MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Colombia chromosome

Total Repeats: 461

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016908	AAAGTA	2	12	1229	1240	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378720670
2	NC_016908	CAAAAC	2	12	5070	5081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378720673
3	NC_016908	CAAAAT	2	12	5923	5934	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	378720673
4	NC_016908	ACCGTA	2	12	7302	7313	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378720676
5	NC_016908	AGAAAA	2	12	14041	14052	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	378720685
6	NC_016908	ATTAAA	2	12	15218	15229	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720687
7	NC_016908	TTTAAA	2	12	16815	16826	50 %	50 %	0 %	0 %	378720689
8	NC_016908	CTAATT	2	12	16864	16875	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	378720689
9	NC_016908	CTATAT	2	12	17479	17490	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	378720689
10	NC_016908	ATTTAG	2	12	22424	22435	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	378720694
11	NC_016908	ATTTAG	2	12	23576	23587	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	378720694
12	NC_016908	GCATTA	2	12	24607	24618	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	378720694
13	NC_016908	TCCGAT	2	12	24724	24735	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	378720694
14	NC_016908	AAATGC	2	12	24800	24811	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	378720694
15	NC_016908	ATTTAA	2	12	25113	25124	50 %	50 %	0 %	0 %	378720694
16	NC_016908	AGAAAA	2	12	26117	26128	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	378720695
17	NC_016908	CATATA	2	12	33497	33508	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378720707
18	NC_016908	AATACA	2	12	37065	37076	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	378720711
19	NC_016908	TTTTTG	2	12	37636	37647	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	378720712
20	NC_016908	ATATTA	2	12	45094	45105	50 %	50 %	0 %	0 %	378720719
21	NC_016908	AAAGCT	2	12	45278	45289	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	378720719
22	NC_016908	ATTAAT	2	12	45841	45852	50 %	50 %	0 %	0 %	378720720
23	NC_016908	TTTTTA	2	12	46825	46836	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378720722
24	NC_016908	ATTGCT	2	12	55852	55863	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378720730
25	NC_016908	ATTTAT	2	12	56439	56450	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378720731
26	NC_016908	ATAAGG	2	12	56638	56649	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	378720731
27	NC_016908	TCTTGG	2	12	58088	58099	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	378720732
28	NC_016908	ATCAGA	2	12	60477	60488	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	378720736
29	NC_016908	AAAACA	2	12	64259	64270	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	378720738
30	NC_016908	ATAAAA	2	12	68619	68630	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	378720745
31	NC_016908	TAATAT	2	12	69470	69481	50 %	50 %	0 %	0 %	378720746
32	NC_016908	CAGCAA	2	12	70139	70150	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	378720747
33	NC_016908	ATAGTG	2	12	70470	70481	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378720747
34	NC_016908	AAAAAG	2	12	71298	71309	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	378720747
35	NC_016908	TATAGT	2	12	74504	74515	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	378720751
36	NC_016908	GAAAGA	2	12	74585	74596	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378720751
37	NC_016908	TACCCT	2	12	76146	76157	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	378720754
38	NC_016908	ATCCTG	2	12	76168	76179	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	378720754
39	NC_016908	AAAGCT	2	12	76587	76598	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	378720754
40	NC_016908	GTAATA	2	12	77226	77237	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	378720754
41	NC_016908	AGTAAA	2	12	85975	85986	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378720763
42	NC_016908	TCAAAA	2	12	87411	87422	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	378720764
43	NC_016908	CGTGAT	2	12	88682	88693	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	378720767
44	NC_016908	TTGATT	2	12	91142	91153	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	378720768
45	NC_016908	GAAGCA	2	12	92234	92245	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	378720769
46	NC_016908	TTTTTA	2	12	97590	97601	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378720773
47	NC_016908	CCTATA	2	12	102433	102444	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378720779
48	NC_016908	ACCTAT	2	12	102666	102677	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378720779
49	NC_016908	ACCGCT	2	12	104014	104025	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	378720780
50	NC_016908	TCAAGA	2	12	113334	113345	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	378720786
51	NC_016908	TAGCGG	2	12	118815	118826	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	378720792
52	NC_016908	CTCAAT	2	12	122080	122091	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378720795
53	NC_016908	TTTATT	2	12	124279	124290	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378720799
54	NC_016908	TAAAAT	2	12	128277	128288	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720805
55	NC_016908	CTTTGT	2	12	135471	135482	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	378720815
56	NC_016908	TTGCTA	2	12	137561	137572	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378720816
57	NC_016908	AAGATA	2	12	137726	137737	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378720816
58	NC_016908	CTTTAG	2	12	137888	137899	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378720816
59	NC_016908	TTTAGT	2	12	138547	138558	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	378720816
60	NC_016908	TAATGC	2	12	142246	142257	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	378720818
61	NC_016908	AAAGAT	2	12	143069	143080	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378720818
62	NC_016908	TAAAGA	2	12	143293	143304	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378720818
63	NC_016908	TTTATC	2	12	156099	156110	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	378720825
64	NC_016908	GATTTT	2	12	156393	156404	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	378720826
65	NC_016908	TTTTGG	2	12	156848	156859	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378720826
66	NC_016908	CTTTTG	2	12	158952	158963	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	378720828
67	NC_016908	GTAAAA	2	12	160276	160287	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378720829
68	NC_016908	CAATAT	2	12	163154	163165	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378720834
69	NC_016908	ATTGAG	2	12	163506	163517	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378720835
70	NC_016908	CTTCAT	2	12	163732	163743	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	378720835
71	NC_016908	TCAATT	2	12	165508	165519	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	378720837
72	NC_016908	AAAGAA	2	12	166148	166159	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	378720837
73	NC_016908	TCAAGC	2	12	166165	166176	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378720837
74	NC_016908	GTTGAG	2	12	166732	166743	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	378720838
75	NC_016908	AAGTAA	2	12	168525	168536	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378720839
76	NC_016908	TAGAGC	2	12	171344	171355	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378720843
77	NC_016908	GAACAA	2	12	174865	174876	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	378720847
78	NC_016908	TGCAGT	2	12	175008	175019	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	378720847
79	NC_016908	ATAAAA	2	12	176282	176293	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	378720847
80	NC_016908	TTTTTA	2	12	177341	177352	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378720848
81	NC_016908	CTGTAG	2	12	180373	180384	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	378720853
82	NC_016908	TTAAAA	2	12	182627	182638	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720854
83	NC_016908	GCTATT	2	12	184474	184485	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378720854
84	NC_016908	TCCATG	2	12	191457	191468	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	378720856
85	NC_016908	GATGTT	2	12	192482	192493	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	378720857
86	NC_016908	AAAAAT	2	12	194959	194970	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	378720860
87	NC_016908	AAGAAT	2	12	196770	196781	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378720860
88	NC_016908	AAGCCC	2	12	204012	204023	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	378720866
89	NC_016908	CCCTAA	2	12	209277	209288	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	378720873
90	NC_016908	CTTTAG	2	12	213702	213713	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378720878
91	NC_016908	ATATTT	2	12	214691	214702	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378720878
92	NC_016908	GTTTCA	2	12	217977	217988	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378720882
93	NC_016908	AAAAGC	2	12	219153	219164	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	378720883
94	NC_016908	TTTCTT	2	12	220603	220614	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	378720885
95	NC_016908	TTTTCT	2	12	220623	220634	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	378720885
96	NC_016908	AAATTA	2	12	221782	221793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720887
97	NC_016908	AGTTAA	2	12	223724	223735	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	378720888
98	NC_016908	TCATAA	2	12	225716	225727	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378720889
99	NC_016908	TAATAT	2	12	225821	225832	50 %	50 %	0 %	0 %	378720889
100	NC_016908	TAAATT	2	12	227417	227428	50 %	50 %	0 %	0 %	378720891
101	NC_016908	AAAGCA	2	12	234967	234978	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	378720901
102	NC_016908	GTACGA	2	12	239009	239020	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378720906
103	NC_016908	CTTCTA	2	12	240006	240017	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	378720906
104	NC_016908	ATCTCA	2	12	242773	242784	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378720908
105	NC_016908	TTCTTT	2	12	244166	244177	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	378720909
106	NC_016908	TACTTC	2	12	246493	246504	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	378720913
107	NC_016908	TTTTAT	2	12	251381	251392	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378720916
108	NC_016908	CAATAT	2	12	256039	256050	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378720922
109	NC_016908	GCACCG	2	12	263809	263820	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	378720930
110	NC_016908	TTACTC	2	12	266522	266533	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	378720932
111	NC_016908	CATTAT	2	12	270994	271005	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	378720937
112	NC_016908	TTAAAG	2	12	279949	279960	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	378720945
113	NC_016908	AGGGTA	2	12	280267	280278	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	378720945
114	NC_016908	GCGGTA	2	12	280885	280896	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	378720945
115	NC_016908	TAAAAT	2	12	285918	285929	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378720955
116	NC_016908	TAAAAA	2	12	291044	291055	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	378720957
117	NC_016908	GTCGTT	2	12	292237	292248	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	378720959
118	NC_016908	CCTGAA	2	12	294695	294706	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378720963
119	NC_016908	TTTTGC	2	12	300300	300311	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	378720969
120	NC_016908	TACTAA	2	12	303283	303294	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378720972
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124	NC_016908	TTGTTC	2	12	308780	308791	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	378720979
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457	NC_016908	ATACCG	2	12	1261208	1261219	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378722009
458	NC_016908	CAAAAT	2	12	1262893	1262904	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	378722012
459	NC_016908	GGCGGT	2	12	1265282	1265293	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	378722015
460	NC_016908	AATATC	2	12	1268230	1268241	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378722017
461	NC_016908	TTTTCC	2	12	1269230	1269241	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378722018