MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rhodothermus marinus DSM 4252 plasmid pRMAR01

Total Repeats: 1961

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_013502	ACCGA	2	10	29568	29577	40 %	0 %	20 %	40 %	268318363
502	NC_013502	CAC	2	6	29604	29609	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318363
503	NC_013502	GC	3	6	29615	29620	0 %	0 %	50 %	50 %	268318363
504	NC_013502	CAG	2	6	29652	29657	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318363
505	NC_013502	CGC	2	6	29679	29684	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318363
506	NC_013502	CTC	2	6	29688	29693	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268318363
507	NC_013502	GCC	2	6	29705	29710	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318363
508	NC_013502	CGG	2	6	29747	29752	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318363
509	NC_013502	CGC	2	6	29773	29778	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318363
510	NC_013502	TCG	2	6	29801	29806	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318363
511	NC_013502	GCA	2	6	29849	29854	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318363
512	NC_013502	CCT	3	9	29867	29875	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268318363
513	NC_013502	GGAT	2	8	30126	30133	25 %	25 %	50 %	0 %	268318363
514	NC_013502	GCA	3	9	30269	30277	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318363
515	NC_013502	GCC	2	6	30288	30293	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318363
516	NC_013502	GCT	2	6	30294	30299	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318363
517	NC_013502	GCAC	2	8	30305	30312	25 %	0 %	25 %	50 %	268318363
518	NC_013502	CAC	2	6	30348	30353	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318363
519	NC_013502	CAG	2	6	30363	30368	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318363
520	NC_013502	AACG	2	8	30379	30386	50 %	0 %	25 %	25 %	268318363
521	NC_013502	TCG	2	6	30418	30423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318363
522	NC_013502	CGG	2	6	30485	30490	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318363
523	NC_013502	CGC	2	6	30560	30565	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318363
524	NC_013502	GC	3	6	30564	30569	0 %	0 %	50 %	50 %	268318363
525	NC_013502	AGC	2	6	30610	30615	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318363
526	NC_013502	GCC	2	6	30634	30639	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318363
527	NC_013502	CAT	2	6	30644	30649	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268318363
528	NC_013502	GAC	2	6	30750	30755	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318363
529	NC_013502	GCA	2	6	30830	30835	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318363
530	NC_013502	CCAG	2	8	30842	30849	25 %	0 %	25 %	50 %	268318363
531	NC_013502	GCC	2	6	30880	30885	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318363
532	NC_013502	TGC	2	6	30937	30942	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318363
533	NC_013502	GCT	2	6	31004	31009	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318363
534	NC_013502	GCA	2	6	31028	31033	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318363
535	NC_013502	TTCGA	2	10	31198	31207	20 %	40 %	20 %	20 %	268318364
536	NC_013502	CCA	2	6	31230	31235	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318364
537	NC_013502	GC	3	6	31241	31246	0 %	0 %	50 %	50 %	268318364
538	NC_013502	TCG	2	6	31259	31264	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318364
539	NC_013502	CAG	2	6	31390	31395	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318364
540	NC_013502	CGGC	2	8	31404	31411	0 %	0 %	50 %	50 %	268318364
541	NC_013502	GCA	2	6	31422	31427	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318364
542	NC_013502	GC	3	6	31436	31441	0 %	0 %	50 %	50 %	268318364
543	NC_013502	CGG	2	6	31445	31450	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318364
544	NC_013502	TCG	2	6	31457	31462	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318364
545	NC_013502	GGC	2	6	31529	31534	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318364
546	NC_013502	GAACG	2	10	31552	31561	40 %	0 %	40 %	20 %	268318364
547	NC_013502	CAG	2	6	31612	31617	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318364
548	NC_013502	TCG	2	6	31649	31654	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318364
549	NC_013502	GGC	2	6	31690	31695	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318364
550	NC_013502	GCC	2	6	31708	31713	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318364
551	NC_013502	CGC	2	6	31736	31741	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318364
552	NC_013502	GC	3	6	31805	31810	0 %	0 %	50 %	50 %	268318364
553	NC_013502	TCG	2	6	31835	31840	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318364
554	NC_013502	TCG	2	6	31964	31969	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318364
555	NC_013502	GCC	2	6	31985	31990	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318364
556	NC_013502	AGCGTG	2	12	32000	32011	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	268318364
557	NC_013502	ACC	2	6	32012	32017	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318364
558	NC_013502	GCT	2	6	32022	32027	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318364
559	NC_013502	CAC	2	6	33743	33748	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318366
560	NC_013502	CGA	2	6	33780	33785	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318366
561	NC_013502	CTG	2	6	33790	33795	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318366
562	NC_013502	CGA	2	6	33798	33803	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318366
563	NC_013502	CCGC	2	8	33838	33845	0 %	0 %	25 %	75 %	268318366
564	NC_013502	ACG	2	6	33851	33856	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318366
565	NC_013502	CAC	2	6	33862	33867	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318366
566	NC_013502	CAG	2	6	33943	33948	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318366
567	NC_013502	CGC	2	6	33964	33969	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318366
568	NC_013502	GAG	2	6	33985	33990	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268318366
569	NC_013502	ATC	2	6	34145	34150	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268318366
570	NC_013502	CGTT	2	8	34207	34214	0 %	50 %	25 %	25 %	268318366
571	NC_013502	TGG	2	6	34217	34222	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268318366
572	NC_013502	CGCC	2	8	34230	34237	0 %	0 %	25 %	75 %	268318366
573	NC_013502	GCTG	2	8	34299	34306	0 %	25 %	50 %	25 %	268318366
574	NC_013502	CTG	2	6	34312	34317	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318366
575	NC_013502	TGC	2	6	34382	34387	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318366
576	NC_013502	TGC	2	6	34391	34396	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318366
577	NC_013502	CGGC	2	8	34404	34411	0 %	0 %	50 %	50 %	268318366
578	NC_013502	TGA	2	6	34415	34420	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	268318366
579	NC_013502	CTG	2	6	34423	34428	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318366
580	NC_013502	TGG	2	6	34456	34461	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268318366
581	NC_013502	CGG	2	6	34477	34482	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318366
582	NC_013502	CGT	2	6	34489	34494	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318366
583	NC_013502	CAT	3	9	34495	34503	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268318366
584	NC_013502	GGC	2	6	34506	34511	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318366
585	NC_013502	CGC	2	6	34519	34524	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318366
586	NC_013502	GC	4	8	34551	34558	0 %	0 %	50 %	50 %	268318366
587	NC_013502	CG	3	6	34587	34592	0 %	0 %	50 %	50 %	268318366
588	NC_013502	AAG	2	6	34628	34633	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	268318366
589	NC_013502	CCG	2	6	34662	34667	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318366
590	NC_013502	CCT	2	6	34674	34679	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268318366
591	NC_013502	GAAC	2	8	34727	34734	50 %	0 %	25 %	25 %	268318366
592	NC_013502	GC	3	6	34773	34778	0 %	0 %	50 %	50 %	268318367
593	NC_013502	C	6	6	34793	34798	0 %	0 %	0 %	100 %	268318367
594	NC_013502	CGGT	2	8	34817	34824	0 %	25 %	50 %	25 %	268318367
595	NC_013502	GAG	2	6	34828	34833	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268318367
596	NC_013502	ACG	2	6	34868	34873	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318367
597	NC_013502	G	6	6	34873	34878	0 %	0 %	100 %	0 %	268318367
598	NC_013502	ACG	2	6	34892	34897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318367
599	NC_013502	GGC	2	6	34917	34922	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318367
600	NC_013502	TC	3	6	34938	34943	0 %	50 %	0 %	50 %	268318367
601	NC_013502	AAC	2	6	34988	34993	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	268318367
602	NC_013502	AGCG	2	8	34997	35004	25 %	0 %	50 %	25 %	268318367
603	NC_013502	GC	3	6	35058	35063	0 %	0 %	50 %	50 %	268318367
604	NC_013502	TGG	2	6	35207	35212	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268318367
605	NC_013502	GCCTG	2	10	35294	35303	0 %	20 %	40 %	40 %	268318367
606	NC_013502	GCA	2	6	35358	35363	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318367
607	NC_013502	CGG	2	6	35371	35376	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318367
608	NC_013502	GGCGCT	2	12	35403	35414	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	268318367
609	NC_013502	GC	3	6	35435	35440	0 %	0 %	50 %	50 %	268318367
610	NC_013502	CTG	2	6	35470	35475	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318367
611	NC_013502	GCA	2	6	35477	35482	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318367
612	NC_013502	GCA	3	9	35526	35534	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318367
613	NC_013502	ACA	2	6	35549	35554	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	268318367
614	NC_013502	CCG	2	6	35600	35605	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318367
615	NC_013502	CACG	2	8	35631	35638	25 %	0 %	25 %	50 %	268318367
616	NC_013502	CG	3	6	35637	35642	0 %	0 %	50 %	50 %	268318367
617	NC_013502	ACG	2	6	35681	35686	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318367
618	NC_013502	GAA	2	6	35734	35739	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	268318367
619	NC_013502	CGG	2	6	35747	35752	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318367
620	NC_013502	TGG	2	6	35792	35797	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268318367
621	NC_013502	CGA	2	6	35835	35840	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318367
622	NC_013502	AGC	2	6	35885	35890	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318367
623	NC_013502	TCT	2	6	35940	35945	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	268318367
624	NC_013502	CGG	2	6	35957	35962	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318367
625	NC_013502	GGA	2	6	35985	35990	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268318367
626	NC_013502	AGG	2	6	36059	36064	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268318367
627	NC_013502	CAC	2	6	36093	36098	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318367
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874	NC_013502	TCA	2	6	48955	48960	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268318382
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