MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Hauke chromosome

Total Repeats: 24295

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
5001	NC_016911	T	6	6	249598	249603	0 %	100 %	0 %	0 %	378723625
5002	NC_016911	TGA	2	6	249672	249677	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378723625
5003	NC_016911	TTA	2	6	249747	249752	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723625
5004	NC_016911	TCG	2	6	249781	249786	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378723625
5005	NC_016911	ATG	2	6	249788	249793	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378723625
5006	NC_016911	TA	3	6	249838	249843	50 %	50 %	0 %	0 %	378723625
5007	NC_016911	CAG	2	6	250660	250665	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378723626
5008	NC_016911	A	6	6	250709	250714	100 %	0 %	0 %	0 %	378723626
5009	NC_016911	CAT	2	6	250756	250761	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378723626
5010	NC_016911	TAT	2	6	250814	250819	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723626
5011	NC_016911	CATGG	2	10	250840	250849	20 %	20 %	40 %	20 %	378723626
5012	NC_016911	AGA	2	6	250856	250861	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378723626
5013	NC_016911	GAT	2	6	250875	250880	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378723626
5014	NC_016911	AAT	2	6	250910	250915	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723626
5015	NC_016911	TCT	2	6	251106	251111	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378723627
5016	NC_016911	TTTG	2	8	251130	251137	0 %	75 %	25 %	0 %	378723627
5017	NC_016911	ATC	3	9	251147	251155	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378723627
5018	NC_016911	TTC	2	6	251204	251209	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378723627
5019	NC_016911	T	7	7	251225	251231	0 %	100 %	0 %	0 %	378723627
5020	NC_016911	TTTTAT	2	12	251345	251356	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378723627
5021	NC_016911	TG	3	6	251363	251368	0 %	50 %	50 %	0 %	378723627
5022	NC_016911	TAA	2	6	251402	251407	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723627
5023	NC_016911	AT	3	6	251574	251579	50 %	50 %	0 %	0 %	378723628
5024	NC_016911	TAA	2	6	251594	251599	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723628
5025	NC_016911	TTCT	2	8	251605	251612	0 %	75 %	0 %	25 %	378723628
5026	NC_016911	TA	3	6	251639	251644	50 %	50 %	0 %	0 %	378723628
5027	NC_016911	AAT	2	6	251662	251667	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723628
5028	NC_016911	ATC	2	6	251723	251728	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378723628
5029	NC_016911	TAAAG	2	10	251775	251784	60 %	20 %	20 %	0 %	378723628
5030	NC_016911	CAA	2	6	251792	251797	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378723628
5031	NC_016911	CTA	2	6	251807	251812	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378723628
5032	NC_016911	A	7	7	251816	251822	100 %	0 %	0 %	0 %	378723628
5033	NC_016911	AT	3	6	251841	251846	50 %	50 %	0 %	0 %	378723628
5034	NC_016911	TTAG	2	8	251854	251861	25 %	50 %	25 %	0 %	378723628
5035	NC_016911	AATT	2	8	251867	251874	50 %	50 %	0 %	0 %	378723628
5036	NC_016911	AGC	2	6	252000	252005	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378723628
5037	NC_016911	AGA	2	6	252006	252011	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378723628
5038	NC_016911	AGTTA	2	10	252050	252059	40 %	40 %	20 %	0 %	378723628
5039	NC_016911	ATTTT	2	10	252064	252073	20 %	80 %	0 %	0 %	378723629
5040	NC_016911	TAGG	2	8	252081	252088	25 %	25 %	50 %	0 %	378723629
5041	NC_016911	TAA	2	6	252099	252104	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723629
5042	NC_016911	TA	3	6	252152	252157	50 %	50 %	0 %	0 %	378723629
5043	NC_016911	A	6	6	252159	252164	100 %	0 %	0 %	0 %	378723629
5044	NC_016911	T	7	7	252265	252271	0 %	100 %	0 %	0 %	378723629
5045	NC_016911	AATT	2	8	252282	252289	50 %	50 %	0 %	0 %	378723629
5046	NC_016911	TA	3	6	252350	252355	50 %	50 %	0 %	0 %	378723629
5047	NC_016911	GAA	2	6	252377	252382	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378723629
5048	NC_016911	T	6	6	252410	252415	0 %	100 %	0 %	0 %	378723629
5049	NC_016911	GAA	2	6	252422	252427	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378723629
5050	NC_016911	AGC	2	6	252433	252438	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378723629
5051	NC_016911	ATG	3	9	252453	252461	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378723629
5052	NC_016911	ATT	2	6	252479	252484	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723629
5053	NC_016911	A	7	7	252498	252504	100 %	0 %	0 %	0 %	378723629
5054	NC_016911	TAA	2	6	252505	252510	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723629
5055	NC_016911	AAG	2	6	252522	252527	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378723629
5056	NC_016911	AAAT	3	12	252582	252593	75 %	25 %	0 %	0 %	378723629
5057	NC_016911	AT	3	6	252596	252601	50 %	50 %	0 %	0 %	378723629
5058	NC_016911	ACG	2	6	252609	252614	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378723629
5059	NC_016911	ACG	2	6	252633	252638	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378723629
5060	NC_016911	A	7	7	252700	252706	100 %	0 %	0 %	0 %	378723629
5061	NC_016911	AT	3	6	252735	252740	50 %	50 %	0 %	0 %	378723629
5062	NC_016911	A	7	7	252742	252748	100 %	0 %	0 %	0 %	378723629
5063	NC_016911	ATT	2	6	252770	252775	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723629
5064	NC_016911	TAA	2	6	252783	252788	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723629
5065	NC_016911	ATT	2	6	252792	252797	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723629
5066	NC_016911	TA	4	8	252804	252811	50 %	50 %	0 %	0 %	378723629
5067	NC_016911	A	6	6	252826	252831	100 %	0 %	0 %	0 %	378723629
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5071	NC_016911	AT	3	6	253276	253281	50 %	50 %	0 %	0 %	378723630
5072	NC_016911	AT	3	6	253299	253304	50 %	50 %	0 %	0 %	378723630
5073	NC_016911	GAA	2	6	253328	253333	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378723630
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5076	NC_016911	AAG	2	6	253371	253376	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378723630
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5079	NC_016911	CAT	2	6	253406	253411	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378723630
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5083	NC_016911	ATT	2	6	253552	253557	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723630
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5088	NC_016911	TAAG	2	8	253692	253699	50 %	25 %	25 %	0 %	378723630
5089	NC_016911	AAT	2	6	254278	254283	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723631
5090	NC_016911	TAG	2	6	254318	254323	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378723631
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5093	NC_016911	CATG	2	8	254391	254398	25 %	25 %	25 %	25 %	378723631
5094	NC_016911	AT	5	10	254411	254420	50 %	50 %	0 %	0 %	378723632
5095	NC_016911	TGG	2	6	254464	254469	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378723632
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5097	NC_016911	TTAT	2	8	254548	254555	25 %	75 %	0 %	0 %	378723632
5098	NC_016911	T	6	6	254572	254577	0 %	100 %	0 %	0 %	378723632
5099	NC_016911	T	6	6	254584	254589	0 %	100 %	0 %	0 %	378723632
5100	NC_016911	CTT	2	6	254591	254596	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378723632
5101	NC_016911	T	6	6	254595	254600	0 %	100 %	0 %	0 %	378723632
5102	NC_016911	TAC	2	6	254723	254728	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378723632
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5104	NC_016911	A	7	7	254774	254780	100 %	0 %	0 %	0 %	378723632
5105	NC_016911	T	6	6	254830	254835	0 %	100 %	0 %	0 %	378723632
5106	NC_016911	GCG	2	6	254866	254871	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378723632
5107	NC_016911	TA	3	6	254889	254894	50 %	50 %	0 %	0 %	378723632
5108	NC_016911	TTTA	2	8	254906	254913	25 %	75 %	0 %	0 %	378723632
5109	NC_016911	TAA	2	6	254960	254965	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723632
5110	NC_016911	TAC	2	6	254997	255002	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378723632
5111	NC_016911	TGC	2	6	255033	255038	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378723632
5112	NC_016911	TGGTT	2	10	255062	255071	0 %	60 %	40 %	0 %	378723632
5113	NC_016911	GTTT	2	8	255084	255091	0 %	75 %	25 %	0 %	378723632
5114	NC_016911	AT	3	6	255092	255097	50 %	50 %	0 %	0 %	378723632
5115	NC_016911	GAA	2	6	255291	255296	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378723633
5116	NC_016911	ATT	2	6	255326	255331	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723633
5117	NC_016911	TAT	3	9	255350	255358	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723633
5118	NC_016911	GTA	2	6	255379	255384	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378723633
5119	NC_016911	TTAA	2	8	255420	255427	50 %	50 %	0 %	0 %	378723633
5120	NC_016911	TGT	2	6	255461	255466	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378723633
5121	NC_016911	ATTAT	2	10	255546	255555	40 %	60 %	0 %	0 %	378723633
5122	NC_016911	CTTA	2	8	255966	255973	25 %	50 %	0 %	25 %	378723634
5123	NC_016911	CAATAT	2	12	256002	256013	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378723634
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5125	NC_016911	TTTG	2	8	256079	256086	0 %	75 %	25 %	0 %	378723634
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5493	NC_016911	TGT	2	6	280156	280161	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378723656
5494	NC_016911	TCT	2	6	280162	280167	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378723656
5495	NC_016911	AGGGTA	2	12	280225	280236	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	378723656
5496	NC_016911	AT	3	6	280249	280254	50 %	50 %	0 %	0 %	378723656
5497	NC_016911	AGA	2	6	280362	280367	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378723656
5498	NC_016911	TTA	2	6	280374	280379	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723656
5499	NC_016911	TGA	2	6	280424	280429	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378723656
5500	NC_016911	AGA	2	6	280463	280468	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378723656

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