MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Brazil chromosome

Total Repeats: 426

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016913	GCTTTT	2	12	4040	4051	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379015836
2	NC_016913	ACAGGC	2	12	17309	17320	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379015854
3	NC_016913	CAAGAA	2	12	22786	22797	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379015862
4	NC_016913	ATTATC	2	12	29421	29432	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379015869
5	NC_016913	GAGTTA	2	12	31721	31732	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015871
6	NC_016913	TCGGAT	2	12	35552	35563	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379015874
7	NC_016913	TCCTGC	2	12	37015	37026	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	379015875
8	NC_016913	TATAAA	2	12	47366	47377	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015883
9	NC_016913	ATAAAC	2	12	48811	48822	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379015884
10	NC_016913	AGATAA	2	12	49935	49946	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379015884
11	NC_016913	ATTAAA	2	12	54426	54437	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015891
12	NC_016913	GGAGGT	2	12	56758	56769	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	379015892
13	NC_016913	TTTTTC	2	12	59622	59633	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379015893
14	NC_016913	ATTATA	2	12	61212	61223	50 %	50 %	0 %	0 %	379015893
15	NC_016913	GTAAAG	2	12	71372	71383	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379015900
16	NC_016913	TAATAT	2	12	71991	72002	50 %	50 %	0 %	0 %	379015900
17	NC_016913	TTGCTT	2	12	74155	74166	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379015903
18	NC_016913	ATCCGT	2	12	78264	78275	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379015908
19	NC_016913	AGAACA	2	12	80461	80472	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379015912
20	NC_016913	TTAGGT	2	12	82087	82098	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	379015914
21	NC_016913	CTTATG	2	12	84136	84147	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379015916
22	NC_016913	CAGGTA	2	12	86756	86767	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379015919
23	NC_016913	AATTCT	2	12	89206	89217	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379015922
24	NC_016913	TTTCTT	2	12	89570	89581	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379015922
25	NC_016913	CAAGTC	2	12	93233	93244	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379015924
26	NC_016913	CTAAAT	2	12	98433	98444	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379015930
27	NC_016913	ATTTAT	2	12	99947	99958	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015931
28	NC_016913	AGCAAG	2	12	101297	101308	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	379015932
29	NC_016913	GCGTTT	2	12	104075	104086	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	379015932
30	NC_016913	GATTTA	2	12	105672	105683	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379015932
31	NC_016913	TGATAA	2	12	114081	114092	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379015947
32	NC_016913	TAAAAG	2	12	116522	116533	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379015950
33	NC_016913	TACAGA	2	12	116698	116709	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379015951
34	NC_016913	AGCTAC	2	12	117421	117432	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379015952
35	NC_016913	TAAAAG	2	12	122295	122306	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379015960
36	NC_016913	AAAAAC	2	12	124462	124473	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	379015964
37	NC_016913	ATTGAA	2	12	125174	125185	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379015964
38	NC_016913	ACAAAA	2	12	125795	125806	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	379015966
39	NC_016913	TATTTT	2	12	136234	136245	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	379015980
40	NC_016913	TACCGG	2	12	138879	138890	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379015981
41	NC_016913	CAAAAT	2	12	140748	140759	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379015984
42	NC_016913	GATTTT	2	12	150036	150047	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379015993
43	NC_016913	GTTAAT	2	12	153806	153817	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379015996
44	NC_016913	TGGTTT	2	12	156546	156557	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379015999
45	NC_016913	AATTTG	2	12	156877	156888	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379016000
46	NC_016913	TGCTAA	2	12	161520	161531	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379016006
47	NC_016913	CAGTGA	2	12	161603	161614	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379016006
48	NC_016913	TTGATT	2	12	163052	163063	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379016006
49	NC_016913	TAGCTA	2	12	163064	163075	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379016006
50	NC_016913	TAGGTC	2	12	164102	164113	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379016006
51	NC_016913	TAACGG	2	12	164412	164423	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379016006
52	NC_016913	AGCTTG	2	12	172310	172321	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379016010
53	NC_016913	ATCATA	2	12	175604	175615	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379016012
54	NC_016913	TCATAA	2	12	193028	193039	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379016026
55	NC_016913	AATCAT	2	12	199319	199330	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379016030
56	NC_016913	AGCTGT	2	12	201432	201443	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379016032
57	NC_016913	CCGACT	2	12	208869	208880	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	379016041
58	NC_016913	TAGCGG	2	12	209603	209614	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	379016042
59	NC_016913	CTTTAA	2	12	209668	209679	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379016042
60	NC_016913	ATCAAA	2	12	215769	215780	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379016047
61	NC_016913	TTTGAG	2	12	234769	234780	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	379016064
62	NC_016913	GCAAAA	2	12	236709	236720	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379016067
63	NC_016913	TGCTAA	2	12	238655	238666	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379016070
64	NC_016913	AAAGTA	2	12	239974	239985	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379016072
65	NC_016913	TAGATA	2	12	241465	241476	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379016075
66	NC_016913	ATTAAT	2	12	241819	241830	50 %	50 %	0 %	0 %	379016076
67	NC_016913	GTAAAG	2	12	242536	242547	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379016077
68	NC_016913	ATTTAA	2	12	245505	245516	50 %	50 %	0 %	0 %	379016085
69	NC_016913	AAAGGA	2	12	245672	245683	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379016085
70	NC_016913	TATACC	2	12	247434	247445	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379016090
71	NC_016913	AAGAAA	2	12	249587	249598	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379016092
72	NC_016913	AAGAAA	2	12	249776	249787	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379016093
73	NC_016913	CAATTA	2	12	250838	250849	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379016094
74	NC_016913	GAAATT	2	12	264538	264549	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379016110
75	NC_016913	TTAATT	2	12	271464	271475	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379016116
76	NC_016913	TTATCA	2	12	271870	271881	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379016116
77	NC_016913	TTTTAG	2	12	273743	273754	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379016118
78	NC_016913	AAACCA	2	12	275378	275389	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379016118
79	NC_016913	AATATT	2	12	288132	288143	50 %	50 %	0 %	0 %	379016131
80	NC_016913	CAGGTA	2	12	298002	298013	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379016140
81	NC_016913	TGCTTT	2	12	300477	300488	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379016143
82	NC_016913	CTGAAG	2	12	303210	303221	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379016146
83	NC_016913	TCTCTA	2	12	308287	308298	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379016156
84	NC_016913	TAAACT	2	12	310259	310270	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379016158
85	NC_016913	ATACTA	2	12	311591	311602	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379016161
86	NC_016913	AATGAT	2	12	314476	314487	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379016165
87	NC_016913	TTGATA	2	12	315136	315147	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379016166
88	NC_016913	AATATA	2	12	315766	315777	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379016166
89	NC_016913	CATAAT	2	12	318827	318838	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379016167
90	NC_016913	GATAAA	2	12	319964	319975	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379016168
91	NC_016913	TCCACC	3	18	323439	323456	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	379016170
92	NC_016913	TCCACC	3	18	323484	323501	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	379016170
93	NC_016913	TCCACC	3	18	323529	323546	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	379016170
94	NC_016913	TATCAA	2	12	324676	324687	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379016173
95	NC_016913	AAGTTA	2	12	329771	329782	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379016176
96	NC_016913	TGTTCA	2	12	329904	329915	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379016176
97	NC_016913	ATGAAT	2	12	330523	330534	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379016177
98	NC_016913	GATATA	2	12	331139	331150	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379016177
99	NC_016913	TGCTTT	2	12	333592	333603	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379016179
100	NC_016913	CTCCTA	2	12	334789	334800	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	379016181
101	NC_016913	TTTTCG	2	12	343087	343098	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379016192
102	NC_016913	CTGATG	2	12	345139	345150	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379016193
103	NC_016913	TTAGCT	2	12	348608	348619	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379016197
104	NC_016913	TGAAGC	2	12	348865	348876	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379016197
105	NC_016913	AAATAT	2	12	352314	352325	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379016198
106	NC_016913	GAAAAA	2	12	370464	370475	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379016219
107	NC_016913	ATAGGA	2	12	375266	375277	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379016222
108	NC_016913	TAGAAG	2	12	376931	376942	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379016224
109	NC_016913	TGACGC	2	12	377226	377237	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379016224
110	NC_016913	GTTGGG	2	12	378844	378855	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	379016227
111	NC_016913	TGAAGC	2	12	381243	381254	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379016231
112	NC_016913	GAAAAA	2	12	386118	386129	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379016238
113	NC_016913	TCCTTT	2	12	386387	386398	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379016239
114	NC_016913	AGAAAA	2	12	391028	391039	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379016244
115	NC_016913	TGATAT	2	12	391664	391675	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379016244
116	NC_016913	AGAAAA	2	12	392432	392443	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379016244
117	NC_016913	TATCAA	2	12	398841	398852	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379016251
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232	NC_016913	TATTAA	2	12	729703	729714	50 %	50 %	0 %	0 %	379016614
233	NC_016913	AATTTC	2	12	734476	734487	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379016622
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343	NC_016913	TATCTT	2	12	1031352	1031363	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	379016922
344	NC_016913	TAGCAA	2	12	1031517	1031528	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379016922
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.