MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rhodothermus marinus SG0.5JP17-172 chromosome

Total Repeats: 70422

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_015966	CAG	3	9	44015	44023	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301934
1002	NC_015966	GCC	2	6	44090	44095	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345301934
1003	NC_015966	CGT	2	6	44149	44154	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301934
1004	NC_015966	CCGG	2	8	44189	44196	0 %	0 %	50 %	50 %	345301934
1005	NC_015966	TCA	2	6	44206	44211	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345301934
1006	NC_015966	CGAA	2	8	44269	44276	50 %	0 %	25 %	25 %	345301934
1007	NC_015966	CAG	2	6	44288	44293	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301934
1008	NC_015966	GCC	2	6	44299	44304	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345301934
1009	NC_015966	CAGC	2	8	44309	44316	25 %	0 %	25 %	50 %	345301934
1010	NC_015966	AGA	2	6	44317	44322	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	345301934
1011	NC_015966	GTGG	2	8	44367	44374	0 %	25 %	75 %	0 %	345301934
1012	NC_015966	AGC	2	6	44382	44387	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301934
1013	NC_015966	GCT	2	6	44410	44415	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301934
1014	NC_015966	GGC	2	6	44432	44437	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301934
1015	NC_015966	AGG	2	6	44445	44450	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	345301934
1016	NC_015966	GGC	2	6	44471	44476	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301934
1017	NC_015966	GCCAG	2	10	44536	44545	20 %	0 %	40 %	40 %	345301934
1018	NC_015966	GT	3	6	44560	44565	0 %	50 %	50 %	0 %	345301934
1019	NC_015966	GGT	2	6	44567	44572	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	345301934
1020	NC_015966	ACG	2	6	44574	44579	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301934
1021	NC_015966	GGTG	2	8	44602	44609	0 %	25 %	75 %	0 %	345301934
1022	NC_015966	CGC	2	6	44644	44649	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345301934
1023	NC_015966	CCGG	2	8	44840	44847	0 %	0 %	50 %	50 %	345301934
1024	NC_015966	AGCGC	2	10	44869	44878	20 %	0 %	40 %	40 %	345301934
1025	NC_015966	TCCAGC	2	12	44958	44969	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	345301934
1026	NC_015966	TCG	2	6	44985	44990	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301934
1027	NC_015966	CAG	3	9	45137	45145	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301934
1028	NC_015966	CGG	2	6	45181	45186	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301934
1029	NC_015966	GCA	2	6	45193	45198	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301934
1030	NC_015966	ACC	2	6	45234	45239	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345301934
1031	NC_015966	GGA	2	6	45243	45248	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	345301934
1032	NC_015966	TCCC	2	8	45269	45276	0 %	25 %	0 %	75 %	345301934
1033	NC_015966	ATT	2	6	45322	45327	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	345301935
1034	NC_015966	ACG	2	6	45334	45339	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301935
1035	NC_015966	GGCG	2	8	45379	45386	0 %	0 %	75 %	25 %	345301935
1036	NC_015966	GGC	2	6	45401	45406	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301935
1037	NC_015966	CGC	2	6	45431	45436	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345301935
1038	NC_015966	TCG	3	9	45465	45473	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301935
1039	NC_015966	CCAGC	2	10	45500	45509	20 %	0 %	20 %	60 %	345301935
1040	NC_015966	CGG	2	6	45637	45642	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301935
1041	NC_015966	GCA	2	6	45646	45651	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301935
1042	NC_015966	TCG	2	6	45666	45671	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301935
1043	NC_015966	CG	3	6	45670	45675	0 %	0 %	50 %	50 %	345301935
1044	NC_015966	CGG	2	6	45697	45702	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301935
1045	NC_015966	GGGCTC	2	12	45830	45841	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345301935
1046	NC_015966	ACC	2	6	45843	45848	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345301935
1047	NC_015966	GCC	2	6	45864	45869	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345301935
1048	NC_015966	GTGG	2	8	45929	45936	0 %	25 %	75 %	0 %	345301935
1049	NC_015966	CCA	2	6	45958	45963	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345301935
1050	NC_015966	GAGC	2	8	46012	46019	25 %	0 %	50 %	25 %	345301935
1051	NC_015966	GCA	2	6	46027	46032	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301935
1052	NC_015966	GCC	2	6	46049	46054	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345301935
1053	NC_015966	CGA	2	6	46068	46073	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301935
1054	NC_015966	TGC	3	9	46164	46172	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301935
1055	NC_015966	AGC	2	6	46191	46196	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301935
1056	NC_015966	CAG	2	6	46235	46240	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301935
1057	NC_015966	AAC	2	6	46311	46316	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	345301935
1058	NC_015966	GCC	2	6	46392	46397	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345301935
1059	NC_015966	GAG	2	6	46442	46447	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	345301935
1060	NC_015966	GCG	2	6	46458	46463	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301935
1061	NC_015966	GCCG	2	8	46518	46525	0 %	0 %	50 %	50 %	345301935
1062	NC_015966	TTC	2	6	46547	46552	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	345301935
1063	NC_015966	GCC	2	6	46581	46586	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345301935
1064	NC_015966	CG	3	6	46624	46629	0 %	0 %	50 %	50 %	345301935
1065	NC_015966	GCA	2	6	46639	46644	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301935
1066	NC_015966	CTG	2	6	46646	46651	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301935
1067	NC_015966	CGAC	2	8	46654	46661	25 %	0 %	25 %	50 %	345301935
1068	NC_015966	CTT	2	6	46726	46731	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	345301935
1069	NC_015966	CAC	2	6	46739	46744	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345301935
1070	NC_015966	CGCACG	2	12	46752	46763	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345301935
1071	NC_015966	GCG	2	6	46792	46797	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301935
1072	NC_015966	CGGCC	2	10	46903	46912	0 %	0 %	40 %	60 %	345301935
1073	NC_015966	CG	3	6	46996	47001	0 %	0 %	50 %	50 %	345301935
1074	NC_015966	TGG	2	6	47011	47016	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	345301935
1075	NC_015966	GGAG	2	8	47126	47133	25 %	0 %	75 %	0 %	345301936
1076	NC_015966	GCG	2	6	47227	47232	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301936
1077	NC_015966	CTG	2	6	47247	47252	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301936
1078	NC_015966	TGA	2	6	47323	47328	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345301936
1079	NC_015966	CAA	2	6	47333	47338	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	345301936
1080	NC_015966	CAA	2	6	47384	47389	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	345301936
1081	NC_015966	CTA	2	6	47411	47416	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345301936
1082	NC_015966	ACT	2	6	47419	47424	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345301936
1083	NC_015966	GATC	2	8	47492	47499	25 %	25 %	25 %	25 %	345301936
1084	NC_015966	CCA	2	6	47515	47520	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345301936
1085	NC_015966	GC	3	6	47521	47526	0 %	0 %	50 %	50 %	345301936
1086	NC_015966	GTG	2	6	47553	47558	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	345301936
1087	NC_015966	CAG	2	6	47634	47639	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301936
1088	NC_015966	GCT	2	6	47654	47659	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301936
1089	NC_015966	CTA	2	6	47678	47683	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345301936
1090	NC_015966	ACG	2	6	47692	47697	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301936
1091	NC_015966	GTG	2	6	47736	47741	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	345301936
1092	NC_015966	GAG	2	6	47763	47768	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	345301936
1093	NC_015966	CGA	2	6	47795	47800	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301936
1094	NC_015966	GGC	2	6	47855	47860	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301936
1095	NC_015966	CGC	2	6	47893	47898	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345301936
1096	NC_015966	TCGA	2	8	47925	47932	25 %	25 %	25 %	25 %	345301936
1097	NC_015966	GAA	2	6	47934	47939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	345301936
1098	NC_015966	GGC	2	6	47947	47952	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301936
1099	NC_015966	AGC	2	6	48001	48006	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301936
1100	NC_015966	TCGGG	2	10	48081	48090	0 %	20 %	60 %	20 %	345301936
1101	NC_015966	GAC	2	6	48132	48137	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301936
1102	NC_015966	TCA	2	6	48145	48150	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345301936
1103	NC_015966	CGA	2	6	48152	48157	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301936
1104	NC_015966	GAG	2	6	48279	48284	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	345301936
1105	NC_015966	GCG	3	9	48352	48360	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301936
1106	NC_015966	TGG	2	6	48361	48366	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	345301936
1107	NC_015966	ATC	2	6	48375	48380	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345301936
1108	NC_015966	TCCCGA	2	12	48395	48406	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	345301936
1109	NC_015966	CGA	2	6	48437	48442	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301936
1110	NC_015966	GAA	2	6	48450	48455	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	345301936
1111	NC_015966	GGT	2	6	48464	48469	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	345301936
1112	NC_015966	GC	3	6	48471	48476	0 %	0 %	50 %	50 %	345301936
1113	NC_015966	CTG	2	6	48603	48608	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301936
1114	NC_015966	TGG	2	6	48691	48696	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	345301936
1115	NC_015966	AGG	2	6	48715	48720	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	345301936
1116	NC_015966	CGCT	2	8	48738	48745	0 %	25 %	25 %	50 %	345301936
1117	NC_015966	CGG	2	6	48754	48759	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301936
1118	NC_015966	GGCG	2	8	48760	48767	0 %	0 %	75 %	25 %	345301936
1119	NC_015966	CGA	2	6	48836	48841	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301936
1120	NC_015966	CGG	2	6	48852	48857	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301936
1121	NC_015966	CGC	2	6	48895	48900	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345301936
1122	NC_015966	CG	3	6	48916	48921	0 %	0 %	50 %	50 %	345301936
1123	NC_015966	GAG	2	6	48990	48995	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	345301936
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1125	NC_015966	GCC	2	6	49095	49100	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345301936
1126	NC_015966	GGC	2	6	49121	49126	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301936
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1133	NC_015966	CGA	2	6	49505	49510	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301937
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1242	NC_015966	GC	3	6	54421	54426	0 %	0 %	50 %	50 %	345301941
1243	NC_015966	TAC	2	6	54427	54432	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345301941
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1247	NC_015966	ATG	2	6	54595	54600	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345301941
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1249	NC_015966	GTC	2	6	54617	54622	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301941
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1251	NC_015966	GA	3	6	54743	54748	50 %	0 %	50 %	0 %	345301941
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1486	NC_015966	TCAT	2	8	66983	66990	25 %	50 %	0 %	25 %	345301951
1487	NC_015966	GCT	2	6	67035	67040	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345301951
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1490	NC_015966	GAC	3	9	67101	67109	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301952
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1492	NC_015966	GGC	2	6	67139	67144	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301952
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1494	NC_015966	GCC	3	9	67513	67521	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345301952
1495	NC_015966	CCATC	2	10	67553	67562	20 %	20 %	0 %	60 %	345301952
1496	NC_015966	GCA	2	6	67595	67600	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301952
1497	NC_015966	CAG	2	6	67698	67703	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345301952
1498	NC_015966	GGC	2	6	67730	67735	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345301952
1499	NC_015966	CGAC	2	8	67741	67748	25 %	0 %	25 %	50 %	345301952
1500	NC_015966	CCA	2	6	67756	67761	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345301952

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