MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Hino chromosome

Total Repeats: 24304

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
5501	NC_016914	AGA	2	6	280598	280603	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017445
5502	NC_016914	TTA	2	6	280669	280674	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017445
5503	NC_016914	TAG	2	6	280757	280762	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017445
5504	NC_016914	TTAT	2	8	280784	280791	25 %	75 %	0 %	0 %	379017445
5505	NC_016914	GAG	2	6	280830	280835	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379017445
5506	NC_016914	GAA	2	6	280845	280850	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017445
5507	NC_016914	GAA	2	6	280899	280904	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017445
5508	NC_016914	GCGGTA	2	12	280978	280989	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	379017445
5509	NC_016914	GTC	2	6	281025	281030	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379017445
5510	NC_016914	GAT	2	6	281052	281057	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017445
5511	NC_016914	GCG	2	6	281137	281142	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379017445
5512	NC_016914	GAT	2	6	281160	281165	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017445
5513	NC_016914	GTCT	2	8	281180	281187	0 %	50 %	25 %	25 %	379017445
5514	NC_016914	CTG	2	6	281203	281208	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379017445
5515	NC_016914	AGA	3	9	281213	281221	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017445
5516	NC_016914	TAT	2	6	281824	281829	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017446
5517	NC_016914	TCTA	2	8	281896	281903	25 %	50 %	0 %	25 %	379017446
5518	NC_016914	ATT	2	6	281917	281922	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017446
5519	NC_016914	ATT	2	6	281933	281938	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017446
5520	NC_016914	TGT	2	6	281959	281964	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379017446
5521	NC_016914	T	6	6	281994	281999	0 %	100 %	0 %	0 %	379017446
5522	NC_016914	TTG	2	6	282127	282132	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379017447
5523	NC_016914	ATT	2	6	282148	282153	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017447
5524	NC_016914	TAG	2	6	282174	282179	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017447
5525	NC_016914	TAT	2	6	282180	282185	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017447
5526	NC_016914	TG	3	6	282209	282214	0 %	50 %	50 %	0 %	379017447
5527	NC_016914	ATTGG	2	10	282226	282235	20 %	40 %	40 %	0 %	379017447
5528	NC_016914	TTG	2	6	282274	282279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379017447
5529	NC_016914	TA	3	6	282281	282286	50 %	50 %	0 %	0 %	379017447
5530	NC_016914	TTAT	2	8	282293	282300	25 %	75 %	0 %	0 %	379017447
5531	NC_016914	TGA	2	6	282328	282333	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017447
5532	NC_016914	ATT	2	6	282347	282352	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017448
5533	NC_016914	TCTT	2	8	282405	282412	0 %	75 %	0 %	25 %	379017448
5534	NC_016914	TTATT	2	10	282415	282424	20 %	80 %	0 %	0 %	379017448
5535	NC_016914	TAGC	2	8	282453	282460	25 %	25 %	25 %	25 %	379017448
5536	NC_016914	ATG	2	6	282470	282475	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017448
5537	NC_016914	ATA	2	6	282549	282554	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017448
5538	NC_016914	ATA	2	6	282558	282563	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017448
5539	NC_016914	CTCG	2	8	282569	282576	0 %	25 %	25 %	50 %	379017448
5540	NC_016914	TTTA	2	8	282681	282688	25 %	75 %	0 %	0 %	379017449
5541	NC_016914	ATT	2	6	282689	282694	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017449
5542	NC_016914	AGC	2	6	282729	282734	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017449
5543	NC_016914	GGT	2	6	282742	282747	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	379017449
5544	NC_016914	ATT	2	6	282751	282756	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017449
5545	NC_016914	ATG	2	6	282802	282807	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017449
5546	NC_016914	GATA	2	8	282891	282898	50 %	25 %	25 %	0 %	379017449
5547	NC_016914	TAA	2	6	283070	283075	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017450
5548	NC_016914	TTG	2	6	283115	283120	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379017450
5549	NC_016914	ATG	2	6	283283	283288	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017451
5550	NC_016914	TTA	2	6	283292	283297	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017451
5551	NC_016914	TTA	2	6	283326	283331	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017451
5552	NC_016914	GTA	2	6	283337	283342	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017451
5553	NC_016914	T	8	8	283404	283411	0 %	100 %	0 %	0 %	379017451
5554	NC_016914	TTC	2	6	283513	283518	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379017452
5555	NC_016914	TTC	2	6	283525	283530	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379017452
5556	NC_016914	TCT	2	6	283547	283552	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379017452
5557	NC_016914	CTT	2	6	283560	283565	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379017452
5558	NC_016914	T	6	6	283570	283575	0 %	100 %	0 %	0 %	379017452
5559	NC_016914	TAA	2	6	283624	283629	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017452
5560	NC_016914	T	10	10	283635	283644	0 %	100 %	0 %	0 %	379017452
5561	NC_016914	TTC	2	6	283667	283672	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379017453
5562	NC_016914	GTT	2	6	283675	283680	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379017453
5563	NC_016914	TTC	2	6	283688	283693	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379017453
5564	NC_016914	ATT	3	9	283710	283718	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017453
5565	NC_016914	TGA	2	6	283948	283953	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017454
5566	NC_016914	GAT	2	6	284015	284020	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017454
5567	NC_016914	GCA	2	6	284060	284065	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017454
5568	NC_016914	AGA	2	6	284185	284190	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017454
5569	NC_016914	TGAT	2	8	284370	284377	25 %	50 %	25 %	0 %	379017454
5570	NC_016914	GTA	2	6	284402	284407	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017454
5571	NC_016914	ATA	2	6	284433	284438	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017454
5572	NC_016914	A	6	6	284491	284496	100 %	0 %	0 %	0 %	379017455
5573	NC_016914	TCA	2	6	284505	284510	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017455
5574	NC_016914	ACTTA	2	10	284559	284568	40 %	40 %	0 %	20 %	379017455
5575	NC_016914	ATG	2	6	284639	284644	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017455
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5577	NC_016914	TAAT	2	8	284657	284664	50 %	50 %	0 %	0 %	379017455
5578	NC_016914	GTT	2	6	284686	284691	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379017455
5579	NC_016914	ATCC	2	8	284755	284762	25 %	25 %	0 %	50 %	379017455
5580	NC_016914	GAG	2	6	284783	284788	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379017455
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5584	NC_016914	GTAT	2	8	284836	284843	25 %	50 %	25 %	0 %	379017455
5585	NC_016914	AT	3	6	284876	284881	50 %	50 %	0 %	0 %	379017455
5586	NC_016914	TGA	2	6	284882	284887	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017455
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5588	NC_016914	AGA	2	6	284904	284909	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017455
5589	NC_016914	GAA	2	6	284923	284928	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017455
5590	NC_016914	CGGAG	2	10	284952	284961	20 %	0 %	60 %	20 %	379017455
5591	NC_016914	TTA	2	6	284962	284967	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017455
5592	NC_016914	ATA	2	6	284990	284995	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017455
5593	NC_016914	AATT	2	8	285063	285070	50 %	50 %	0 %	0 %	379017455
5594	NC_016914	AAT	2	6	285153	285158	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017455
5595	NC_016914	ATC	2	6	285191	285196	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017455
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5598	NC_016914	AG	3	6	285279	285284	50 %	0 %	50 %	0 %	379017455
5599	NC_016914	A	6	6	285286	285291	100 %	0 %	0 %	0 %	379017455
5600	NC_016914	AGA	2	6	285303	285308	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017455
5601	NC_016914	ATTA	2	8	289804	289811	50 %	50 %	0 %	0 %	379017456
5602	NC_016914	TAA	2	6	289852	289857	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017456
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5605	NC_016914	CTA	2	6	289962	289967	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017456
5606	NC_016914	A	7	7	290029	290035	100 %	0 %	0 %	0 %	379017456
5607	NC_016914	TTA	2	6	290052	290057	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017456
5608	NC_016914	ATA	2	6	290061	290066	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017456
5609	NC_016914	AT	4	8	290084	290091	50 %	50 %	0 %	0 %	379017456
5610	NC_016914	A	6	6	290145	290150	100 %	0 %	0 %	0 %	379017456
5611	NC_016914	GA	3	6	290153	290158	50 %	0 %	50 %	0 %	379017456
5612	NC_016914	AT	3	6	290174	290179	50 %	50 %	0 %	0 %	379017456
5613	NC_016914	TAA	2	6	290218	290223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017456
5614	NC_016914	ATA	2	6	290231	290236	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017456
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5618	NC_016914	TTCAT	2	10	290561	290570	20 %	60 %	0 %	20 %	379017457
5619	NC_016914	AT	3	6	290620	290625	50 %	50 %	0 %	0 %	379017457
5620	NC_016914	ATAA	2	8	290651	290658	75 %	25 %	0 %	0 %	379017457
5621	NC_016914	TAA	2	6	290754	290759	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017457
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5995	NC_016914	TTGTTC	2	12	308874	308885	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379017478
5996	NC_016914	TCT	2	6	308995	309000	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379017478
5997	NC_016914	ATTT	2	8	309008	309015	25 %	75 %	0 %	0 %	379017478
5998	NC_016914	TTCT	2	8	309062	309069	0 %	75 %	0 %	25 %	379017478
5999	NC_016914	ATC	2	6	309126	309131	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017478
6000	NC_016914	CCT	2	6	309139	309144	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	379017478

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