6	53930	53935	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017229
1008	NC_016914	A	6	6	53939	53944	100 %	0 %	0 %	0 %	379017229
1009	NC_016914	AGA	2	6	54079	54084	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017229
1010	NC_016914	ATA	2	6	54210	54215	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017229
1011	NC_016914	TAT	2	6	54259	54264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017229
1012	NC_016914	AAG	2	6	54397	54402	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017229
1013	NC_016914	CCGC	2	8	54430	54437	0 %	0 %	25 %	75 %	379017229
1014	NC_016914	GTTC	2	8	54441	54448	0 %	50 %	25 %	25 %	379017229
1015	NC_016914	GACC	2	8	54459	54466	25 %	0 %	25 %	50 %	379017229
1016	NC_016914	TGA	2	6	54514	54519	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017229
1017	NC_016914	AT	3	6	54553	54558	50 %	50 %	0 %	0 %	379017229
1018	NC_016914	CTC	2	6	54591	54596	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	379017229
1019	NC_016914	CGT	2	6	54647	54652	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379017229
1020	NC_016914	ATT	2	6	54667	54672	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017229
1021	NC_016914	TGA	2	6	54673	54678	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017229
1022	NC_016914	TGC	2	6	54714	54719	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379017229
1023	NC_016914	TGA	2	6	54727	54732	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017229
1024	NC_016914	TAAAG	2	10	54850	54859	60 %	20 %	20 %	0 %	379017229
1025	NC_016914	ATTAT	2	10	54923	54932	40 %	60 %	0 %	0 %	379017229
1026	NC_016914	TAA	2	6	54949	54954	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017229
1027	NC_016914	ATT	2	6	55016	55021	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017229
1028	NC_016914	TGA	2	6	55030	55035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017229
1029	NC_016914	ATT	2	6	55047	55052	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017229
1030	NC_016914	AAT	2	6	55124	55129	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017229
1031	NC_016914	AAAT	2	8	55179	55186	75 %	25 %	0 %	0 %	379017229
1032	NC_016914	TAA	2	6	55454	55459	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017230
1033	NC_016914	TAA	2	6	55495	55500	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017230
1034	NC_016914	TAA	2	6	55505	55510	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017230
1035	NC_016914	ACT	2	6	55513	55518	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017230
1036	NC_016914	ATA	2	6	55545	55550	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017230
1037	NC_016914	TCT	2	6	55559	55564	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379017230
1038	NC_016914	TAAG	2	8	55579	55586	50 %	25 %	25 %	0 %	379017230
1039	NC_016914	GTT	3	9	55622	55630	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379017230
1040	NC_016914	T	6	6	55684	55689	0 %	100 %	0 %	0 %	379017230
1041	NC_016914	AT	3	6	55738	55743	50 %	50 %	0 %	0 %	379017230
1042	NC_016914	A	6	6	55800	55805	100 %	0 %	0 %	0 %	379017230
1043	NC_016914	AGT	2	6	55819	55824	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017230
1044	NC_016914	TTA	2	6	55829	55834	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017230
1045	NC_016914	A	6	6	55853	55858	100 %	0 %	0 %	0 %	379017230
1046	NC_016914	ATTGCT	2	12	55930	55941	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379017230
1047	NC_016914	GA	3	6	56109	56114	50 %	0 %	50 %	0 %	379017231
1048	NC_016914	TTA	2	6	56135	56140	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017231
1049	NC_016914	GCA	2	6	56174	56179	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017231
1050	NC_016914	ATAA	2	8	56206	56213	75 %	25 %	0 %	0 %	379017231
1051	NC_016914	T	6	6	56250	56255	0 %	100 %	0 %	0 %	379017231
1052	NC_016914	AGC	2	6	56269	56274	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017231
1053	NC_016914	CCG	2	6	56279	56284	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379017231
1054	NC_016914	TTC	2	6	56297	56302	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379017231
1055	NC_016914	ATT	2	6	56311	56316	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017231
1056	NC_016914	TAC	2	6	56355	56360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017231
1057	NC_016914	TGC	2	6	56392	56397	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379017231
1058	NC_016914	ATT	2	6	56438	56443	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017231
1059	NC_016914	ATTTAT	2	12	56517	56528	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017231
1060	NC_016914	TCC	2	6	56566	56571	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	379017231
1061	NC_016914	CAT	2	6	56625	56630	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017231
1062	NC_016914	TAG	2	6	56634	56639	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017231
1063	NC_016914	ATAAGG	2	12	56716	56727	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379017231
1064	NC_016914	T	7	7	56791	56797	0 %	100 %	0 %	0 %	379017231
1065	NC_016914	CCG	2	6	56843	56848	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379017231
1066	NC_016914	GCA	2	6	56870	56875	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017231
1067	NC_016914	CTTT	2	8	56906	56913	0 %	75 %	0 %	25 %	379017231
1068	NC_016914	T	6	6	56921	56926	0 %	100 %	0 %	0 %	379017231
1069	NC_016914	GCA	2	6	56960	56965	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017231
1070	NC_016914	TAC	2	6	56974	56979	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017231
1071	NC_016914	ATC	2	6	57067	57072	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017231
1072	NC_016914	AAT	2	6	57352	57357	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017232
1073	NC_016914	T	7	7	57357	57363	0 %	100 %	0 %	0 %	379017232
1074	NC_016914	TTTGC	2	10	57405	57414	0 %	60 %	20 %	20 %	379017232
1075	NC_016914	ACTT	2	8	57418	57425	25 %	50 %	0 %	25 %	379017232
1076	NC_016914	T	6	6	57469	57474	0 %	100 %	0 %	0 %	379017232
1077	NC_016914	GAT	2	6	57497	57502	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017232
1078	NC_016914	TAA	2	6	57538	57543	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017232
1079	NC_016914	GTA	2	6	57641	57646	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017232
1080	NC_016914	ATG	2	6	57754	57759	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017232
1081	NC_016914	AAT	2	6	57788	57793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017232
1082	NC_016914	CCA	2	6	57799	57804	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	379017232
1083	NC_016914	T	6	6	57832	57837	0 %	100 %	0 %	0 %	379017232
1084	NC_016914	TTGC	2	8	57876	57883	0 %	50 %	25 %	25 %	379017232
1085	NC_016914	ATAA	2	8	57908	57915	75 %	25 %	0 %	0 %	379017232
1086	NC_016914	ACC	2	6	57943	57948	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	379017232
1087	NC_016914	ATAA	2	8	57962	57969	75 %	25 %	0 %	0 %	379017232
1088	NC_016914	GCT	2	6	57992	57997	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379017232
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1090	NC_016914	TAA	2	6	58027	58032	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017232
1091	NC_016914	CATC	2	8	58099	58106	25 %	25 %	0 %	50 %	379017232
1092	NC_016914	TAT	2	6	58137	58142	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017232
1093	NC_016914	TCTTGG	2	12	58166	58177	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	379017232
1094	NC_016914	ATG	2	6	58189	58194	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017232
1095	NC_016914	ATTT	3	12	58275	58286	25 %	75 %	0 %	0 %	379017232
1096	NC_016914	ATT	2	6	58336	58341	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017232
1097	NC_016914	ATA	2	6	58345	58350	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017232
1098	NC_016914	ATA	2	6	58421	58426	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017232
1099	NC_016914	TAT	2	6	58759	58764	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017233
1100	NC_016914	A	7	7	58798	58804	100 %	0 %	0 %	0 %	379017233
1101	NC_016914	TAA	2	6	58901	58906	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017233
1102	NC_016914	TAT	2	6	58907	58912	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017233
1103	NC_016914	TAT	2	6	59451	59456	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017234
1104	NC_016914	TGA	2	6	59496	59501	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017234
1105	NC_016914	ATT	2	6	59512	59517	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017234
1106	NC_016914	ATA	2	6	59522	59527	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017234
1107	NC_016914	A	7	7	59541	59547	100 %	0 %	0 %	0 %	379017234
1108	NC_016914	TAA	2	6	59586	59591	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017234
1109	NC_016914	A	6	6	59593	59598	100 %	0 %	0 %	0 %	379017234
1110	NC_016914	ATT	3	9	59603	59611	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017234
1111	NC_016914	T	6	6	59610	59615	0 %	100 %	0 %	0 %	379017234
1112	NC_016914	AGA	2	6	59643	59648	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017234
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1114	NC_016914	TAG	2	6	59715	59720	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017234
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1116	NC_016914	TAA	2	6	59784	59789	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017234
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1119	NC_016914	A	6	6	59878	59883	100 %	0 %	0 %	0 %	379017235
1120	NC_016914	T	6	6	59887	59892	0 %	100 %	0 %	0 %	379017235
1121	NC_016914	AGA	2	6	59893	59898	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017235
1122	NC_016914	TAA	2	6	59963	59968	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017235
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1124	NC_016914	AAT	2	6	60043	60048	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017235
1125	NC_016914	TTA	2	6	60076	60081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017235
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