MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Hauke chromosome

Total Repeats: 24295

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_016911	AAG	2	6	24444	24449	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378723403
502	NC_016911	AAGT	2	8	24456	24463	50 %	25 %	25 %	0 %	378723403
503	NC_016911	TACCT	2	10	24505	24514	20 %	40 %	0 %	40 %	378723403
504	NC_016911	GAA	2	6	24524	24529	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378723403
505	NC_016911	AAG	2	6	24531	24536	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378723403
506	NC_016911	AAGT	2	8	24543	24550	50 %	25 %	25 %	0 %	378723403
507	NC_016911	GCATTA	2	12	24596	24607	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	378723403
508	NC_016911	GAA	2	6	24659	24664	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378723403
509	NC_016911	GAA	3	9	24689	24697	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378723403
510	NC_016911	TCCGAT	2	12	24713	24724	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	378723403
511	NC_016911	A	7	7	24781	24787	100 %	0 %	0 %	0 %	378723403
512	NC_016911	AAATGC	2	12	24789	24800	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	378723403
513	NC_016911	GTT	2	6	24839	24844	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378723403
514	NC_016911	ATA	2	6	24858	24863	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723403
515	NC_016911	TAA	2	6	24895	24900	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723403
516	NC_016911	TGA	2	6	24919	24924	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378723403
517	NC_016911	AGA	2	6	24925	24930	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378723403
518	NC_016911	TAA	2	6	24976	24981	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723403
519	NC_016911	CTA	2	6	25032	25037	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378723403
520	NC_016911	AAT	2	6	25061	25066	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723403
521	NC_016911	TTCA	2	8	25092	25099	25 %	50 %	0 %	25 %	378723403
522	NC_016911	ATTTAA	2	12	25102	25113	50 %	50 %	0 %	0 %	378723403
523	NC_016911	AAT	2	6	25124	25129	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723403
524	NC_016911	TTA	2	6	25140	25145	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723403
525	NC_016911	GAA	2	6	25186	25191	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378723403
526	NC_016911	TTA	2	6	25230	25235	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723403
527	NC_016911	AAC	2	6	25243	25248	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378723403
528	NC_016911	TTA	2	6	25356	25361	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723403
529	NC_016911	TA	3	6	25404	25409	50 %	50 %	0 %	0 %	378723403
530	NC_016911	AAT	2	6	25457	25462	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723403
531	NC_016911	AT	3	6	25461	25466	50 %	50 %	0 %	0 %	378723403
532	NC_016911	TAA	2	6	25522	25527	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723403
533	NC_016911	AATA	2	8	25585	25592	75 %	25 %	0 %	0 %	378723403
534	NC_016911	GTT	2	6	25595	25600	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378723403
535	NC_016911	ATA	2	6	25611	25616	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723403
536	NC_016911	TAT	2	6	25678	25683	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723403
537	NC_016911	TAC	2	6	25699	25704	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378723403
538	NC_016911	ATT	2	6	25722	25727	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723403
539	NC_016911	TAAA	2	8	25731	25738	75 %	25 %	0 %	0 %	378723403
540	NC_016911	TCA	2	6	25750	25755	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378723403
541	NC_016911	AGAAAA	2	12	26106	26117	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	378723404
542	NC_016911	ATGT	2	8	26530	26537	25 %	50 %	25 %	0 %	378723405
543	NC_016911	AAC	2	6	26578	26583	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378723405
544	NC_016911	TTAT	2	8	26584	26591	25 %	75 %	0 %	0 %	378723405
545	NC_016911	TAA	2	6	26629	26634	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723405
546	NC_016911	TTA	2	6	26647	26652	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723405
547	NC_016911	AGCA	2	8	26658	26665	50 %	0 %	25 %	25 %	378723405
548	NC_016911	ACA	2	6	27127	27132	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378723406
549	NC_016911	AGA	2	6	27136	27141	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378723406
550	NC_016911	TTA	2	6	27258	27263	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723406
551	NC_016911	GAA	2	6	27344	27349	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378723406
552	NC_016911	ATA	2	6	27353	27358	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723406
553	NC_016911	TAT	2	6	27399	27404	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723406
554	NC_016911	TAAT	2	8	27459	27466	50 %	50 %	0 %	0 %	378723406
555	NC_016911	TAC	2	6	27496	27501	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378723406
556	NC_016911	ATA	2	6	27507	27512	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723406
557	NC_016911	TGA	2	6	27520	27525	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378723406
558	NC_016911	ATATT	2	10	27534	27543	40 %	60 %	0 %	0 %	378723406
559	NC_016911	A	6	6	27560	27565	100 %	0 %	0 %	0 %	378723406
560	NC_016911	ATATT	2	10	27572	27581	40 %	60 %	0 %	0 %	378723406
561	NC_016911	A	6	6	27595	27600	100 %	0 %	0 %	0 %	378723406
562	NC_016911	AAGA	2	8	27611	27618	75 %	0 %	25 %	0 %	378723406
563	NC_016911	TAG	2	6	27630	27635	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378723406
564	NC_016911	GTA	2	6	27645	27650	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378723406
565	NC_016911	TGC	2	6	27655	27660	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378723406
566	NC_016911	AAAT	2	8	27703	27710	75 %	25 %	0 %	0 %	378723406
567	NC_016911	ATTA	2	8	27731	27738	50 %	50 %	0 %	0 %	378723406
568	NC_016911	GAT	2	6	27755	27760	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378723406
569	NC_016911	TAC	2	6	27780	27785	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378723406
570	NC_016911	ATT	2	6	27787	27792	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723406
571	NC_016911	TTA	2	6	27854	27859	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723407
572	NC_016911	GAA	2	6	27874	27879	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378723407
573	NC_016911	AT	3	6	28014	28019	50 %	50 %	0 %	0 %	378723407
574	NC_016911	AAATA	2	10	28020	28029	80 %	20 %	0 %	0 %	378723407
575	NC_016911	A	6	6	28216	28221	100 %	0 %	0 %	0 %	378723408
576	NC_016911	TTA	2	6	28226	28231	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723408
577	NC_016911	AT	4	8	28238	28245	50 %	50 %	0 %	0 %	378723408
578	NC_016911	GAA	2	6	28257	28262	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378723408
579	NC_016911	CTT	2	6	28315	28320	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378723408
580	NC_016911	CT	3	6	28331	28336	0 %	50 %	0 %	50 %	378723408
581	NC_016911	TAA	2	6	28337	28342	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723408
582	NC_016911	TCA	2	6	28814	28819	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378723409
583	NC_016911	T	6	6	28888	28893	0 %	100 %	0 %	0 %	378723409
584	NC_016911	TTC	2	6	28906	28911	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378723409
585	NC_016911	T	6	6	28923	28928	0 %	100 %	0 %	0 %	378723409
586	NC_016911	TCT	2	6	28961	28966	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378723409
587	NC_016911	GT	3	6	29012	29017	0 %	50 %	50 %	0 %	378723409
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590	NC_016911	T	7	7	29113	29119	0 %	100 %	0 %	0 %	378723409
591	NC_016911	A	7	7	29141	29147	100 %	0 %	0 %	0 %	378723409
592	NC_016911	ATT	2	6	29192	29197	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723409
593	NC_016911	GTA	2	6	29213	29218	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378723410
594	NC_016911	T	6	6	29246	29251	0 %	100 %	0 %	0 %	378723410
595	NC_016911	AAT	2	6	29253	29258	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723410
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597	NC_016911	TTA	2	6	29290	29295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723410
598	NC_016911	AGC	2	6	29310	29315	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378723410
599	NC_016911	T	6	6	29350	29355	0 %	100 %	0 %	0 %	378723410
600	NC_016911	T	8	8	29374	29381	0 %	100 %	0 %	0 %	378723410
601	NC_016911	T	6	6	29411	29416	0 %	100 %	0 %	0 %	378723410
602	NC_016911	TCTA	2	8	29427	29434	25 %	50 %	0 %	25 %	378723410
603	NC_016911	TTTGT	2	10	29443	29452	0 %	80 %	20 %	0 %	378723410
604	NC_016911	ATTT	2	8	29471	29478	25 %	75 %	0 %	0 %	378723410
605	NC_016911	TGTC	2	8	29535	29542	0 %	50 %	25 %	25 %	378723410
606	NC_016911	TAT	2	6	29543	29548	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723410
607	NC_016911	TTC	2	6	29556	29561	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378723410
608	NC_016911	A	6	6	29624	29629	100 %	0 %	0 %	0 %	378723410
609	NC_016911	AAT	2	6	29636	29641	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723410
610	NC_016911	A	6	6	29690	29695	100 %	0 %	0 %	0 %	378723411
611	NC_016911	A	6	6	29720	29725	100 %	0 %	0 %	0 %	378723411
612	NC_016911	AG	3	6	29815	29820	50 %	0 %	50 %	0 %	378723411
613	NC_016911	AT	3	6	29825	29830	50 %	50 %	0 %	0 %	378723411
614	NC_016911	CAT	2	6	30122	30127	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378723412
615	NC_016911	ATAC	2	8	30132	30139	50 %	25 %	0 %	25 %	378723412
616	NC_016911	CAA	2	6	30176	30181	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378723412
617	NC_016911	ATA	2	6	30208	30213	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723412
618	NC_016911	TAA	2	6	30273	30278	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723412
619	NC_016911	CAT	2	6	30291	30296	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378723412
620	NC_016911	ATC	2	6	30361	30366	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378723412
621	NC_016911	A	6	6	30412	30417	100 %	0 %	0 %	0 %	378723412
622	NC_016911	ATA	2	6	30490	30495	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723412
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624	NC_016911	ATAA	2	8	30556	30563	75 %	25 %	0 %	0 %	378723412
625	NC_016911	CACT	2	8	30650	30657	25 %	25 %	0 %	50 %	378723412
626	NC_016911	T	6	6	30795	30800	0 %	100 %	0 %	0 %	378723412
627	NC_016911	TAT	2	6	30846	30851	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723413
628	NC_016911	T	6	6	30856	30861	0 %	100 %	0 %	0 %	378723413
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