MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Rahnella aquatilis CIP 78.65 = ATCC 33071 plasmid pRahaq202

Total Repeats: 264

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016819	CCGC	2	8	879	886	0 %	0 %	25 %	75 %	383192312
2	NC_016819	TGTT	2	8	1600	1607	0 %	75 %	25 %	0 %	383192313
3	NC_016819	TCAT	2	8	2749	2756	25 %	50 %	0 %	25 %	383192315
4	NC_016819	ATGG	2	8	3199	3206	25 %	25 %	50 %	0 %	383192315
5	NC_016819	GACA	2	8	3275	3282	50 %	0 %	25 %	25 %	383192315
6	NC_016819	CAGT	2	8	4763	4770	25 %	25 %	25 %	25 %	383192317
7	NC_016819	CCCG	2	8	5126	5133	0 %	0 %	25 %	75 %	383192317
8	NC_016819	GCCT	2	8	5149	5156	0 %	25 %	25 %	50 %	383192317
9	NC_016819	GAAA	2	8	5178	5185	75 %	0 %	25 %	0 %	383192317
10	NC_016819	CATG	2	8	5221	5228	25 %	25 %	25 %	25 %	383192317
11	NC_016819	ATGA	2	8	5569	5576	50 %	25 %	25 %	0 %	383192317
12	NC_016819	CTGA	2	8	6782	6789	25 %	25 %	25 %	25 %	383192318
13	NC_016819	ATGA	2	8	6984	6991	50 %	25 %	25 %	0 %	383192318
14	NC_016819	TCCA	2	8	8337	8344	25 %	25 %	0 %	50 %	383192319
15	NC_016819	CTTG	2	8	8548	8555	0 %	50 %	25 %	25 %	383192319
16	NC_016819	CTGT	2	8	9038	9045	0 %	50 %	25 %	25 %	383192320
17	NC_016819	TGAC	2	8	10273	10280	25 %	25 %	25 %	25 %	383192321
18	NC_016819	AGCC	2	8	10636	10643	25 %	0 %	25 %	50 %	383192321
19	NC_016819	CGGT	2	8	10909	10916	0 %	25 %	50 %	25 %	383192321
20	NC_016819	TGAA	2	8	12746	12753	50 %	25 %	25 %	0 %	383192322
21	NC_016819	GCTG	2	8	12863	12870	0 %	25 %	50 %	25 %	383192323
22	NC_016819	TGGC	2	8	13636	13643	0 %	25 %	50 %	25 %	383192323
23	NC_016819	TGTA	2	8	14358	14365	25 %	50 %	25 %	0 %	383192324
24	NC_016819	CAGG	2	8	14484	14491	25 %	0 %	50 %	25 %	383192324
25	NC_016819	ATGG	2	8	14602	14609	25 %	25 %	50 %	0 %	383192324
26	NC_016819	GCCC	2	8	15133	15140	0 %	0 %	25 %	75 %	383192324
27	NC_016819	CCTG	2	8	15537	15544	0 %	25 %	25 %	50 %	383192324
28	NC_016819	ATGC	2	8	16422	16429	25 %	25 %	25 %	25 %	383192326
29	NC_016819	GCCA	2	8	16449	16456	25 %	0 %	25 %	50 %	383192326
30	NC_016819	ATGA	2	8	16534	16541	50 %	25 %	25 %	0 %	383192326
31	NC_016819	TGAA	2	8	17125	17132	50 %	25 %	25 %	0 %	383192327
32	NC_016819	ATAA	2	8	17136	17143	75 %	25 %	0 %	0 %	383192327
33	NC_016819	CTTT	2	8	17167	17174	0 %	75 %	0 %	25 %	383192327
34	NC_016819	ATTG	2	8	17273	17280	25 %	50 %	25 %	0 %	383192327
35	NC_016819	GCGG	2	8	17372	17379	0 %	0 %	75 %	25 %	383192327
36	NC_016819	CCAG	2	8	18212	18219	25 %	0 %	25 %	50 %	383192328
37	NC_016819	CGTC	2	8	18479	18486	0 %	25 %	25 %	50 %	383192328
38	NC_016819	TCTG	2	8	18621	18628	0 %	50 %	25 %	25 %	383192328
39	NC_016819	CCAG	2	8	18755	18762	25 %	0 %	25 %	50 %	383192328
40	NC_016819	GTGC	2	8	19399	19406	0 %	25 %	50 %	25 %	383192329
41	NC_016819	CGCA	3	12	19695	19706	25 %	0 %	25 %	50 %	383192329
42	NC_016819	CAGT	2	8	19962	19969	25 %	25 %	25 %	25 %	383192329
43	NC_016819	CTTT	2	8	21282	21289	0 %	75 %	0 %	25 %	383192330
44	NC_016819	TGCC	2	8	21974	21981	0 %	25 %	25 %	50 %	383192330
45	NC_016819	TGAT	2	8	22630	22637	25 %	50 %	25 %	0 %	383192330
46	NC_016819	TGTT	2	8	22981	22988	0 %	75 %	25 %	0 %	383192330
47	NC_016819	GGCA	2	8	23141	23148	25 %	0 %	50 %	25 %	383192330
48	NC_016819	AGGG	2	8	23199	23206	25 %	0 %	75 %	0 %	383192330
49	NC_016819	CTAC	2	8	24485	24492	25 %	25 %	0 %	50 %	383192332
50	NC_016819	ACTG	2	8	24588	24595	25 %	25 %	25 %	25 %	383192332
51	NC_016819	TGCC	2	8	25442	25449	0 %	25 %	25 %	50 %	383192334
52	NC_016819	TGCC	2	8	25697	25704	0 %	25 %	25 %	50 %	383192334
53	NC_016819	TTTA	2	8	26438	26445	25 %	75 %	0 %	0 %	383192335
54	NC_016819	GAAC	2	8	27763	27770	50 %	0 %	25 %	25 %	383192336
55	NC_016819	CCCT	2	8	28016	28023	0 %	25 %	0 %	75 %	383192336
56	NC_016819	CGGG	2	8	28348	28355	0 %	0 %	75 %	25 %	383192337
57	NC_016819	CGGG	2	8	28647	28654	0 %	0 %	75 %	25 %	383192337
58	NC_016819	GAAT	2	8	28744	28751	50 %	25 %	25 %	0 %	383192337
59	NC_016819	TCCT	2	8	30059	30066	0 %	50 %	0 %	50 %	383192338
60	NC_016819	CAGT	2	8	30445	30452	25 %	25 %	25 %	25 %	383192339
61	NC_016819	GAAA	2	8	30735	30742	75 %	0 %	25 %	0 %	383192339
62	NC_016819	TCAG	2	8	31403	31410	25 %	25 %	25 %	25 %	383192341
63	NC_016819	TGAT	2	8	31658	31665	25 %	50 %	25 %	0 %	383192341
64	NC_016819	TGCA	2	8	32024	32031	25 %	25 %	25 %	25 %	383192342
65	NC_016819	TGGC	2	8	32394	32401	0 %	25 %	50 %	25 %	383192342
66	NC_016819	CGTC	2	8	32893	32900	0 %	25 %	25 %	50 %	383192342
67	NC_016819	CGGT	2	8	34030	34037	0 %	25 %	50 %	25 %	383192343
68	NC_016819	TATC	2	8	34569	34576	25 %	50 %	0 %	25 %	383192344
69	NC_016819	CGGC	2	8	35836	35843	0 %	0 %	50 %	50 %	383192345
70	NC_016819	TGTT	2	8	36516	36523	0 %	75 %	25 %	0 %	383192346
71	NC_016819	CGCA	2	8	36527	36534	25 %	0 %	25 %	50 %	383192346
72	NC_016819	GACG	2	8	36677	36684	25 %	0 %	50 %	25 %	383192346
73	NC_016819	GACA	2	8	36952	36959	50 %	0 %	25 %	25 %	383192346
74	NC_016819	TTTC	2	8	36981	36988	0 %	75 %	0 %	25 %	383192346
75	NC_016819	CGCC	2	8	38889	38896	0 %	0 %	25 %	75 %	383192347
76	NC_016819	AAAT	2	8	39109	39116	75 %	25 %	0 %	0 %	383192347
77	NC_016819	TAGC	2	8	40092	40099	25 %	25 %	25 %	25 %	383192348
78	NC_016819	CATC	2	8	41272	41279	25 %	25 %	0 %	50 %	383192349
79	NC_016819	CGCT	2	8	42038	42045	0 %	25 %	25 %	50 %	383192350
80	NC_016819	CAGC	2	8	43484	43491	25 %	0 %	25 %	50 %	383192351
81	NC_016819	GAGC	2	8	44212	44219	25 %	0 %	50 %	25 %	383192352
82	NC_016819	GCGA	2	8	44256	44263	25 %	0 %	50 %	25 %	383192352
83	NC_016819	TCCG	2	8	44648	44655	0 %	25 %	25 %	50 %	383192352
84	NC_016819	AGCC	2	8	44813	44820	25 %	0 %	25 %	50 %	383192352
85	NC_016819	TCCG	2	8	44825	44832	0 %	25 %	25 %	50 %	383192352
86	NC_016819	AAAT	2	8	45067	45074	75 %	25 %	0 %	0 %	383192352
87	NC_016819	AGAC	2	8	45099	45106	50 %	0 %	25 %	25 %	383192352
88	NC_016819	GCGT	2	8	45599	45606	0 %	25 %	50 %	25 %	383192353
89	NC_016819	TTGT	2	8	45628	45635	0 %	75 %	25 %	0 %	383192353
90	NC_016819	TATC	2	8	45645	45652	25 %	50 %	0 %	25 %	383192353
91	NC_016819	GAGC	2	8	46624	46631	25 %	0 %	50 %	25 %	383192355
92	NC_016819	AGCC	2	8	47517	47524	25 %	0 %	25 %	50 %	383192357
93	NC_016819	TAAA	2	8	47658	47665	75 %	25 %	0 %	0 %	383192357
94	NC_016819	TTAG	2	8	47770	47777	25 %	50 %	25 %	0 %	383192357
95	NC_016819	GCCA	2	8	49964	49971	25 %	0 %	25 %	50 %	383192358
96	NC_016819	CTTT	2	8	50430	50437	0 %	75 %	0 %	25 %	383192359
97	NC_016819	CCAC	2	8	50449	50456	25 %	0 %	0 %	75 %	383192359
98	NC_016819	GTCA	2	8	51374	51381	25 %	25 %	25 %	25 %	383192360
99	NC_016819	CTAT	2	8	52598	52605	25 %	50 %	0 %	25 %	383192361
100	NC_016819	GAAC	2	8	52979	52986	50 %	0 %	25 %	25 %	383192361
101	NC_016819	CAAA	2	8	53433	53440	75 %	0 %	0 %	25 %	383192361
102	NC_016819	AGGA	2	8	53532	53539	50 %	0 %	50 %	0 %	383192361
103	NC_016819	TGAA	2	8	53872	53879	50 %	25 %	25 %	0 %	383192362
104	NC_016819	TGCC	2	8	55115	55122	0 %	25 %	25 %	50 %	383192364
105	NC_016819	CAGC	2	8	55798	55805	25 %	0 %	25 %	50 %	383192365
106	NC_016819	CATG	2	8	55828	55835	25 %	25 %	25 %	25 %	383192365
107	NC_016819	CAGC	2	8	57173	57180	25 %	0 %	25 %	50 %	383192366
108	NC_016819	ACAG	2	8	57328	57335	50 %	0 %	25 %	25 %	383192366
109	NC_016819	GTTT	2	8	57832	57839	0 %	75 %	25 %	0 %	383192367
110	NC_016819	GTTC	2	8	58957	58964	0 %	50 %	25 %	25 %	383192368
111	NC_016819	CAGC	2	8	59198	59205	25 %	0 %	25 %	50 %	383192368
112	NC_016819	CAAG	2	8	59234	59241	50 %	0 %	25 %	25 %	383192368
113	NC_016819	CCCG	2	8	59284	59291	0 %	0 %	25 %	75 %	383192368
114	NC_016819	CGTC	2	8	59885	59892	0 %	25 %	25 %	50 %	383192368
115	NC_016819	TGCG	2	8	60361	60368	0 %	25 %	50 %	25 %	383192369
116	NC_016819	TCAC	2	8	60541	60548	25 %	25 %	0 %	50 %	383192369
117	NC_016819	CCAG	2	8	60718	60725	25 %	0 %	25 %	50 %	383192369
118	NC_016819	CCGC	2	8	61438	61445	0 %	0 %	25 %	75 %	383192370
119	NC_016819	GTTG	2	8	61592	61599	0 %	50 %	50 %	0 %	383192370
120	NC_016819	TCGC	2	8	61904	61911	0 %	25 %	25 %	50 %	383192370
121	NC_016819	CGAC	2	8	62043	62050	25 %	0 %	25 %	50 %	383192370
122	NC_016819	CGGC	2	8	62057	62064	0 %	0 %	50 %	50 %	383192370
123	NC_016819	CATG	2	8	62399	62406	25 %	25 %	25 %	25 %	383192371
124	NC_016819	AATG	2	8	62489	62496	50 %	25 %	25 %	0 %	383192371
125	NC_016819	GACG	2	8	62808	62815	25 %	0 %	50 %	25 %	383192371
126	NC_016819	CCTG	2	8	63648	63655	0 %	25 %	25 %	50 %	383192372
127	NC_016819	TTCA	2	8	64892	64899	25 %	50 %	0 %	25 %	383192372
128	NC_016819	TGCC	2	8	65276	65283	0 %	25 %	25 %	50 %	383192372
129	NC_016819	GTCA	2	8	65411	65418	25 %	25 %	25 %	25 %	383192372
130	NC_016819	GTTC	2	8	65787	65794	0 %	50 %	25 %	25 %	383192372
131	NC_016819	CTGT	2	8	65871	65878	0 %	50 %	25 %	25 %	383192372
132	NC_016819	ACTT	2	8	66816	66823	25 %	50 %	0 %	25 %	383192373
133	NC_016819	CGAG	2	8	68050	68057	25 %	0 %	50 %	25 %	383192375
134	NC_016819	CACC	2	8	68103	68110	25 %	0 %	0 %	75 %	383192375
135	NC_016819	TCGC	2	8	68255	68262	0 %	25 %	25 %	50 %	383192375
136	NC_016819	TGTT	2	8	70588	70595	0 %	75 %	25 %	0 %	383192378
137	NC_016819	TGAA	2	8	70971	70978	50 %	25 %	25 %	0 %	383192378
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.