MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Ralstonia pickettii 12D plasmid pRp12D01

Total Repeats: 209

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012855	TGGAC	2	10	252	261	20 %	20 %	40 %	20 %	241589534
2	NC_012855	TGGAG	2	10	1289	1298	20 %	20 %	60 %	0 %	241589536
3	NC_012855	CTGCA	2	10	8866	8875	20 %	20 %	20 %	40 %	241589542
4	NC_012855	TCAAT	2	10	13062	13071	40 %	40 %	0 %	20 %	241589548
5	NC_012855	ACGAT	2	10	14300	14309	40 %	20 %	20 %	20 %	241589549
6	NC_012855	TCTGG	2	10	17091	17100	0 %	40 %	40 %	20 %	241589553
7	NC_012855	GACCT	2	10	17215	17224	20 %	20 %	20 %	40 %	241589553
8	NC_012855	GCTGC	2	10	17326	17335	0 %	20 %	40 %	40 %	241589553
9	NC_012855	GGTGA	2	10	18523	18532	20 %	20 %	60 %	0 %	241589555
10	NC_012855	TGGTC	2	10	20251	20260	0 %	40 %	40 %	20 %	241589556
11	NC_012855	GTAGC	2	10	22174	22183	20 %	20 %	40 %	20 %	241589557
12	NC_012855	TGCGC	2	10	25565	25574	0 %	20 %	40 %	40 %	241589560
13	NC_012855	TGCCG	2	10	29162	29171	0 %	20 %	40 %	40 %	241589565
14	NC_012855	CGCTG	2	10	29975	29984	0 %	20 %	40 %	40 %	241589565
15	NC_012855	ACGGT	2	10	30109	30118	20 %	20 %	40 %	20 %	241589565
16	NC_012855	AGCGT	2	10	33209	33218	20 %	20 %	40 %	20 %	241589566
17	NC_012855	GCCGC	2	10	35013	35022	0 %	0 %	40 %	60 %	241589568
18	NC_012855	AGCGC	2	10	37260	37269	20 %	0 %	40 %	40 %	241589569
19	NC_012855	AGCGC	2	10	38259	38268	20 %	0 %	40 %	40 %	241589570
20	NC_012855	TTGCA	2	10	38911	38920	20 %	40 %	20 %	20 %	241589570
21	NC_012855	GCACG	2	10	40047	40056	20 %	0 %	40 %	40 %	241589571
22	NC_012855	TTCAA	2	10	40310	40319	40 %	40 %	0 %	20 %	241589571
23	NC_012855	TGGCG	2	10	42161	42170	0 %	20 %	60 %	20 %	241589572
24	NC_012855	AGTGG	2	10	42325	42334	20 %	20 %	60 %	0 %	241589572
25	NC_012855	CGCTG	2	10	43329	43338	0 %	20 %	40 %	40 %	241589573
26	NC_012855	TCGAA	2	10	43544	43553	40 %	20 %	20 %	20 %	241589574
27	NC_012855	GCCGC	2	10	43565	43574	0 %	0 %	40 %	60 %	241589574
28	NC_012855	AGCCA	2	10	44053	44062	40 %	0 %	20 %	40 %	241589574
29	NC_012855	GCGCT	2	10	44410	44419	0 %	20 %	40 %	40 %	241589574
30	NC_012855	TGCCG	2	10	52441	52450	0 %	20 %	40 %	40 %	241589580
31	NC_012855	CCGTC	2	10	52782	52791	0 %	20 %	20 %	60 %	241589580
32	NC_012855	CAATC	2	10	54501	54510	40 %	20 %	0 %	40 %	241589581
33	NC_012855	GCAAA	2	10	55075	55084	60 %	0 %	20 %	20 %	241589581
34	NC_012855	TTCGA	2	10	61955	61964	20 %	40 %	20 %	20 %	241589586
35	NC_012855	TGCGT	2	10	62922	62931	0 %	40 %	40 %	20 %	241589586
36	NC_012855	AACGC	2	10	63533	63542	40 %	0 %	20 %	40 %	241589587
37	NC_012855	GGAGG	2	10	63798	63807	20 %	0 %	80 %	0 %	241589587
38	NC_012855	TACGG	2	10	65239	65248	20 %	20 %	40 %	20 %	241589588
39	NC_012855	GTGGA	2	10	71059	71068	20 %	20 %	60 %	0 %	241589594
40	NC_012855	TCTCC	2	10	73829	73838	0 %	40 %	0 %	60 %	241589596
41	NC_012855	CTTTG	2	10	75860	75869	0 %	60 %	20 %	20 %	241589597
42	NC_012855	CTGCA	2	10	78048	78057	20 %	20 %	20 %	40 %	241589598
43	NC_012855	CGCGA	2	10	78606	78615	20 %	0 %	40 %	40 %	241589599
44	NC_012855	GCTTC	2	10	81807	81816	0 %	40 %	20 %	40 %	241589602
45	NC_012855	GGTTG	2	10	85915	85924	0 %	40 %	60 %	0 %	241589605
46	NC_012855	TGCAA	2	10	86120	86129	40 %	20 %	20 %	20 %	241589605
47	NC_012855	GCTTT	2	10	88679	88688	0 %	60 %	20 %	20 %	241589607
48	NC_012855	GGTGA	2	10	90162	90171	20 %	20 %	60 %	0 %	241589609
49	NC_012855	CGAGA	2	10	90492	90501	40 %	0 %	40 %	20 %	241589610
50	NC_012855	GCGAA	2	10	93807	93816	40 %	0 %	40 %	20 %	241589612
51	NC_012855	TGGCA	2	10	95534	95543	20 %	20 %	40 %	20 %	241589614
52	NC_012855	AAGGA	2	10	96232	96241	60 %	0 %	40 %	0 %	241589615
53	NC_012855	TCGTT	2	10	99033	99042	0 %	60 %	20 %	20 %	241589618
54	NC_012855	CAACT	2	10	100060	100069	40 %	20 %	0 %	40 %	241589619
55	NC_012855	CAAGT	2	10	101820	101829	40 %	20 %	20 %	20 %	241589621
56	NC_012855	ATCTC	2	10	104561	104570	20 %	40 %	0 %	40 %	241589623
57	NC_012855	GACTC	2	10	104571	104580	20 %	20 %	20 %	40 %	241589623
58	NC_012855	CGGCA	2	10	105241	105250	20 %	0 %	40 %	40 %	241589623
59	NC_012855	GGCAG	2	10	107505	107514	20 %	0 %	60 %	20 %	241589625
60	NC_012855	GGAAG	2	10	109727	109736	40 %	0 %	60 %	0 %	241589627
61	NC_012855	GTCAG	2	10	111789	111798	20 %	20 %	40 %	20 %	241589629
62	NC_012855	CCTCC	2	10	111987	111996	0 %	20 %	0 %	80 %	241589629
63	NC_012855	TTCTC	2	10	113724	113733	0 %	60 %	0 %	40 %	241589631
64	NC_012855	CGGCT	2	10	114208	114217	0 %	20 %	40 %	40 %	241589632
65	NC_012855	GGGAA	2	10	114234	114243	40 %	0 %	60 %	0 %	241589632
66	NC_012855	GCCCC	2	10	114731	114740	0 %	0 %	20 %	80 %	241589633
67	NC_012855	GCTTG	2	10	119705	119714	0 %	40 %	40 %	20 %	241589636
68	NC_012855	GCTGC	2	10	119765	119774	0 %	20 %	40 %	40 %	241589636
69	NC_012855	GATCA	2	10	120809	120818	40 %	20 %	20 %	20 %	241589637
70	NC_012855	GGCTG	2	10	120958	120967	0 %	20 %	60 %	20 %	241589637
71	NC_012855	ATTGG	2	10	121718	121727	20 %	40 %	40 %	0 %	241589638
72	NC_012855	GGCCT	2	10	121946	121955	0 %	20 %	40 %	40 %	241589638
73	NC_012855	TGGGG	2	10	122392	122401	0 %	20 %	80 %	0 %	241589639
74	NC_012855	GATCT	2	10	123892	123901	20 %	40 %	20 %	20 %	241589641
75	NC_012855	AACGT	2	10	125852	125861	40 %	20 %	20 %	20 %	241589644
76	NC_012855	TGATT	2	10	128373	128382	20 %	60 %	20 %	0 %	241589648
77	NC_012855	AAGGG	2	10	130879	130888	40 %	0 %	60 %	0 %	241589655
78	NC_012855	TTCAG	2	10	133248	133257	20 %	40 %	20 %	20 %	241589660
79	NC_012855	GTGCT	2	10	134627	134636	0 %	40 %	40 %	20 %	241589662
80	NC_012855	CAGCC	2	10	135129	135138	20 %	0 %	20 %	60 %	241589663
81	NC_012855	GCTTG	2	10	136463	136472	0 %	40 %	40 %	20 %	241589664
82	NC_012855	TCCGC	2	10	146623	146632	0 %	20 %	20 %	60 %	241589681
83	NC_012855	ACAAT	2	10	149500	149509	60 %	20 %	0 %	20 %	241589690
84	NC_012855	TGGAA	2	10	150540	150549	40 %	20 %	40 %	0 %	241589691
85	NC_012855	AGTGC	2	10	152519	152528	20 %	20 %	40 %	20 %	241589691
86	NC_012855	ATGGC	2	10	154827	154836	20 %	20 %	40 %	20 %	241589692
87	NC_012855	AAGAC	2	10	160466	160475	60 %	0 %	20 %	20 %	241589703
88	NC_012855	GCCGT	2	10	160514	160523	0 %	20 %	40 %	40 %	241589703
89	NC_012855	GGCCG	2	10	162371	162380	0 %	0 %	60 %	40 %	241589707
90	NC_012855	AGGAC	2	10	164170	164179	40 %	0 %	40 %	20 %	241589712
91	NC_012855	TACGG	2	10	167396	167405	20 %	20 %	40 %	20 %	241589716
92	NC_012855	CTGGG	2	10	167798	167807	0 %	20 %	60 %	20 %	241589716
93	NC_012855	GGACC	2	10	168288	168297	20 %	0 %	40 %	40 %	241589717
94	NC_012855	TTCCT	2	10	169955	169964	0 %	60 %	0 %	40 %	241589720
95	NC_012855	GATGC	2	10	170116	170125	20 %	20 %	40 %	20 %	241589720
96	NC_012855	CGATG	2	10	179599	179608	20 %	20 %	40 %	20 %	241589735
97	NC_012855	GCGAT	2	10	182413	182422	20 %	20 %	40 %	20 %	241589737
98	NC_012855	TCCGG	2	10	183714	183723	0 %	20 %	40 %	40 %	241589738
99	NC_012855	GGAAG	2	10	184157	184166	40 %	0 %	60 %	0 %	241589738
100	NC_012855	CGAGC	2	10	186573	186582	20 %	0 %	40 %	40 %	241589739
101	NC_012855	GTGCA	2	10	189406	189415	20 %	20 %	40 %	20 %	241589742
102	NC_012855	GGAAG	2	10	195121	195130	40 %	0 %	60 %	0 %	241589751
103	NC_012855	TGGCA	2	10	198450	198459	20 %	20 %	40 %	20 %	241589754
104	NC_012855	TGTCT	2	10	203079	203088	0 %	60 %	20 %	20 %	241589760
105	NC_012855	GCCAT	2	10	204998	205007	20 %	20 %	20 %	40 %	241589762
106	NC_012855	AGCGA	2	10	205834	205843	40 %	0 %	40 %	20 %	241589764
107	NC_012855	AGCGC	2	10	206006	206015	20 %	0 %	40 %	40 %	241589764
108	NC_012855	ATGCA	2	10	208489	208498	40 %	20 %	20 %	20 %	241589766
109	NC_012855	GCTGA	2	10	214072	214081	20 %	20 %	40 %	20 %	241589775
110	NC_012855	TGAAA	2	10	215478	215487	60 %	20 %	20 %	0 %	241589779
111	NC_012855	TCGGA	2	10	215588	215597	20 %	20 %	40 %	20 %	241589779
112	NC_012855	GCCAA	2	10	216137	216146	40 %	0 %	20 %	40 %	241589780
113	NC_012855	GAGGT	2	10	216929	216938	20 %	20 %	60 %	0 %	241589781
114	NC_012855	GTGCT	2	10	221644	221653	0 %	40 %	40 %	20 %	241589787
115	NC_012855	GATCG	2	10	225495	225504	20 %	20 %	40 %	20 %	241589792
116	NC_012855	CTGGC	2	10	226366	226375	0 %	20 %	40 %	40 %	241589794
117	NC_012855	CCAAA	2	10	227871	227880	60 %	0 %	0 %	40 %	241589795
118	NC_012855	AGCGC	2	10	228259	228268	20 %	0 %	40 %	40 %	241589795
119	NC_012855	CCAAC	2	10	233767	233776	40 %	0 %	0 %	60 %	241589802
120	NC_012855	TGCGA	2	10	234515	234524	20 %	20 %	40 %	20 %	241589803
121	NC_012855	GCACC	2	10	234915	234924	20 %	0 %	20 %	60 %	241589804
122	NC_012855	CCTGG	2	10	235727	235736	0 %	20 %	40 %	40 %	241589805
123	NC_012855	GCGAA	2	10	236250	236259	40 %	0 %	40 %	20 %	241589807
124	NC_012855	GGCGC	2	10	237153	237162	0 %	0 %	60 %	40 %	241589808
125	NC_012855	GATGC	2	10	239319	239328	20 %	20 %	40 %	20 %	241589811
126	NC_012855	GAAGC	2	10	240568	240577	40 %	0 %	40 %	20 %	241589813
127	NC_012855	ATTCG	2	10	244755	244764	20 %	40 %	20 %	20 %	241589818
128	NC_012855	CGAGG	2	10	245421	245430	20 %	0 %	60 %	20 %	241589818
129	NC_012855	CTGTT	2	10	247201	247210	0 %	60 %	20 %	20 %	241589819
130	NC_012855	TCAGG	2	10	250428	250437	20 %	20 %	40 %	20 %	241589821
131	NC_012855	CGGTG	2	10	250890	250899	0 %	20 %	60 %	20 %	241589822
132	NC_012855	GCCGC	2	10	250941	250950	0 %	0 %	40 %	60 %	241589822
133	NC_012855	TGGCG	2	10	254097	254106	0 %	20 %	60 %	20 %	241589825
134	NC_012855	CTTCC	2	10	255027	255036	0 %	40 %	0 %	60 %	241589826
135	NC_012855	AATCC	2	10	259956	259965	40 %	20 %	0 %	40 %	241589831
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137	NC_012855	AGCTG	2	10	263320	263329	20 %	20 %	40 %	20 %	241589834
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140	NC_012855	TACGG	2	10	267728	267737	20 %	20 %	40 %	20 %	241589842
141	NC_012855	GCGTA	2	10	269207	269216	20 %	20 %	40 %	20 %	241589843
142	NC_012855	ATTCA	2	10	270865	270874	40 %	40 %	0 %	20 %	241589844
143	NC_012855	GCGAG	2	10	273323	273332	20 %	0 %	60 %	20 %	241589846
144	NC_012855	GGATC	2	10	274697	274706	20 %	20 %	40 %	20 %	241589847
145	NC_012855	GGCAC	2	10	275527	275536	20 %	0 %	40 %	40 %	241589848
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148	NC_012855	GCGAG	2	10	278684	278693	20 %	0 %	60 %	20 %	241589850
149	NC_012855	CCGTA	2	10	278745	278754	20 %	20 %	20 %	40 %	241589850
150	NC_012855	CGATG	2	10	278942	278951	20 %	20 %	40 %	20 %	241589850
151	NC_012855	TTCGG	2	10	278992	279001	0 %	40 %	40 %	20 %	241589850
152	NC_012855	CCGTG	2	10	283087	283096	0 %	20 %	40 %	40 %	241589854
153	NC_012855	GCCGG	2	10	284968	284977	0 %	0 %	60 %	40 %	241589857
154	NC_012855	TTGCG	2	10	285976	285985	0 %	40 %	40 %	20 %	241589858
155	NC_012855	AAGAC	2	10	286303	286312	60 %	0 %	20 %	20 %	241589858
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157	NC_012855	TTCGG	2	10	291562	291571	0 %	40 %	40 %	20 %	241589867
158	NC_012855	GCACT	2	10	295095	295104	20 %	20 %	20 %	40 %	241589872
159	NC_012855	TGCGC	2	10	304081	304090	0 %	20 %	40 %	40 %	241589881
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161	NC_012855	GCCAA	2	10	306394	306403	40 %	0 %	20 %	40 %	241589883
162	NC_012855	TCTGG	2	10	309345	309354	0 %	40 %	40 %	20 %	241589887
163	NC_012855	CGCTG	2	10	310536	310545	0 %	20 %	40 %	40 %	241589889
164	NC_012855	GTGTT	2	10	311417	311426	0 %	60 %	40 %	0 %	241589890
165	NC_012855	ACAAG	2	10	312555	312564	60 %	0 %	20 %	20 %	241589891
166	NC_012855	GGGAT	2	10	312717	312726	20 %	20 %	60 %	0 %	241589891
167	NC_012855	ACCGA	2	10	314482	314491	40 %	0 %	20 %	40 %	241589893
168	NC_012855	GATCG	2	10	314959	314968	20 %	20 %	40 %	20 %	241589893
169	NC_012855	GGTCA	2	10	315608	315617	20 %	20 %	40 %	20 %	241589894
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171	NC_012855	GGCGC	2	10	318440	318449	0 %	0 %	60 %	40 %	241589897
172	NC_012855	TCTCC	2	10	321142	321151	0 %	40 %	0 %	60 %	241589902
173	NC_012855	GGCAA	2	10	324025	324034	40 %	0 %	40 %	20 %	241589905
174	NC_012855	ACGCG	2	10	324480	324489	20 %	0 %	40 %	40 %	241589905
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177	NC_012855	GCAGC	2	10	327624	327633	20 %	0 %	40 %	40 %	241589910
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187	NC_012855	CCTGC	2	10	349034	349043	0 %	20 %	20 %	60 %	241589921
188	NC_012855	CGGCT	2	10	355121	355130	0 %	20 %	40 %	40 %	241589925
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192	NC_012855	CGTGC	2	10	358559	358568	0 %	20 %	40 %	40 %	241589930
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207	NC_012855	AGTGC	2	10	381670	381679	20 %	20 %	40 %	20 %	241589953
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209	NC_012855	AAGCC	2	10	386776	386785	40 %	0 %	20 %	40 %	241589959

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.