MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rahnella sp. Y9602 plasmid pRAHAQ01

Total Repeats: 350

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015062	CATAA	2	10	5113	5122	60 %	20 %	0 %	20 %	322835129
2	NC_015062	GCGGT	2	10	5747	5756	0 %	20 %	60 %	20 %	322835130
3	NC_015062	ACGCC	2	10	7545	7554	20 %	0 %	20 %	60 %	322835133
4	NC_015062	TTCGC	2	10	13837	13846	0 %	40 %	20 %	40 %	322835139
5	NC_015062	GCGCA	2	10	14178	14187	20 %	0 %	40 %	40 %	322835139
6	NC_015062	GGTCA	2	10	14777	14786	20 %	20 %	40 %	20 %	322835140
7	NC_015062	GCAAA	2	10	14986	14995	60 %	0 %	20 %	20 %	322835140
8	NC_015062	CGCGC	2	10	16873	16882	0 %	0 %	40 %	60 %	322835142
9	NC_015062	CCATA	2	10	18164	18173	40 %	20 %	0 %	40 %	322835143
10	NC_015062	CGCAG	2	10	18528	18537	20 %	0 %	40 %	40 %	322835143
11	NC_015062	CGTCA	2	10	20384	20393	20 %	20 %	20 %	40 %	322835143
12	NC_015062	AGCCG	2	10	23127	23136	20 %	0 %	40 %	40 %	322835146
13	NC_015062	TGCAC	2	10	26609	26618	20 %	20 %	20 %	40 %	322835148
14	NC_015062	CGCTT	2	10	30336	30345	0 %	40 %	20 %	40 %	322835153
15	NC_015062	GCACC	2	10	30686	30695	20 %	0 %	20 %	60 %	322835153
16	NC_015062	AGCAC	2	10	32251	32260	40 %	0 %	20 %	40 %	322835154
17	NC_015062	ATGTC	2	10	34711	34720	20 %	40 %	20 %	20 %	322835157
18	NC_015062	ACGGT	2	10	35578	35587	20 %	20 %	40 %	20 %	322835158
19	NC_015062	GCCGT	2	10	36342	36351	0 %	20 %	40 %	40 %	322835158
20	NC_015062	TGCTG	2	10	36827	36836	0 %	40 %	40 %	20 %	322835158
21	NC_015062	GCTCG	2	10	37078	37087	0 %	20 %	40 %	40 %	322835159
22	NC_015062	TGGCA	2	10	40560	40569	20 %	20 %	40 %	20 %	322835162
23	NC_015062	CTGAA	2	10	40758	40767	40 %	20 %	20 %	20 %	322835162
24	NC_015062	GCGCA	2	10	41378	41387	20 %	0 %	40 %	40 %	322835162
25	NC_015062	GCTGA	2	10	43984	43993	20 %	20 %	40 %	20 %	322835163
26	NC_015062	ATGAA	2	10	44177	44186	60 %	20 %	20 %	0 %	322835163
27	NC_015062	CGGCG	2	10	50156	50165	0 %	0 %	60 %	40 %	322835168
28	NC_015062	TGGCG	2	10	50305	50314	0 %	20 %	60 %	20 %	322835168
29	NC_015062	GATGG	2	10	50449	50458	20 %	20 %	60 %	0 %	322835168
30	NC_015062	ATCAC	2	10	54041	54050	40 %	20 %	0 %	40 %	322835171
31	NC_015062	AATTT	2	10	55410	55419	40 %	60 %	0 %	0 %	322835172
32	NC_015062	TGTGT	2	10	55477	55486	0 %	60 %	40 %	0 %	322835172
33	NC_015062	TCAGC	2	10	57227	57236	20 %	20 %	20 %	40 %	322835174
34	NC_015062	ATCAG	2	10	57756	57765	40 %	20 %	20 %	20 %	322835175
35	NC_015062	CCGCG	2	10	59877	59886	0 %	0 %	40 %	60 %	322835178
36	NC_015062	CGCGG	2	10	61366	61375	0 %	0 %	60 %	40 %	322835179
37	NC_015062	CGTCC	2	10	73730	73739	0 %	20 %	20 %	60 %	322835190
38	NC_015062	AACTG	2	10	75526	75535	40 %	20 %	20 %	20 %	322835190
39	NC_015062	ATTGA	2	10	75995	76004	40 %	40 %	20 %	0 %	322835190
40	NC_015062	ACATT	2	10	77507	77516	40 %	40 %	0 %	20 %	322835192
41	NC_015062	CGAAG	2	10	78661	78670	40 %	0 %	40 %	20 %	322835194
42	NC_015062	TGTTC	2	10	79438	79447	0 %	60 %	20 %	20 %	322835194
43	NC_015062	CATTG	2	10	80647	80656	20 %	40 %	20 %	20 %	322835196
44	NC_015062	CTCAT	2	10	80735	80744	20 %	40 %	0 %	40 %	322835196
45	NC_015062	CCCAT	2	10	81123	81132	20 %	20 %	0 %	60 %	322835196
46	NC_015062	CCACT	2	10	82063	82072	20 %	20 %	0 %	60 %	322835196
47	NC_015062	GCCGT	2	10	84261	84270	0 %	20 %	40 %	40 %	322835199
48	NC_015062	GCGCC	2	10	85165	85174	0 %	0 %	40 %	60 %	322835201
49	NC_015062	AGACC	2	10	88188	88197	40 %	0 %	20 %	40 %	322835205
50	NC_015062	GTTTT	2	10	88202	88211	0 %	80 %	20 %	0 %	322835205
51	NC_015062	CGCGC	2	10	88255	88264	0 %	0 %	40 %	60 %	322835205
52	NC_015062	GCCGC	2	10	88289	88298	0 %	0 %	40 %	60 %	322835205
53	NC_015062	CAGCG	2	10	88795	88804	20 %	0 %	40 %	40 %	322835205
54	NC_015062	TTGCG	2	10	89466	89475	0 %	40 %	40 %	20 %	322835205
55	NC_015062	TGCTC	2	10	92145	92154	0 %	40 %	20 %	40 %	322835208
56	NC_015062	ATGGA	2	10	92841	92850	40 %	20 %	40 %	0 %	322835209
57	NC_015062	GCAAG	2	10	96233	96242	40 %	0 %	40 %	20 %	322835214
58	NC_015062	AAAAT	2	10	96912	96921	80 %	20 %	0 %	0 %	322835216
59	NC_015062	TGCAG	2	10	96981	96990	20 %	20 %	40 %	20 %	322835216
60	NC_015062	TTCAT	2	10	98318	98327	20 %	60 %	0 %	20 %	322835217
61	NC_015062	TTCTC	2	10	98406	98415	0 %	60 %	0 %	40 %	322835217
62	NC_015062	GTGAT	2	10	99000	99009	20 %	40 %	40 %	0 %	322835218
63	NC_015062	GATCT	2	10	104321	104330	20 %	40 %	20 %	20 %	322835225
64	NC_015062	GTTGG	2	10	106454	106463	0 %	40 %	60 %	0 %	322835229
65	NC_015062	TGAAA	2	10	107979	107988	60 %	20 %	20 %	0 %	322835231
66	NC_015062	GAAAT	2	10	108913	108922	60 %	20 %	20 %	0 %	322835234
67	NC_015062	GTGAA	2	10	108928	108937	40 %	20 %	40 %	0 %	322835234
68	NC_015062	TACGT	2	10	110409	110418	20 %	40 %	20 %	20 %	322835235
69	NC_015062	GGCCG	2	10	112885	112894	0 %	0 %	60 %	40 %	322835237
70	NC_015062	TCTGC	2	10	117096	117105	0 %	40 %	20 %	40 %	322835241
71	NC_015062	GCGAA	2	10	118657	118666	40 %	0 %	40 %	20 %	322835241
72	NC_015062	CACCG	2	10	119328	119337	20 %	0 %	20 %	60 %	322835242
73	NC_015062	TGAAC	2	10	120933	120942	40 %	20 %	20 %	20 %	322835243
74	NC_015062	CTGCC	2	10	121088	121097	0 %	20 %	20 %	60 %	322835243
75	NC_015062	GCGCT	2	10	122477	122486	0 %	20 %	40 %	40 %	322835244
76	NC_015062	AATGA	2	10	124824	124833	60 %	20 %	20 %	0 %	322835245
77	NC_015062	CGGTA	2	10	125133	125142	20 %	20 %	40 %	20 %	322835246
78	NC_015062	AGAAC	2	10	127104	127113	60 %	0 %	20 %	20 %	322835247
79	NC_015062	GAAAT	2	10	127978	127987	60 %	20 %	20 %	0 %	322835248
80	NC_015062	TACGG	2	10	128928	128937	20 %	20 %	40 %	20 %	322835249
81	NC_015062	TGCCG	2	10	129088	129097	0 %	20 %	40 %	40 %	322835249
82	NC_015062	AACGG	2	10	129181	129190	40 %	0 %	40 %	20 %	322835249
83	NC_015062	AAAAC	2	10	136125	136134	80 %	0 %	0 %	20 %	322835253
84	NC_015062	AATCT	2	10	141000	141009	40 %	40 %	0 %	20 %	322835256
85	NC_015062	TTCAG	2	10	141281	141290	20 %	40 %	20 %	20 %	322835257
86	NC_015062	AAAGG	2	10	141315	141324	60 %	0 %	40 %	0 %	322835257
87	NC_015062	GCAGT	2	10	143075	143084	20 %	20 %	40 %	20 %	322835259
88	NC_015062	CTGGC	2	10	145430	145439	0 %	20 %	40 %	40 %	322835260
89	NC_015062	AACTC	2	10	146047	146056	40 %	20 %	0 %	40 %	322835260
90	NC_015062	CAGCT	2	10	146345	146354	20 %	20 %	20 %	40 %	322835260
91	NC_015062	CTGTC	2	10	147126	147135	0 %	40 %	20 %	40 %	322835261
92	NC_015062	CAGCG	2	10	149227	149236	20 %	0 %	40 %	40 %	322835262
93	NC_015062	GCGCC	2	10	150998	151007	0 %	0 %	40 %	60 %	322835264
94	NC_015062	CCCGA	2	10	151377	151386	20 %	0 %	20 %	60 %	322835264
95	NC_015062	ACGGC	2	10	152399	152408	20 %	0 %	40 %	40 %	322835264
96	NC_015062	TGCAT	2	10	152616	152625	20 %	40 %	20 %	20 %	322835264
97	NC_015062	GCAAT	2	10	155641	155650	40 %	20 %	20 %	20 %	322835267
98	NC_015062	ATTAT	2	10	159911	159920	40 %	60 %	0 %	0 %	322835272
99	NC_015062	ATCAT	2	10	160274	160283	40 %	40 %	0 %	20 %	322835272
100	NC_015062	CGCAT	2	10	160528	160537	20 %	20 %	20 %	40 %	322835272
101	NC_015062	TCGCT	2	10	161061	161070	0 %	40 %	20 %	40 %	322835273
102	NC_015062	GGCAT	2	10	163713	163722	20 %	20 %	40 %	20 %	322835275
103	NC_015062	GCTTT	2	10	164183	164192	0 %	60 %	20 %	20 %	322835275
104	NC_015062	GTGAT	2	10	164659	164668	20 %	40 %	40 %	0 %	322835276
105	NC_015062	ACTGG	2	10	164987	164996	20 %	20 %	40 %	20 %	322835276
106	NC_015062	TCGCG	2	10	169526	169535	0 %	20 %	40 %	40 %	322835280
107	NC_015062	GGCGC	2	10	170079	170088	0 %	0 %	60 %	40 %	322835281
108	NC_015062	GTATC	2	10	176232	176241	20 %	40 %	20 %	20 %	322835287
109	NC_015062	GCCTG	2	10	178838	178847	0 %	20 %	40 %	40 %	322835289
110	NC_015062	GGCGT	2	10	180181	180190	0 %	20 %	60 %	20 %	322835290
111	NC_015062	CGATG	2	10	183345	183354	20 %	20 %	40 %	20 %	322835294
112	NC_015062	CGGCG	2	10	186014	186023	0 %	0 %	60 %	40 %	322835297
113	NC_015062	GCGCA	2	10	187221	187230	20 %	0 %	40 %	40 %	322835299
114	NC_015062	TGTGC	2	10	188120	188129	0 %	40 %	40 %	20 %	322835299
115	NC_015062	CAAGG	2	10	190044	190053	40 %	0 %	40 %	20 %	322835301
116	NC_015062	CTGTA	2	10	190672	190681	20 %	40 %	20 %	20 %	322835302
117	NC_015062	AAGGC	2	10	191819	191828	40 %	0 %	40 %	20 %	322835304
118	NC_015062	ATTTT	2	10	192255	192264	20 %	80 %	0 %	0 %	322835304
119	NC_015062	ATAAA	2	10	194346	194355	80 %	20 %	0 %	0 %	322835306
120	NC_015062	GCCCC	2	10	194478	194487	0 %	0 %	20 %	80 %	322835307
121	NC_015062	TCTGC	2	10	196285	196294	0 %	40 %	20 %	40 %	322835308
122	NC_015062	ACTGA	2	10	197432	197441	40 %	20 %	20 %	20 %	322835310
123	NC_015062	CGGCT	2	10	200329	200338	0 %	20 %	40 %	40 %	322835313
124	NC_015062	ATTTC	2	10	200505	200514	20 %	60 %	0 %	20 %	322835313
125	NC_015062	TGGCC	2	10	205688	205697	0 %	20 %	40 %	40 %	322835319
126	NC_015062	GAATG	2	10	207832	207841	40 %	20 %	40 %	0 %	322835322
127	NC_015062	GTTGT	2	10	207973	207982	0 %	60 %	40 %	0 %	322835322
128	NC_015062	CCGCG	2	10	209934	209943	0 %	0 %	40 %	60 %	322835325
129	NC_015062	CCAAA	2	10	210038	210047	60 %	0 %	0 %	40 %	322835325
130	NC_015062	GCATT	2	10	212172	212181	20 %	40 %	20 %	20 %	322835326
131	NC_015062	AATCA	2	10	213273	213282	60 %	20 %	0 %	20 %	322835327
132	NC_015062	GACGC	2	10	215713	215722	20 %	0 %	40 %	40 %	322835330
133	NC_015062	TTATT	2	10	217304	217313	20 %	80 %	0 %	0 %	322835332
134	NC_015062	ATGCC	2	10	218760	218769	20 %	20 %	20 %	40 %	322835333
135	NC_015062	GGCTG	2	10	222214	222223	0 %	20 %	60 %	20 %	322835337
136	NC_015062	CCCTT	2	10	223317	223326	0 %	40 %	0 %	60 %	322835337
137	NC_015062	TGACC	2	10	223686	223695	20 %	20 %	20 %	40 %	322835337
138	NC_015062	GATCA	2	10	226994	227003	40 %	20 %	20 %	20 %	322835340
139	NC_015062	CTGCA	2	10	227511	227520	20 %	20 %	20 %	40 %	322835341
140	NC_015062	GCGAT	2	10	229570	229579	20 %	20 %	40 %	20 %	322835345
141	NC_015062	GCGCC	2	10	234253	234262	0 %	0 %	40 %	60 %	322835353
142	NC_015062	GCTGA	2	10	235047	235056	20 %	20 %	40 %	20 %	322835355
143	NC_015062	GCTGA	2	10	236191	236200	20 %	20 %	40 %	20 %	322835357
144	NC_015062	GGAAG	2	10	241386	241395	40 %	0 %	60 %	0 %	322835362
145	NC_015062	GCGCG	2	10	245767	245776	0 %	0 %	60 %	40 %	322835366
146	NC_015062	TTTGT	2	10	247681	247690	0 %	80 %	20 %	0 %	322835368
147	NC_015062	ATCTT	2	10	249995	250004	20 %	60 %	0 %	20 %	322835371
148	NC_015062	GCTTT	2	10	252349	252358	0 %	60 %	20 %	20 %	322835373
149	NC_015062	TGGCG	2	10	255844	255853	0 %	20 %	60 %	20 %	322835377
150	NC_015062	CTGAA	2	10	257010	257019	40 %	20 %	20 %	20 %	322835378
151	NC_015062	TTCAG	2	10	257886	257895	20 %	40 %	20 %	20 %	322835379
152	NC_015062	CGTCA	2	10	260527	260536	20 %	20 %	20 %	40 %	322835381
153	NC_015062	GACCA	2	10	261021	261030	40 %	0 %	20 %	40 %	322835382
154	NC_015062	TCAGG	2	10	264136	264145	20 %	20 %	40 %	20 %	322835384
155	NC_015062	ATTTT	2	10	264711	264720	20 %	80 %	0 %	0 %	322835384
156	NC_015062	ATCCC	2	10	267274	267283	20 %	20 %	0 %	60 %	322835387
157	NC_015062	AGCAG	2	10	267875	267884	40 %	0 %	40 %	20 %	322835387
158	NC_015062	GGAAA	2	10	268063	268072	60 %	0 %	40 %	0 %	322835387
159	NC_015062	AAAGT	2	10	269109	269118	60 %	20 %	20 %	0 %	322835388
160	NC_015062	TTGAT	2	10	269213	269222	20 %	60 %	20 %	0 %	322835389
161	NC_015062	GACAT	2	10	269345	269354	40 %	20 %	20 %	20 %	322835389
162	NC_015062	AGCTG	2	10	272788	272797	20 %	20 %	40 %	20 %	322835392
163	NC_015062	GCCGG	2	10	278153	278162	0 %	0 %	60 %	40 %	322835397
164	NC_015062	GCAGA	2	10	280566	280575	40 %	0 %	40 %	20 %	322835399
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166	NC_015062	GGGCT	2	10	280866	280875	0 %	20 %	60 %	20 %	322835399
167	NC_015062	CATTC	2	10	284829	284838	20 %	40 %	0 %	40 %	322835402
168	NC_015062	ATCAC	2	10	288191	288200	40 %	20 %	0 %	40 %	322835405
169	NC_015062	TGGTC	2	10	288861	288870	0 %	40 %	40 %	20 %	322835405
170	NC_015062	CAGTG	2	10	291407	291416	20 %	20 %	40 %	20 %	322835408
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172	NC_015062	TCAGG	2	10	295235	295244	20 %	20 %	40 %	20 %	322835411
173	NC_015062	GATCT	2	10	302845	302854	20 %	40 %	20 %	20 %	322835416
174	NC_015062	GCGCA	2	10	303122	303131	20 %	0 %	40 %	40 %	322835416
175	NC_015062	GCCGG	2	10	303373	303382	0 %	0 %	60 %	40 %	322835416
176	NC_015062	CTGGA	2	10	305419	305428	20 %	20 %	40 %	20 %	322835418
177	NC_015062	GATCA	2	10	305716	305725	40 %	20 %	20 %	20 %	322835418
178	NC_015062	CGCTG	2	10	307776	307785	0 %	20 %	40 %	40 %	322835420
179	NC_015062	CGACC	2	10	308326	308335	20 %	0 %	20 %	60 %	322835420
180	NC_015062	GCCGC	2	10	311227	311236	0 %	0 %	40 %	60 %	322835423
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199	NC_015062	GCTGA	2	10	368234	368243	20 %	20 %	40 %	20 %	322835478
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222	NC_015062	GCACC	2	10	388524	388533	20 %	0 %	20 %	60 %	322835492
223	NC_015062	ATAAA	2	10	391351	391360	80 %	20 %	0 %	0 %	322835495
224	NC_015062	CTGAC	2	10	393298	393307	20 %	20 %	20 %	40 %	322835496
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231	NC_015062	TCAGA	2	10	417906	417915	40 %	20 %	20 %	20 %	322835517
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238	NC_015062	CTGAT	2	10	429656	429665	20 %	40 %	20 %	20 %	322835530
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241	NC_015062	CCGCG	2	10	432419	432428	0 %	0 %	40 %	60 %	322835533
242	NC_015062	ACCGG	2	10	434535	434544	20 %	0 %	40 %	40 %	322835534
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244	NC_015062	TGCAC	2	10	437993	438002	20 %	20 %	20 %	40 %	322835536
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246	NC_015062	GGAAG	2	10	439354	439363	40 %	0 %	60 %	0 %	322835539
247	NC_015062	ACACC	2	10	439806	439815	40 %	0 %	0 %	60 %	322835539
248	NC_015062	CGGTG	2	10	445259	445268	0 %	20 %	60 %	20 %	322835543
249	NC_015062	CGATG	2	10	446951	446960	20 %	20 %	40 %	20 %	322835544
250	NC_015062	GAACT	2	10	447406	447415	40 %	20 %	20 %	20 %	322835545
251	NC_015062	CGCGC	2	10	447859	447868	0 %	0 %	40 %	60 %	322835545
252	NC_015062	ATCCA	2	10	451184	451193	40 %	20 %	0 %	40 %	322835548
253	NC_015062	CATTC	2	10	456522	456531	20 %	40 %	0 %	40 %	322835552
254	NC_015062	CGAAA	2	10	459005	459014	60 %	0 %	20 %	20 %	322835553
255	NC_015062	CGGTC	2	10	460358	460367	0 %	20 %	40 %	40 %	322835554
256	NC_015062	CCGGC	2	10	460915	460924	0 %	0 %	40 %	60 %	322835554
257	NC_015062	GCGAC	2	10	461351	461360	20 %	0 %	40 %	40 %	322835554
258	NC_015062	CATTC	2	10	462546	462555	20 %	40 %	0 %	40 %	322835555
259	NC_015062	AAATA	2	10	464242	464251	80 %	20 %	0 %	0 %	322835557
260	NC_015062	TGGCA	2	10	464363	464372	20 %	20 %	40 %	20 %	322835557
261	NC_015062	ACCTC	2	10	465932	465941	20 %	20 %	0 %	60 %	322835559
262	NC_015062	GAACA	2	10	471832	471841	60 %	0 %	20 %	20 %	322835565
263	NC_015062	ACCGC	2	10	472829	472838	20 %	0 %	20 %	60 %	322835565
264	NC_015062	GCACC	2	10	473451	473460	20 %	0 %	20 %	60 %	322835565
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.