MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rhodothermus marinus DSM 4252 plasmid pRMAR01

Total Repeats: 1961

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_013502	ACTC	2	8	55797	55804	25 %	25 %	0 %	50 %	268318389
1002	NC_013502	CCCA	2	8	55809	55816	25 %	0 %	0 %	75 %	268318389
1003	NC_013502	GCC	2	6	55875	55880	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318389
1004	NC_013502	GGA	2	6	55885	55890	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268318389
1005	NC_013502	GCG	2	6	56000	56005	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318389
1006	NC_013502	CAC	2	6	56213	56218	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318389
1007	NC_013502	CAT	2	6	56221	56226	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268318389
1008	NC_013502	GCG	2	6	56231	56236	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318389
1009	NC_013502	ACG	2	6	56246	56251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318389
1010	NC_013502	TGC	2	6	56252	56257	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318389
1011	NC_013502	CCA	2	6	56275	56280	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318389
1012	NC_013502	TCC	2	6	56292	56297	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268318389
1013	NC_013502	CAGC	2	8	56327	56334	25 %	0 %	25 %	50 %	268318389
1014	NC_013502	CAG	2	6	56426	56431	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318389
1015	NC_013502	CAC	2	6	56452	56457	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318389
1016	NC_013502	GCC	2	6	56499	56504	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318389
1017	NC_013502	TCG	2	6	56565	56570	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318389
1018	NC_013502	CG	3	6	56578	56583	0 %	0 %	50 %	50 %	268318389
1019	NC_013502	AGC	2	6	56658	56663	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318389
1020	NC_013502	GCC	2	6	56682	56687	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318389
1021	NC_013502	CG	3	6	56727	56732	0 %	0 %	50 %	50 %	268318389
1022	NC_013502	GCC	2	6	56775	56780	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318389
1023	NC_013502	CATCA	2	10	56816	56825	40 %	20 %	0 %	40 %	268318389
1024	NC_013502	ATT	2	6	56868	56873	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	268318389
1025	NC_013502	CCAGAT	2	12	56938	56949	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	268318389
1026	NC_013502	C	6	6	56982	56987	0 %	0 %	0 %	100 %	268318389
1027	NC_013502	AGA	2	6	57014	57019	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	268318389
1028	NC_013502	GCT	3	9	57022	57030	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318389
1029	NC_013502	CCT	2	6	57097	57102	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268318389
1030	NC_013502	AAATTC	2	12	57122	57133	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	268318389
1031	NC_013502	CTC	2	6	57140	57145	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268318389
1032	NC_013502	CGG	2	6	57151	57156	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318389
1033	NC_013502	CCT	2	6	57175	57180	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268318389
1034	NC_013502	GCT	2	6	57250	57255	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318389
1035	NC_013502	TCA	2	6	57271	57276	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268318389
1036	NC_013502	CAG	2	6	57311	57316	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318389
1037	NC_013502	ACGC	2	8	57320	57327	25 %	0 %	25 %	50 %	268318389
1038	NC_013502	CAT	2	6	57646	57651	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268318390
1039	NC_013502	TGGC	2	8	57718	57725	0 %	25 %	50 %	25 %	268318390
1040	NC_013502	GGC	3	9	57743	57751	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318390
1041	NC_013502	GCAT	2	8	57756	57763	25 %	25 %	25 %	25 %	268318390
1042	NC_013502	TGG	2	6	57773	57778	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268318390
1043	NC_013502	TCTT	2	8	57831	57838	0 %	75 %	0 %	25 %	268318390
1044	NC_013502	C	6	6	57867	57872	0 %	0 %	0 %	100 %	268318390
1045	NC_013502	CGA	2	6	57889	57894	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318390
1046	NC_013502	AGC	2	6	57969	57974	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318390
1047	NC_013502	GC	3	6	57973	57978	0 %	0 %	50 %	50 %	268318390
1048	NC_013502	CAT	2	6	58006	58011	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268318390
1049	NC_013502	GGCC	2	8	58016	58023	0 %	0 %	50 %	50 %	268318390
1050	NC_013502	GC	3	6	58051	58056	0 %	0 %	50 %	50 %	268318390
1051	NC_013502	CTGGC	2	10	58109	58118	0 %	20 %	40 %	40 %	268318390
1052	NC_013502	CCGA	2	8	58149	58156	25 %	0 %	25 %	50 %	268318390
1053	NC_013502	CCT	2	6	58183	58188	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268318390
1054	NC_013502	GCC	2	6	58236	58241	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318390
1055	NC_013502	TGCA	2	8	58314	58321	25 %	25 %	25 %	25 %	268318390
1056	NC_013502	GC	3	6	58327	58332	0 %	0 %	50 %	50 %	268318390
1057	NC_013502	TCGG	2	8	58341	58348	0 %	25 %	50 %	25 %	268318390
1058	NC_013502	GCT	2	6	58477	58482	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318390
1059	NC_013502	CGA	2	6	58489	58494	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318390
1060	NC_013502	GTCG	2	8	58636	58643	0 %	25 %	50 %	25 %	268318390
1061	NC_013502	TGG	2	6	58644	58649	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268318390
1062	NC_013502	GCG	2	6	58672	58677	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318390
1063	NC_013502	CTG	3	9	58694	58702	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318390
1064	NC_013502	GAGC	2	8	58768	58775	25 %	0 %	50 %	25 %	268318390
1065	NC_013502	GCC	2	6	58783	58788	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318390
1066	NC_013502	CGC	2	6	58852	58857	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318390
1067	NC_013502	CTA	2	6	58861	58866	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268318390
1068	NC_013502	GAA	2	6	58883	58888	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	268318390
1069	NC_013502	GCCCG	2	10	58890	58899	0 %	0 %	40 %	60 %	268318390
1070	NC_013502	CGG	2	6	58917	58922	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318390
1071	NC_013502	CAG	3	9	58961	58969	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318390
1072	NC_013502	TG	3	6	58992	58997	0 %	50 %	50 %	0 %	268318390
1073	NC_013502	AAG	3	9	58998	59006	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	268318390
1074	NC_013502	TGG	2	6	59010	59015	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268318390
1075	NC_013502	GCT	2	6	59320	59325	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318390
1076	NC_013502	CT	4	8	59348	59355	0 %	50 %	0 %	50 %	268318390
1077	NC_013502	GGA	2	6	59380	59385	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268318390
1078	NC_013502	CGA	2	6	59401	59406	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318390
1079	NC_013502	GC	3	6	59437	59442	0 %	0 %	50 %	50 %	268318390
1080	NC_013502	CGCA	2	8	59488	59495	25 %	0 %	25 %	50 %	268318390
1081	NC_013502	CCGC	2	8	59532	59539	0 %	0 %	25 %	75 %	268318390
1082	NC_013502	CGA	2	6	59548	59553	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318390
1083	NC_013502	CCGA	2	8	59558	59565	25 %	0 %	25 %	50 %	268318390
1084	NC_013502	GCA	2	6	59584	59589	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318390
1085	NC_013502	AGC	2	6	59599	59604	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318390
1086	NC_013502	CGA	2	6	59638	59643	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318390
1087	NC_013502	CTG	2	6	59687	59692	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318390
1088	NC_013502	GCC	2	6	59696	59701	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318390
1089	NC_013502	CGA	2	6	59713	59718	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318390
1090	NC_013502	GCC	2	6	59804	59809	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318390
1091	NC_013502	GCTTC	2	10	59836	59845	0 %	40 %	20 %	40 %	268318390
1092	NC_013502	GGT	2	6	59855	59860	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268318390
1093	NC_013502	GGCA	2	8	59917	59924	25 %	0 %	50 %	25 %	268318390
1094	NC_013502	CATC	2	8	59956	59963	25 %	25 %	0 %	50 %	268318390
1095	NC_013502	CTG	2	6	59990	59995	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318390
1096	NC_013502	GAG	2	6	60014	60019	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268318390
1097	NC_013502	CA	3	6	60048	60053	50 %	0 %	0 %	50 %	268318390
1098	NC_013502	CGTC	2	8	60067	60074	0 %	25 %	25 %	50 %	268318390
1099	NC_013502	TCG	2	6	60115	60120	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318390
1100	NC_013502	CGA	2	6	60241	60246	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318390
1101	NC_013502	GCATGC	2	12	60289	60300	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	268318390
1102	NC_013502	CTG	2	6	60305	60310	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318390
1103	NC_013502	TGA	2	6	60324	60329	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	268318390
1104	NC_013502	GAA	2	6	60344	60349	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	268318390
1105	NC_013502	CGG	2	6	60359	60364	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318390
1106	NC_013502	CGC	2	6	60428	60433	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318390
1107	NC_013502	CTG	2	6	60434	60439	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318390
1108	NC_013502	GGC	2	6	60493	60498	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318390
1109	NC_013502	CTG	2	6	60582	60587	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318390
1110	NC_013502	AGC	2	6	60595	60600	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318390
1111	NC_013502	GCA	2	6	60665	60670	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318391
1112	NC_013502	TGC	2	6	60685	60690	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318391
1113	NC_013502	TGCA	2	8	60739	60746	25 %	25 %	25 %	25 %	268318391
1114	NC_013502	GCC	2	6	60747	60752	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318391
1115	NC_013502	CAG	2	6	60801	60806	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318391
1116	NC_013502	CAG	2	6	60837	60842	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318391
1117	NC_013502	CGGC	2	8	60913	60920	0 %	0 %	50 %	50 %	268318391
1118	NC_013502	ACA	2	6	60922	60927	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	268318391
1119	NC_013502	GATCG	2	10	61011	61020	20 %	20 %	40 %	20 %	268318391
1120	NC_013502	CAG	2	6	61038	61043	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318391
1121	NC_013502	GGC	2	6	61061	61066	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318391
1122	NC_013502	TGC	2	6	61081	61086	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318391
1123	NC_013502	TCG	2	6	61096	61101	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318391
1124	NC_013502	CAG	2	6	61310	61315	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318392
1125	NC_013502	TC	3	6	61381	61386	0 %	50 %	0 %	50 %	268318392
1126	NC_013502	GCC	2	6	61390	61395	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318392
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1243	NC_013502	CGGC	2	8	69263	69270	0 %	0 %	50 %	50 %	268318396
1244	NC_013502	TCC	2	6	69277	69282	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268318396
1245	NC_013502	AGA	3	9	69287	69295	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	268318396
1246	NC_013502	CGG	2	6	69351	69356	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318396
1247	NC_013502	GCC	2	6	69401	69406	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318396
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1249	NC_013502	AG	3	6	70170	70175	50 %	0 %	50 %	0 %	268318397
1250	NC_013502	CAT	2	6	70192	70197	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268318397
1251	NC_013502	ACT	2	6	70285	70290	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268318397
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1253	NC_013502	ACG	2	6	70328	70333	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318397
1254	NC_013502	ACC	2	6	70453	70458	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318397
1255	NC_013502	ACT	2	6	70477	70482	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268318397
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1262	NC_013502	CAT	2	6	70709	70714	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268318397
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1264	NC_013502	GACGCT	2	12	71272	71283	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	268318398
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1374	NC_013502	TGC	2	6	80412	80417	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318406
1375	NC_013502	TGT	2	6	80419	80424	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	268318406
1376	NC_013502	CGCA	2	8	80465	80472	25 %	0 %	25 %	50 %	268318407
1377	NC_013502	AGA	2	6	80558	80563	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	268318407
1378	NC_013502	CGT	2	6	80673	80678	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318407
1379	NC_013502	AG	3	6	80701	80706	50 %	0 %	50 %	0 %	268318407
1380	NC_013502	GCT	2	6	80718	80723	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318407
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1383	NC_013502	ATC	2	6	80764	80769	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268318407
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1385	NC_013502	TTG	2	6	80798	80803	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	268318407
1386	NC_013502	AGT	2	6	80852	80857	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	268318407
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1402	NC_013502	CCGG	2	8	83165	83172	0 %	0 %	50 %	50 %	268318411
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1481	NC_013502	GGC	2	6	91065	91070	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318416
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1484	NC_013502	TTC	2	6	91368	91373	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	268318417
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1489	NC_013502	CGTCC	2	10	91485	91494	0 %	20 %	20 %	60 %	268318417
1490	NC_013502	CTC	3	9	91500	91508	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268318417
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1492	NC_013502	CTCCCG	2	12	91530	91541	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	268318417
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1495	NC_013502	GTCG	2	8	91617	91624	0 %	25 %	50 %	25 %	268318417
1496	NC_013502	GTA	2	6	91626	91631	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	268318417
1497	NC_013502	GCG	2	6	91684	91689	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318417
1498	NC_013502	TCG	2	6	91712	91717	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318417
1499	NC_013502	CGG	4	12	91720	91731	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318417
1500	NC_013502	CAGA	2	8	91773	91780	50 %	0 %	25 %	25 %	268318417

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