MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 plasmid pR132503

Total Repeats: 279

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012853	CGATC	2	10	2292	2301	20 %	20 %	20 %	40 %	241518165
2	NC_012853	CTGCT	2	10	5944	5953	0 %	40 %	20 %	40 %	241518172
3	NC_012853	TCTTG	2	10	6751	6760	0 %	60 %	20 %	20 %	241518172
4	NC_012853	AAAGG	2	10	6800	6809	60 %	0 %	40 %	0 %	241518172
5	NC_012853	TGGTC	2	10	8147	8156	0 %	40 %	40 %	20 %	241518173
6	NC_012853	TTTAG	2	10	16316	16325	20 %	60 %	20 %	0 %	241518182
7	NC_012853	TGGGG	2	10	20957	20966	0 %	20 %	80 %	0 %	241518188
8	NC_012853	GTGAA	2	10	21108	21117	40 %	20 %	40 %	0 %	241518188
9	NC_012853	AGAGC	2	10	23969	23978	40 %	0 %	40 %	20 %	241518191
10	NC_012853	GCCTT	2	10	29524	29533	0 %	40 %	20 %	40 %	241518195
11	NC_012853	ATGGG	2	10	32326	32335	20 %	20 %	60 %	0 %	241518197
12	NC_012853	AGGAG	2	10	32386	32395	40 %	0 %	60 %	0 %	241518197
13	NC_012853	GAGTG	2	10	36693	36702	20 %	20 %	60 %	0 %	241518200
14	NC_012853	GCGCG	2	10	36705	36714	0 %	0 %	60 %	40 %	241518200
15	NC_012853	CGACC	2	10	37064	37073	20 %	0 %	20 %	60 %	241518200
16	NC_012853	GCGCT	2	10	37762	37771	0 %	20 %	40 %	40 %	241518201
17	NC_012853	CCGTG	2	10	38831	38840	0 %	20 %	40 %	40 %	241518201
18	NC_012853	AGCGA	2	10	45640	45649	40 %	0 %	40 %	20 %	241518205
19	NC_012853	GCATC	2	10	47401	47410	20 %	20 %	20 %	40 %	241518207
20	NC_012853	GCGGT	2	10	47606	47615	0 %	20 %	60 %	20 %	241518207
21	NC_012853	GGCGA	2	10	49399	49408	20 %	0 %	60 %	20 %	241518209
22	NC_012853	GGAGC	2	10	50623	50632	20 %	0 %	60 %	20 %	241518210
23	NC_012853	AATCC	2	10	51338	51347	40 %	20 %	0 %	40 %	241518210
24	NC_012853	TCGCT	2	10	51784	51793	0 %	40 %	20 %	40 %	241518211
25	NC_012853	CTCCA	2	10	55404	55413	20 %	20 %	0 %	60 %	241518212
26	NC_012853	CGCAA	2	10	55583	55592	40 %	0 %	20 %	40 %	241518212
27	NC_012853	CCCTG	2	10	57527	57536	0 %	20 %	20 %	60 %	241518214
28	NC_012853	TCGCC	2	10	57786	57795	0 %	20 %	20 %	60 %	241518214
29	NC_012853	TTGCC	2	10	68503	68512	0 %	40 %	20 %	40 %	241518222
30	NC_012853	CCGGT	2	10	69526	69535	0 %	20 %	40 %	40 %	241518223
31	NC_012853	GAACG	2	10	70228	70237	40 %	0 %	40 %	20 %	241518225
32	NC_012853	GATGC	2	10	70864	70873	20 %	20 %	40 %	20 %	241518225
33	NC_012853	GGACG	2	10	72910	72919	20 %	0 %	60 %	20 %	241518226
34	NC_012853	ATCCG	2	10	75044	75053	20 %	20 %	20 %	40 %	241518229
35	NC_012853	GGAAA	2	10	75204	75213	60 %	0 %	40 %	0 %	241518229
36	NC_012853	ACGCC	2	10	76369	76378	20 %	0 %	20 %	60 %	241518231
37	NC_012853	GTTCG	2	10	77656	77665	0 %	40 %	40 %	20 %	241518232
38	NC_012853	CGTCG	2	10	78597	78606	0 %	20 %	40 %	40 %	241518233
39	NC_012853	AAGGA	2	10	80152	80161	60 %	0 %	40 %	0 %	241518234
40	NC_012853	GCACC	2	10	80350	80359	20 %	0 %	20 %	60 %	241518234
41	NC_012853	CCCGT	2	10	88216	88225	0 %	20 %	20 %	60 %	241518240
42	NC_012853	CGCAT	2	10	89191	89200	20 %	20 %	20 %	40 %	241518241
43	NC_012853	GGCGA	2	10	89337	89346	20 %	0 %	60 %	20 %	241518241
44	NC_012853	CCGAT	2	10	89389	89398	20 %	20 %	20 %	40 %	241518241
45	NC_012853	GCTTG	2	10	91101	91110	0 %	40 %	40 %	20 %	241518243
46	NC_012853	ACGCC	2	10	92255	92264	20 %	0 %	20 %	60 %	241518244
47	NC_012853	CGCTT	2	10	93426	93435	0 %	40 %	20 %	40 %	241518246
48	NC_012853	CGGAA	2	10	93661	93670	40 %	0 %	40 %	20 %	241518246
49	NC_012853	GCCGA	2	10	95165	95174	20 %	0 %	40 %	40 %	241518247
50	NC_012853	GCTTT	2	10	95338	95347	0 %	60 %	20 %	20 %	241518247
51	NC_012853	GACAA	2	10	99151	99160	60 %	0 %	20 %	20 %	241518252
52	NC_012853	TTTGC	2	10	99592	99601	0 %	60 %	20 %	20 %	241518253
53	NC_012853	TGCTC	2	10	102235	102244	0 %	40 %	20 %	40 %	241518253
54	NC_012853	AGCGG	2	10	102900	102909	20 %	0 %	60 %	20 %	241518254
55	NC_012853	TACGA	2	10	103209	103218	40 %	20 %	20 %	20 %	241518255
56	NC_012853	GATCG	2	10	103303	103312	20 %	20 %	40 %	20 %	241518255
57	NC_012853	CTGGA	2	10	104196	104205	20 %	20 %	40 %	20 %	241518256
58	NC_012853	AGGGC	2	10	104749	104758	20 %	0 %	60 %	20 %	241518256
59	NC_012853	GACGT	2	10	107452	107461	20 %	20 %	40 %	20 %	241518260
60	NC_012853	GCCGC	2	10	109444	109453	0 %	0 %	40 %	60 %	241518262
61	NC_012853	GATGA	2	10	110876	110885	40 %	20 %	40 %	0 %	241518263
62	NC_012853	GAGGC	2	10	115395	115404	20 %	0 %	60 %	20 %	241518268
63	NC_012853	GCTCG	2	10	117460	117469	0 %	20 %	40 %	40 %	241518269
64	NC_012853	TTCGG	2	10	118333	118342	0 %	40 %	40 %	20 %	241518270
65	NC_012853	CGAGC	2	10	121344	121353	20 %	0 %	40 %	40 %	241518273
66	NC_012853	CGAGC	2	10	123562	123571	20 %	0 %	40 %	40 %	241518275
67	NC_012853	GGATT	2	10	126781	126790	20 %	40 %	40 %	0 %	241518278
68	NC_012853	GGCAT	2	10	130577	130586	20 %	20 %	40 %	20 %	241518282
69	NC_012853	GGAAT	2	10	130775	130784	40 %	20 %	40 %	0 %	241518282
70	NC_012853	TCGGC	2	10	132271	132280	0 %	20 %	40 %	40 %	241518283
71	NC_012853	CCAGC	2	10	132352	132361	20 %	0 %	20 %	60 %	241518283
72	NC_012853	GCTTT	2	10	132726	132735	0 %	60 %	20 %	20 %	241518284
73	NC_012853	CGGCC	2	10	132976	132985	0 %	0 %	40 %	60 %	241518284
74	NC_012853	TCAGG	2	10	134111	134120	20 %	20 %	40 %	20 %	241518285
75	NC_012853	TCGGC	2	10	136920	136929	0 %	20 %	40 %	40 %	241518288
76	NC_012853	TGCGA	2	10	137182	137191	20 %	20 %	40 %	20 %	241518288
77	NC_012853	CGGCA	2	10	137706	137715	20 %	0 %	40 %	40 %	241518288
78	NC_012853	GCGGA	2	10	137803	137812	20 %	0 %	60 %	20 %	241518288
79	NC_012853	TCGGA	2	10	138011	138020	20 %	20 %	40 %	20 %	241518289
80	NC_012853	CGCGT	2	10	140482	140491	0 %	20 %	40 %	40 %	241518292
81	NC_012853	GGCGA	2	10	143134	143143	20 %	0 %	60 %	20 %	241518295
82	NC_012853	TGCTG	2	10	143486	143495	0 %	40 %	40 %	20 %	241518296
83	NC_012853	GGATG	2	10	145596	145605	20 %	20 %	60 %	0 %	241518299
84	NC_012853	GCGCC	2	10	148307	148316	0 %	0 %	40 %	60 %	241518300
85	NC_012853	TGCCA	2	10	149043	149052	20 %	20 %	20 %	40 %	241518300
86	NC_012853	GCTGA	2	10	149742	149751	20 %	20 %	40 %	20 %	241518301
87	NC_012853	CTCGC	2	10	150468	150477	0 %	20 %	20 %	60 %	241518303
88	NC_012853	CGGCG	2	10	152040	152049	0 %	0 %	60 %	40 %	241518307
89	NC_012853	CGGCG	2	10	154855	154864	0 %	0 %	60 %	40 %	241518311
90	NC_012853	CGGAG	2	10	155274	155283	20 %	0 %	60 %	20 %	241518311
91	NC_012853	CCGGT	2	10	155778	155787	0 %	20 %	40 %	40 %	241518311
92	NC_012853	GCGAC	2	10	156248	156257	20 %	0 %	40 %	40 %	241518312
93	NC_012853	CGCTG	2	10	158389	158398	0 %	20 %	40 %	40 %	241518315
94	NC_012853	CGCGG	2	10	161332	161341	0 %	0 %	60 %	40 %	241518317
95	NC_012853	GAGGC	2	10	161554	161563	20 %	0 %	60 %	20 %	241518318
96	NC_012853	TGGGA	2	10	163321	163330	20 %	20 %	60 %	0 %	241518318
97	NC_012853	AGCGA	2	10	163568	163577	40 %	0 %	40 %	20 %	241518319
98	NC_012853	ATGCG	2	10	167940	167949	20 %	20 %	40 %	20 %	241518323
99	NC_012853	GGCTG	2	10	170831	170840	0 %	20 %	60 %	20 %	241518325
100	NC_012853	GATCA	2	10	173397	173406	40 %	20 %	20 %	20 %	241518328
101	NC_012853	CGCGC	2	10	173416	173425	0 %	0 %	40 %	60 %	241518328
102	NC_012853	GAAAC	2	10	178927	178936	60 %	0 %	20 %	20 %	241518335
103	NC_012853	ACGCG	2	10	181501	181510	20 %	0 %	40 %	40 %	241518338
104	NC_012853	CTCGC	2	10	184299	184308	0 %	20 %	20 %	60 %	241518341
105	NC_012853	CTCGA	2	10	185217	185226	20 %	20 %	20 %	40 %	241518341
106	NC_012853	GCCCC	2	10	185948	185957	0 %	0 %	20 %	80 %	241518341
107	NC_012853	CGATC	2	10	187203	187212	20 %	20 %	20 %	40 %	241518342
108	NC_012853	CGGAT	2	10	187748	187757	20 %	20 %	40 %	20 %	241518342
109	NC_012853	CGAAG	2	10	187815	187824	40 %	0 %	40 %	20 %	241518342
110	NC_012853	CGCCT	2	10	189046	189055	0 %	20 %	20 %	60 %	241518343
111	NC_012853	CGGCG	2	10	190852	190861	0 %	0 %	60 %	40 %	241518345
112	NC_012853	GACGG	2	10	191348	191357	20 %	0 %	60 %	20 %	241518345
113	NC_012853	CGCTC	2	10	193181	193190	0 %	20 %	20 %	60 %	241518347
114	NC_012853	CGCAG	2	10	194273	194282	20 %	0 %	40 %	40 %	241518347
115	NC_012853	CCCTG	2	10	195282	195291	0 %	20 %	20 %	60 %	241518347
116	NC_012853	AGGAC	2	10	195602	195611	40 %	0 %	40 %	20 %	241518348
117	NC_012853	CATTC	2	10	196842	196851	20 %	40 %	0 %	40 %	241518348
118	NC_012853	AGCGA	2	10	197555	197564	40 %	0 %	40 %	20 %	241518348
119	NC_012853	CGCGG	2	10	198328	198337	0 %	0 %	60 %	40 %	241518348
120	NC_012853	TCGAC	2	10	199925	199934	20 %	20 %	20 %	40 %	241518349
121	NC_012853	TGATC	2	10	202017	202026	20 %	40 %	20 %	20 %	241518350
122	NC_012853	TGCCT	2	10	202463	202472	0 %	40 %	20 %	40 %	241518351
123	NC_012853	CATGA	2	10	204060	204069	40 %	20 %	20 %	20 %	241518353
124	NC_012853	GCCAG	2	10	207511	207520	20 %	0 %	40 %	40 %	241518358
125	NC_012853	GATCA	2	10	207905	207914	40 %	20 %	20 %	20 %	241518358
126	NC_012853	AGCCT	2	10	210899	210908	20 %	20 %	20 %	40 %	241518361
127	NC_012853	CGCGG	2	10	215692	215701	0 %	0 %	60 %	40 %	241518364
128	NC_012853	CGCCC	2	10	219559	219568	0 %	0 %	20 %	80 %	241518366
129	NC_012853	CGATC	2	10	221493	221502	20 %	20 %	20 %	40 %	241518368
130	NC_012853	TGGGC	2	10	221524	221533	0 %	20 %	60 %	20 %	241518368
131	NC_012853	TGCCC	2	10	223978	223987	0 %	20 %	20 %	60 %	241518369
132	NC_012853	GTCCA	2	10	224395	224404	20 %	20 %	20 %	40 %	241518369
133	NC_012853	TCCAA	2	10	226855	226864	40 %	20 %	0 %	40 %	241518371
134	NC_012853	GTCGA	2	10	227679	227688	20 %	20 %	40 %	20 %	241518373
135	NC_012853	AGGCG	2	10	231300	231309	20 %	0 %	60 %	20 %	241518380
136	NC_012853	GGTCC	2	10	232067	232076	0 %	20 %	40 %	40 %	241518381
137	NC_012853	CGTCG	2	10	234186	234195	0 %	20 %	40 %	40 %	241518382
138	NC_012853	CGTAG	2	10	235166	235175	20 %	20 %	40 %	20 %	241518383
139	NC_012853	CTTAT	2	10	235709	235718	20 %	60 %	0 %	20 %	241518384
140	NC_012853	CGATA	2	10	237130	237139	40 %	20 %	20 %	20 %	241518385
141	NC_012853	AACCG	2	10	239913	239922	40 %	0 %	20 %	40 %	241518386
142	NC_012853	ACCTC	2	10	240251	240260	20 %	20 %	0 %	60 %	241518386
143	NC_012853	CAGCC	2	10	241021	241030	20 %	0 %	20 %	60 %	241518387
144	NC_012853	CTTGG	2	10	242889	242898	0 %	40 %	40 %	20 %	241518388
145	NC_012853	CGCAT	2	10	243060	243069	20 %	20 %	20 %	40 %	241518388
146	NC_012853	TGATC	2	10	243110	243119	20 %	40 %	20 %	20 %	241518388
147	NC_012853	CTTCG	2	10	244156	244165	0 %	40 %	20 %	40 %	241518391
148	NC_012853	CGACG	2	10	257316	257325	20 %	0 %	40 %	40 %	241518402
149	NC_012853	CCGAT	2	10	257581	257590	20 %	20 %	20 %	40 %	241518403
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151	NC_012853	GTTCC	2	10	259880	259889	0 %	40 %	20 %	40 %	241518404
152	NC_012853	CTTCG	2	10	260636	260645	0 %	40 %	20 %	40 %	241518404
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155	NC_012853	TCACG	2	10	265956	265965	20 %	20 %	20 %	40 %	241518409
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163	NC_012853	CATGC	2	10	281282	281291	20 %	20 %	20 %	40 %	241518422
164	NC_012853	GATTG	2	10	282062	282071	20 %	40 %	40 %	0 %	241518423
165	NC_012853	AGCGT	2	10	282572	282581	20 %	20 %	40 %	20 %	241518423
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169	NC_012853	GAATG	2	10	285121	285130	40 %	20 %	40 %	0 %	241518425
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171	NC_012853	TACGG	2	10	294053	294062	20 %	20 %	40 %	20 %	241518434
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198	NC_012853	CCGAC	2	10	339422	339431	20 %	0 %	20 %	60 %	241518471
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242	NC_012853	GAGGC	2	10	442976	442985	20 %	0 %	60 %	20 %	241518577
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244	NC_012853	TGAGG	2	10	446164	446173	20 %	20 %	60 %	0 %	241518581
245	NC_012853	GGCGC	2	10	454766	454775	0 %	0 %	60 %	40 %	241518590
246	NC_012853	GCCAG	2	10	456807	456816	20 %	0 %	40 %	40 %	241518592
247	NC_012853	GTCAG	2	10	457221	457230	20 %	20 %	40 %	20 %	241518593
248	NC_012853	ACGAT	2	10	460015	460024	40 %	20 %	20 %	20 %	241518596
249	NC_012853	CCGCT	2	10	466168	466177	0 %	20 %	20 %	60 %	241518604
250	NC_012853	TGCCG	2	10	467971	467980	0 %	20 %	40 %	40 %	241518604
251	NC_012853	CGATG	2	10	473502	473511	20 %	20 %	40 %	20 %	241518613
252	NC_012853	CGACC	2	10	478578	478587	20 %	0 %	20 %	60 %	241518620
253	NC_012853	GAGCG	2	10	478768	478777	20 %	0 %	60 %	20 %	241518620
254	NC_012853	CCATG	2	10	479798	479807	20 %	20 %	20 %	40 %	241518621
255	NC_012853	GTGGC	2	10	480783	480792	0 %	20 %	60 %	20 %	241518622
256	NC_012853	CTGCG	2	10	481100	481109	0 %	20 %	40 %	40 %	241518623
257	NC_012853	GACCG	2	10	481226	481235	20 %	0 %	40 %	40 %	241518623
258	NC_012853	CCAGG	2	10	481616	481625	20 %	0 %	40 %	40 %	241518623
259	NC_012853	CGTGC	2	10	482027	482036	0 %	20 %	40 %	40 %	241518624
260	NC_012853	ATCTC	2	10	484682	484691	20 %	40 %	0 %	40 %	241518626
261	NC_012853	CGGCG	2	10	485256	485265	0 %	0 %	60 %	40 %	241518626
262	NC_012853	CTGCA	2	10	485423	485432	20 %	20 %	20 %	40 %	241518626
263	NC_012853	TTTCA	2	10	487796	487805	20 %	60 %	0 %	20 %	241518628
264	NC_012853	GCCAA	2	10	488579	488588	40 %	0 %	20 %	40 %	241518629
265	NC_012853	GCGTG	2	10	488727	488736	0 %	20 %	60 %	20 %	241518629
266	NC_012853	TGGCT	2	10	490968	490977	0 %	40 %	40 %	20 %	241518631
267	NC_012853	GCGCC	2	10	493324	493333	0 %	0 %	40 %	60 %	241518633
268	NC_012853	CAGCA	2	10	495530	495539	40 %	0 %	20 %	40 %	241518636
269	NC_012853	TGCAT	2	10	497037	497046	20 %	40 %	20 %	20 %	241518638
270	NC_012853	GGCGT	2	10	499741	499750	0 %	20 %	60 %	20 %	241518640
271	NC_012853	GTCCA	2	10	501540	501549	20 %	20 %	20 %	40 %	241518641
272	NC_012853	CCTGC	2	10	501861	501870	0 %	20 %	20 %	60 %	241518641
273	NC_012853	TGAAT	2	10	503308	503317	40 %	40 %	20 %	0 %	241518642
274	NC_012853	CGATG	2	10	505734	505743	20 %	20 %	40 %	20 %	241518646
275	NC_012853	GCGCT	2	10	507938	507947	0 %	20 %	40 %	40 %	241518648
276	NC_012853	ATCGC	2	10	508324	508333	20 %	20 %	20 %	40 %	241518648
277	NC_012853	AGACC	2	10	510534	510543	40 %	0 %	20 %	40 %	241518650
278	NC_012853	AGAGG	2	10	511286	511295	40 %	0 %	60 %	0 %	241518650
279	NC_012853	GATTT	2	10	512637	512646	20 %	60 %	20 %	0 %	241518652

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.