MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia slovaca 13-B chromosome

Total Repeats: 419

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016639	AATTAT	2	12	325	336	50 %	50 %	0 %	0 %	374318768
2	NC_016639	AAAGTA	2	12	1229	1240	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	374318769
3	NC_016639	CAAAAC	2	12	5072	5083	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	374318772
4	NC_016639	CAAAAT	2	12	5925	5936	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	374318772
5	NC_016639	ACCGTA	2	12	7524	7535	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	374318775
6	NC_016639	AAAGAC	2	12	11154	11165	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	374318778
7	NC_016639	AGAAAA	2	12	14416	14427	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	374318781
8	NC_016639	ATTAAA	2	12	15595	15606	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	374318783
9	NC_016639	TTTAAA	2	12	17192	17203	50 %	50 %	0 %	0 %	374318785
10	NC_016639	CTAATT	2	12	17241	17252	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	374318785
11	NC_016639	CTATAT	2	12	17856	17867	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	374318785
12	NC_016639	ATTTAG	2	12	22749	22760	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	374318786
13	NC_016639	AGATGT	2	12	23497	23508	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	374318786
14	NC_016639	GAAGCT	2	12	23777	23788	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	374318786
15	NC_016639	GAAGCT	2	12	23900	23911	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	374318786
16	NC_016639	GCATTA	2	12	25142	25153	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	374318786
17	NC_016639	TCCGAT	2	12	25259	25270	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	374318786
18	NC_016639	ATTTAA	2	12	25657	25668	50 %	50 %	0 %	0 %	374318786
19	NC_016639	CATATA	2	12	34226	34237	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	374318797
20	NC_016639	TTTTTA	2	12	47292	47303	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	374318807
21	NC_016639	ATTGCT	2	12	56310	56321	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	374318809
22	NC_016639	ATTTAT	2	12	56897	56908	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	374318810
23	NC_016639	ATAAGG	2	12	57096	57107	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	374318810
24	NC_016639	ATCAGA	2	12	60947	60958	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	374318816
25	NC_016639	AAAACA	2	12	64892	64903	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	374318818
26	NC_016639	ATAAAA	2	12	69368	69379	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	374318822
27	NC_016639	ATTTAT	2	12	69398	69409	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	374318822
28	NC_016639	TAATAT	2	12	70216	70227	50 %	50 %	0 %	0 %	374318823
29	NC_016639	CAGCAA	2	12	70885	70896	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	374318824
30	NC_016639	ATAGTG	2	12	71216	71227	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	374318824
31	NC_016639	AAAAAG	2	12	72044	72055	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	374318824
32	NC_016639	TACCCT	2	12	77399	77410	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	374318830
33	NC_016639	ATCCTG	2	12	77421	77432	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	374318830
34	NC_016639	AAAGCT	2	12	77840	77851	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	374318830
35	NC_016639	GTAATA	2	12	78479	78490	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	374318830
36	NC_016639	AGTAAA	2	12	87230	87241	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	374318839
37	NC_016639	CGTGAT	2	12	90156	90167	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	374318842
38	NC_016639	TTGATT	2	12	92652	92663	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	374318843
39	NC_016639	GAAGCA	2	12	93744	93755	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	374318844
40	NC_016639	TTTTTA	2	12	99091	99102	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	374318847
41	NC_016639	CCTATA	2	12	103800	103811	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	374318853
42	NC_016639	ACCTAT	2	12	104033	104044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	374318853
43	NC_016639	ACCGCT	2	12	105381	105392	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	374318854
44	NC_016639	CGTTAG	2	12	113165	113176	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	374318860
45	NC_016639	TAGCGG	2	12	119813	119824	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	374318864
46	NC_016639	TTTATT	2	12	125044	125055	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	374318870
47	NC_016639	TAAAAT	2	12	129040	129051	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	374318873
48	NC_016639	CTTTGT	2	12	136219	136230	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	374318884
49	NC_016639	TTGCTA	2	12	138309	138320	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	374318885
50	NC_016639	AAGATA	2	12	138474	138485	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	374318885
51	NC_016639	CTTTAG	2	12	138636	138647	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	374318885
52	NC_016639	TTTAGT	2	12	139295	139306	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	374318885
53	NC_016639	TAATGC	2	12	143381	143392	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	374318887
54	NC_016639	AAAGAT	2	12	144204	144215	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	374318887
55	NC_016639	TAAAGA	2	12	144428	144439	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	374318887
56	NC_016639	TTTATC	2	12	157319	157330	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	374318893
57	NC_016639	GATTTT	2	12	157613	157624	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	374318894
58	NC_016639	CTTTTG	2	12	160163	160174	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	374318896
59	NC_016639	GTAAAA	2	12	161487	161498	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	374318897
60	NC_016639	ATTGAG	2	12	164766	164777	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	374318901
61	NC_016639	CTTCAT	2	12	164992	165003	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	374318901
62	NC_016639	TCAATT	2	12	166767	166778	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	374318903
63	NC_016639	AAAGAA	2	12	167407	167418	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	374318903
64	NC_016639	TCAAGC	2	12	167424	167435	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	374318903
65	NC_016639	GTTGAG	2	12	167993	168004	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	374318904
66	NC_016639	AAGTAA	2	12	169789	169800	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	374318905
67	NC_016639	TAGAGC	2	12	172484	172495	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	374318909
68	NC_016639	GAACAA	2	12	176005	176016	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	374318913
69	NC_016639	ATAAAA	2	12	177422	177433	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	374318913
70	NC_016639	TTTTTA	2	12	178485	178496	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	374318914
71	NC_016639	CTGTAG	2	12	181517	181528	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	374318919
72	NC_016639	TTAAAA	2	12	183767	183778	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	374318920
73	NC_016639	GCTATT	2	12	185614	185625	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	374318920
74	NC_016639	TCCATG	2	12	192573	192584	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	374318922
75	NC_016639	GATGTT	2	12	193598	193609	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	374318923
76	NC_016639	AAAAAT	2	12	196075	196086	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	374318926
77	NC_016639	AAGCCC	2	12	205132	205143	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	374318932
78	NC_016639	CCCTAA	2	12	210386	210397	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	374318939
79	NC_016639	CTTTAG	2	12	214820	214831	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	374318943
80	NC_016639	TGCCGA	2	12	215310	215321	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	374318943
81	NC_016639	ATATTT	2	12	215809	215820	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	374318943
82	NC_016639	AAAAGC	2	12	220176	220187	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	374318947
83	NC_016639	TTTCTT	2	12	221634	221645	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	374318949
84	NC_016639	TTTTCT	2	12	221654	221665	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	374318949
85	NC_016639	AAATTA	2	12	222810	222821	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	374318951
86	NC_016639	AGTTAA	2	12	224752	224763	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	374318952
87	NC_016639	TCATAA	2	12	226744	226755	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	374318953
88	NC_016639	TAATAT	2	12	226849	226860	50 %	50 %	0 %	0 %	374318953
89	NC_016639	TAAATT	2	12	228446	228457	50 %	50 %	0 %	0 %	374318955
90	NC_016639	AAAGCA	2	12	235997	236008	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	374318957
91	NC_016639	GTACGA	2	12	240041	240052	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	374318961
92	NC_016639	CTTCTA	2	12	241038	241049	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	374318961
93	NC_016639	ATCTCA	2	12	243802	243813	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	374318963
94	NC_016639	TTCTTT	2	12	245195	245206	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	374318964
95	NC_016639	TACTTC	2	12	247520	247531	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	374318967
96	NC_016639	CAATAT	2	12	257076	257087	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	374318977
97	NC_016639	CATTAT	2	12	272047	272058	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	374318986
98	NC_016639	TTAAAG	2	12	281012	281023	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	374318993
99	NC_016639	AGGGTA	2	12	281330	281341	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	374318993
100	NC_016639	GCGGTA	2	12	281948	281959	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	374318993
101	NC_016639	TAAAAA	2	12	291812	291823	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	374319002
102	NC_016639	GTCGTT	2	12	293005	293016	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	374319004
103	NC_016639	CCTGAA	2	12	295571	295582	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	374319007
104	NC_016639	ATATTA	2	12	297068	297079	50 %	50 %	0 %	0 %	374319008
105	NC_016639	TTTTGC	2	12	301181	301192	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	374319013
106	NC_016639	TACTAA	2	12	304167	304178	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	374319017
107	NC_016639	TATTGA	2	12	304890	304901	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	374319017
108	NC_016639	GGGATA	2	12	305785	305796	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	374319018
109	NC_016639	GGCAAT	2	12	306793	306804	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	374319018
110	NC_016639	TTGTTC	2	12	310554	310565	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	374319020
111	NC_016639	ATTAGA	2	12	310926	310937	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	374319020
112	NC_016639	GAAGAT	2	12	313606	313617	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	374319023
113	NC_016639	GAAGTA	2	12	316719	316730	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	374319025
114	NC_016639	TTTTAC	2	12	318424	318435	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	374319026
115	NC_016639	AGAGCT	2	12	318679	318690	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	374319026
116	NC_016639	TCTGCC	2	12	319040	319051	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	374319026
117	NC_016639	CAAGAT	2	12	319959	319970	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	374319027
118	NC_016639	TTAATA	2	12	320014	320025	50 %	50 %	0 %	0 %	374319027
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234	NC_016639	TTATCC	2	12	684743	684754	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	374319362
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.